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密码子
抽象背景：黑色素瘤是皮肤癌最具侵略性的形式。黑色素瘤干细胞（MSC）是黑色素瘤侵袭和转移的驱动力之一。因此，探索维持MSC茎的机制非常重要。在这项研究中，表征了从A375细胞系衍生的CD147阳性（CD147+）MSC。方法：从A375细胞中对侧种群（SP）和非SP细胞进行分选。进行了定量的实时聚合酶链反应和蛋白质印迹分析，以确定SP和非SP细胞中CD147的表达。随后，从SP细胞中分离出CD147+和CD147阴性（CD147-）细胞。通过球体形成，伤口 - 修复和Transwell分析，可以鉴定出CD147 +/-抗原呈现细胞的干细胞特征和转移潜力。Western印迹分析，以评估反式形成生长因子-BETA1（TGFβ1）和神经源性基因座缺口同源蛋白1（Notch1）信号通路的蛋白质水平。异种移植肿瘤实验，以研究体内CD147+细胞的肿瘤基因能力。结果：CD147在A375细胞系的SP细胞中高度表达。CD147+细胞在体外具有更强的球体形成，迁移和侵袭的能力。CD147+细胞中TGFβ1，Notch1，Jagged1和Hes1的蛋白质水平高于CD147-细胞。此外，CD147+细胞在体内显示出更强的致瘤和转移性潜力。©2024密码子出版物。由密码子出版。结论：A375细胞系的SP细胞表达了高水平的CD147，而CD147+ SP细胞POS具有更强的茎样特征和运动性，这与TGFβ和Notch途径的激活有关。
量子计算机上的mRNA密码子优化
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2021年2月20日发布。 https://doi.org/10.1101/2021.02.19.431999 doi：Biorxiv Preprint
使用机器学习阐明精神疾病与累犯之间的关系：一项回顾性研究用量子计算机优化mRNA密码子
多肽序列向表达mRNA构建体的反向翻译是NP-硬化的组合优化问题。蛋白质序列中的每个氨基酸都可以由多达六个密码子代表，并且选择最大化表达概率的组合的过程称为密码子优化。这项工作研究了利用量子计算技术对密码子优化的潜在影响。将量子退火器（QA）与具有相同目标函数编程的标准遗传算法（GA）进行了比较。质量保证在识别最佳解决方案方面具有竞争力。还使用模拟器评估了基于门的系统的效用，从而发现，尽管当前几代设备在量子计数和连接性方面都缺乏硬件要求，以解决现实的问题，但未来的一代设备可能高效。
密码子综合征免疫缺陷：儿科医生...
摘要背景：综合征免疫缺陷是一种遗传学和病理生理的先天性免疫误差。这些特征是多种额外的免疫临床症状和广泛的免疫表型，对感染的易感性增加，自身免疫现象，免疫失调，器官特异性病理和恶性肿瘤。目的：提高儿科医生对这一多方面的儿童原发性免疫缺陷的认识。方法：对同步免疫缺陷的遗传背景和临床症状以及当前的诊断方法和治疗方式的全面回顾。结果：从儿科医生的角度来看，这是对综合症免疫的早期诊断，这对于成功挽救生命的免疫校正通常是必不可少的，这是诊断性的挑战。提高了儿科医生认识到受影响儿童中这些疾病的体征和症状的意识至关重要。当前的分子生物技术和免疫遗传学的进展，导致实施新生儿筛查和新一代测序，为确定性诊断提供了信息的工具，并且在许多新疾病实体中，其定义和基因型 - 基因型 - 表型 - 透明型和相关性。结论：综合症原发性免疫缺陷儿童中的广泛临床表型需要儿科医生的特别注意，即在临床免疫学家的监督下，个性化的多叶度三级方法。©2021密码子出版物。由密码子出版。
DNA甲基化与Bumblebee物种中的密码子变性有关
社会昆虫在性别和种姓之间表现出极端的表型差异，即使潜在的基因组几乎相同。表观遗传过程已被提出是介导这些表型差异的可能机制。使用皇后区，男性和生殖女性工人的整个基因组纤维纤维测序，我们表征了大黄蜂炸弹式地面的性别和种姓特异性甲基。我们已经确定了可能影响性别和种姓表型差异的组蛋白修饰过程中DNA甲基化的潜在作用。我们还发现差异化甲基化基因通常显示出低水平的DNA甲基化，这可能暗示了介导转录可塑性中低甲基化基因的单独功能，这与通常参与家政功能的高度甲基化基因不同。我们还使用了同一皇后和男性的整个基因组重新测序，研究了潜在的基因组与甲基化合体之间的关系。我们发现DNA甲基化富含零折的位点。我们建议DNA甲基化可能在这些位点起到靶向诱变作用，从而通过非同义基因组中的非同义变化提供了底物。但是，我们在样品中没有看到DNA甲基化与阳性选择速率之间的任何关系。为了充分评估自适应过程中DNA甲基化的可能作用，需要使用自然人群数据进行特定设计的研究。
DIY 空军活动：DIY DNA：密码子代码
该密码的核心仅使用 4 个字母（G、C、A、T），每个字母代表一种称为核苷酸碱基的东西。这些碱基成对工作，连接双螺旋的两个半部分，G 与 C，A 与 T。每个碱基只能与特定的伙伴配对！一组三个这样的字母称为密码子。密码子是一种代码，它告诉我们的身体构建一种称为氨基酸的特定分子。然后，这些分子按照 DNA 指示的顺序连接在一起，形成称为蛋白质的长链。我们的身体由蛋白质组成，例如我们的肌肉、皮肤，甚至唾液！可以将其视为形成链接（氨基酸）的指令（密码子），该链接可用于创建链（蛋白质）！
Codonbert：使用跨注意机制量子量身定制的基于BERT的架构
1 changchun兽医研究所，中国农业科学院，州病原体与生物能力的国家主要实验室，吉林省预防与控制的主要实验室中国武汉340000武汉技术与商学院人工智能，卫生服务和输血医学研究所，北京100850，中国卫生服务和输血医学研究所。信息科学与技术学院，东北师范大学，编号2555 Jingyue Street，Changchun，Jilin Province 130117，中国。 电子邮件：sunpp567@nenu.edu.cn（P.S. ） ）;中国农业科学院的长春兽医研究所， 中国约林街573号Yujinxiang街130122。 电子邮件：hottank3210@126.com（B.Z. ）;卫生服务和输血研究所，编号 27 Taiping Road，北京100850，中国。 电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。） †这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。 副编辑：Inanc Birol2555 Jingyue Street，Changchun，Jilin Province 130117，中国。电子邮件：sunpp567@nenu.edu.cn（P.S. ） ）;中国农业科学院的长春兽医研究所， 中国约林街573号Yujinxiang街130122。 电子邮件：hottank3210@126.com（B.Z. ）;卫生服务和输血研究所，编号 27 Taiping Road，北京100850，中国。 电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。） †这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。 副编辑：Inanc Birol电子邮件：sunpp567@nenu.edu.cn（P.S.）;中国农业科学院的长春兽医研究所，中国约林街573号Yujinxiang街130122。 电子邮件：hottank3210@126.com（B.Z. ）;卫生服务和输血研究所，编号 27 Taiping Road，北京100850，中国。 电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。） †这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。 副编辑：Inanc Birol中国约林街573号Yujinxiang街130122。电子邮件：hottank3210@126.com（B.Z. ）;卫生服务和输血研究所，编号 27 Taiping Road，北京100850，中国。 电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。） †这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。 副编辑：Inanc Birol电子邮件：hottank3210@126.com（B.Z.）;卫生服务和输血研究所，编号27 Taiping Road，北京100850，中国。 电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。） †这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。 副编辑：Inanc Birol27 Taiping Road，北京100850，中国。电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。） †这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。 副编辑：Inanc Birol电子邮件：niming@bmi.ac.cn（M.N。）†这些作者对这项工作也同样贡献了第一作者。副编辑：Inanc Birol
密码子的使用偏见水平预测分类学身份和遗传组成
在这项研究中，我们研究了生物体的密码子使用偏置水平如何作为生命三个王国（古细菌，细菌，eukarya）的各种基因组和进化特征的预测因素和分类。我们对现有遗传数据集进行了次要分析，以构建几种人工智能（AI）和机器学习模型，这些模型对13,000多种生物进行了培训，这些模型表明可以准确地预测有机体的DNA类型（核，线粒体，氯肾上腺素），并简单地使用其遗传密码（64 codon codon codon codain usece频率）。通过利用先进的AI和机器学习方法来准确地识别来自密码子使用模式的进化起源和遗传组成，我们的研究表明，遗传密码可用于训练精确的机器学习分类和系统发育特征的机器学习分类器。我们的数据集和分析在GitHub和UCI机器学习存储库（https：//archive.ics.uci.edu/ml/datasets/codon+usage）上公开可用，以促进开放源的可重复性和社区参与。
全基因组的比较分析密码子用法偏置在三个测序的麻疹curcas
摘要。麻黄酸姜黄素最近成为一种重要的生物能源植物，是化石燃料的理想替代品。考虑其潜在的经济利益和各种公用事业，分析密码子的使用偏置（CUB）并进一步评估了亚洲三个J. Curcas的遗传差异。在本研究中，系统地比较了幼崽的模式，并在J. Curcas的所有三个基因组中都鉴定了塑造幼崽的因子。我们的观察结果表明，在所有三个基因组中都存在对A/T核苷酸和A/T结束密码子的偏爱。此外，确定了11个相同的高频密码子以及最佳表达受体notiana tabacum。此外，观察到幼崽是由于自然选择和突变压力的综合作用而产生的，而自然选择是决定因素。最终，基于相对同义密码子用法（RSCU）值的相似性指数暗示了三个亚洲J. Curcas中低个性遗传差异。这项研究提供了有用的线索，可通过在J. Curcas中通过分子辅助育种来提高外源基因的表达水平并优化育种程序。