1型糖尿病(T1D)是一种自身免疫性疾病,其特征是胰腺中产生胰岛素的B细胞。这种破坏会导致慢性高血糖,因此需要终身胰岛素治疗来管理血糖水平。通常在儿童和年轻人中被诊断出,T1D可以在任何年龄段发生。正在进行的研究旨在揭示T1D潜在的确切机制并开发潜在的干预措施。其中包括调节免疫系统,再生B细胞并创建高级胰岛素输送系统的努力。新兴疗法,例如闭环胰岛素泵,干细胞衍生的B细胞替代和疾病改良疗法(DMTS),为改善T1D患者的生活质量并有潜在地朝着治疗方向前进。目前,尚未批准用于第3阶段T1D的疾病改良疗法。在第3阶段中保留B -cell功能与更好的临床结局有关,包括较低的HBA1C和降低低血糖,神经病和视网膜病的风险。肿瘤坏死因子α(TNF-A)抑制剂在三阶段T1D患者的两项临床试验中,通过测量C肽来保存B细胞功能,证明了效率。然而,在T1D的关键试验中尚未评估TNF-A抑制剂。解决T1D中TNF-A抑制剂的有希望的临床发现,突破T1D召集了一个主要意见领导者(KOLS)的小组。研讨会
基于扩散的生成模型在合成和操纵图像具有巨大的图像方面表现出了令人鼓舞的结果,其中文本到图像模型及其后续作品在学术界和行业中都具有很大的影响。编辑真实图像时,用户通常希望对不同元素具有直观而精确的控制(即对象)组成图像,并不断地操纵它们。我们可以根据图像中的单个观察的控制级别对现有的图像编辑方法进行分类。一条工作涉及使用文本提示来操纵图像[2,15,24,27]。由于很难与文本同时描述多个对象的形状和外观,因此在对象级别上对细粒度控制的能力有限。同时,迅速的工程使操纵任务乏味且耗时。另一项工作线使用低级调理信号,例如Hu等人。[18],Patashnik等。[34],Zeng等。[58],草图[50],图像[5,47,54]编辑图像。但是,其中大多数作品要么属于迅速的工程陷阱,要么无法独立操纵多个对象。与以前的作品不同,我们的目标是独立控制组成图像的多个对象的正确条件,即对象级编辑。我们表明,我们可以在对象级编辑框架下制定各种图像编辑任务,从而实现全面的编辑功能。
多面体蛋白纳米局量作为疫苗平台取得了很大的成功(1-3),并且是生物制剂递送的有前途的车辆(4-7)。因此,人们对设计能够显示大量抗原或包装更大的更大的碳的更大且更复杂的结构有很大的兴趣。然而,常规的多面体是所有亚基都具有相同局部环境的最大闭合结构(8-11),因此访问更大,更复杂的封闭结构需要打破局部对称性。病毒通过在独特的环境(伪对称)(12)中放置化学不同但结构上相似的链条或利用相同的亚基来解决这个问题,或者利用在不同环境中采用不同构象的相同亚基(准对象)(13-15)(13 - 15),以访问具有更高的三角形(T)数量(13)结构(13),具有较大的亚基和互联剂和较大的子燃料。设计更大,更复杂的纳米焦点的一种有希望的途径是从定期的多面体纳米局(t = 1)开始,该纳米局(t = 1)是由对称的同构构构建块构建的,这些构建块的分离式环状布置是通过在假异构的异构体中代替这些构建块的隔离循环排列,然后通过将t = 4和大型结构与其他结构结合在一起,并与这些其他结构相结合。在这里,我们提供了这种设计方法的高级几何概述,以说明如何使用设计多样性和设计经济之间的权衡方向来实现不同的设计成果,正如在两篇随附的论文中实验证明的那样,Lee等人(16)和Dowling等人(17)。
工程蛋白质有可能解决生物医学、能源和材料科学中的许多问题,但在实践中创造出成功的设计却很困难。这一挑战的一个重要方面是蛋白质序列和三维结构之间的复杂耦合,而找到一种可行设计的任务通常被称为逆蛋白质折叠问题。在这项工作中,我们引入了一种基于图形表示的给定三维结构的蛋白质序列条件生成模型。我们的方法通过关注那些在序列中是长距离但在三维空间中是局部的蛋白质,有效地捕捉蛋白质中复杂的依赖关系。这种基于图的方法在速度和可靠性方面都比传统和其他基于神经网络的方法有所提高,并借助深度生成模型向快速和有针对性的生物分子设计迈出了一步。
摘要:尽管青光眼是全球不可逆性失明的主要原因,但其发病机理尚不完全理解,而眼内压(IOP)是靶向这种疾病的唯一可修改的危险因素。已经提出了包括IOP在内的肠道微生物组和青光眼之间的几个关联。越来越多的证据表明,在眼表面上的微生物之间的相互作用称为眼表面微生物组(OSM)和泪液蛋白质(统称为泪液蛋白质组),也可能在诸如青光眼等眼疾病中起作用。这项研究旨在在青光眼患者中找到OSM和撕裂蛋白的特征。32个结膜拭子的全元基因组shot弹枪测序鉴定出肌动杆菌,富公司和蛋白质细菌是同类中的主要门。该物种仅在健康对照中发现,与青光眼患者相比,它们的结膜微生物组可能富含磷脂酶途径的基因。尽管OSM在OSM中存在较小的差异,但与对照组相比,患者表现出与免疫系统相关的许多撕裂蛋白的富集。与OSM相反,这强调了蛋白质组的作用,并可能引起免疫过程在青光眼中的参与。这些发现可能有助于设计针对青光眼和其他相关疾病的新治疗方法。
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抽象新合成的蛋白质是从核糖体出口隧道中涌现出来的未折叠多肽。将这些新生的链折叠成天然构象,对于蛋白质功能和防止行驶的相互作用至关重要,从而触发错误折叠和危害蛋白质组稳定性。但是,实现正确的3D结构是暴露于细胞质中高浓度分子的新生链的主要挑战。一般与核糖体相关的伴侣有助于各种新生肽的共转折叠。目前尚不清楚该“单尺寸合适”系统是否确保具有挑战性折叠路径的蛋白质表达,还是专门与核糖体相关的伴侣管理此类苛刻客户的折叠。在研究I中,我们研究了HSP70伴侣如何调节HSF1,这是一种转录因子,介导细胞对蛋白毒性应激的反应。我们证明了HSP70直接与HSF1结合,使其在非压力条件下保持潜在状态。蛋白质错误折叠,特别是新合成的蛋白质,将HSP70滴定,激活HSF1并诱导应力反应。因此,响应错误折叠蛋白的HSP70可用性是HSF1活性的关键调节机制。在研究II中,我们确定了一种专业的核糖体相关伴侣CHP1,该伴侣CHP1有助于EEF1A的共同折叠,这是一种高度丰富的多域GTPase,对于mRNA转化至蛋白质至关重要。删除CHP1导致EEF1A的快速蛋白水解,广泛的蛋白质聚集以及HSF1介导的应激反应的激活。最后,在研究III中,我们阐明了CHP1如何有助于EEF1A折叠和EEF1A折叠途径中伴侣作用的有序序列。我们发现CHP1与EEF1A G域的开关I区域中的α3螺旋结合,对于核苷酸结合至关重要,从而延迟了G域的核苷酸引导的折叠。随着EEF1A结构域II的合成开始,将基板转移到下游伴侣ZPR1以进行最终成熟。我们的结果提供了洞察共同翻译蛋白折叠的分子机制及其对蛋白质组稳定性的影响,以及对HSF1的调节,这是真核细胞中对蛋白质毒性应激的反应的中心介体。
半个多世纪以来,蛋白质折叠一直是最困难的问题之一,随机热运动导致构象变化,从而导致能量下降到天然结构,这是漏斗状能量景观中捕获的原理。未折叠的多肽具有广泛的可能构象。由于潜在构象随链长呈指数增长,搜索问题对于经典计算机来说变得难以解决。到目前为止,有理论和实验证据表明,使用量子退火、VQE 和 QAOA 等量子计算方法解决此类优化问题具有优势。虽然谷歌的 DeepMind-AlphaFold 已经取得了很大成就,但我们可以通过量子方法走得更远。在这里,我们展示了如何使用变分量子特征求解器预测蛋白质结构以及 RNA 折叠,并使用条件风险值 (CVaR) 期望值来解决问题并找到最小配置能量,我们的任务是确定蛋白质的最小能量结构。蛋白质的结构经过优化以降低能量。还要确保满足所有物理约束,并将蛋白质折叠问题编码为量子比特算子。
噬菌体FD,FL和OX174是已知的最小病毒之一。它们属于具有单链圆形DNA作为其遗传物质(1-4)的一组良好特征的副觉。他们的DNA的分子量约为2 x 106,仅包含有限数量的基因。fd和fl是丝状噬菌体,在血清学和遗传上相关。ox174是一个显然与丝状噬菌体无关的球形噬菌体。dev> deNhardt和Marvin(5)通过DNA-DNA杂交进行了表明,尽管这两种类型的噬菌体(即丝状和球形)在每种类型的DNA之间没有检测可检测的同源性,尽管在每种类型内部都有很高的同源性。最近,已经推出了一种相对较快的分馏和序列大嘧啶寡核苷酸的技术。已经确定了9-20个基碱残基的FD DNA中长嘧啶裂纹的序列(6)。在本报告中,提出了来自FL和OX174 DNA的大嘧啶产物的序列。将这些序列与先前从FD DNA获得的序列进行了比较。
