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基本编辑器：扩展用于基因组编辑的DNA损伤产品的类型
基础编辑器是基因组编辑工具箱的创新补充，该工具箱向该领域介绍了新的基因组编辑策略。不是使用双链DNA断裂，而是使用核碱酶修饰化学的化学方法有效，精确地将单核苷酸变体（SNV）纳入活细胞的基因组。目前存在两类的DNA碱基编辑器：脱氧基丁胺脱氨酸衍生的编辑器（CBE，促进C•G至T•A突变）和脱氧腺苷脱氨基衍生的基础编辑器（ABES，促进A•T•T to G to G•C突变）。最近，线粒体碱基编辑器的发展也允许将C•G引入T•A突变也将其引入线粒体DNA。基础编辑人员作为治疗剂和研究工具表现出巨大的潜力，并且已经进行了广泛的研究，以改善原始基础编辑构造，以帮助各种学科的研究人员。尽管它们广泛使用，但很少有出版物重点是阐明基础编辑中间体处理过程中所涉及的生物学途径。由于基本编辑器引入了独特的DNA损伤产品（A U•与DNA骨架不匹配，用于CBES，而与DNA骨链的I•与ABES的DNA骨架不匹配）来促进基因组编辑，对DNA损害修复的深入了解，促进或促进基础的进一步改进方面的进一步改进技术，并具有进一步的改进。在这里，我们首先回顾了典型的脱氧尿苷，脱氧氨酸和单链破裂修复。然后，我们讨论这些不同维修过程之间的相互作用如何导致不同的基础编辑结果。通过这篇综述，我们希望促进有关基础编辑的DNA修复机制的周到讨论，并帮助研究人员改善当前的基础编辑和新基础编辑者的发展。
在三个实用步骤中构建开发和验证：审阅者，编辑和作者的建议
摘要我们回顾了当代的最佳实践，以制定和验证组织科学中建构的措施。规模开发的三个基本步骤是：（a）构造定义，（b）选择与结构定义相匹配的操作化，以及（c）获得经验证据以确保构造有效性。总结了这一三步过程（即定义的企业化企业]，我们解决了建立结构有效性的许多问题，并在评估《审阅者》和作者时，在评估了Orga-Nizatizational研究中使用的措施的有效性时，为期刊审阅者和作者提供了清单。除其他方面，我们特别关注构建概念化，承认现有的构造，改进现有措施，多维结构，宏观级别的构造以及独立样本确定构建构建有效性和测量等价的需求。
编辑评论：探索 MIS 生成式人工智能的初步政策 季刊执行官
我们过去曾遇到过类似问题。虽然编辑、教师和教授经常不赞成使用维基百科的引用，但使用相似性检测工具已成为许多提交系统的标准，包括 Manuscript Central 和 Editorial Manager。但文案编辑在哪里适用呢？我们不会要求作者透露他们使用的拼写或语法工具；我们鼓励进行此类检查。更深入的编辑怎么样？多年来，MIS Quarterly Executive 一直受益于 David Seabrook 一丝不苟的文案编辑，确保内容吸引高管读者并让他们轻松理解。在最终出版之前，另一位编辑会审查引文和格式，以确保它们符合我们的标准。因此，问题出现了：这些任务是否适合替换或干预？（正如 ChatGPT 4.0 根据提示帮助我完成本段工作：“编辑以下内容以提高清晰度、词汇选择和语法”）。
高性能 TadA-8e 衍生的胞嘧啶和双碱基编辑器，在植物中具有不可检测的脱靶效应
Tingting Fan 1,2Ɨ , Yanhao Cheng 3Ɨ , Yuechao Wu 4,5Ɨ , Shishi Liu 1Ɨ , Xu Tang 1,2Ɨ , Yao He 1 , Shanyue Liao 1 , Xuelian Zheng 1,2 ,Tao Zhang 4,5* , Yiping Qi 3,6* , Yong Zhang 2* 1 Department of Biotechnology, School of Life Sciences and Technology, Center for
高通量变体库和机器学习为 Retron 基因编辑器提供设计规则
细菌逆转录酶系统在许多生物技术应用中充当单链 DNA 的细胞内工厂。在这些技术中，天然的逆转录酶非编码 RNA (ncRNA) 被修饰以编码模板，以通过逆转录产生定制 DNA 序列。逆转录效率是逆转录酶技术的主要限制步骤，但我们缺乏系统的知识，了解如何在改变逆转录酶序列以产生定制 DNA 的同时提高或保持逆转录效率。在这里，我们测试了数千种对逆转录酶-Eco1 ncRNA 的不同修饰，并在汇集变体文库实验中测量 DNA 的产生，从而确定了 ncRNA 中对修饰具有耐受性和不耐受性的区域。我们将这些新信息应用于特定应用：使用逆转录酶与 CRISPR-Cas9 RNA 引导核酸酶 (editron) 结合产生精确的基因组编辑供体。我们使用酿酒酵母中的高通量文库来额外定义编辑酶的设计规则。我们将有关 retron DNA 生成和编辑子设计规则的新知识扩展到人类基因组编辑，以实现迄今为止最高效率的 retron-Eco1 编辑子。
使用 PlantPegDesigner 和工程植物引物编辑器 (ePPE) 优化单子叶植物的引物编辑
引物编辑器 (PE) 可以在不造成供体 DNA 或双链断裂的情况下安装所需的碱基编辑，已用于植物，原则上可以加速作物改良和育种。然而，它们在植物中的编辑效率通常较低。通过基于熔化温度设计序列来优化引物编辑向导 RNA (pegRNA)、使用双 pegRNA 和工程 PE 均已被证明可以提高 PE 效率。此外，基于水稻引物编辑实验数据开发了一个自动化 pegRNA 设计平台 PlantPegDesigner。在本方案中，我们介绍了使用 PlantPegDesigner 设计和优化 pegRNA、构建具有增强编辑效率的工程植物 PE 载体进行引物编辑、使用报告系统评估引物编辑效率以及通过深度扩增子测序比较 PE 的有效性和副产物的详细方案。利用该方案，研究人员可以在4 – 7天内构建优化的用于引物编辑的pegRNA，并在3个月内获得引物编辑的水稻或小麦植物。
表观基因组编辑器的瞬时递送可稳定抑制非人类灵长类动物中的 PCSK9 并降低 LDL 胆固醇
Jennifer Kwon、Alec Knapp、Andrew Hill、Kristen Browoleit、Sai An、Stuart Sundsdeth、Tyler Goodwin、Michael Hefferan、Kendra Congdon、Charles Gersbach、Blythe Sather
PAM 放宽的 Cas9 基因组编辑器的全基因组分析揭示了水稻中 ABE8e 的显著脱靶效应
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 2 月 10 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.02.09.479813 doi：bioRxiv preprint
用脱氨酶替换 SpCas9 HNH 结构域可生成具有替代靶向范围的紧凑型碱基编辑器
碱基编辑器是 RNA 引导的脱氨酶，可实现位点特异性核苷酸转换。这些 Cas 脱氨酶融合蛋白的靶向范围主要取决于靶基因座处原间隔区相邻基序 (PAM) 的可用性，并且仅限于 CRISPR-Cas R 环内的窗口，其中单链 DNA (ssDNA) 可供脱氨酶接触。在这里，我们推断 Cas9-HNH 核酸酶结构域在空间上限制了 ssDNA 的可及性，并证明省略该结构域会扩大编辑窗口。通过将 HNH 核酸酶结构域与单体或异二聚体腺苷脱氨酶交换，我们还设计了具有 PAM 近端移位编辑窗口的腺嘌呤碱基编辑器变体 (HNHx-ABE)。这项工作扩展了碱基编辑器的靶向范围，并提供了明显更小的碱基编辑器变体。此外，它还提供了 Cas9 蛋白质工程的未来潜在方向，其中 HNH 结构域可以被作用于 ssDNA 的其他酶取代。