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尼罗罗非鱼（Oreochromis ...
链球菌是尼罗农业链球菌病（Oreochromis niloticus）的链球菌病的主要病因，并且了解其病因对于确保全球罗非鱼养殖的可持续发展至关重要。我们的研究小组最近观察到感染了两种不同的agalactiae血清型（IB和III）的动物的对比鲜明的疾病模式。为了更好地理解这些发散反应的基础，我们分析了细菌暴露后尼罗拉非鱼的大脑转录组。我们的发现揭示了与免疫相关的基因表达的显着变化（例如CD209抗原，颗粒蛋白，C-X-C基序趋化因子10，前列腺素环蛋白合酶和白细胞表酶）和神经内分泌（例如血清型IB菌株似乎很快就被宿主识别出来，引发了有效的炎症反应，而血清型III菌株引起了较不直接的反应，从而导致更明显的中枢神经系统（CNS）症状和行为效应。据我们所知，这是第一项研究，旨在显示尼罗河中尼罗河乳酸链霉菌的血清型免疫反应。这些发现对于促进水产养殖中的疾病管理和控制策略很重要。识别血清型IB和III触发的不同免疫反应可能有助于开发更多特定的预防措施，早期检测和针对链球菌病的有效治疗方法。
使用地球化学湖泊沉积物数据重建定量气候的贝叶斯方法
从代理数据中获得的古气候重建提供了机会，可以在过去几千年中扩展乐器气候记录。此扩展允许识别气候趋势，这些气候趋势在短期观察期间未观察到，气候系统的上下文发生了当前的变化，并用于气候模型敏感性测试以增强未来的预测。在过去几十年中，使用代理数据重建精确的古气候到千年时间表的准确性千年时间表已经有所提高，但是高时间分辨率（1至10年）的重建受到限制。这主要是由于分辨出可用的代理记录和/或不确定时间学的抽样。微X射线荧光（M-XRF）核心扫描数据提供了有关沉积物序列变化的地球化学组成的多元信息。与诸如Varved沉积物序列的紧密结合年表结合使用时，M-XRF数据可以用作过去在年度至年度时间表上改变环境和气候条件的代理。尽管如此，尽管如此，重建仅是半定量的，因此仅用于评估气候和环境变异性的相对变化。
地球化学和微生物因子在同一含水层内驱动甲壳类动物的组合
摘要。含水层具有独特而高度适应的物种，有助于关键的生态过程和服务。了解含水层中驱动无脊椎动物的关键因素是一项具有挑战性的任务，传统上这主要是在喀斯特实现的。这项研究旨在解除影响意大利中部火山含水层中地下水甲壳类动物（尺寸为0.036至1 mm）的组成和功能的因素。含水层由三个相邻的含水层单元（AUS）组成，显示不同的地球化学（即硫酸盐耗尽的，富含K的K和碱性）。我们采用了一种多学科的方法，整合了水文地质，地质，微生物学和生态学，以确定在生物逻辑组合中我们在三种AU中强调的环境差异是否得到了反映。，我们在三种AUS的地面甲壳类动物的分类学和功能组成中揭示了显着差异，并且在整个调查期间，这些模式均保持一致。值得注意的是，耗尽硫酸盐的AU缺乏地下水的物种，藏有洞穴和stehothermal和中等st骨的物种。富含K和碱性的AUS具有不同的物种；但是，这些物种表现出与运动，饮食和喂养习惯有关的相似功能。Stenothermal
跟踪CO 2使用地质学和流体包容定量分析
在石化沉积盆地中，CO 2与碳氢化合物之间的相互作用对碳氢化合物的产生和积累产生了显着影响。这项研究的重点是Huangqiao石油和天然气储层，该储藏室以在中国拥有最大的CO 2储备而闻名。在裂缝，碳和氧同位素分析中，方解石静脉的同位素同位素的同位素日期以及稀土元素（REE）分析用于阐明研究区域中无机和有机流体的年代学和起源。岩石学观测表明，存在各种流体夹杂物的成分，包括气态CO 2，气态CH 4，CH 4 -CO 2混合物和碳氢化合物流体。此外，通过拉曼定量测量和热力学模拟，计算了CH 4和CO 2轴承流体夹杂物的密度，成分，压力和温度特征。基于流体夹杂物和U – PB年代的捕集条件，确定了两个碳氢化合物充电的阶段：一个早期夏普阶段（大约200-185 MA），其特征是中期油和CH 4和早期始新世阶段（大约为61-41 mA），标有高成熟度和CH 4。co 2的积累事件分为两个阶段：在始新世早期（大约59-39 ma）期间高密度CO 2流体活性，而低密度CO 2流体活性则在第三级期期间（大约23-4 mA）。此外，深层流体流入储层导致水热改变，这是由异常高的均质化温度和玻璃体反射率所证明的。CO 2对原油具有提取作用，其较晚进入主要导致清除较轻的组件，尤其是CH 4。当高温水热CO 2进入油储油罐时，它会加速原油的开裂并改变液体的成分。这个热事件还加快了源岩的热演化，从而在整个储层的开发过程中导致提取，热解和气体位移。这项研究提出了一种全面的方法，用于定量研究这种性质的石化盆地的地质流体。
地下氢存储生物地球化学建模综合回顾：实现多尺度方法的进步
摘要：本文深入研究了地下储氢的生物地球化学建模方法。它深入研究了地下氢的复杂动力学，重点研究了小型（孔隙实验室规模）和储层规模模型，强调了捕捉多孔介质中的微生物、地球化学和流体流动动态相互作用以准确模拟存储性能的重要性。小规模模型提供了对局部现象（例如微生物氢消耗和矿物反应）的详细见解，并且可以根据实验室数据进行验证和校准。相反，大规模模型对于评估项目的可行性和预测存储性能至关重要，但目前还不能通过实际数据来证明。这项工作解决了从精细尺度到储层模型的过渡挑战，整合了空间异质性和长期动态，同时保留了生物地球化学的复杂性。通过使用 PHREEQC、Comsol、DuMuX、Eclipse、CMG-GEM 等多种模拟工具，本研究探索了建模方法如何发展以纳入多物理过程和生化反馈回路，这对于预测氢的保留、流动和潜在风险至关重要。研究结果突出了当前建模技术的优势和局限性，并提出了一种工作流程，以充分利用现有的建模功能并开发储层模型来支持氢存储评估和管理。
生物地球化学信息的神经网络（BINN），以提高模型的准确性
Haodi Xu 1, † , Joshua Fan 2, † , Feng Tao 3, † , Lifen Jiang 1 , Fengqi You 4 , Benjamin Houlton 3 , Ying
临床前嗜铬细胞瘤和副神经节瘤模型_细胞系、动物模型和人类原代培养模型
尽管数十年的研究证明建立人类嗜铬细胞瘤和副神经节瘤 (PPGL) 细胞系尤为困难，但目前还有其他可靠的临床前 PPGL 模型可用。本综述总结了这些模型，以及我们最近使用患者来源的 PPGL 原代培养物建立的个性化药物筛选平台。当前可用的 PPGL 模型包括小鼠和大鼠 PPGL 细胞系（其中只有一个细胞系（PC12）可通过细胞库公开访问）和 PPGL 动物模型（其中患者来源的异种移植模型很有前景但建立起来很复杂）。我们已经开发出下一代人类 PPGL 原代培养物实施方案，能够根据肿瘤独特的遗传、生化、免疫组织化学和临床特征进行可靠和个性化的药物筛选，以及对肿瘤药物反应性的个体化分析。总体而言，可靠的 PPGL 模型（包括患者来源的原代培养模型）对于推进 PPGL 领域的临床前研究至关重要。© 2024 作者。由 Elsevier Ltd. 出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
从跨编码数据中预测生物地球化学周期的粗粒表示
抽象动机：由于DNA测序的进步，现在常规地进行了环境微生物群落的分类学分析。确定这些群落在全球生物地球化学周期中的作用需要鉴定其代谢功能，例如氢氧化，还原和碳固定。这些功能可以直接从宏基因组学数据中推断出来，但是在许多环境应用中，MetabarCoding仍然是选择的方法。从元法编码数据及其整合到地球化学循环的粗粒表示中，代谢功能的重建仍然是当今有效的生物信息学问题。结果：我们开发了一条称为Tabigecy的管道，该管道利用分类学官员来预测构成生物地球化学周期的代谢功能。在第一个步骤中，Tabigecy使用该工具Esmecata从输入液位中预测共识蛋白质组。为了优化此过程，我们生成了一个预先计算的数据库，其中包含来自Uniprot的2,404个分类单元的信息。使用BigeCyhmm搜索了共有的蛋白质组织，BigeCyhmm是一个新开发的Python软件包，依靠隐藏的Markov模型来识别参与生物地球化学周期代谢功能的关键酶。然后将代谢功能投射到周期的粗粒表示上。我们将塔博基（Tabigecy）应用于两个盐洞数据集，并通过对样品进行的微生物活性和水力化学测量结果验证了其预测。结果突出了研究微生物群落对地理化学过程的影响的方法。关键字：微生物群落，生物地球化学周期，代谢功能，分类学官员
MAML3 融合调节血管和免疫肿瘤微环境，并导致嗜铬细胞瘤和副神经节瘤转移风险高
最初发表于：Monteagudo，María；卡尔西纳，布鲁纳；萨拉查-伊达尔戈，米尔顿 E；马丁内斯-蒙特斯，安吉尔 M；皮内罗-亚涅兹，埃琳娜；卡莱拉斯，爱德华多；马丁，玛丽亚卡门；罗德里格斯-佩拉莱斯，桑德拉；拉脱维亚语，Rocio；吉尔，爱德华多；巴菲特，亚历山大；伯尼雄，耐莉费尔南德斯-桑罗曼，安吉尔；迪亚兹-塔拉韦拉，阿尔贝托；梅利德，萨拉；在，酯类； Reglero，Clara；马丁内斯-布里奇，娜塔莉亚；打鼾者，乔凡娜；德尔奥尔莫，玛丽亚·伊莎贝尔；科拉莱斯，佩德罗·何塞·派恩斯；奥利维拉，克里斯蒂娜·拉马斯；阿尔瓦雷斯-埃斯科拉，克里斯蒂娜；古铁雷斯，玛丽亚·卡拉塔尤德；洛佩兹-费尔南德斯，阿德里亚；加西亚，努里亚·帕拉西奥斯；雷戈霍（Rita Maria）迪亚兹，路易斯·罗伯斯；劳尔登（Nuria Romero）瓜达拉马，奥斯卡·桑斯；博伊施莱因，菲利克斯； Nölting，Svenja（2024）。 MAML3 融合调节血管和免疫肿瘤微环境并导致嗜铬细胞瘤和副神经节瘤的高转移风险。最佳实践研究：临床内分泌代谢，38（6）：101931。 DOI：https://doi.org/10.1016/j.beem.2024.101931