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World File Search Systemmetabarcoding
高频环境DNA元法编码可快速有效地监测鱼类社区动力学
fi g u r e 2 edna测序读数的变化（Hellinger被改造并用作代理人的丰度），用于包括（A）Lee河和（B）Richmond Lock的Thames Sites的鱼类的鱼类。颜色强度和较大的点都表明了测序读数的丰度。丰富性基于3个生物学重复中的2种中存在的物种。
粪便中的物种：DNA metabarcoding以检测潜力...
摘要：由于宿主之间观察到接触的困难，我们对野生动植物多层病原体传播系统的理解通常是不完整的。了解这些相互作用对于防止疾病引起的野生动植物的下降至关重要。高通量测序技术的扩散为更好地探索这些隐秘相互作用提供了新的机会。多层寄生虫Parelaphaphoptrongylus tenuis是一些驼鹿（Alces Alces）人口的主要死亡原因，受到中西部和加拿大东北部和东北地区局部灭绝的威胁。驼鹿合同P. tenuis通过食用受感染的腹足动物中间体宿主，但对哪种腹足动物的驼鹿消耗量知之甚少。为了获得更多的见解，我们在258种地理参与和时间分层的驼鹿粪便样本上使用了一种遗传元法编码方法，该方法是从美国中北部人口下降的2017年5月至2017年10月收集的。我们在五个阳性样品中检测到了三种腹足动物的驼鹿消耗。其中两个（点细分和螺旋瘤SP。）已对托管假单胞菌的能力进行了最小的研究，而一位（Zonitoides arboreus）是一位有记录良好的宿主。驼鹿消耗本文记录的腹足动物发生在6月和9月。我们的发现证明，驼鹿消耗了已知被P. tenuis感染的腹足动物物种，并证明粪便metabarcoding可以为多种病原体传播系统的宿主之间的相互作用提供新的见解。确定和提高了测试敏感性后，这些方法也可以扩展以记录其他多次疾病系统中的重要相互作用。关键词：脑虫，腹足动物，脑膜蠕虫，明尼苏达州，分子流行病学，驼鹿，溢出传播。
基于模拟群落评估中欧鱼类环境 DNA 条形码的五对引物
环境 DNA (eDNA) 宏条形码已成为检查鱼类群落的有力工具。在将基于 eDNA 的评估引入监管监测环境（例如欧盟水框架指令）之前，需要方法标准化。为了确保方法的准确性并满足监管标准，已经建立了各种采样、实验室和生物信息学工作流程。然而，全面监测鱼类的关键先决条件是选择合适的引物对，以准确识别给定水体中存在的鱼类。过去十年中，发表了针对不同遗传标记区域的各种鱼类特异性引物对。然而，尚未开展专门研究来评估常用鱼类引物对在评估中欧鱼类物种方面的性能。因此，我们创建了一个由 45 种中欧鱼类 DNA 组成的人工“模拟”群落，并检查了五对引物的检测能力和可重复性。我们的研究重点介绍了引物选择和生物信息学过滤对 eDNA 宏条形码结果的影响。在我们研究中评估的五对引物中，tele02（12S 基因）引物对是中欧淡水鱼 eDNA 元条形码的最佳选择。此外，MiFish-U（12S）和 SeaD NA-mid（COI）引物对表现出良好的检测能力和可重复性。然而，特异性较低的引物对（即针对脊椎动物）被发现不太可靠，并产生大量假阳性和假阴性检测。我们的研究说明了如何通过精心选择引物对和生物信息学流程使 eDNA 元条形码成为鱼类监测更可靠的工具。
高通量 DNA 条形码技术用于测定禁食期间圈养极度濒危马来虎 (Panthera tigris jacksoni) 的肠道微生物组
马来虎 ( Panthera tigris jacksoni ) 是马来西亚半岛的极度濒危物种。为了模拟老虎不每天捕猎的野外环境，许多野生动物保护区并不每天喂食老虎。然而，禁食对圈养马来虎肠道菌群的影响仍然未知。这项研究旨在通过比较禁食和正常喂养条件下圈养马来虎的微生物群落来表征其肠道菌群。这项研究是在马来西亚半岛的马六甲动物园进行的，马来虎每周一禁食。总共收集了 10 个马来虎粪便样本、2 个孟加拉虎（外群）和 4 个狮子（外群）的粪便样本，并进行了针对 16S rRNA V3-V4 区域的宏条形码分析。总的来说，我们在马来虎样本中确定了 14 个门、87 个科、167 个属和 53 种肠道微生物组。本研究发现的潜在有害细菌属包括梭杆菌、拟杆菌、狭义梭菌 1、
节能预处理会影响上层sargassum组成和DNA metabarcoding揭示了与甲烷产量有关的微生物群落
sargassum spp。淹没了加勒比海的海岸线，造成了当地经济和环境的破坏。厌氧消化（AD）被认为是将大量藻类转向宝贵资源的有吸引力的选择。sargassum spp。具有复杂的组成，会影响AD中涉及的微生物组成，从而产生低甲烷产量。这项研究旨在使用不同的节能预处理，并鉴定与甲烷生产相关的微生物群落，以提高上层sargassum的甲烷产量。我们对藻类生物量进行了不同的节能预处理，并使用生物甲烷电位（BMP）测试评估了甲烷产量。通过高吞吐量测序分析了与表现最佳和最差的甲烷作原系统相关的微生物群落。结果表明，预处理修改了与BMP具有很强的正相关性的Inorganic化合物，纤维和C：N比的含量。洗水预处理导致最佳甲烷产量，增加了38％。DNA元法编码分析表明，细菌属属属属属，dmer64，treponema和wirogenispora，以及古老的甲植物学，rumen_m2，rumen_m2，rumen_m2，bathyarchaeia和bathyaNAnaChaeia和hathananaMassieliicocus，并以高hide基屈服。这项研究是第一个证明Sargassum spp AD涉及的微生物群落结构的研究。这项研究中预处理可以帮助克服与甲烷产量相关的局限性。
模拟群落的 DNA 条形码突显了评估新热带鱼类多样性时的潜在偏差
图 1 研究框架 (a) 和所分析模拟群落的描述，包括不同物种组成和 DNA 输入、评估的标记和用于生物多样性评估的代理 (b)。所有模拟群落均使用来自圣弗朗西斯科河流域 (SFRB) 和热基蒂尼奥尼亚河流域 (JQRB) 的物种构建。 (1) 标准化圣弗朗西斯科河模拟群落 (SFmc) 包含来自 SFRB 的 23 个物种，具有相同的 DNA 浓度 (10 ng/ μ L) 和 (2) 使用不同 DNA 浓度偏斜的 SFmc。 (3) 圣弗朗西斯科和热基蒂尼奥尼亚河组合模拟群落 (SFJQmc) 使用来自标准化热基蒂尼奥尼亚河模拟群落 (JQmc) JQmc 和 SFmc 的 38 个独特物种构建。 (4) 标准化热基蒂尼奥尼亚河模拟群落 (JQmc) 由来自 JQRB 的 23 个物种组成，使用相同浓度的 DNA 构建。 （5）JQmc skewed：由来自 JQRB 的 23 个物种组成的模拟群落，采用 DNA 浓度倾斜构建。
DNA元法估计的丰度估计 微生物中的作用在动物入侵中：范围评论 一个具有零排放的新过程，用于真正的生物降解... 一个具有零排放的新过程，用于真正的生物降解... 评估环境DNA的五个引物对...
作者格式，未经同行评审的文件发布于2023年7月7日。doi：https：//doi.org/10.3897/arphapreprints.e109709
一项3年浮游生物DNA Metabarcoding调查揭示了澳大利亚沿海水域的海洋生物多样性模式
fi g u r e 4通过大量浮游物样品的DNA分析检测到的浮游组合中的空间模式。从16S通用（a）和软体动物（b）测定的非金属多维缩放图显示了采样位点和摩ri座北部和南部的OTU组合（分别为k = 0.11＆0.10）之间的OTU组合，均分别为k = 3＆p≤.001）。样品与抽样时的平均海面温度的关系由温度梯度指示。簇表示每个位置的样品，彩色线的连接表示每个位置的质心。
使用Edna metabarcoding建立河流恢复后淡水鱼组成的靶标
需要为鱼类社区组成建立现实的目标来评估河流修复项目的有效性。，我们使用了与米里什底漆的环境DNA（EDNA）元法编码，以获取估计位于日本Ehime ehime Prefecture的Shigenobu River System的上游，下游和恢复缓解项目区域（Kaihotsu - Kasumi）的17个地点（Kaihotsu - Kasumi）的估计。我们评估了使用Edna快速，敏感和广泛收集数据的好处，以在恢复区建立现有的鱼类群落组成，以及物种组合的潜在的短期，中期和长期目标，这些物种组合可能在分散到来自上游和下游群体的项目区域后现实地出现。我们将Edna Metabarcodod的结果与从同时捕获调查和历史信息获得的物种列表进行了比较。从埃德纳（Edna Surveys）获得的社区组成的非衡量多维标度图显示，Kaihotsu - Kasumi恢复区和周围的河流及其河流分为三个簇：上游，中层和下游及河口和河口。Kaihotsu - Kasumi恢复区位点包含在恢复区附近的流入和流出河流的中间和下到达的组中。我们在这一组中检测到了总共26种，二十一种本地物种和五个非本地物种。因此，这些本地物种被认为是短期目标物种，其散布到Kaihotsu - Kasumi恢复区域。相比之下，基于捕获调查和历史文献，只有14种被选为目标物种。增加了我们埃德纳调查的分辨率的一个因素是我们确定存在a anguillicaudatus（进化枝A和B）的种内谱系的能力，这些谱系被捕获调查遗漏了。这些结果表明，与捕获调查相比，EDNA Metabarcoding方法可以提供更全面和现实的短期目标物种估计，并通过种内谱系检测提供更高的分辨率监测。
在评估北冰洋微真核生物的多样性及其对环境变量的响应方面，RNA 优于基于 DNA 的宏条形码
北冰洋（AO）环境恶劣，温度低、冰盖大、海冰周期性冻结和融化，为微生物提供了多样化的栖息地。前期研究主要基于环境DNA对北冰洋上层水体或海冰中的微真核生物群落进行研究，而对北冰洋多样化环境中活跃微真核生物的组成成分则知之甚少。本研究通过对共提取的DNA和RNA进行高通量测序，对北冰洋从雪冰到1670 m深度海水范围内的微真核生物群落进行了垂直评估。与DNA提取物相比，RNA提取物能更准确地描述微真核生物群落结构和类群间相关性，对环境条件的反应也更为敏感。使用RNA：DNA比率作为主要分类群相对活性的代表，确定了主要微真核生物群落沿深度方向的代谢活性。共现网络分析表明，深海中的 Syndiniales 和甲藻/纤毛虫之间的寄生关系可能很重要。这项研究增加了我们对活跃微真核生物群落多样性的认识，并强调了使用基于 RNA 的测序而非基于 DNA 的测序来研究微真核生物群落与微真核生物对 AO 环境变量的反应之间的关系的重要性。