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非规范的DNA结构和疾病
没有一个对准一个对齐两个 +对准大肠杆菌3.48％84.57％11.95％链球菌。化脓性99.73％0.22％0.05％mus musculus 99.24％0.65％0.11％homo sapien 99.75％0.19％0.19％0.06％
活化的植物NRC4免疫受体形成六聚体抵抗
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2024年1月9日。 https://doi.org/10.1101/2024.01.09.574787 doi：biorxiv preprint
DNA元件系绳典型Polycomb抑制复合物1 to Human Genes
多细胞动物的摘要需要polycomb组蛋白的表观遗传抑制。后者在多种亚基X es中组装，其中两种，poly comb r ePressiv e comple x 1（pr c1）和poly comb r e：re atressiv e comple x 2（prc2），起作用，以抑制k e y de v e v elopmental基因。ho w pr c1和pr c2识别特定基因仍然是一个悬而未决的问题。在这里，我们报告了数百个DNA元素的鉴定，这些DNA元素将规范PRC1绑定到人类发育基因。我们使用该术语系列来描述在某些基因组部位在某些基因组部位显着存在的过程，尽管该复合物不太可能直接与DNA相互作用。详细的分析表明，与PRC1束缚相关的序列特征与F a v我们的PR C2结合的序列特征不同。t hrought the Genome，两种序列的特征是不同比例混合的，以产生一系列的DNA元素，这些元素的范围从主要是prc1或prc2到能够束缚这两种复合物的元素。新兴图片类似于果蝇的多梳子响应元件（PRES）对polycomb络合物的范式靶向，但可塑性是较高的。
MG53与2型糖尿病，血糖控制和糖尿病并发症的存在的关联
结节性硬化症复合物（TSC）是一种令人衰弱的发育障碍，其特征是多种临床表现。TSC是由TSC1或TSC2基因中的突变引起的，该突变分别编码了Hamartin/tuberin蛋白。这些蛋白质充当异二聚体，对雷帕霉素复合物1（MTORC1）的机械靶标进行负调节。TSC研究集中在MTORC1（一个关键信号中心）对调节包括代谢，细胞生长，翻译和神经发生在内的各种细胞过程的影响。然而，TSC2的非典型功能尚未得到很好的研究，并且对影响这些功能的突变的潜在潜在的生物学机制尚不清楚。我们观察到TSC2突变体IPSC中的异常多极有丝分裂分裂。多极表型不受抑制剂雷帕霉素治疗的有意义的影响。我们进一步观察到TSC2突变形式的主要负活性在产生多极分裂表型中。这些数据扩大了TSC2功能和病理生理学的知识，这将与TSC患者的未来治疗高度相关。
核糖测序、免疫肽组学和蛋白质组学能告诉我们有关非规范蛋白质组的哪些信息？
核糖体分析 (Ribo-Seq) 揭示了目前注释的编码序列 (CDS) 之外的数千个非规范核糖体翻译位点，从而改变了我们对人类基因组和蛋白质组的理解。保守估计至少有 7000 个非规范 ORF 被翻译，乍一看，这有可能将人类蛋白质 CDS 的数量扩大 30%，从约 19,500 个注释的 CDS 增加到超过 26,000 个注释的 CDS。然而，对这些 ORF 的进一步审查提出了许多问题，即它们中有多少部分真正产生了蛋白质产物，又有多少部分可以根据对该术语的传统理解理解为蛋白质。进一步复杂化的是，已发表的非规范 ORF 估计值相差约 30 倍，从几千到几十万。这项研究的总结让基因组学和蛋白质组学界既对人类基因组中新编码区域的前景感到兴奋，又在寻找如何继续的指导。在这里，我们讨论了非规范 ORF 研究、数据库和解释的现状，重点是如何评估给定的 ORF 是否可以说是“蛋白质编码”。
双相情感障碍病理生理学和疗法中的非人类途径
双相情感障碍（BD）的特征是极端情绪波动，从躁狂/易感发作到抑郁发作。这些发作的严重程度，持续时间和频率可能会在个人之间差异很大，从而显着影响生活质量。患有BD的人几乎一生都经历了情绪症状，尤其是抑郁症，以及相关的临床维度，例如Anhedonia，疲劳，自杀，焦虑和神经疗法症状。持续的情绪症状与过早死亡率，加速衰老和抗药性抑郁症患病率升高有关。最近的努力扩大了我们对BD神经生物学的理解以及可能有助于跟踪临床结果和药物开发的下游靶标。然而，作为一种多基因障碍，BD的神经生物学很复杂，涉及几个细胞器和下游靶标（前，后，突触外和突触外）的生物学变化，包括线粒体功能障碍，氧化应激，氧化应激，单氨基氨基疗法和谷胱甘肽症状系统的变化，以及较低的神经元素级别，并改变了神经际较低的系统，并改变了神经胰蛋白质的变化。因此，该领域已朝着确定更精确的神经生物学靶标，而神经生物学目标又可能有助于开发个性化的方法和更可靠的生物标志物来进行治疗预测。在情绪障碍中还测试了针对神经传递以外的神经生物学途径的多种药理学和非药物方法。本文回顾了BD中非规范途径中不同神经生物学靶标和病理生理发现，这些发现可能会提供支持药物开发并识别新的，临床上相关的生物学机制的机会。这些包括：神经炎症；线粒体功能；钙通道；氧化应激；糖原合酶激酶3（GSK3）途径；蛋白激酶C（PKC）;脑衍生的神经营养因子（BDNF）；组蛋白脱乙酰基酶（HDAC）;和嘌呤能信号通路。
Leptomonas pyrrhocoris的完整微圆基因组揭示了其非典型的线粒体RNA编辑事件的来源
尿苷插入 /缺失（U-Indel）编辑Mito-Condrial mRNA，Protistan类Kine-toplastea独有的，生成规范和潜在的非生产性编辑事件。虽然分子机制和为U-Indel编辑提供所需信息的指南（G）RNA的作用有充分的了解，但对不限制其明显易错的性质的力鲜为人知。对GRNA的分析：mRNA对允许在给定线粒体转录的给定位置解剖编辑事件。一个完整的GRNA数据集，与包括非平均编辑转录物在内的完全表征的mRNA群体配对，将允许在整个小节转录组中全球进行此类分析。为了实现这一目标，我们组装了67个昆虫寄生虫Lep- tomonas pyrrhocoris的微量圆，每个微圆通常编码一个位于两个不同来源的两个相似单元之一中的一个GRNA。在相对较低的注释的grnas中，我们已经解剖了L. pyrrhocoris中的所有识别线粒体编辑事件，其菌株在各个微量圆形类别的丰富度上截然不同。我们的资产支持一个模型，其中许多编辑事件由有限的GRNA驱动，而自发的GRNA具有指导规范和非统计编辑的固有能力。
全基因组 CRISPR 筛选确定非典型 NF-kB 信号是密度依赖性增殖的调节剂
摘要上皮细胞具有维持适当细胞密度的内在机制，以实现正常组织形态形成和体内平衡。此类机制的缺陷可能导致增生和癌症发生。为了识别调节小鼠乳腺上皮细胞密度依赖性增殖的基因，我们开发了一种基于荧光泛素化细胞周期指示剂的荧光激活细胞分选检测，该检测用不同的荧光团标记细胞周期的不同阶段。利用这种强大的检测方法，我们进行了全基因组 CRISPR/Cas9 敲除筛选，筛选出在低密度下正常增殖但在高密度下继续分裂的细胞。出乎意料的是，其中一个热门结果是 Traf3，它是 NF- k B 信号的负调节剂，此前从未与密度依赖性增殖有关。我们证明 Traf3 的缺失会特异性地激活非规范的 NF- k B 信号。这反过来又触发了先天免疫反应，并通过阻止进入静止状态来驱动细胞分裂，而不依赖于已知的密度依赖性增殖机制，包括 YAP/TAZ 信号和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂。