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2025; 15（8）：3316-3331。 doi：10.7150/thno.100793研究论文PBRM1缺乏效率通过染色体coscectibil
理由：据报道，肿瘤细胞表观遗传学，尤其是染色体可及性，与肿瘤免疫景观和免疫疗法密切相关。但是，确切的机制仍然未知。方法：使用全外活体测序分析13个用PD1免疫疗法治疗的结直肠肿瘤样品。使用测序（ATAC-SEQ）和RNA测序进行转座酶可访问的染色质测定法用于检测肿瘤细胞的染色体可及性状态和筛查调节途径。结果：Polybromo-1（PBRM1）是12个与免疫疗法敏感性相关的体细胞突变频率最高的基因之一。PBRM1/PBRM1结直肠癌的缺乏症促进了体内和体外微环境中CD8 + T和NK细胞的PD-1免疫疗法敏感性以及CD8 + T和NK细胞的趋化性。ATAC测序表明，SWI/SNF复合物的关键成分的缺失增加了肿瘤细胞中染色体可及性的增加，并通过激活NF-κB信号传导途径触发细胞因子的释放，例如CCL5和CXCL10。在BALB/C小鼠或结直肠患者衍生的肿瘤器官（PDTOS）中应用ACBL1（PRM1的ProC抑制剂）显着促进了对PD1抗体免疫疗法的敏感性。结论：我们的研究确定PBRM1/PBRM1缺乏症与结直肠癌的PD1免疫治疗敏感性呈正相关。基本的分子机制涉及调节染色体可及性，NF-κB信号通路的激活以及微环境中的免疫细胞浸润。这些发现确定了潜在的分子靶标，以增强结直肠癌的免疫疗法。
正常细胞和恶性细胞在染色体脆性和神经节苷脂表达方面的表型差异
通过光学显微镜观察 8 名恶性肿瘤患者和 8 名健康对照者的外周血淋巴细胞的中期，检测了自发性染色体脆性。在受试患者中，与对照组相比，自发性染色体脆性的频率明显更高，尤其是在着丝粒染色体区域。特别令人感兴趣的是涉及神经节苷脂、三肽谷胱甘肽 (GSH) 的还原形式和/或肿瘤抑制蛋白 HACE1 的相互作用。在实验室培养的小鼠胚胎 3T3 成纤维细胞、小鼠恶性骨髓瘤细胞以及两种细胞类型的混合培养物的实验体外模型提取物中神经节苷脂和抗神经节苷脂抗体的平均滴度之前，先将每个提取物通过 GSH-琼脂糖柱，以“选择”所述样本中对 GSH 具有亲和力的分子。此外，还测试了肿瘤抑制基因 HACE-1 在小鼠胚胎干细胞 (mESC) 和恶性人类宫颈癌 HeLa 细胞基因组中的存在和表达，这两种细胞都含有该基因的额外拷贝，通过用含有肿瘤抑制基因拷贝的适当重组 DNA 载体转染插入。开发的实验体外模型显示了特定的分子间相互作用，可以阻止疾病的发展。此外，还展示了非淋巴细胞类型产生抗体/免疫球蛋白的可能性。因为以这种方式产生的抗体位于专门的淋巴组织和器官中的生发中心之外，所以通过小离子和分子（如神经节苷脂）控制它们的功能非常重要。
标题 染色体外环状 DNA 促进...
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2025 年 1 月 24 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.22.634016 doi：bioRxiv preprint
染色体整合子内的盒式重组动力学受毒素-抗毒素系统的调控
整合子是一种自适应细菌装置，在应激条件下将无启动子的基因盒重新排列成可变的有序阵列，从而采集组合表型多样性。染色体整合子通常携带数百个沉默基因盒，整合酶介导的重组导致 DNA 大量切除和整合，对基因组完整性构成潜在威胁。如何调节和控制这种活动（特别是通过选择压力）以维持如此大的盒阵列尚不清楚。在这里，我们展示了含启动子的毒素-抗毒素 (TA) 盒作为在整体盒切除率过高时杀死细胞的系统的关键作用。这些结果强调了 TA 盒调节盒重组动力学的重要性，并深入了解了细菌基因组中整合子的进化和成功。
使用 Decoil 从长读测序数据重建染色体外 DNA 结构异质性
1 柏林夏里特医学院儿科肿瘤学和血液学系，柏林 13353，德国； 2 马克斯德尔布吕克中心和柏林夏里特医学院实验与临床研究中心，德国柏林 13125； 3 柏林夏里特医学院，柏林 10117，德国； 4 柏林自由大学，德国柏林 14195； 5 马克斯德尔布吕克分子医学中心，德国柏林 13125； 6 埃尔朗根-纽伦堡弗里德里希亚历山大大学，91054 埃尔朗根，德国； 7 德国癌症联盟 (DKTK)，合作伙伴柏林，DKFZ 与柏林夏里特医学院合作，德国柏林 10117； 8 柏林夏里特医学院神经病理学系，柏林自由大学和柏林洪堡大学的企业成员，德国柏林 13353； 9 表观遗传学研究中心，纪念斯隆凯特琳癌症中心，纽约，纽约 10065，美国
使用Arima-HIC+ Technology在髓母细胞瘤中检测和表征
HI-C测序和数据分析测序是在Illumina Novaseq平台上进行的。HI-C读数是使用三型读物处理的，并与HIC-PRO对齐HG38人类基因组参考。使用Juicebox进行可视化和接触归一化，并使用Juicer Tools GPU打ic来调用相互作用。根据打ic的相互作用调用手动策划映射到eCDNA的映射。使用纯染色体模式检测到染色体体相互作用。4
十二个假定的染色体倒位耦合对蜗牛生态型之间的基因流动形成了强大的障碍
染色体重排可导致生殖障碍的耦合，但它们是否以及如何促成物种形成的完成仍不清楚。 Littorina 属的海洋蜗牛反复在分离多个倒位排列的种群之间形成杂交区，为研究它们的屏障效应提供了机会。在这里，我们分析了适应瑞典岛屿不同海浪暴露条件的两种生态型 Littorina fabalis（“大”和“矮”）之间的杂交区中的 2 条相邻横断面。应用全基因组测序，我们发现 17 条染色体中的 9 条有 12 个推定的倒位。其中 9 个推定的倒位在两个生态型之间达到近乎差异固定，并且都处于强烈的连锁不平衡状态。这些倒位覆盖了 20% 的基因组，并携带 93% 的不同单核苷酸多态性 (SNP)。两个横断面的双峰杂交区表明，两种生态型的 Littorina fabalis 在接触后仍保持其遗传和表型完整性。双峰性反映了倒位趋势之间的强耦合和屏障效应在整个基因组中的扩展。人口统计学推断表明，耦合发生在异地时期，并在二次接触后维持了 1,000 代以上。总体而言，这项研究表明，多个染色体倒位的耦合导致了强烈的生殖隔离。值得注意的是，2 个假定的倒位与与近亲物种（Littorina saxatilis）的生态型差异相关的倒置基因组区域重叠，这表明具有相似结构变体的相同区域反复促进了不同物种的生态型进化。