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已测试至少20 nt。探针可以用3´或5´生物素/Desthiobiotin亲和力组设计，用于链霉亲和素富集（NEB＃S1421）。为了获得最佳结果，受保护的DNA：RNA杂交区应为4或5个核苷酸
可解释的机器学习利用蛋白质组学来改善心血管疾病风险预测和生物标志物识别
。CC-BY 4.0国际许可证可永久提供。是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以显示预印本（未通过同行评审证明）预印版本的版权所有者，该版本发布于2024年2月20日。 https://doi.org/10.1101/2024.02.18.24303003 doi：medrxiv preprint
利用基于质谱的蛋白质组学用于连续的定向进化
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
degronmd：利用靶向蛋白质的降解，突变和药物反应的进化和结构特征
靶向蛋白质的降解是一种新兴而有希望的治疗方法。降解的特异性和细胞稳态的维持是由E3泛素连接酶和脱脂信号（称为Degrons）之间的相互作用确定的。人类基因组编码超过600个E3连接酶；但是，到目前为止，仅确定了少数目标的DEGRON实例。在这项研究中，我们引入了DeGronmd，这是一个开放知识库，旨在研究DEGRON，它们相关的功能障碍事件和药物反应。我们驱逐出来，degrons在进化上是保守的，并且倾向于在蛋白质翻译修饰部位附近发生，尤其是在无序结构和较高溶剂可访问性的区域。通过模式识别和机器学习技术，我们构建了跨人类蛋白质组的降解景观，产生了超过18,000个新的脱脂剂，用于靶向蛋白质降解。此外，DEGRON的功能障碍会破坏降解过程，并导致蛋白质的异常积累。此过程与各种类型的人类癌症有关。基于由体细胞突变引起的估计表型变化，我们从系统地进行了量化并评估突变对pan-Canters degron功能的影响；这些结果有助于建立有关人类降解的全球突变图，其中包括89,318个可起作用的突变，这些突变可能引起降解和破坏蛋白质降解途径的功能障碍。多组合综合分析揭示了与功能性脱粒突变相关的400多个耐药性事件。degronmd，可在https://bioinfo.uth.edu/degronmd上访问，是探索生物学机制，推断蛋白质降解以及在Degron上的药物发现和设计的有用资源。
prasad，vibhu。展开的蛋白质反应的传播 - 疾病进展的调节剂，
摘要展开的蛋白质反应（UPR）是一种细胞自主压力反应，旨在恢复稳态，这是由于内质网（ER）中错误折叠蛋白的积累。病毒经常劫持宿主细胞机制，导致ER中错误折叠的蛋白质积累。细胞自主UPR是感染细胞对这种压力的直接反应，旨在通过停止蛋白质翻译，降解错误折叠的蛋白质以及激活增加分子伴侣产生的信号通路来恢复正常功能。细胞 - 非摩托菌MOUS UPR涉及UPR信号从最初压力的细胞传播到缺乏压力源的无重大细胞。尽管病毒是已知的细胞自主UPR调节剂，但最近的进步强调，单个自主UPR在阐明局部感染如何引起全身作用方面起着至关重要的作用，从而有助于疾病症状和进展。另外，通过利用细胞 - 非自治UPR，病毒制定了新的策略来建立促病毒状态，从而促进病毒扩散。本综述讨论了通过超越细胞自主到非自主过程的细胞自主过程和诱导者，播种者和UPR信号接收器的机械细节，从而扩大了对UPR在病毒感染和疾病进展中的作用的理解。
狗中的尿蛋白质组和代谢组（Canis lupus frainingis）：慢性肾脏疾病的影响
Ferlizza，E。，他们，G.，Dondi，F。，Andreani，G.，Vasselyeva，K.，Bellei，E。等。（2020）。<狗（canis lupus familis）中的分裂蛋白质组和代谢组：慢性肾脏疾病的作用。蛋白质组学杂志，222，1-12 [10.1016/jprot.2020.103795]
蛋白质工程锦标赛的结果
蛋白质工程的巨大挑战是开发计算模型来表征和生成任意功能的蛋白质序列。进展受到缺乏1）为基准机会的限制，2）大蛋白质功能数据集和3）获得实验蛋白质表征。我们介绍了蛋白质工程锦标赛，这是一项旨在促进蛋白质工程中计算方法的开发和评估的全面竞争。该比赛由一个硅圆形组成，可预测蛋白质序列的生物物理特性，然后是一个体外圆形，其中使用自动方法设计，表达和表征新颖的蛋白质序列。完成后，所有数据集，实验协议和方法都可以公开可用。我们详细介绍了一场试点锦标赛的结构和结果，其中涉及七个蛋白质设计团队，由六个多目标数据集提供动力，并由我们的合作伙伴，国际风味和香水进行实验表征。即将举行的蛋白质工程锦标赛旨在动员科学界对该领域的进步进行透明评估。
通过ID-LC-MS/MS开发候选参考测量程序，以用于脑脊液（CSF）中的总TAU蛋白质测量
目标：在临床上，tau蛋白测量通常依赖于免疫测定（IAS），其主要缺点是由于选择性和/或校准而缺乏因选择性和/或校准而导致的结果可比性。这强调了建立总TAU（T-TAU）测量的可追溯性链的重要性。这项工作的目的是为脑脊液（CSF）中T-TAU的绝对定量开发一个高阶候选参考测量程序（RMP）。方法：为了校准候选RMP并建立对SI单元的计量可营养性，采购了由高度纯化的重组蛋白组成的主要校准器。通过液相色谱和高分辨率质谱法（LC-HRM）评估其纯度，溶液中的蛋白质质量分数通过氨基酸分析（AAA）认证。获得了同位素标记的同位标记的同位素，以通过同位素稀释质谱法（IDM）在CSF中进行T-TAU绝对量化的候选RMP。校准混合物和质量控制（QC）材料是重量制备的，并进行了与CSF样品相同的制备工作流，然后进行
对从Larimichthys鳄鱼分离的大环病毒的基因组和蛋白质组学特征的全面分析
结果：FD201807基因组包括112,214 bp的双链DNA，G + C含量为53.53％。它包含130个潜在的开放式阅读框架，编码能力范围为41至1,293个氨基酸。对全基因组序列的系统发育分析表明，与FD201807相关的最接近的巨型细胞病毒是Pompano Iridovirus，其序列身份为98.98％。在病毒感染的细胞培养上清液中鉴定了27种病毒蛋白的无标记蛋白质组学分析，而FD201807的纯病毒病毒中的46种病毒蛋白。在这些病毒感染的细胞培养上清液和纯净的病毒样品中都检测到19种病毒蛋白，而在病毒感染的细胞培养上士中仅鉴定了8种病毒蛋白。值得注意的是，有两种蛋白质来自培养的细胞系MFF-1（普通话炸细胞系-1），即细胞色素c和泛素激活酶E1，它们都存在于纯化的病毒样品和受感染细胞的培养物中。这些细胞蛋白可能与病毒宿主蛋白相互作用和/或宿主细胞凋亡有关。