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CBAF产生的亚核小体，扩展Oct4结合和功能，超出增强剂的DNA基序
规范BRG/BRM相关因子（CBAF）复合物对于在哺乳动物细胞中增强剂的染色质开放至关重要。但是，开放染色质的性质尚不清楚。在这里，我们表明，除了产生无组蛋白的DNA外，CBAF还会产生稳定的半糖体样中核小体颗粒，这些核小体颗粒含有与50-80 bp的DNA相关的四个核心组蛋白。我们的全基因组分析表明，CBAF通过靶向和分裂脆弱的核小体来制造这些颗粒。在小鼠胚胎干细胞中，这些亚核体成为主转录因子OCT4的体内结合底物，而与OCT4 DNA基序的存在无关。在增强子处，与在无组蛋白DNA上占据的区域相比，OCT4 – subnuceosoms相互作用增加了Oct4占用率，并将OCT4结合的基因组间隔放大至一个数量级。我们提出，CBAF依赖性亚核体策划了一种分子机制，该分子机制在其DNA基序以外的染色质开放中发挥了OCT4功能。
朱红色基因座的基因组编辑为 Oncopeltus fasciatus 生成了可见的眼睛颜色标记
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 12 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.12.20.521233 doi：bioRxiv preprint
编辑淀粉分支酶基因 SBE2 可在木薯中产生高直链淀粉块茎
摘要 关键信息 首次通过 CRISPR/Cas9 介导的淀粉分支酶基因 SBE2 诱变生产高直链淀粉木薯。摘要 高直链淀粉木薯 ( Manihot esculenta Crantz) 适用于淀粉工业应用和生产供人类食用的更健康的加工食品。在本研究中，我们报告了通过 CRISPR/Cas9 介导的淀粉分支酶 2 (SBE2) 诱变生产高直链淀粉木薯。在所有再生植物中均发现了 SBE2 两个目标外显子的突变；这些突变包括核苷酸插入以及 SBE2 基因中的短或长缺失，被分为 8 个突变系。三个突变体 M6、M7 和 M8 在 SBE2 的第二个外显子中有长片段缺失，没有表现出 SBE2 蛋白的积累。从田间收获后，与野生型相比，这些突变体中的直链淀粉（表观直链淀粉含量高达 56%）和抗性淀粉（高达 35%）含量明显较高，导致快速碘染色后淀粉颗粒呈现深蓝色，淀粉粘度改变，糊化温度和峰值时间更高。进一步的 1 H-NMR 分析表明，淀粉支链度显著降低，支链淀粉的短链减少（聚合度 [DP] 15–25），长链增加（DP>25，尤其是 DP>40），这表明木薯 SBE2 在支链淀粉生物合成过程中催化短链的形成。在淀粉中还检测到了从 A 型到 B 型晶体的转变。我们的研究表明，CRISPR/Cas9 介导的木薯淀粉生物合成基因诱变是产生具有有价值的淀粉特性用于食品和工业应用的新品种的有效方法。
朱红基因座的基因组编辑产生可见的眼睛颜色标记，用于for fasciatus fasciatus
昆虫显示出各种各样的眼睛和身体颜色。编码涉及生物合成和颜料沉积的基因是理想的遗传标记物，例如促进果蝇遗传学的力量。oncopeltus fasciatus是一个新兴昆虫的新兴模型，昆虫是刺穿的喂食顺序的成员，其中包括害虫和疾病媒介。为了鉴定O. fasciatus的候选可见标记，我们使用了父母和若虫RNAi来识别改变眼睛或身体颜色的基因，而在没有有害的生存力上没有有害的e ects。我们选择了Vermilion进行CRISPR/CAS9基因组编辑，产生了三个独立的功能突变线。这些研究映射到X染色体，将基因的第一个分配给该物种的染色体。纯种合物具有鲜红色，而不是黑色的眼睛，并且完全可行且肥沃。我们使用这些突变体来验证果蝇玫瑰色的直系同源物的作用，在使用RNAi促进红色色素沉着中。而不是野生型红色的身体，而缺乏朱红色和XDH1的虫子具有明亮的黄色身体，这表明豆粒和翼龙有助于O. fasciatus的身体颜色。我们的研究生成了O. fasciatus的第一个基因可见标记，并扩展了该模型系统的遗传工具包。
![增强的 N 导向亲电 C–H 硼化生成具有改善光物理性质的 BN–[5]- 和 [6] 螺旋烯](/simg/g:\will\search\icon\source\b\b522efa6dee813d65eb7420c246b458b19de2b37.webp)
增强的 N 导向亲电 C–H 硼化生成具有改善光物理性质的 BN–[5]- 和 [6] 螺旋烯
用等电子 BN 单元替换 CC 会产生极其相似的分子，但 BN 同类物通常具有不同的性质。1 由于这种现象，将 BN 掺入有机材料中已受到广泛关注，2 目前已成为一种修改物理和光电性质的成熟方法。3 该方法已应用于螺旋烯，发现将 BN 掺入[4]螺旋烯（例如 A 和 B，图 1）的螺旋骨架内可提高其相对于全碳[4]螺旋烯的荧光效率。 4 然而，将 BN 单元纳入更高阶[ n ]螺旋烯（ n = [5]，对构型稳定性必不可少）的螺旋骨架的研究还不够深入，据我们所知，迄今为止尚未报道过更高阶螺旋烯、[5] 和 [6] 螺旋烯（ C 和 D ）的简单 BN 类似物（迄今为止发表的所有例子都是 p 扩展 BN – 螺旋烯，例如 E ）。5
用脱氨酶替换 SpCas9 HNH 结构域可生成具有替代靶向范围的紧凑型碱基编辑器
碱基编辑器是 RNA 引导的脱氨酶，可实现位点特异性核苷酸转换。这些 Cas 脱氨酶融合蛋白的靶向范围主要取决于靶基因座处原间隔区相邻基序 (PAM) 的可用性，并且仅限于 CRISPR-Cas R 环内的窗口，其中单链 DNA (ssDNA) 可供脱氨酶接触。在这里，我们推断 Cas9-HNH 核酸酶结构域在空间上限制了 ssDNA 的可及性，并证明省略该结构域会扩大编辑窗口。通过将 HNH 核酸酶结构域与单体或异二聚体腺苷脱氨酶交换，我们还设计了具有 PAM 近端移位编辑窗口的腺嘌呤碱基编辑器变体 (HNHx-ABE)。这项工作扩展了碱基编辑器的靶向范围，并提供了明显更小的碱基编辑器变体。此外，它还提供了 Cas9 蛋白质工程的未来潜在方向，其中 HNH 结构域可以被作用于 ssDNA 的其他酶取代。
复制应力产生独特的DNA拷贝数改变和染色体量表损失
抽象背景：癌症染色体不稳定性的主要驱动力是复制应力，DNA复制的减慢或失速。尚不清楚如何连接复制应力和基因组不稳定性。蚜虫蛋白诱导的复制应力会在常见的脆弱部位诱导分裂，但是易于脆弱的确切原因，并且没有充分探索复制应力的急性基因组后果。结果：我们表征单个二倍体非转化细胞中的DNA拷贝数改变（CNA），这是由一个细胞周期在蚜虫或羟基脲存在下引起的。产生了多种类型的CNA，与不同的基因组区域和特征相关，观察到的拷贝数景观在蚜虫蛋白和羟基脲诱导的复制应力之间是不同的。将CNA与基因表达和单细胞复制时间分析的耦合细胞类型分析指向蚜虫中最复发的染色体尺度CNA的致病性大基因。这些在RPE1上皮细胞中的7号染色体上聚集在染色体上，但染色体在BJ成纤维细胞中。染色体臂水平CNA还会产生含有这些染色体的染色质和微核。结论：由复制应力驱动的染色体不稳定性通过局灶性CNA和染色体臂尺度的变化发生，后者仅限于很小的子集染色体区域，潜在地倾斜了癌症基因组的进化。复制应力的不同诱导者导致独特的CNA景观，从而提供了机会，从而得出了特定复制应力机械的拷贝数签名。单细胞CNA分析揭示了复制应力对基因组的影响，从而提供了对癌症中染色体不稳定性的分子机制的见解。
Prime 编辑可有效在玉米的两个 ALS 基因中产生 W542L 和 S621I 双突变
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 8 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.07.06.188896 doi：bioRxiv 预印本
研究表明，艺术和文化产业为德克萨斯州经济创造了 61 亿美元的收入......https://www.prnewswire.com/news-releases/arts-and-culture-industry-ge...
艺术状况报告显示，艺术对德克萨斯州至关重要，因为它可以推动经济发展、提高学业成功率、改善健康和福祉
通过细胞中的人类陶氏病患者样品产生异质原纤维，并采用疾病褶皱的亚种群
1化学与生物化学系，加利福尼亚州圣塔芭芭拉分校，圣塔芭芭拉分校，美国加利福尼亚州93105。2西北大学化学系，埃文斯顿，60208，伊利诺伊州，美国。3马萨诸塞州阿默斯特大学阿默斯特大学生物学系和应用生命科学研究所，美国马萨诸塞州01003。4伊萨卡康奈尔大学系统工程系，美国纽约州14853，美国。5分子，蜂窝和发育生物学系，加利福尼亚州圣塔芭芭拉分校，圣塔芭芭拉，93105，美国加利福尼亚州。6加利福尼亚大学圣塔芭芭拉分校的心理与脑科学系，美国加利福尼亚州93105，美国加利福尼亚州。 7化学工程系，加利福尼亚大学圣塔芭芭拉分校，圣塔芭芭拉，93105，美国加利福尼亚州。 8 ACERT（国家生物医学高级技术中心），化学与化学生物学系，康奈尔大学，伊萨卡，14853，纽约，美国。 9微生物学系，免疫学和病理学系，科罗拉多州立大学，柯林斯堡，80521，美国公司。6加利福尼亚大学圣塔芭芭拉分校的心理与脑科学系，美国加利福尼亚州93105，美国加利福尼亚州。7化学工程系，加利福尼亚大学圣塔芭芭拉分校，圣塔芭芭拉，93105，美国加利福尼亚州。 8 ACERT（国家生物医学高级技术中心），化学与化学生物学系，康奈尔大学，伊萨卡，14853，纽约，美国。 9微生物学系，免疫学和病理学系，科罗拉多州立大学，柯林斯堡，80521，美国公司。7化学工程系，加利福尼亚大学圣塔芭芭拉分校，圣塔芭芭拉，93105，美国加利福尼亚州。8 ACERT（国家生物医学高级技术中心），化学与化学生物学系，康奈尔大学，伊萨卡，14853，纽约，美国。 9微生物学系，免疫学和病理学系，科罗拉多州立大学，柯林斯堡，80521，美国公司。8 ACERT（国家生物医学高级技术中心），化学与化学生物学系，康奈尔大学，伊萨卡，14853，纽约，美国。9微生物学系，免疫学和病理学系，科罗拉多州立大学，柯林斯堡，80521，美国公司。9微生物学系，免疫学和病理学系，科罗拉多州立大学，柯林斯堡，80521，美国公司。