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体内 CRISPR 筛选可确定骨髓瘤中 CAR-T 细胞功能的关键修饰因子
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2024 年 11 月 19 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2024.11.19.624352 doi：bioRxiv 预印本
识别亨廷顿氏病的遗传修饰剂体细胞CAG重复不稳定性1
未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年6月9日。; https：//doi.org/10.1101/2024.06.06.08.597823 doi：Biorxiv Preprint
使用全基因组 CRISPRi 筛选来探测遗传修饰因子的双 sgRNA 文库设计
© 作者 2023。开放存取 本文根据知识共享署名 4.0 国际许可进行授权，允许以任何媒体或格式使用、共享、改编、分发和复制，只要您给予原作者和来源适当的信任，提供知识共享许可的链接，并指明是否做了更改。 本文中的图片或其他第三方资料包含在文章的知识共享许可中，除非资料的致谢中另有说明。 如果资料未包含在文章的知识共享许可中，且您的预期用途不被法定规定允许或超出允许用途，则需要直接从版权所有者处获得许可。 要查看此许可证的副本，请访问 http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/。知识共享公共领域贡献豁免（http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/）适用于本文中提供的数据，除非数据来源中另有说明。
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 Mpro 的凝血调节剂用于治疗 COVID-19：一种计算机模拟方法
PyRx-virtual 筛选工具用于与协议对接：（i）检查 SARS-CoV-2 Mpro 蛋白质结构（PDB 6Y2E）中缺失的原子、键和接触，去除水分子并使用以下参数进行能量最小化，力场：Amber ff14SB，最陡下降步长：100，最陡下降步长：0.02 Å，共轭梯度步长：10，共轭梯度步长：0.02 Å，使用 Chimera 版本 1.14 上的分子建模工具包 (MMTK) 包。（4）该最小化结构用作对接分析的受体。（ii）将最小化结构保存为 pdb 文件并导入 PyRx 软件。（iii）配体也以 pdb 格式导入。Autodock Tools 模块用于生成 pdbqt 输入文件。 (iv) 使用 Autodock Vina 算法对选定的配体进行对接。在 Autodock Vina 中，网格框设置为覆盖 Mpro 的活性位点，其尺寸为 Å：中心 (x, y, z) = (-16.46, -26.70, 1.58)，尺寸 (x, y, z) = (23.34, 19.09, 10.98)。然后以 8 的详尽度运行对接模拟。使用 Autodock Vina 模块内置评分功能预测的最低结合亲和力分数 (kcal/mol) 评估对接结果。
在 IPSC 衍生的神经元中筛选阿尔茨海默病相关表型的修饰因子 | Charles River
hiPSC 培养：来自健康受试者的 hiPSC 系来自再生医学计划，AD hiPSC 来自 Coriell。通过 Sanger 测序和液滴数字 PCR 确认存在家族性突变。在创建主细胞库和工作细胞库之前，对所有细胞进行了活力、无菌性、细胞系身份、核型和多能性标志物表达测试。hiPSC 在基质胶上培养，如 StemCell Technologies（mTeSRTM1 手册中的人类多能干细胞维护）所述，使用 mTeSR1 作为细胞培养基和温和的解离剂进行传代。如果观察到自发分化，则使用 ReLeaSer（StemCell Technologies）来维持未分化培养。 NGN2 诱导的稳定 iPSC 的生成：健康对照和 AD 供体的 hiPSC 被编码 NGN2 的慢病毒转导，并在预定浓度的抗生素选择下放置 10 天，以生成可诱导表达 NGN2 的 hiPSC 多克隆稳定池。NGN2 稳定的 iPSC 向皮质神经元的分化：将 hiPSC 重新接种为单细胞，并通过添加强力霉素诱导 NGN2 的表达，以将 iPSC 分化为神经元前体 (NPC)。单次接种和诱导 NGN2 4 天后，将 NPC 用胰蛋白酶消化并重新接种到 PLO/matrigel 包被的 96 孔板中，密度为 30,000 个细胞/cm 2 。在 NPC 接种 2 天后，用预定的最佳浓度的 Ara-C 处理培养物以防止星形胶质细胞的出现。
罕见的编码变体作为22Q11.2缺失的风险修饰符，暗示综合征精神分裂症的产后皮质发育
22Q11.2缺失是精神分裂症最强的遗传风险因素之一。通过这种缺失对精神分裂症病例和对照的最新全基因组测序为鉴定改变遗传变异的风险提供了前所未有的机会，并研究了它们对22Q11.2缺失综合征中精神分裂症发病机理的贡献。在这里，我们应用了一个新的分析框架，该框架整合基因网络和表型数据来研究该病因同质同类群中稀有编码变体和鉴定的修饰基因的综合作用（223例精神分裂症病例和233例欧洲血统对照）。我们的分析表明，在110个Modifier基因中罕见非同义变体的添加性遗传成分（调整后的P = 9.4E-04）总体上占该队列中精神分裂症状况方差的4.6％，其中4.0％的4.0％与普通多基因相无关。受稀有编码变体影响的修饰基因富含参与突触功能和发育障碍的基因。时空转录组分析鉴定出从婴儿期到成年期的皮质脑区域中仿真和22q11.2基因之间共表达的富集。相应的基因共表达模块在22q11.2缺失区域中SLC25A1，COMT和PI4KA的脑特异性蛋白质蛋白质相互作用富含。总体而言，我们的研究强调了稀有编码变体对SCZ风险的贡献。它们不仅补充了疾病遗传学中的常见变异，还可以确定大脑区域和对综合症精神分裂症病因至关重要的发育阶段。
天然蛋白质组织的接近性分析揭示了自闭症和相关神经发育条件的小鼠模型中的表型修饰符
自闭症谱系障碍的主要驱动因素之一是数百个基因内的风险等位基因，它们可能在共享但未知的蛋白质复合物中相互作用。在这里，我们开发了一种可扩展的基因组编辑介导的方法来靶向小鼠大脑内的14个高强烈的自闭症风险基因，用于基于接近性的内源性蛋白质组学，从而实现了高特异性空间蛋白质组织的识别。产生的天然接近蛋白质组富含自闭症个体大脑失调的人类基因，并揭示了来自高强调风险基因与低调的蛋白质之间的接近性相互作用，这些蛋白质与较低信号的蛋白质之间可能提供新的途径，从而可以为遗传风险确定优先确定遗传风险。重要的是，数据集丰富了可能构成条件的共享旋转功能和遗传相互作用。我们通过两个自闭症模型中的空间蛋白质组学和基于CRISPR的表达调节来测试这一概念，证明了调节其失调机制的功能相互作用。一起，这些结果揭示了与自闭症相关的体内蛋白质组网络，从而为理解和操纵其病因的细胞驱动器提供了新的侵害。
Donna, Gur, Raquel, Bearden, Carrie, Morrow, Bernice, Lachman, Herbert 和 Zhang, Zhengdong 2023. 罕见编码变异作为 22q11 的风险修饰因子。
罕见编码变异作为 22q11.2 缺失的风险修饰因子 1 暗示综合征性精神分裂症的产后皮质发育 2 3 4 5 6 Jhih-Rong Lin 1 , Yingjie Zhao 1 , M. Reza Jabalameli 1 , Nha Nguyen 1 , Joydeep Mitra 1 , 7 国际 22q11.2DS 大脑和行为联盟* , Ann Swillen 2 , Jacob AS 8 Vorstman 3 , Eva WC Chow 3 , Marianne van den Bree 4 , Beverly S. Emanuel 5 , Joris R. 9 Vermeesch 2 , Michael J. Owen 4 , Nigel M. Williams 4 , Anne S. Bassett 3 , Donna M. 10 McDonald-McGinn 5 , Raquel E. Gur 6 、Carrie E. Bearden 7 、Bernice E. Morrow 1 、Herbert M. 11 Lachman 1 、Zhengdong D. Zhang 1,§ 12 13 14 15 1. 美国纽约州阿尔伯特·爱因斯坦医学院遗传学系 16 2. 比利时鲁汶天主教大学人类遗传学系 17 3. 加拿大安大略省多伦多大学精神病学系 18 4. 英国卡迪夫大学医学院心理医学和临床神经科学部 MRC 神经精神遗传学和基因组学中心 20 5. 美国宾夕法尼亚州费城儿童医院人类遗传学部和 22q and You 中心 21 6. 宾夕法尼亚大学医学院—CHOP 精神病学系和寿命脑研究所 22宾夕法尼亚大学，费城，宾夕法尼亚州，美国 25 7. 塞梅尔精神病学和生物行为科学系及心理学系 26 加利福尼亚大学洛杉矶分校神经科学与人类行为研究所，27 美国加利福尼亚州 28 29 * 完整成员名单及其所属机构见附录。 30 § 通讯作者（电子邮件：zhengdong.zhang@einsteinmed.edu） 31 32 33 34 关键词：22q11.2 缺失、精神分裂症、罕见变异、疾病风险调整 35 36 37 38
GBA1会议，6月27日至29日，加拿大蒙特利尔GBA1会议，6月27日至29日，加拿大蒙特利尔
15:30 – 15:42 Deciphering the Immunogenomic Landscape of GBA1-Associated Parkinson's Disease – Towfique Raj 15:42 – 15:54 The role of the ‘African GBA1 allele' of rs3115534 in Parkinson's Disease – Peter Bauer 15:54 – 16:06 Acid ceramidase plays a key role in the pathogenic cascade leading to neurodegeneration in Gaucher and GBA1-associated Parkinson's disease – Ricardo A. Feldman 16:06 – 16:18 A Genome Wide CRISPR Interference Screen Reveals Commander Genes as Modifiers of Glucocerebrosidase Activity and Lysosomal Function – Nathaniel Safren 16:18 – 16:30 A Genome-Wide Landscape of Genetic Modifiers of GCase Deficiency Revealed by An Arrayed CRISPR激活屏幕 - 江-An yin 16：30 - 16:42加剧的溶酶体和线粒体功能障碍与GBA1的常见帕金森氏病风险等位基因相关 - Oliver B. Davis 16:42 - 16:54在GBA1-PARKOLISS ON GABA1-PARSISSON SISTIS-PRIPALISM中的性中断 - <
国防部接口标准
5.3.1.1边界八角形和帧。............................................................................... 9 5.3.1.2 The bounding octagon and icons/modifiers .......................................................... 11 5.3.2 Frame ....................................................................................................................... 11 5.3.2.1 Standard identity.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 15 5.3.2.2域................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 15 5.3.3 Fill ............................................................................................................................ 16 5.3.4 Icons ......................................................................................................................... 18 5.3.4.1 Main icons............................................................................................................. 18 5.3.4.2 Full octagon icons................................................................................................. 18 5.3.4.3 Full frame icons.................................................................................................... 18 5.3.5 Modifiers............................................................................................. 24 5.3.6.3 Task force indicator............................................................................ 27 5.3.6.11 Text modifiers.................................................................................................................. 19 5.3.6 Amplifiers ................................................................................................................ 19 5.3.6.1 Echelon indicator .................................................................................................. 23 5.3.6.2 Installation indicator.在........................................................................................ 25 5.3.6.6.1 Altitude base reference point ............................................................................. 25 5.3.6.6.2 Relative altitude ................................................................................................. 25 5.3.6.6.3 Flight level ......................................................................................................... 25 5.3.6.6.4 Multiple instances of altitude/depth modifiers .................................................. 25 5.3.6.7 Date-time group..................................................................................................... 28 5.3.6.12 Dynamic graphic amplifiers ................................................................................ 28 5.3.6.12.1 Area of uncertainty amplifier.................................................................................................... 26 5.3.6.8 Direction of movement amplifier.......................................................................... 26 5.3.6.9 Mobility indicator ................................................................................................. 26 5.3.6.10 Auxiliary equipment indicator........................................................................... 30 5.3.6.12.1.1 Ellipse AOU amplifier .................................................................................. 30 5.3.6.12.1.2 Bearing box AOU amplifier.......................................................................... 30 5.3.6.12.1.3 Line of bearing AOU放大器。....................................................................................................................................................................................................................................... 30 5.3.6.12.2死亡算力拖车放大器......................................................................................................................................................................................................... ................................................................................................................................ 30 5.3.6.12.3速度领导者放大器...............................................................................................................................................................................................................................