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DNA损伤通过锥虫瘤的镶嵌变体表面糖蛋白（VSG）驱动抗原多样化。
图2。DNA双链破裂时，当同源性可用时触发镶嵌VSG形成a）沿Antat1.1转录本鉴定出的独特重组事件的直方图。Cas9 DNA断裂位点由垂直线表示。相对于VSG转录本的5'端的剪切位置为：243、369、694、894、978和1459。截面有色，以指示已确定的供体VSG。r表示与反向链结合的指南。绘制了ANTAT1.1与供体VSG之间的完美同源性的中点。如果镶嵌序列匹配> 1个潜在的供体VSG，则绘制平均重组位置。b）定量由DNA断裂引起的镶嵌重组事件。与从该区域的未经常规读数计数相比，该区域内检测到的250bp或下游中检测到的重组事件的数量被归一化，并具有最小的覆盖范围，以控制测序深度。（n = 2，两个独立的克隆）统计显着性是用带有事后Tukey HSD（** p <0.01）平均值的单向方差分析确定的。c）在ANTAT1.1内断裂后分离出的寄生虫克隆的镶嵌VSG示意图。显示的代表序列。d）在所有分离的镶嵌表达克隆中鉴定出的供体VSG插入长度的直方图。插入长度仅包括新插入的序列，不包括重组位点。e）atat1.1家族的示意图与antat1.1转录本排列。灰色序列与atat1.1的完美匹配。f）在每个重组位点，ANTAT1.1和供体VSG之间共享身份长度的直方图。g）量化Eatro1125和Lister427寄生虫的VSGNOM中VSG类型。lister427 vsgnome具有5个vsgs，可以完全复制，没有任何其他家庭成员。sl = 5'剪接领导者序列，14-mer = 3'序列在所有VSG转录本中保守
使用 CaverDock 和机器学习筛选全球批准的针对 SARS-CoV-2 高动态刺突糖蛋白的药物
新型严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 会引起病理性肺部症状。针对这种病毒的疫苗和药物的大多数开发工作都针对刺突糖蛋白，特别是其 S1 亚基，该亚基被血管紧张素转换酶 2 识别。在这里，我们使用内部开发的工具 CaverDock 使用低温电子显微镜结构 (PDB-ID: 6VXX) 和来自先前发布的分子动力学模拟的五个最密集簇的代表性结构对刺突糖蛋白进行虚拟筛选。配体数据集来自 ZINC 数据库，包括全球批准用于临床的药物。针对完整数据集计算了单个药物通过刺突糖蛋白同源三聚体通道的轨迹、它们在通道内的结合能以及它们与三聚体三个亚基的接触持续时间。然后使用多元统计方法建立结构-活性关系并选择运动抑制的最佳候选药物。这种用于快速筛选多状态蛋白质结构（6 种状态）中全球批准药物（4359 种配体）的新协议在完成计算的速度方面表现出很高的稳健性。该协议是通用的，可以应用于任何具有包含蛋白质隧道或通道的实验性三级结构的目标蛋白质。该协议将在 CaverWeb 的下一个版本中实现（https://loschmidt.chemi.- muni.cz/caverweb/），以便更广泛的科学界可以访问它。2021 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY 许可开放获取的文章（http://creativecommons. org/licenses/by/4.0/）。
将 CRISPR 干扰与 FACS 富集相结合：CHO 细胞系糖工程用于治疗性糖蛋白生产的新方法
图 2 富集具有低细胞表面岩藻糖基化的细胞。（A）Fut8 和对照池以及富集池和克隆的 AAL-FITC 染色。仅对生成的三个对照池和 Fut8 池中的一个进行染色并用于进一步富集。每个组中选择用于进一步评估的克隆都标有星号（参见图 S3 中仅选定的克隆）。（B）对来自 a) 的 FITC 信号的 MFI 进行量化。点表示每个染色池或克隆的测量值。（C）对对照和 Fut8 池以及在 6 天批次中培养的选定富集池和克隆中的 Fut8 基因表达进行 qPCR 量化。所有三个未富集的对照和 Fut8 池都进行了培养。点表示池（条 1、2、4、5）或单个克隆（3 和 6）的生物学重复。误差线表示池或单个克隆的生物学重复的 SEM。使用非配对 t 检验来计算对照和 Fut8 富集克隆之间的统计学意义
通过计算机模拟和体外药物再利用策略靶向弗林蛋白酶活性以抑制 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白的裂解
开辟了快速识别潜在新型治疗方法的新途径 58,59 。分子建模技术和虚拟筛选可以明确地帮助药物重新定位工作。因此，面对 COVID-19 大流行的情况以及缺乏经过验证的治疗方法或疫苗，我们决定使用不同的生物信息学方法和我们新收集的约 8,000 种已批准和正在研究的化合物来寻找新型的潜在弗林蛋白酶抑制剂。抗真菌剂 Sulconazole 是在结构分析后确定的，并进一步发现它可以抑制主要细胞表面的成熟
使用复制性且高度减弱的疫苗病毒菌株LC16M8
nipah病毒（NIV）是一种高度致病的人畜共患病毒，会引起严重的脑炎和呼吸系统疾病，人类死亡率高（> 40％）。在各种果蝙蝠物种上的流行病学研究是该病毒的天然储层，已表明NIV广泛分布在整个东南亚。因此，迫切需要开发有效的NIV疫苗。在这项研究中，我们使用LC16M8菌株产生了表达NIV糖蛋白（G）或融合（F）蛋白的重组疫苗病毒，并检查了其抗原性和诱导免疫力的能力。中和对NIV的中和抗体被成功诱导的LC16M8表达NIV G或F的仓鼠，并且抗体滴度高于预见的其他疫苗病毒载体诱导的抗体滴度，以防止致命NIV感染。这些发现表明，与其他基于Poxvirus的疫苗相比，基于LC16M8的疫苗格式作为增殖疫苗具有优越性。此外，在仓鼠三轮疫苗接种期间收集的数据为抗体升高过程中收集的数据为临床使用基于疫苗的病毒疫苗针对NIV疾病提供了重要的基础。试用注册：NCT05398796。
与糖蛋白IIB/IIIA抑制剂相关的血小板减少症的批判性分析以及一种新型的小分子糖蛋白抑制剂Zalunfiban在理解机制中的潜在作用。
摘要：血小板减少症是静脉注射糖蛋白IIB/IIIA（GPIIB/IIIA；整合素αIIIBβ3）受体抑制剂（GPIS），Abciximab，eptifibatide，eptifibatide和tirofiban的罕见但严重的并发症。血小板减少症的范围从轻度（50 000-100000血小板/μL）到严重（20 000至<50 000/μl），到深度（<20 000/μL）。严重的血小板减少症似乎发生在接受第一次治疗的患者中<1％。血小板减少症可以是急性（<24小时）或延迟（长达约14天）。已经报道了与血小板减少症相关的出血和血栓形成并发症。诊断需要排除假骨细胞减少症和肝素诱导的血小板减少症。治疗可能包括药物抽出和类固醇，静脉注射IgG和血小板输血的治疗。abciximab相关的血小板减少症是最常见的，并且由于响应abciximab（延迟）而诱导的预制抗体或抗体。abciximab的再授课与血小板减少症的风险增加有关。证据还支持与2个小分子GPI相关的血小板减少症的免疫基础。后者像天然配体一样结合αIIBβ3，从而诱导受体发生重大的构象变化，可能会产生新皮肤。与这些药物相关的血小板减少症也是免疫介导的，抗体仅在药物存在下才能识别αIIIBβ3受体。尚不清楚抗体结合是否取决于构象变化以及该药物是否直接促进表位。Zalunfiban，第二代亚曲3分子GPI，不会诱导构象变化。因此，来自Zalunfiban研究的数据将提供有关构象变化对GPI相关血小板减少症发育的贡献的信息。
通过免疫信息学设计针对 nCOVID-19 的核衣壳磷蛋白 (N) 和刺突糖蛋白 (S) 的多肽疫苗
核衣壳蛋白 QIGYYRRATRRIRGG HLA-DRB1*11:01 IGYYRRATRRRGGD HLA-DRB1*11:01 GYYRRATRRRIGGDG HLA-DRB1*11:01 TPSTWLTYTGAIKL HLA-DRB1*07:01 DQIGYYRRATRRIRG HLA-DRB1*11:01 PQIAQFAPSASAFFG HLA-DRB1*09:01 WPQIAQFAPSASAFF HLA-DRB1*09:01 QIAQFAPSASAFFGM HLA-DRB1*09:01 IAQFAPSASAFFGMS HLA-DRB1*09:01 AALALLLLDRLNQLE HLA-DRB4*01:01，HLA-DPA1 03:01/DPB1*04, HLA-DRB3*01:0, HLA-DRB1*13:02, HLA-DRB1*11:0, HLA-DRB1*04:04, HLA-DRB1*01:01, HLA-DRB1*04, HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01, HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01, HLA-DRB1*04:05, HLA-DRB1*03:01, HLA-DRB1*08:02, HLA-DRB1*15:01, HLA DQA1*01:01/DQB1*05:01 ALALLLLDRLNQLES HLA-DRB4*01:01, HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02, HLA-DRB3*01:01、HLA-DRB1*13:02、HLA-DRB1*11:01、HLA-DRB1*04:04、HLA-DRB1*04:01、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*03:01、HLA-DRB1*04:05、HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01、HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01、HLA-DRB1*08:02、HLA-DRB1*15:01、HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01 PRWYFYYLGTGPEAG HLA-DRB1*07:01 RWYFYYLGTGPEAGL HLA-DRB1*01:01尖峰糖蛋白 AAEIRASANLAATKM HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 NAQALNTLVKQLSSN HLA-DRB1*11:01 EVFNATRFASVYAWN HLA-DPB1*02:01、HLA DPB1*04:02、HLA-DPB1*05:01、 HLA-DQA1*01:02、HLA-DQA1*05:01、HLA-DQB1*03:01、HLA-DQB1*06:02、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*04:04、HLA-DRB1*04:05、HLA-DRB1*07:01、 HLA-DRB1*08:02、HLA-DRB1*09:01、 HLA-DRB1*11:01, HLA-DRB1*15:01, HLA-DPA1*03:01, HLA-DPB1*01:01, HLA-DPA1*01:03, HLA-DPA1*02:01 VFRSSVLHSTQDLFL HLA-DRB1*07:01, HLA-DRB1*01:01, HLA-DRB1*09:01, HLA-DRB1*04:05, HLA-DRB1*04:01, HLA-DRB1*03:01, HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02, HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02, HLA-DRB1*13:02, HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01、HLA-DRB4*01:01、HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01、HLA-DRB1*04:04、HLA- DPA1*01:03/DPB1*02:01、HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 等位基因 HLA-DRB3*01:01、HLA-DRB4*01:01、HLA-DRB5*01:01 不可用，因此未将其纳入计算。
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶和刺突糖蛋白模型对近期 FDA 批准的抗癌药物进行潜在探索：一项计算研究
摘要：COVID-19 已成为全球几乎所有国家医疗保健系统的全球风险，该病毒起源于中国武汉。迄今为止，尚无可用于治疗该疾病的特定药物。SARS-CoV-2 的确切来源尚不清楚，尽管早期病例与华南华南海鲜市场有关。本文报告了最近 FDA 批准的抗癌药物（Capmatinib、Pemigatinib、Selpercatinib 和 Tucatinib）的计算机分子建模，以了解它们对 COVID-19 靶标的抑制作用。将选定的抗癌药物对接在 SARS-CoV-2 主蛋白酶（PDB ID：6LU7）和 SARS-CoV-2 刺突糖蛋白（PDB ID：6M0J）上，以确定这些药物的结合能力。评估了药物的 ADMET 参数，此外，还进行了 DFT 计算以研究药代动力学、热参数、偶极矩和化学反应性描述符。讨论了对接能 (ΔG) 和相互作用的氨基酸残基。已经得出了有希望的分子对接结论，证明了所选抗癌药物具有开发用于对抗 COVID-19 的合理药物的潜力。对该药物的进一步优化可能会支持缓解疫情所急需的快速反应。
圣约翰麦芽汁含量高的含量高福林含量不会诱导人类血液 - 脑屏障的P-糖蛋白活性
摘要St. John's Wort（SJW）提取物是一种具有抗抑郁作用的草药，是肠道和/或肝细胞色素P450（CYP）酶的有效诱导剂和P-糖蛋白（P-GP），这可能导致临床相关的药物相互作用。目前尚不知道SJW是否还可以在人类血脑屏障（BBB）处诱导P-gp活性，这可能会导致某些中枢神经系统（CNS）促成的P-P-gp底物药物的脑部解释和功效降低。在这项研究中，我们使用了正电子发射断层扫描（PET）成像和鸡尾酒表型的组合，以全面了解SJW对中央和外围P-gp和CYP活动的影响。在治疗健康志愿者（n = 10）的情况下，用SJW提取物（n = 10），高福林含量（3-6％）为12-19天（1800 mg/day），通过使用P-GP底物[11 c]甲板甲米型甲酸[11 c] Metoclamide
人H-铁蛋白呈递刺突糖蛋白的RBM作为SARS-CoV-2的潜在疫苗姚德辉1、老方1、刘岩1、欧阳方星1、J
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2020 年 5 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.05.25.115618 doi：bioRxiv 预印本