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将 CRISPR 干扰与 FACS 富集相结合：CHO 细胞系糖工程用于治疗性糖蛋白生产的新方法
图 2 富集具有低细胞表面岩藻糖基化的细胞。（A）Fut8 和对照池以及富集池和克隆的 AAL-FITC 染色。仅对生成的三个对照池和 Fut8 池中的一个进行染色并用于进一步富集。每个组中选择用于进一步评估的克隆都标有星号（参见图 S3 中仅选定的克隆）。（B）对来自 a) 的 FITC 信号的 MFI 进行量化。点表示每个染色池或克隆的测量值。（C）对对照和 Fut8 池以及在 6 天批次中培养的选定富集池和克隆中的 Fut8 基因表达进行 qPCR 量化。所有三个未富集的对照和 Fut8 池都进行了培养。点表示池（条 1、2、4、5）或单个克隆（3 和 6）的生物学重复。误差线表示池或单个克隆的生物学重复的 SEM。使用非配对 t 检验来计算对照和 Fut8 富集克隆之间的统计学意义
通过无洗涤剂膜蛋白提取与表面等离子体共振生物传感器相结合筛选潜在的 P-糖蛋白抑制剂
摘要 P-糖蛋白(P-gp)在癌细胞中高表达可导致多药耐药(MDR)，抗癌药物与P-gp抑制剂联用是逆转癌症MDR治疗的一种有前途的策略。本研究建立了一种无标记、无洗涤剂的系统，结合表面等离子体共振(SPR)生物传感器和苯乙烯马来酸(SMA)聚合物膜蛋白(MPs)稳定技术来筛选潜在的P-gp抑制剂。首先，利用SMA聚合物从MCF-7/ADR细胞中提取P-gp，形成SMA脂质体(SMALPs)。随后，将SMALPs固定在SPR生物传感器芯片上，建立P-gp抑制剂筛选系统，并测定P-gp与小分子配体的亲和力。方法学考察证明该筛选系统具有良好的特异性和稳定性。从50个天然产物中筛选出9个P-gp配体，并测定了它们与P-gp的亲和常数。体外细胞验证实验表明，粉防己碱、防己诺林碱、前花素B、新黄芩素和淫羊藿苷可以显著增加MCF-7 / ADR细胞对阿霉素（Adr）的敏感性。此外，粉防己碱、前花素B和新黄芩素可以通过抑制P-gp的功能来逆转MCF-7 / ADR细胞的MDR。这是首次将基于SMALPs的稳定化策略应用于SPR分析体系。SMA聚合物可以将P-gp保留在天然脂质双层环境中，从而保持P-gp的正确构象和生理功能。所开发的系统可以快速
重新定位靶向刺突糖蛋白的配体作为抗 SARS-CoV-2 的潜在药物
从构象上看，刺突糖蛋白以同源三聚体的形式排列在病毒表面 [29]。当 RBM 被隐藏时，构象称为向下（受体不可接近）（见图 1C）。然而，同源三聚体是不对称的，因为它们不断进行结构重排（向上构象），以将病毒膜与宿主细胞膜融合 [13]。当两个 RBD 结构域被隐藏（受体不可接近）时，一个 RBD 结构域暴露（受体可接近），称为向上构象（见图 1D）。这是因为 S1 的 RBD 经历了铰链状运动 [32]。在 SARS-CoV 中，有两个铰链位点被鉴定（铰链 1 位点（354-361）和铰链 2 位点（552-563），它们负责上下切换
通过计算机模拟和体外药物再利用策略靶向弗林蛋白酶活性以抑制 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白的裂解
开辟了快速识别潜在新型治疗方法的新途径 58,59 。分子建模技术和虚拟筛选可以明确地帮助药物重新定位工作。因此，面对 COVID-19 大流行的情况以及缺乏经过验证的治疗方法或疫苗，我们决定使用不同的生物信息学方法和我们新收集的约 8,000 种已批准和正在研究的化合物来寻找新型的潜在弗林蛋白酶抑制剂。抗真菌剂 Sulconazole 是在结构分析后确定的，并进一步发现它可以抑制主要细胞表面的成熟
使用 CaverDock 和机器学习筛选全球批准的针对 SARS-CoV-2 高动态刺突糖蛋白的药物
新型严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 会引起病理性肺部症状。针对这种病毒的疫苗和药物的大多数开发工作都针对刺突糖蛋白，特别是其 S1 亚基，该亚基被血管紧张素转换酶 2 识别。在这里，我们使用内部开发的工具 CaverDock 使用低温电子显微镜结构 (PDB-ID: 6VXX) 和来自先前发布的分子动力学模拟的五个最密集簇的代表性结构对刺突糖蛋白进行虚拟筛选。配体数据集来自 ZINC 数据库，包括全球批准用于临床的药物。针对完整数据集计算了单个药物通过刺突糖蛋白同源三聚体通道的轨迹、它们在通道内的结合能以及它们与三聚体三个亚基的接触持续时间。然后使用多元统计方法建立结构-活性关系并选择运动抑制的最佳候选药物。这种用于快速筛选多状态蛋白质结构（6 种状态）中全球批准药物（4359 种配体）的新协议在完成计算的速度方面表现出很高的稳健性。该协议是通用的，可以应用于任何具有包含蛋白质隧道或通道的实验性三级结构的目标蛋白质。该协议将在 CaverWeb 的下一个版本中实现（https://loschmidt.chemi.- muni.cz/caverweb/），以便更广泛的科学界可以访问它。2021 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/）。
碳酸酐酶XII抑制克服P-糖蛋白...
抽象的内在或获得化学疗法的抗性是癌症治疗的主要障碍。抗药性的关键机制之一是药物外转运蛋白P-糖蛋白（PGP）的过表达。PGP过表达使大量机械无关的化学疗法无效。靶向PGP抑制直接克服耐药性，尽管在概念上和机械上有吸引力，但并未转化为诊所，部分原因是PGP在许多健康组织中也具有关键的保护功能。最近发现，与癌症中pH调节相关的酶XII（Ca XII）在抗药性癌细胞中与PGP共同表达并与PGP共同表达。ca xii也被缺氧上调，这是另一种有助于耐药性的微环境因子。在这里，我们回顾了表明对CA XII的调节的发现，可能会提供一种有希望的新方法来克服耐药性和治疗障碍对固体癌症的长期障碍。本综述涵盖了小分子和抗体的CA XII抑制剂的使用，并结合了PGP底物的化学治疗剂。这种组合疗法方法恢复了化学疗法在抗性细胞中的功效，并提供了一个潜在的新治疗窗口，以重新检查PGP作为一种安全，有效且新颖的抗癌策略。
由于 P-糖蛋白的上调，用薄荷醇预处理的阿霉素暴露的 HepG2 细胞的细胞毒性降低
本研究旨在研究人肝细胞癌 HepG2 细胞暴露于薄荷醇后 P-糖蛋白 (P-gp) 表达和活性的变化，以及它们与细胞对 P-gp 底物阿霉素 (DOX) 的细胞毒性和凋亡反应的关系。薄荷醇处理显著增加了 HepG2 细胞中 P-gp 的表达。薄荷醇处理组的 HepG2 细胞中 DOX 的细胞内积累明显低于对照组，但维拉帕米存在时这种现象被消除。在 DOX 暴露前 24 小时薄荷醇处理显著减弱了 DOX 引起的细胞活力降低，这与 Bcl-xl 和 caspase-3 mRNA 表达的变化相一致。这些结果表明，薄荷醇通过上调 P-gp 增加 DOX 的流出，导致肝细胞癌细胞获得对 DOX 的抗性。
人H-铁蛋白呈递刺突糖蛋白的RBM作为SARS-CoV-2的潜在疫苗姚德辉1、老方1、刘岩1、欧阳方星1、J
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2020 年 5 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.05.25.115618 doi：bioRxiv 预印本
EDEM2 与 TXNDC11 稳定地形成二硫键，催化哺乳动物糖蛋白 ERAD 中的第一个甘露糖修剪步骤
摘要 N-糖链的连续甘露糖修剪（Man 9 GlcNAc 2 -> Man 8 GlcNAc 2 -> Man 7 GlcNAc 2 ）促进内质网相关错误折叠糖蛋白（gpERAD）的降解。我们在人类 HCT116 细胞中进行的基因敲除实验表明，EDEM2 是第一步所必需的。然而，之前的研究显示，纯化的 EDEM2 在体外对 Man 9 GlcNAc 2 不表现出 1,2-甘露糖苷酶活性。在这里，我们发现 EDEM2 与 TXNDC11 稳定地通过二硫键结合，TXNDC11 是一种含有五个硫氧还蛋白 (Trx) 样结构域的内质网蛋白。 EDEM2 甘露糖苷酶同源域之外的 C558 与 Trx5 中的 C692 相连，后者仅包含 TXNDC11 中的 CXXC 基序。这种共价键合对于 HCT116 细胞中的甘露糖修剪和随后的 gpERAD 至关重要。此外，从转染的 HCT116 细胞中纯化的 EDEM2-TXNDC11 复合物在体外将 Man 9 GlcNAc 2 转化为 Man 8 GlcNAc 2（异构体 B）。我们的研究结果确立了 EDEM2 作为 gpERAD 启动子的作用，并首次清楚地证明了 EDEM 家族蛋白的体外甘露糖苷酶活性。