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DNA转座子通过富集转录因子结合基序
从基因组的非编码区域通过突变依次出现。除其他外，此类突变分析转录并创建一个新的开放阅读框（ORF）。尽管ORF出现的机制有充分的文献证明，但对实现新转录事件的机制知之甚少。然而，在许多物种中，已经报道了基因组所有区域的缺乏和非常突出的转录之间的连续体。在这项研究中，我们使用新组装的基因组和七个果蝇的近交系列的转录组和转录组搜索了从头转录本，该基因组和一个来自六个欧洲和一个非洲人口的近交系列。此设置使我们能够检测Sam ple特定的从头转录本，并将其与其他样品中的同源非转录区以及遗传和基因间控制序列进行比较。我们研究了与转换元件（TES）的关联，并富集了从头开始出现的转录本上游的转录因子基序，并将其与调节元素进行了比较。我们发现，从头的成绩单与TES重叠的频率比偶然性的频率更高。新转录本的出现cor与高鸟嘌呤 - 环蛋白含量和TE表达的区域有关。此外，从头转录本的上游区域高度丰富了调节基序。这种基序在与TES（尤其是DNA TES）重叠的新转录物中更丰富，并且比上游的“非转录同源物”更保守上游。总体而言，我们的研究表明，TE插入对于转录本的出现很重要，部分是通过引入DNA te家族的新调节图案。
无细胞DNA末端基序和片段长度的整合可以鉴定液体活检中的活性基因
摘要：多项研究表明，癌症患者的无细胞DNA（CFDNA）在片段长度和片段末端基序（fem）的差异与健康个体不同，但是缺乏对这两个因素如何与癌症和基因转移相关的如何相关的。在这项研究中，我们使用肺癌患者（n = 12）和健康个体（n = 7）的血浆进行了CFDNA片段组学评估。使用H3K36ME3无细胞染色质染色质免疫沉淀测序（CFCHIP-SEQ）从血浆中建立了一个个人基因表达。与低表达的基因相比，具有最高表达的基因表现出富集短的CfDNA片段（中值= 19.99％，IQR：16.94–27.13％，p <0.0001）。此外，在CFCHIP之后，富含富含GC的FEM。将短CfDNA片段的频率与存在不同的FEM的存在相结合，从而进一步富集了表达最多的基因（中位数= 37.85％，IQR：30.10-39.49％，p <0.0001）。<150 bp cfDNA的体外尺寸选择可以分离代表活性基因的cfDNA，尺寸选择富集与CFCHIP-SEQ富集相关（Spearman R范围：0.499-0.882，p <0.0001）。这项研究扩大了有关CFDNA片段学的知识，并阐明了基因活性与CfDNA片段长度和不同的FEM的相关性的新启示。
通过连接蛋白RNA结合基序募集RNA分子：通过微覆物和外泌体在RNA和DNA转运中的含义
连接素（CXS）是形成高导质质膜通道的整体膜蛋白，可从细胞到细胞（通过间隙连接）以及从细胞到细胞外环境（通过半通道）的通信。最初描述的是它们在连接可激发细胞（神经和肌肉）中的作用，间隙连接（GJ）几乎在固体组织中的所有细胞之间都发现，对于功能协调至关重要，可以通过直接传递小信号分子，代谢物，离子，离子和电信号从细胞到细胞到细胞。几项研究揭示了CXS的多种渠道非依赖性功能，其中包括控制细胞生长和肿瘤性。connexin43（CX43）是人体中最广泛的CX。CX43的无数作用及其对癌症，炎症，骨关节炎和阿尔茨海默氏症的疾病的发展的影响引起了许多新的问题。使用不同的计算方法预测了CX43和CX26序列中的几个RNA和DNA结合基序。本综述提供了对CXS新的，破裂功能的见解，突出了未来工作的重要领域，例如通过细胞外囊泡转移遗传信息。我们讨论了电位RNA和DNA结合域在CX43和CX26序列中的含义中，在信号通路的细胞通信和控制中。©2017作者。由Elsevier B.V.这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
b'Abstract：在石墨烯纳米结构中掺入非苯并丁基基序会显着影响其特性，从而使其对碳基电子中的应用有吸引力。但是，了解特定的非苯并结构如何影响其性质仍然有限，并且需要进一步的研究以充分理解其含义。在这里，我们报告了一种表面合成策略，用于制造非偶氮纳米仪，其中含有五角形和七型环的不同组合。通过扫描隧道显微镜和光谱法研究了它们的结构和电子特性，并得到了计算研究的补充。在Au（111）表面上的前体P热激活后，我们检测到了两种主要的纳米摄影产物。纳米谱A A A A嵌入了通过甲基取代基的氧化环闭合形成的两个叠氮单元，而A A S则包含一个叠氮单元和一个石 - 孔缺陷，由氧化环闭合型和骨架环形反射反应组合形成。 A A A表现出一种抗铁磁基态，其磁性含量最高的磁交换耦合最高的含量含有纳米谱，与副产品并存，副产品与封闭的壳构型共存，这是由环闭合型和环型重新训练反应组合（B A，B A A A，B A S，B A S，B S，B S-S-A和B S）。我们的结果提供了对新型NGS
b'Abstract：在石墨烯纳米结构中掺入非苯并丁基基序会显着影响其特性，从而使其对碳基电子中的应用有吸引力。然而，了解特定的非苯基结构如何影响其性质仍然有限，并且需要进一步的研究以充分理解其含义。在这里，我们报告了一种地面合成策略，用于制造非偶氮纳米仪，其中包含五角形和七型甲环的不同组合。通过扫描隧道显微镜和光谱检查研究了它们的结构和电子特性，并补充了计算研究。在AU（111）表面的前体P的热激活后，我们检测到了两种主要的纳米摄影产物。纳米谱烯A A A A嵌入了通过甲基取代基氧化环闭合形成的两个叠氮烯单元，而A A S包含一个叠氮单元和一个石 - 孔缺陷，由氧化环盘纤维和骨骼环形反应组合形成。a a A表现出抗铁磁基态，其磁性交换耦合最高的含量最高的含量含量为纳米谱，并与副产品并存，副产品具有封闭的壳构型，这是由环封元型和环型重新计算反应组合的（b a a a，b a s s s s，b a，b a s，b a，b a s s，b a s s，b s-a和b s s）。我们的结果提供了对包含非苯甲酸基序及其量身定制的电子/磁性的新型NG的单个金原子辅助合成的见解。
主题比较和p值
# Compare the first motif with everything and return P-values head ( compare_motifs (motifs, 1 )) #> Warning in compare_motifs(motifs, 1): Some comparisons failed due to low motif #> IC #> DataFrame with 6 rows and 8 columns #> subject subject.i target target.i score logPval #> #> 1 ORA59 1 ERF11 [duplicated #6.. 1371 0.991211 -13.5452 #> 2 ORA59 1 CRF4 [duplicated #566] 1195 0.990756 -13.5247 #> 3 ORA59 1 LOB 1297 0.987357 -13.3725 #> 4 ORA59 1 ERF15 618 0.977213 -12.9254＃> 5 ORA59 1 ERF2 [重复＃294] 649 0.973871 -12.7804＃> 6 ORA59 1 ERF2 [重复＃483] 1033 0.973871 -12.78804＃> 1.31042E-06 0.00359318＃> 2 1.33754E-06 0.00366754＃> 3 1.55744E-06 0.00427049＃> 4 2.43548e-06 06 06 06 0.00606667809＃ 0.00772019
DeepBend：一种可解释的 DNA 弯曲模型
摘要 基因组 DNA 的可弯曲性影响染色质包装和蛋白质-DNA 结合。然而，我们对影响 DNA 可弯曲性的基序尚无全面的了解。最近的高通量技术（例如 Loop-Seq）提供了解决这一差距的机会，但仍然缺乏准确且可解释的机器学习模型。在这里，我们介绍了 DeepBend，这是一个卷积神经网络模型，其卷积旨在直接捕捉 DNA 可弯曲性背后的基序及其调节可弯曲性的周期性出现或相对排列。DeepBend 的表现始终与其他模型相当，同时通过机械解释提供了额外的优势。除了证实已知的 DNA 可弯曲性基序之外，DeepBend 还揭示了几个新的基序，并展示了基序出现的空间模式如何影响可弯曲性。 DeepBend 的全基因组可弯曲性预测进一步展示了可弯曲性与染色质构象之间的关联，并揭示了控制拓扑相关域及其边界的可弯曲性的主题。
I 型神经元定向兴奋网络中全局同步的出现
神经网络的集体行为取决于神经元的细胞和突触特性。相位响应曲线 (PRC) 是一种可通过实验获得的细胞特性测量方法，它量化了神经元的下一个尖峰时间的变化，该变化与刺激传递到该神经元的相位有关。神经元 PRC 可分为纯正值 (I 型) 或具有不同的正负区域 (II 型)。1 型 PRC 网络往往不会通过相互兴奋的突触连接进行同步。我们研究了相同的 I 型和 II 型神经元的同步特性，假设突触是单向的。通过对扩展的 Kuramoto 模型进行线性稳定性分析和数值模拟，我们表明前馈环路基序有利于 I 型兴奋和抑制神经元的同步，而反馈环路基序则破坏了它们的同步趋势。此外，大型有向网络（没有反馈基序或有许多反馈基序）已从相同的无向主干构建，并且对于具有 I 型神经元的有向无环图观察到高同步水平。结果表明，I 型神经元的同步性取决于网络连接的方向性和其无向主干的拓扑结构。前馈基序的丰富性增强了有向无环图的同步性。
建筑元素对勒克瑙奇坎卡里的影响
建筑灵感支撑了勒克瑙奇坎卡里的图案和设计模式，受到莫卧儿人和纳瓦布人的赞助。奇坎卡里有着从远古到现代的悠久历史。只有通过保存在各种收藏品中的原始样品的痕迹，才能想象出这种印度手工制品过去的辉煌和生动。这是“莫卧儿和纳瓦比皇家服装传统”的缩影，由于现代时期有组织的市场和行业的殖民变迁，这种传统传承给了普通民众。虽然如今“白上白”的精致掌握了新的特色，但这门手艺的灵魂吸收了古老的古典图案和设计。当地勒克瑙的建筑和文化的影响是奇坎卡里的刺绣和各种缝纫图案中经常使用的主要特征。本文通过图案和设计图案的使用反映了这种影响，这些图案和设计图案通常用于皇家奇坎卡里服装。关键词：奇坎卡里、印度刺绣、建筑对纺织品的影响、印度纺织品、莫卧儿和