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o r i g i g i n a l r e s a r c h首先报道了由fmo3基因中的过早终止密码子突变引起的三甲基氨基尿症
背景：三甲基尿症（TMAU）是一种罕见的隐性遗传疾病，全球患病率有限。迄今为止，还没有关于沙特阿拉伯记录的TMAU案件的正式报道。目的：在这项研究中，我们开发了一种液相色谱 - 质谱法（LC-MS）方法，用于分析三甲基矿山（TMA）和三甲胺N-氧化胺（TMAO）的尿液和血浆样品中的第一个报道的TMAU阿拉伯TMAU病例。患者和方法：一名41岁的沙特男子在国民警卫队医院被诊断出患有TMAU。血液和尿液样品，以确认TMAU的诊断。在这项研究中，我们研究了LC-MS，细胞培养，流式细胞仪，粘附测定和Sanger测序分析。此外，在这项研究中，我们选择了5个健康对照。结果：结果表明，在尿液和血浆样品中均存在TMA水平升高，而与对照组相比，TMAO水平显着降低。此外，我们利用TMAU患者的血浆样品作为新型模型，研究低TMAO对单核细胞和内皮细胞功能的潜在影响。DNA测序分析确定了C.622G> t（P.Glu208*），该分析在FMO3基因中创建了过早的停止密码子。结论：与非TMAU患者的血浆相比，我们的发现显示了TMAU患者血浆刺激的单核细胞和内皮细胞的差异反应。这些不同的反应可能是内皮功能的关键调节剂，并导致血管损伤。关键字：三甲基尿症，TMAU，LC-MS，细胞培养，流式细胞仪，粘附测定和Sanger测序分析
多种抗原表位的计算预测
摘要。由于密码子字母的高变性，从密码子到氨基酸的映射是溢出的，这表明密码子空间可能具有更高的信息含量。嵌入密码子语言模型最近在各种下游任务中表现出成功。然而，磷酸化位点的预测模型，可以说是研究最多的翻译后修饰（PTM）和PTM位点，主要依赖于氨基酸级表示。这项工作引入了一种新的方法，通过通过近来开发的密码子语言模型的嵌入来预测磷酸化位点，该方法专门培训了蛋白质编码DNA序列。蛋白质序列首先精心映射到可靠的编码序列，并使用此编码器编码以生成密码子感知的嵌入。然后将这些嵌入与通过早期融合策略从蛋白质语言模型获得的氨基酸感知的嵌入整合。随后，从定义的窗框内的融合嵌入式形成了感兴趣的位点的窗口级表示。Convbigru网络提取物具有捕获窗口内近端残基之间的时空相关性，然后是基于高斯（Dog）小波范围函数的衍生物的Kolmogorov-Arnold网络（KAN），以产生该站点的预测推断。我们将整体模型配音为Calmphoskan。在独立测试中使用丝氨酸 - 硫代氨酸（合并）和酪氨酸测试集，Calmphoskan优于现有方法。此外，我们证明了该模型在预测蛋白质内在无序区域内的位点的有效性。总体而言，Calmphoskan成为蛋白质中一般磷酸材料的强大预测指标。Calmphoskan将很快公开发布。
用于饱和诱变的高效文库设计
因此，最好尽可能减小库的大小。由于自然突变的随机性，在一个密码子内实现多于一个碱基的变化是极其罕见的（7）。因此，研究自然突变（例如重演进化过程或估计突变体的致癌性）可能受益于仅解决单碱基变化。这些单碱基差异被定义为具有 1 的汉明距离。这种方法将密码子的数量从 32 个（使用常见的 NNK 密码子时）减少到仅 9 个。相反，对于蛋白质工程目的而言，关注大于 1 的汉明距离（即具有两个或三个碱基变化）可能更有利。已经表明，在许多情况下，表现最佳的突变体需要的不仅仅是一个碱基的变化，因为这样的密码子距离允许探索更广泛的多样性
第 19 讲 - DNA 突变和修复
对氨基酸序列的影响：1. 沉默突变：氨基酸序列无变化（相同的氨基酸序列）2. 错义突变：用一种氨基酸替代另一种氨基酸。3. 无义突变：密码子转变为终止密码子，导致翻译提前终止。4. 移码突变：插入或删除核苷酸，导致阅读框发生改变，从而改变整个下游氨基酸序列。• 基因特异性效应：突变的影响
CRISPR/Cas9 诱导的 Keap1 缺失增强了抗...
干细胞因其再生能力而成为许多疾病治疗的有力工具，并在再生医学领域迅速推进发展，如在脑创伤方面的治疗。然而，病灶区域高氧化微环境导致99％以上的细胞死亡。本研究利用基因方法编辑间充质干细胞中的Keap1基因，并观察其抗氧化能力。首先，我们利用CRISPR/Cas9分别打乱脂肪间充质干细胞（Ad-MSCs）中Keap1的起始密码子和第376个氨基酸密码子，使Nrf2从Keap1的结合中释放出来，结果Nrf2被激活并定位到细胞核内，调控细胞的抗氧化作用。我们观察到缺少Keap1 ATG密码子的细胞表现出明显的Nrf2核定位。 H 2 O 2 处理后，除了检测到 Bax-1 表达降低和丙二醛 (MDA) 含量降低外，我们还发现 Keap1 ATG 密码子敲除细胞中 Bcl-2 表达增加，而仅在 Keap1 376 位密码子编辑细胞中观察到 PCNA 表达增加，其 Bax-1 表达低于对照细胞。我们的研究表明 Keap1 的缺失导致 Ad-MSCs 的抗氧化能力，这表明我们的策略有望提高移植后间充质干细胞的活力。本研究也是 CRISPR/Cas9 在 Ad-MSCs 中应用的前沿探索。
新兴技术抑制无义突变
摘要：无义突变通常是由单核苷酸替换引起的，该替换将基因编码区内的有义密码子（编码氨基酸）更改为无义或过早终止密码子 (PTC)。无义突变的影响是双重的：(1) 含有 PTC 的 mRNA 被一种称为无义介导的 mRNA 衰变 (NMD) 的监视途径降解；(2) 蛋白质翻译在 PTC 密码子处过早停止，因此不会产生功能性全长蛋白质。因此，无义突变导致大量人类疾病。无义抑制是一种旨在纠正数百种遗传疾病缺陷并逆转疾病表型和状况的策略。虽然大多数临床试验都是用小分子进行的，但对更安全且适用于个性化医疗的序列特异性修复方法的需求日益增加。在这里，我们讨论了传统策略和新技术的最新进展。尽管其中仍有一些局限性和挑战需要克服，但其中一些疗法很快将作为无意义疗法在临床试验中进行测试。
遗传密码：地球上所有生命的基础
遗传密码是用一种由三个字母组成的语言编写的，这种语言被称为密码子。每个密码子由三个特定顺序的含氮碱基组成，每个密码子编码一种特定的氨基酸。遗传密码中有 64 种可能的密码子，但只有 20 种氨基酸用于构建蛋白质 [1]。这意味着一些氨基酸由多个密码子编码，而另一些氨基酸只有一个密码子。蛋白质中氨基酸的序列决定了其结构和功能。蛋白质合成过程始于 DNA 转录成 RNA。然后 RNA 离开细胞核进入细胞质，在那里与核糖体结合 [2]。核糖体以三个核苷酸（密码子）为一组读取 RNA 序列，并将每个密码子与相应的氨基酸匹配。然后氨基酸以链的形式连接在一起形成蛋白质。遗传密码中的错误可能导致遗传疾病和病症。当 DNA 序列发生变化时，就会发生突变，从而导致蛋白质的氨基酸序列发生变化。这些变化会导致产生异常蛋白质，从而引发疾病和紊乱 [3]。
步骤1 DNA→mrna ta a tttt aca cat ...
查看RNA代码的每个部分。扫描序列，直到找到启动密码子（8月）。圈出开始密码子。然后，用铅笔在开始密码子之后的每组三组之间进行斜线。（在找到“开始”之前，不要将基地分为三组，或者您可能会在错误的地方进行划分，而与您的预期完全不同！有时确实会使用DNA或RNA发生这种情况，这被称为移码突变，如果底座被错误地插入或从基因中删除，则可能发生。）到达停止密码子（UAG）时，停止。
PiggyBac™转座酶
高活性 piggyBac 转座酶可促进小基因和大基因稳定整合到目标基因组中。该载体不可再生，不能在细菌中繁殖。SPB-100 – 改进的超级 piggyBac 转座酶 mRNA。序列已进行密码子优化（与 SPB-003 相比），以提供更好的 mRNA 稳定性和哺乳动物系统中的蛋白质表达。piggyBac 转座酶 mRNA 适用于无法有效转染载体 DNA 的细胞。SPB-200 – 良好制造级超级 piggyBac 转座酶 mRNA。序列已进行密码子优化，以提供更好的 mRNA 稳定性和哺乳动物系统中的蛋白质表达。piggyBac 转座酶 mRNA 适用于无法有效转染载体 DNA 的细胞。它非常适合将细胞系用于下游制造的应用，即需要 GMP 起始材料的研究和主细胞库。