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洞悉胚胎染色体不稳定性
哺乳动物的植入前胚胎通常与非整倍性抗衡，这是由于配子的减数分裂误差或受精后发生的有丝分裂错误隔离事件而产生的。不管起源如何，错误分离的染色体都被封装在微核（MN）中，这些染色体是从主核上空间分离的。我们对MN形成的许多知识都来自在肿瘤发生过程中分裂的体细胞，但是早期胚胎发生的误差裂解阶段根本不同。一个独特的方面是，经常观察到细胞碎片（CF），即小细胞亚细胞从胚胎囊泡中夹住。cf，并且可能代表对染色体错误隔离的反应，因为它仅在Mn形成后才出现。MN有多种命运，包括封存到CFS中，但是发生这种情况的分子机制仍不清楚。由于核包膜破裂，MN和CFS中包含的染色体材料易于双链DNA断裂。尽管有这种损害，但胚胎仍可能会发展到胚泡阶段，排除含有CFS的染色体，以及非分裂的非各个非各个非各个型胚泡，从参与进一步的开发中。这些是否是纠正MN形成或消除植入潜力较差的胚胎的尝试是未知的，本综述将讨论CF/Blastomere排除DNA去除DNA的潜在影响。我们还将推断有关细胞内介导的细胞内途径的了解，从而介导体细胞中的MN形成和破裂，以培养植入前的胚胎发生以及核芽和DNA如何释放到细胞质中可能会影响整体发育。
循环外DNA促进高风险髓母细胞瘤
OWE S. Xinlian Zhang 26，Horrad Y. Wechsler-Reya 3.8，Vineet Baphna 4.29，Jill P. 2.29.30＆Luke Chavez 2.3.14.2
有机偏光发光二极管具有较高的亮度和颜色纯度朝向激光显示
抽象的宪法复杂染色体重排（CCR）是通过未知机制在种系中产生的罕见细胞遗传畸变。在这里，我们使用全面的基因组和表观基因组分析分析了微观三向或更复杂的易位的断点连接。所有这些易位连接均显示出伪造的基因组复杂性。这些断点聚集在小基因组域中，该结构域显示了微学或微插入。值得注意的是，所有从头案件都是父亲的起源。突破点分布特别对应于ATAC-SEQ（带测序的转座酶可访问染色质的测定）读取成熟精子的数据峰，而不是其他染色质标记或组织。我们提出，在脂肪生成后的精子发生过程中，CCR中的DNA断裂可能会在可接收的密集染色质区域中发展。
基于SMC的免疫力针对外染色体DNA元素
SMC和SMC样复合物在生命的所有领域都促进染色体折叠和基因组维持。最近，它们也被认为是针对异物DNA的细胞免疫的因素。在细菌和古细菌中，Wadjet和Lamassu是抗质粒/噬菌体防御系统，而SMC5/ 6和Rad50复合物在人类的抗病毒免疫中起作用。这会产生一个有趣的悖论 - 一方面，相同或密切相关的复合物如何确保染色体DNA的完整性和维护，而另一方面则可以识别和限制外染色体体外DNA？在这种微型视图中，我们将在免疫中描述对这些复合物的最新理解，包括对SMC（类似）功能原理如何解释系统如何识别入侵DNA的线性或圆形形式的猜测。
反馈驱动的IoT微流体，电生理学和脑器官研究成像平台
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2023年7月19日。; https：//doi.org/10.1101/2023.07.18.549597 doi：biorxiv Preprint
染色体外DNA（ecDNA）：肿瘤异质性、基因组重塑和耐药性的起源。
癌细胞基因组含有正常细胞中没有的环状染色体外 DNA (ecDNA) 元素。临床样本分析表明，它们在大多数癌症中很常见，它们的存在预示着不良预后。它们通常含有高表达的增强子和驱动致癌基因。环状 ecDNA 拓扑结构导致染色质开放构象并产生新的基因调控相互作用，包括与远端增强子的相互作用。着丝粒的缺失导致细胞分裂过程中 ecDNA 随机分布，并且编码在其上的基因以非孟德尔方式传播。ecDNA 可以整合到染色体 DNA 中和退出。特定 ecDNA 的数量会随着治疗而改变。这种重塑癌症基因组的动态能力挑战了长期存在的基本原理，为肿瘤异质性、癌症基因组重塑和耐药性提供了新的见解。
癌症耐药性及其潜在临床意义中的肉瘤外圆形DNA
化学疗法被广泛用于治疗癌症患者。然而，对化学治疗药物的耐药性仍然是主要的临床关注点。癌症耐药性的机制极为复杂，涉及基因组不稳定性，DNA修复和铬虫等因素。最近引起的新兴领域是圆外圆形DNA（ECCDNA），该圆形DNA（ECCDNA）由于基因组不稳定性和染色体的形成。eccDNA在生理健康的个体中广泛存在，但在肿瘤发生和/或治疗中也作为耐药性机制出现。在这篇综述中，我们总结了有关ECCDNA在癌症耐药性发展中的作用以及其机制的最新研究进展。此外，我们讨论了ECCDNA的临床应用，并提出了一些表征耐药性生物标志物并开发潜在靶向癌症疗法的新型策略。
新大陆螺旋蝇（Cochliomyia hominivorax）的染色体级参考基因组
摘要 新大陆螺旋蝇，Cochliomyia hominivorax（丽蝇科），是美国最重要的蝇蛆病致病物种。螺旋蝇蝇蛆病是一种人畜共患病，可导致家畜、驯养和野生动物严重病变，偶尔也会在人类身上发生。除了与该物种相关的卫生问题外，这些感染还会对经济部门产生负面影响，例如养牛业。在这里，我们展示了 C. hominivorax 基因组的染色体级组装，该基因组由 6 条染色体长度和 515 个未放置的支架组成，跨度为 534 Mb。果蝇连锁群 A-E 与染色体级支架之间存在明显的对应关系。染色体商 (CQ) 分析确定了来自 X 染色体的单个支架，该支架包含果蝇第四染色体（连锁群 F 或点染色体）上基因的大多数直系同源物。CQ 分析还确定了潜在的 X 和 Y 未放置支架和基因。通过 PCR 用雄性和雌性 DNA 确认了选定区域的 Y 连锁。一些长染色体级支架包括 Y 连锁序列，表明这些区域组装错误。这些资源将为未来旨在了解这种毁灭性专性寄生虫的生物学和进化的研究提供基础。关键词：Cochliomyia hominivorax、HiC 基因组、染色体组装、丽蝇科、外寄生虫
温度相关选择与大扇贝（Pecten maximus）的染色体倒位有关
基因组分化图景（即基因组中不同种群或物种之间差异的分布）越来越多地被描述，以了解自然选择和重组等微进化力量在导致和维持遗传分化方面所起的作用。这方面研究还表明，染色体结构变异是塑造适应性遗传变异图景的重要因素。由于染色体结构变异的普遍性及其固着性质所必需的强大局部适应压力，双壳类软体动物是探索染色体结构变异与局部适应之间关系的理想分类单元。在这里，我们报告了使用最近的染色体水平基因组组装对东北大西洋自然分布范围内的大扇贝 (Pecten maximus) 进行的种群基因组调查。我们报告了至少三个较大的（12 – 22 Mb）染色体倒位，这些染色体倒位与海面温度有关，其频率与中性种群结构形成对比。这些结果强调了重组抑制染色体倒位在局部适应中可能发挥的巨大作用，并提出了一个假设来解释在相对较小的空间尺度上在王扇贝种群中发现的生殖时间差异的维持。
CRISPR-Cas9 介导诱导人类支气管上皮细胞发生大型染色体倒位
1. 通过 UCSC 基因组浏览器 ( https://genome.ucsc.edu/ ) 可获得用于设计两个 gRNA 的目标 DNA 序列。a. 选择感兴趣的基因组版本。在我们的例子中，使用的是“人类 GRCh38/hg38”。b. 根据已知的倒位断点 1 的位置，标记断点前 100-150 bp 到断点后 100–150 bp 范围内的基因组区域。例如，如果断点 1 位于 chr3:2,920,305，则在 UCSC 基因组浏览器搜索框中输入“chr3:2,920,205–2,920,405”以标记所需的染色体区域，然后单击“Go”。c. 在 UCSC 基因组浏览器工具栏上选择“查看”，然后单击“DNA”选项。d.在新窗口中，单击“获取 DNA”以获得准确的 DNA 序列。这是使用 CRISPOR 算法设计 gRNA 引物所需的序列（见下面的步骤 2a）。e. 对倒位的断点 2 重复步骤 1a-1d。2. 要设计 gRNA，请使用 CRISPOR 算法（http://crispor.tefor.net/）：a. 输入从步骤 1d 获得的断点 1 的 DNA 序列。确保参考基因组与 UCSC 浏览器（步骤 1a）中使用的基因组相匹配，然后选择可通过转染载体编码的 Cas9 酶类型识别的 Protospacer Adjacent Motif (PAM)。如果转染载体表达 SpCas9，则选择 20 bp-NGG PAM 格式。单击“提交”以获得针对模板 DNA 的候选 gRNA 序列。b. CRISPOR 算法默认按特异性从高到低对候选 gRNA 序列进行排序，因为这是关键参数。从新页面上出现的候选 gRNA 列表中，选择具有最高麻省理工学院 (MIT) 和切割频率确定 (CFD) 特异性得分的指导序列（Doench 等人，2016 年；Hsu 等人，2013 年；Tycko 等人，2019 年）。这些分数根据以下方面评估候选 gRNA