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摘要:寻找新的机制解决方案以应对生物催化挑战是酶进化适应以及设计新催化剂的关键。最近人造物质被释放到环境中,为观察生物催化创新提供了动态试验场。用作杀虫剂的磷酸三酯最近才被引入环境中,而它们并没有天然对应物。为了应对这一挑战,酶已迅速进化以水解磷酸三酯,并趋向于相同的机制解决方案,即需要二价阳离子作为催化的辅助因子。相比之下,先前发现的宏基因组混杂水解酶 P91(乙酰胆碱酯酶的同源物)实现了由金属独立的 Cys-His-Asp 三联体介导的缓慢磷酸三酯水解。在这里,我们通过对 P91 进行定向进化来探究这种新催化基序的可进化性。通过将聚焦库方法与液滴微流体的超高通量相结合,我们仅通过两轮进化就将 P91 的活性提高了约 360 倍(达到 ak cat / KM ≈ 7 × 10 5 M − 1 s − 1 ),可与自然进化的金属依赖性磷酸三酯酶的催化效率相媲美。与其同源物乙酰胆碱酯酶不同,P91 不会遭受自杀抑制;相反,快速的去磷酸化速率使共价加合物的形成而不是水解速率成为限制因素。定向进化改进了这一步骤,中间体的形成速度提高了 2 个数量级。将聚焦的组合库与液滴微流体的超高通量相结合,可以用于识别和增强自然界中尚未达到高效率的机制策略,从而产生具有新型催化机制的替代试剂。■ 简介
图 1:左图:透明保护结构,具有可调节厚度的玻璃层(黄色)、粘合剂层(灰色)和聚合物背衬层(蓝色),以防止玻璃碎片脱落。中图:预测(模拟)透明保护结构在被弹丸穿透后将如何失效,以示例层厚度选择为例。右图:保护结构中的实际裂纹模式与使用材料力学模型进行数值模拟所预测的失效行为非常相似
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随着人工智能的不断发展,其推动科学发现的能力无疑将不断扩大,从而开辟新的研究领域,并帮助解决人类面临的一些最紧迫的挑战。然而,成功利用人工智能促进科学进步可能具有挑战性。存在经济障碍,例如计算资源有限和资金匮乏。(即使对于大型机构而言,构建和利用人工智能模型的成本也高得令人望而却步。)7 此外,缺乏相关数据集,尤其是包容性且无偏见的数据集,可能会阻止研究人员在某些领域利用人工智能,而使用低质量数据集可能会导致在这些数据集上训练的人工智能模型出现不准确且可能具有歧视性的行为。跨学科研究人员的稀缺也会抑制人工智能在科学上的潜力。此外,还存在技术障碍,例如某些人工智能模型难以扩展以及它们分析某些大型数据集的能力有限。在目前的状态下,人工智能系统无法完全理解 DNA 或重力等基本概念。8
● 导航到工具 > 全局选项 > Copilot。 ● 勾选“启用 GitHub Copilot”。 ● 下载并安装 Copilot Agent 组件。 ● 单击“登录”按钮。 ● 在“GitHub Copilot:登录”对话框中,复制验证码。 ● GitHub Copilot:登录 ● 导航到或单击链接 https://github.com/login/device,粘贴验证码并单击“继续”。 ● GitHub 将请求 GitHub Copilot 必要的权限。要批准这些权限,请单击“授权 GitHub Copilot 插件”。 ● 权限获得批准后,您的 RStudio IDE 将显示当前登录的用户。 ● 关闭全局选项对话框,打开源文件(.R、.py、.qmd 等)并开始使用 Copilot 编码!
摘要古老的茶厂是珍贵的自然资源和茶叶遗传多样性的来源,对于研究植物的进化机制,多样化和驯化而具有巨大的价值。古老的茶叶植物之间的总体遗传多样性以及自然选择期间发生的遗传变化仍然很少理解。在这里,我们报告了由120个古代茶厂组成的八个不同群体的基因组重新陈述:来自吉州省的六组和云南省的两个团体。基于8,082,370个鉴定的高质量SNP,我们构建了系统发育关系,评估了种群结构并进行了全基因组关联研究(GWAS)。我们的系统发育分析表明,120个古老的茶厂主要聚集在三组和五个单个分支中,这与主成分分析(PCA)的结果一致。基于遗传结构分析,将古老的茶水进一步分为七个亚群。此外,发现古老的茶叶植物的变化不会因外部自然环境或人工育种的压力而降低(非同义/同义词= 1.05)。通过整合GWA,选择信号和基因功能预测,四个候选基因与三个叶片性状显着相关,并且两个候选基因与植物类型显着相关。这些候选基因可用于进一步的功能表征和茶植物的遗传改善。
○ITHACA,实时高级计算应用程序,是整合已经建立了良好的CSE/CFD开源软件○RBNICS作为新手ROM用户(培训)的教育计划(FEM)。○ Argos A dvanced R educed order modellin G O nline computational web server for parametric S ystems ○ PINA a deep learning library to solve differential equations ○ EzyRB data-driven model order reduction for parametrized problems ○ PyDMD a Python package designed for Dynamic Mode Decomposition ( in collaboration with University of Texas, CERN, and University of Washington)