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来自哈萨克斯坦的七种假发物种的叶绿体基因组的比较分析
杜松种类是杯形科中的灌木或树木，在森林生态系统中起着重要作用。在这项研究中，我们报告了在哈萨克斯坦收集的五种假发物种的质体（PT）基因组的完整序列（j。 communis，j。 Sibirica，J。 pseudosabina，j。 semiglobosa和j。 Davurica）。 除了两个完整的Pt基因组序列外，还注释了五种物种的Pt基因组的序列。 Sabina和J。 Seravschanica，我们先前已报告。 将这七种物种的Pt基因组序列与Pub-lic ncbi数据库中可用的杜松物种的Pt基因组进行了比较。 杜松物种的PT基因组的总长度，包括先前发表的PT基因组数据，范围为127,469 bp（j。 semiglobosa）至128,097 bp（j。 communis）。 每个杜松子质体由119个基因组成，包括82个蛋白质编码基因，33个转移RNA和4个核糖体RNA基因。 在确定的基因中，16个包含一个或两个内含子，并复制了2个tRNA基因。 对PT基因组序列的比较评估表明，鉴定了1145个简单序列重复标记。 基于82种蛋白质编码基因的26种假发物种的系统发育树，将杜松样品分为两个主要进化枝，对应于Juniperus和Sabina切片。 PT基因组序列的分析表明ACCD和YCF2是两个最多态性基因。在这项研究中，我们报告了在哈萨克斯坦收集的五种假发物种的质体（PT）基因组的完整序列（j。communis，j。Sibirica，J。 pseudosabina，j。 semiglobosa和j。 Davurica）。 除了两个完整的Pt基因组序列外，还注释了五种物种的Pt基因组的序列。 Sabina和J。 Seravschanica，我们先前已报告。 将这七种物种的Pt基因组序列与Pub-lic ncbi数据库中可用的杜松物种的Pt基因组进行了比较。 杜松物种的PT基因组的总长度，包括先前发表的PT基因组数据，范围为127,469 bp（j。 semiglobosa）至128,097 bp（j。 communis）。 每个杜松子质体由119个基因组成，包括82个蛋白质编码基因，33个转移RNA和4个核糖体RNA基因。 在确定的基因中，16个包含一个或两个内含子，并复制了2个tRNA基因。 对PT基因组序列的比较评估表明，鉴定了1145个简单序列重复标记。 基于82种蛋白质编码基因的26种假发物种的系统发育树，将杜松样品分为两个主要进化枝，对应于Juniperus和Sabina切片。 PT基因组序列的分析表明ACCD和YCF2是两个最多态性基因。Sibirica，J。pseudosabina，j。semiglobosa和j。Davurica）。 除了两个完整的Pt基因组序列外，还注释了五种物种的Pt基因组的序列。 Sabina和J。 Seravschanica，我们先前已报告。 将这七种物种的Pt基因组序列与Pub-lic ncbi数据库中可用的杜松物种的Pt基因组进行了比较。 杜松物种的PT基因组的总长度，包括先前发表的PT基因组数据，范围为127,469 bp（j。 semiglobosa）至128,097 bp（j。 communis）。 每个杜松子质体由119个基因组成，包括82个蛋白质编码基因，33个转移RNA和4个核糖体RNA基因。 在确定的基因中，16个包含一个或两个内含子，并复制了2个tRNA基因。 对PT基因组序列的比较评估表明，鉴定了1145个简单序列重复标记。 基于82种蛋白质编码基因的26种假发物种的系统发育树，将杜松样品分为两个主要进化枝，对应于Juniperus和Sabina切片。 PT基因组序列的分析表明ACCD和YCF2是两个最多态性基因。Davurica）。除了两个完整的Pt基因组序列外，还注释了五种物种的Pt基因组的序列。Sabina和J。Seravschanica，我们先前已报告。将这七种物种的Pt基因组序列与Pub-lic ncbi数据库中可用的杜松物种的Pt基因组进行了比较。杜松物种的PT基因组的总长度，包括先前发表的PT基因组数据，范围为127,469 bp（j。semiglobosa）至128,097 bp（j。communis）。每个杜松子质体由119个基因组成，包括82个蛋白质编码基因，33个转移RNA和4个核糖体RNA基因。在确定的基因中，16个包含一个或两个内含子，并复制了2个tRNA基因。对PT基因组序列的比较评估表明，鉴定了1145个简单序列重复标记。基于82种蛋白质编码基因的26种假发物种的系统发育树，将杜松样品分为两个主要进化枝，对应于Juniperus和Sabina切片。PT基因组序列的分析表明ACCD和YCF2是两个最多态性基因。使用这两个基因对26种假发物种的系统发育评估证实，它们可以有效地用作该属中植物分析的DNA条形码。这些假发物种的测序质体提供了大量遗传数据，这些数据对于该属的将来的基因组研究很有价值。
不同葡萄品种的年轻和成熟叶片中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数
摘要。亚细胞细胞器（植物）的DNA矩阵的拷贝数可以作为光合作用和氧化磷酸化过程的强度的指标。我们评估了三种葡萄品种的年轻和成熟叶子中线粒体和叶绿体DNA的相对拷贝数（RCN）：“ Traminer Pink”，“ Chardonnay”和“ Syrah”和“ Syrah”，在田间条件下生长。叶样品（5-10 mg），以进行随后的总DNA提取。使用LightCycler 480 SYBR Green I Master Mix（Lifescience，Roche）和LightCycler 96自动分析仪（Roche Life Science）进行QRT-PCR反应。使用GAPDH基因（染色体DNA）确定NAD1基因（线粒体DNA）和RPS16基因（叶绿体DNA）的相对拷贝数。使用2 -∆ CT 2- ∆ΔCT算法进行定量评估。已经确定，叶绿体和线粒体DNA的相对拷贝数（RCN）值变化，并取决于葡萄的品种和叶片成熟度。RCN在成熟的葡萄叶中的光合作用强度和成熟葡萄叶片的氧化磷酸化强度更高。在评估宏观能力平衡（MEB）指标时，可以得出结论，通过光合作用过程在叶绿体中获得的能量的2％至4％用于生产年轻叶子和成熟叶片中各种葡萄品种的线粒体中的宏观能。我们开发的实验方案可以成功用作测试系统，以评估各种葡萄品种的潜在产量。
Cerastium alpinum、C. arcticum 和 C. nigrescens 的完整叶绿体基因组：基因组结构、比较和系统发育分析
角菜属（Cerastium alpinum）约有 200 个物种，主要分布在北半球的温带气候中。我们在此报告了角菜（Cerastium alpinum）、北极角菜（C. arcticum）和黑色角菜（C. nigrescens）的完整叶绿体基因组。cp 基因组长度范围为 147,940 至 148,722 bp。它们的四部分环状结构具有相同的基因组织和内容，包含 79 个蛋白质编码基因、30 个 tRNA 基因和 4 个 rRNA 基因。每个物种的重复序列从 16 到 23 个不等，回文重复最为常见。每个物种已鉴定的 SSR 数量范围为 20 到 23 个，它们主要由含有 A/T 单元的单核苷酸重复组成。根据 Ka/Ks 比率值，大多数基因受到纯化选择。新测序的叶绿体基因组具有高频率的 RNA 编辑特征，包括 C 到 U 和 U 到 C 的转换。基于 71 个蛋白质编码基因的序列，重建了 Cerastium 属和石竹科内的系统发育关系。系统发育树的拓扑结构与所研究物种的系统位置一致。Cerastium 属的所有代表都聚集在一个分支中，而 C. glomeratum 与其他分支的相似性最小。
含有驱动蛋白的calponin同源域，KIS1调节叶绿体的形成和免疫力
叶绿体形态在免疫期间发生变化，从而产生了称为stromules的小管状结构。stromules沿着微管延伸，并沿核细胞锚定向肌动蛋白丝，以促进核周chlo-oplast簇。这促进了防御分子/蛋白质从叶绿体到核的运输。缺乏茎在免疫中的直接作用的证据，因为目前，没有已知的基因来调节Stromule生物发生。我们表明，在TNL [TIR（Toll/Interleukin-1 Receptor） - 型链球菌形成所必需的含有驱动蛋白的Calponin同源（CH）结构域（诱导Stromules 1）所需的calponin同源（CH）域（诱导Stromules 1）是必需的。此外，tnl介导的对细菌和病毒病原体的免疫力是必需的。基斯1的微管结合运动结构域是基质形成所必需的，而肌动蛋白结合，CH结构域是核叶叶绿体簇需要的。我们表明，KIS1通过早期的免疫信号成分EDS1和PAD4与水杨酸 - 需要Kis1的stromules发挥作用。因此，KIS1代表stromule生物发生的玩家。
蔷薇叶绿体基因组的比较分析...
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质体酪蛋白水解蛋白酶OsClpR1调控水稻叶绿体发育和叶绿体RNA编辑
背景：植物质体酪蛋白水解蛋白酶（Clp）是质体蛋白酶网络的核心部分，由多个亚基组成。许多Clp在植物尤其是作物中的分子功能尚不明确。结果：本研究鉴定出水稻白化致死突变体al3，该突变体产生白化叶片并在幼苗期死亡。分子克隆表明，AL3编码质体酪蛋白水解蛋白酶OsClpR1，与拟南芥ClpR1同源，靶向叶绿体。与野生型相比，al3突变体中的叶绿体结构发育不良。OsClpR1在水稻所有组织中组成性表达，尤其是在幼叶中。OsClpR1突变影响叶绿素生物合成和叶绿体发育相关基因的转录水平。三个叶绿体基因（ rpl2 ， ndhB ， ndhA ）的RNA编辑效率在 al3 中显著降低。利用酵母双杂交筛选发现OsClpR1与OsClpP4，OsClpP5，OsClpP2和OsClpS1发生相互作用。
灌木（桤木）全新世叶绿体遗传变异
图 5 在七个 Alnus alnobetula 个体的整个叶绿体侏儒排列中检测到的单核苷酸多态性 (SNP)。随后绘制了参考叶绿体基因组和通过杂交捕获和散弹枪测序方法从核心样本中检索到的 sedaDNA，以评估它们与 SNP 位置相对应的变体。SNP 的位置对应于参考叶绿体基因组。如果 SNP 位于基因内，则在第一行中给出相应的基因名称。如果未从核心样本中检索到任何读数，则不会报告任何变体。颜色代码：Taymyr 特定变异 = 黄色；Omoloy 特定变异 = 橙色；Kolyma 特定变异 = 绿色；Taymyr 地理歧视的潜在标记 = 以红色突出显示的位置；Kolyma 地理歧视的潜在标记 = 以蓝色突出显示的位置；Omoloy 地理歧视的潜在标记 = 以浅绿色突出显示的位置