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DROSHA，但不是人类造血干细胞功能
目标。DROSHA和DICER在microRNA（miRNA）的生物发生中具有中心作用。然而，我们先前表明，在鼠系统中，Drosha具有替代功能，可以直接识别和切割蛋白质编码的信使（M）RNA，这对于维护造血干细胞（HSC）的多能力至关重要。维持鼠HSC功能取决于Drosha介导的两个mRNA，myl9和todR1的裂解。这项研究的目的是确定该途径是否在人类HSC中保存。方法。DROSHA和DICER用短发夹RNA击倒了人绳CD34 + HSC。在体外和人类小鼠中分析了HSC的功能。通过捕获5 0磷酸化的RNA进行mRNA裂解的分析。结果。与鼠类HSC一致，Drosha敲低损害了人类HSC在体外的分化，并植入了人类小鼠，而迪切尔的敲低却没有影响。drosha在人类HSC和Drosha缺乏效率中切割MYL9 mRNA导致mRNA的积累。但是，Myl9的异位表达并不损害人类HSC的功能。 我们无法识别人类对TODR1的同源物。 结论。 DROSHA的miRNA无关函数对于人类HSC的功能至关重要。 Drosha直接识别并降低了人类HSC中的mRNA。 然而，与鼠HSC不同，仅MYL9 mRNA的降解对于人HSC功能并不是至关重要的。但是，Myl9的异位表达并不损害人类HSC的功能。我们无法识别人类对TODR1的同源物。结论。DROSHA的miRNA无关函数对于人类HSC的功能至关重要。Drosha直接识别并降低了人类HSC中的mRNA。然而，与鼠HSC不同，仅MYL9 mRNA的降解对于人HSC功能并不是至关重要的。因此，Drosha必须抑制其他靶标和/或具有另一种与miRNA无关的功能，这对于保护人类HSC的多能性至关重要。
AGO2蛋白：miRNA途径中的关键酶是肾上腺皮质癌中的一种新生物标志物
肾上腺皮质癌（ACC）是一种罕见且侵略性的恶性肿瘤，其特征是诊断挑战，高复发率和预后不良。这项研究探讨了miRNA加工基因在ACC中的作用及其作为诊断和预后生物标志物的潜在作用。我们分析了使用癌症基因组图（TCGA）和基因型 - 型 - 型 - 基因组表达（GTEX）项目的mRNA-SEQ数据，分析了miRNA机械组件（Drosha，DGCR8，XPO5，RAN，DICER，DICER，TARBP2和AGO2）的mRNA表达水平。此外，在科林医学研究所的肿瘤库的组织样品中量化了蛋白质水平。我们的结果表明，与正常的肾上腺皮质和良性肾上腺腺瘤相比，AGO2在所有miRNA加工成分中均表现出明显的过表达（P <0.001）。kaplan – Meier生存分析表明，ACC患者的总体生存率明显较差（HR：7.07，p <0.001）。在TCGA的32种癌症类型中，AGO2的预后意义在ACC中最为突出。这项研究是第一个在ACC中报道AGO2作为诊断和预后生物标志物的潜力，强调了其在ACC发病机理和潜在应用中作为无创液体活检生物标志物的重要性。
IPLANTA Webinar 9：RNAi植物表观遗传学和发展IPLANTA Webinar 9：RNAi植物表观遗传学和发展
pols = RNA聚合酶； SHH1 = Sawadee同源域同源物1; RDRS = RNA定向的RNA聚合酶； clsy1 =经典1; dcl3 = dicer样3; Hen1 = Hua增强剂1; Ago4 = Argonaute 4; ktf1 =含KOW域的转录因子1； RDM1 = RNA指导的DNA甲基化1; drm2 =域重新排列的甲基转移酶2; DRD1 = RNA导向中有缺陷； DNA甲基化1; dms3 =分生组织沉默3; MORC6 = Microdorchidia 6; idn2 =参与从头2； HDA6 =组蛋白脱乙酰基酶6; JMJ14 = Jumonji 14; ubp26 =泛素特异性蛋白酶26
利用人工智能增强病理报告分析：444 例 ChatGPT 有效性的验证研究 利用人工智能增强病理报告分析：444 例 ChatGPT 有效性的验证研究
背景：随着 Epic Beaker 作为实验室信息系统越来越受欢迎，所提供的查询工具“SlicerDicer”已成为搜索病理病例和临床信息的强大自助工具。尽管 Beaker 自 2014 年以来一直在我们机构提供，但许多病理学教职员工仍然不知道 SlicerDicer 或难以使用它。为了解决这个问题，我们开发了专门针对病理学教职员工的 SlicerDicer 教学材料。设计：我们进行了一项干预前调查，以评估参与者使用 SlicerDicer 的体验。根据调查结果，我们开发了教学材料，包括现场演示、书面文档和视频教程。六个月后，我们进行了一项干预后调查，以评估我们的 SlicerDicer 教学材料的有效性。结果：我们收到了大量教职员工、住院医生和研究员的回复（n = 49 前，n = 37 后）。干预前，大约一半的参与者从未使用过 SlicerDicer，那些发现它很难使用的参与者（平均得分 2.27 分（满分 5 分））要求更多教程。在分发我们的教学材料后，使用 SlicerDicer 的受访者比例明显更高（81% 对 53%）。此外，参与者发现 SlicerDicer 更易于使用（3.00 对 2.27），总体满意度更高（3.88 对 2.93）。他们实现了更多搜索目标（3.44 对 2.77），并发现我们的教学材料更有帮助（4.67 对 3.72）。结论：SlicerDicer 是一种多功能的 Epic 搜索工具，可应用于临床、研究、教育和质量保证环境。我们根据调查数据定制的教学材料显著改善了 SlicerDicer 的用户体验。
秀丽隐杆线虫的转录适应
摘要 转录适应是最近描述的一种现象，其中一个基因的突变会导致相关基因（称为适应基因）的转录调节。在分子水平上，有人提出，突变的 mRNA（而不是蛋白质功能的丧失）激活了这种反应。虽然已经在斑马鱼胚胎和小鼠细胞系中报道了几例转录适应的例子，但尚不清楚这种现象是否在后生动物中都观察到。我们在此报告了秀丽隐杆线虫的转录适应，并发现该过程需要与突变 mRNA 衰变有关的因子，就像在斑马鱼和小鼠中一样。我们进一步发现了对 Argonaute 蛋白和 Dicer 的需求，这些因子与小 RNA 成熟和转运到细胞核中有关。总之，这些结果为秀丽隐杆线虫的转录适应提供了证据，这是一种进一步研究潜在分子机制的有力模型。
通过图形发现功能性microRNA靶向药物 -
Arash Keshavarzi Arshadi A，♰，Milad Salem B，♰，Heather Karner C，D，E，F，F，♰，Kristle Garcia，C，C，D，E，Abolfazl Arab C，De，Jiann Shiun Yuan B，Jiann Shiun Yuan B和Hani Goodarzi Goodarzi c，d，e e biriidies fortiride fortiride fortiride fortiride fortiride fortiriide of biret froreide of indrenter frolriiday美国佛罗里达州奥兰多市奥兰多市佛罗里达州佛罗里达州佛罗里达州佛罗里达大学计算机工程系，美国佛罗里达州奥兰多市，美国c泌尿外科系，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，加利福尼亚州旧金山，美国d Helen Diller家族综合癌症中心，加利福尼亚大学，旧金山，加利福尼亚州，加利福尼亚州，美国加利福尼亚州，美国弗朗西斯科大学，美国弗朗西斯科州，美国弗朗西斯科州，弗朗西斯科州。美国加州大学旧金山大学，美国加利福尼亚州旧金山分校的美国f bakar计算健康科学研究所。我们提出了Ribostrike，这是一个深度学习框架，可识别针对特定microRNA的小分子。为了证明其功能，我们将其应用于已知的乳腺癌驱动因素MicroRNA-21（miR-21）。为了确保所选分子仅靶向miR-21，而不是其他microRNA，我们还针对DICER进行了反屏幕，DICER是一种参与MicroRNA生物发生的酶。此外，我们使用辅助模型来评估毒性并选择最佳候选者。使用来自各种来源的数据集，我们筛选了一个900万个分子的池，并确定了8个，其中3个在报告基因测定和RNA测序实验中均显示出抗MIR-21的活性。在乳腺癌的小鼠模型中也测试了其中之一，从而大大降低了肺转移。这些结果表明，核糖有效筛选癌症中的microRNA靶向化合物的能力。
引用Ruan S，He C，Wang A，Lin Y和Liang S（2025）在Pichia Pastoris中建立和应用RNAi系统。正面。 Bioeng。生物技术
（www.pichia.com），在这种酵母中成功表达了5000多种不同的蛋白质（Schwarzhans等，2017）。在P. p. p. p. p. p. p. p. p. p. opterer工程中的典型策略包括启动子工程（Nong等，2020; Lai等，2024; Zhou等，2023），信号肽修改（Lie等，2015），拷贝数的增加（Liu等，2020年； putteas et ease; wang al。 2019年），以及伴侣因子的引入（Zheng等，2019;Raschmanová等，2021）。 但是，基因组中的直接基因敲除可以导致P. P. P. P. P. p. p. pastoris代谢途径内的特定功能的丧失，从而破坏其整体代谢网络。 相比之下，利用合成生物学工具调节基因表达可能比传统的敲除或过表达方法更有效。 基因表达调节是许多细胞过程的基础（De Nadal等，2011； Nielsen和Keasling，2016年）。 当前，微生物中基因调节的主要工具是定期间隔短的短质体重复序列（CRISPR）系统的。 但是，使用CRISPR进行基因激活或抑制通常需要在CRISPR系统中蛋白质失活，添加激活或抑制域，以及仔细选择合适的SGRNA靶位点。 因此，CRISPR系统相对复杂且耗时。 此外，CRISPR的应用还受到宿主细胞接受度，异物蛋白质表达效率和目标位点选择准确性等因素的影响，这使得优化过程更加繁琐。在P. p. p. p. p. p. p. p. p. p. opterer工程中的典型策略包括启动子工程（Nong等，2020; Lai等，2024; Zhou等，2023），信号肽修改（Lie等，2015），拷贝数的增加（Liu等，2020年； putteas et ease; wang al。 2019年），以及伴侣因子的引入（Zheng等，2019;Raschmanová等，2021）。但是，基因组中的直接基因敲除可以导致P. P. P. P. P. p. p. pastoris代谢途径内的特定功能的丧失，从而破坏其整体代谢网络。相比之下，利用合成生物学工具调节基因表达可能比传统的敲除或过表达方法更有效。基因表达调节是许多细胞过程的基础（De Nadal等，2011； Nielsen和Keasling，2016年）。当前，微生物中基因调节的主要工具是定期间隔短的短质体重复序列（CRISPR）系统的。但是，使用CRISPR进行基因激活或抑制通常需要在CRISPR系统中蛋白质失活，添加激活或抑制域，以及仔细选择合适的SGRNA靶位点。因此，CRISPR系统相对复杂且耗时。此外，CRISPR的应用还受到宿主细胞接受度，异物蛋白质表达效率和目标位点选择准确性等因素的影响，这使得优化过程更加繁琐。在基因激活中，需要引入其他转录激活剂，而在基因抑制中，抑制因子必须进行精确设计和交付，以确保特定的调节。因此，尽管具有强大的基因调控能力，但CRISPR系统的操作复杂性和时间成本很高（Casas-Mollano等，2020； Chen等，2020）。相比，RNA干扰（RNAi）直接靶向RNA，影响蛋白质翻译，并为基因调节提供了更简单的方法。RNAi是一种由双链RNA（DSRNA）激活的基因沉默途径（Drinnenberg等，2009），由核糖核酸酶III（RNAseIII）酶处理，该酶加工成小型小型干扰RNA（sirnas）。dicer是一种酶，可将双链RNA裂解成小siRNA片段。这些siRNA随后引导参与RNA裂解的Argonaute蛋白靶向和裂解转录本，有效地沉降基因表达（Wang等，2019）。RNAi系统及其基本组件（dicer，argonaute和sirnas）通过简单的质粒转化步骤提供了一种更直接和灵活的方法来沉默基因。这减少了时间和精力，从而促进了各种菌株基因抑制策略的快速发展（Crook等，2014）。本报告详细介绍了P. P. P. P. P. rnai系统的第一个建立。可以创建这样的系统的假设是基于观察结果，即引入Argonaute蛋白和siRNA到P. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. apastoris。基因修饰的P. p. p. p. p. p. press这表明在P. Pastoris基因组中编码丁香样蛋白的基因的潜在存在。这项研究成功地证明了通过引入Hairpin RNA通过RNAi系统抑制单基因（增强的绿色荧光蛋白（EGFP））和双基因（EGFP /组氨酸（His））。
关于源连接性和网络度量的可变性，源连接量和网络度量
图1 RNA干扰：将miRNA基因转录为原代miRNA（pri-miRNA），该基因由Drosha进一步处理以形成前miRNA。Exportin-5将前MIRNA转移到细胞质中，如果将其处理为成熟的miRNA。siRNA可以通过化学合成直接获得，并在载体或化学修饰的帮助下可以通过内吞作用到达细胞质。在细胞质中，成熟miRNA或siRNA的引导（反义）将组装到RNA诱导的沉默复合物（RISC）中。乘客（感官）链将被丢弃。成熟的RISC将通过与引导链配对找到目标mRNA序列。少于7个互补碱（种子区域）足以用于miRNA介导的RNAi，而siRNA诱导的沉默通常需要完全互补性。取决于触发分子（siRNA或miRNA），由于mRNA降解或转移到P体中，靶基因的翻译可能会被抑制。mRNA疗法：一旦通过适当的递送方法引入在细胞质中，经过改良的外源mRNA可以劫持细胞的核糖体，以转化为功能性蛋白质
植物免疫中的RNA沉默：超越武器竞赛？
植物免疫中的RNA沉默：超越武器竞赛？Sara Lopez-Gomollon，David C Baulcombe *植物科学系，剑桥大学，唐宁街，剑桥CB2 CB2 CB2 3EA UK *通信D.C.B.：dcb40@cam.ac.uk摘要RNA沉默已被很好地确定为植物中的一种抗病毒系统，在该植物中，小（S）RNA指导防御靶标对病毒RNA或DNA中的靶标的Argonaute蛋白效应子。病毒编码的沉默抑制剂抵消了这种防御系统。本综述总结了有关抗病毒RNA沉默的最新发现，包括RNA通过plasmodesmata的运动以及植物如何区分自我与病毒RNA。我们还描述了新兴的图片，即除抗病毒防御外，RNA沉默在针对非病毒病原体的植物免疫力中发挥作用。通过囊泡和其他结构以及通过这些生物体编码的沉默抑制器的作用，RNA向感染的植物细胞向感染的植物细胞的反式运动介导了这种对一般免疫力的影响。也存在RNA沉默对一般免疫力的影响，因为宿主编码的SRNA，包括微（MI）RNA，调节植物先天免疫系统中的类似点状受体和防御信号通路。这些RNA沉默途径构成了一个过程网络，对植物的免疫状态具有正面和负面影响。引言植物中的RNA沉默首先被确定为转基因和病毒感染的转录后机制1,2。它是由病毒或转基因RNA触发的，关键的中间分子是双链（DS）或DICER的发夹RNA底物（植物中的DCL）。在某些系统中，DSRNA由作用于单个链分子的RNA依赖性RNA聚合酶（RDR）产生，而21-24NT RNA DCL衍生的片段通常称为小（S）RNA（Box 1）。这些片段的单链衍生物与Argonaute（AGO）蛋白形成核蛋白，它们通过Watson-Crick Base配对引导它们以靶向RNA。agos是核酸酶，在规范的RNA沉默中（图1A），靶RNA被裂解SRNA的相反位置10，尽管存在如下所述的变体机制。该系统在抗病毒防御中有效，因为特异性是由源自病毒基因组的SRNA赋予的。由于每个双链RNA的DICER裂解成多个SRNA（Box 1），它也具有扩增属性。此外，SRNA在细胞之间是可移动的，因此它们可以在感染前部或前方或前方的病毒RNA和Prime Agos之前移动或前进（图1B）。与其他防御系统一样，带有RNA沉默，并且与宿主病原体相互作用的“武器竞赛”概念一致，病毒编码了抑制器，这些抑制器抵消了RNA沉默3-5的防御作用（Box 2和图2）。包括蠕虫，昆虫和哺乳动物在内的动物在感染细胞中产生病毒SRNA 2,6,7，对病毒的保护很可能是RNA的保守而古老的作用