GENEius 通过将人类基因与大肠杆菌的输入密码子使用表进行比较来优化人类基因。例如，精氨酸三联体 aga 和 agg 在人类基因中出现的频率为 0.21（右上）。在大肠杆菌中，这两个三联体出现的频率分别为 0.04 和 0.02（左上）。基因优化后，这些非常罕见的密码子不再存在于基因序列中（底部）。其他密码子频率与大肠杆菌中最佳表达的值相匹配。