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合成和基因组调控元件揭示小鼠胚胎干细胞中顺式调控语法的一些方面
摘要 在胚胎干细胞 (ESC) 中，核心转录因子 (TF) 网络建立了多能性所必需的基因表达程序。为了解决四种关键 TF 之间的相互作用如何促进小鼠 ESC 中的顺式调控，我们分析了两个由 SOX2、POU5F1 (OCT4)、KLF4 和 ESRRB 的结合位点组成的大规模并行报告分析 (MPRA) 文库。合成的顺式调控元件与具有可比结合位点配置的基因组序列之间的比较揭示了调控语法的某些方面。合成元件的表达受结合位点的数量和排列的影响。这种语法对基因组序列的作用很小，因为基因组序列的相对活性最好通过预测的结合位点占用率来解释，而与结合位点身份和定位无关。我们的结果表明，转录因子结合位点 (TFBS) 的影响受位点顺序和方向的影响，但在基因组中，TF 的整体占用率是活性的主要决定因素。
缺失序列：在功能上表征高度保守的DNA的物种特异性缺失。生物学中剩下的一个主要问题是Fundam
缺失序列：在功能上表征高度保守的DNA的物种特异性缺失。生物学中剩下的一个主要问题是基因组中的基本物种差异是如何编码的。基因组序列技术最近才能比较数百种物种的高质量基因组。然而，由于三个原因，很难解释定义物种的基因组区域：1）准确的基因组比较和比对在计算上是密集的； 2）搜索空间很大，仅哺乳动物就有数百万的可排列碱具不同； 3）这些序列差异主要是在难以预测功能的非编码的，潜在的基因调节区域中。一组可以实验的基因组元素是保守的缺失（Condels） - 由于其强烈的序列保守1所示，该区域显示了功能证据的区域1。condels可能具有独特的信息，因为它们可能会导致缺失驱动的物种特异性功能。首先，我将基于高通量全基因组对齐方式开发新的计算方法，以识别数百种物种的der孔，从而大大扩展了物种特异性基因组元素的目录。使用此新增强的数据集，我将使用大量并行的记者测定法（MPRA）测定多个哺乳动物的100,000多个秃鹰的功能。最后，我将通过识别condels子集的差异结合的转录因子来探讨condel函数如何内源性（图1）。这将使我们和其他研究人员开始审问序列变化和物种形成的相互作用。AIM 1：在计算上识别哺乳动物基因组中的秃鹰及其潜在影响。首先，我将为几种不同的脊椎动物创建对齐方式，以识别特定物种的缺失。虽然已为人类和小鼠等普通物种产生了整个基因组，但已经生成了比较多样的一致性，但锚定在各种分类单元上的组件，这些分类群缺乏各种焦点物种中的缺失。i将使用29个哺乳动物项目和脊椎动物基因组项目中的新基因组建立多个对齐，从卵形群到人类2,3。对于这157种，我将使用每个物种最接近所有其他基因组的多样对齐，从而产生一系列保守元素的列表，这些元素被预测存在于其最新的共同祖先4,5中。目标物种将被排除在此分析之外，以免偏向哪些区域被识别为保守。然后，我将建立一个成对的对准，以识别特定于物种4的缺失。云计算使得将整个基因组对齐方法缩放到可行的数百种新可用的基因组。使用这种高度详细的脊椎动物秃鹰目录，接下来，我将确定影响基因调节性特征和基因表达的秃鹰的子集，进而确定表型。为了识别物种特异性的调节元件重叠的秃鹰，我将首先比较20个哺乳动物6的现有基因调节图，重点是肝脏，因为该组织具有最多的跨物种功能数据。AIM 2：使用高通量报告基因测定法测试来自多个物种的秃鹰。我还将使用组织匹配的转录组数据6将这些秃鹰与整个基因组中的基因表达相关联，因为调节元素可以长距离起作用。虽然大多数调节性和表达变化被预计会导致功能丧失，但在某些情况下，变化可能会删除抑制性调节序列，从而导致功能增长。i将比较condels do的秃鹰，而不是不显示肝脏对调节作用的证据，寻找序列年龄，复杂性，基因组位置或其他功能进化模式的差异。如果我的计算管道失败，我可以调查已发布的1，较小的condel集与最近发表的基因调节数据集7的相关性。在随后的随访中，我可以在人类和小鼠7中使用已经存在的全身调节图富含dy的其他组织，以扩展到肝脏之外。预测非编码元件的潜在功能很困难，因为没有类似于蛋白质编码密码子字母的“语法”。但是，像大量平行的报告基因测定法（MPRA）这样的新的高通量测定法使我们能够直接测量> 50,000个序列构建体对基因表达的单个影响。mpra是一种偶发测定
FOH第22章 - 行政人员的豁免...
关键状态该计划被认为处于关键状态，因为它存在资金或流动性问题，或两者兼而有之。2018年计划年度是该计划获得临界状态的第一年。从计划的2018年PPA认证日期开始，该计划的精算师确定该计划将在2021年计划年度中处于关键状态，因为累积资金缺陷将在2024年计划年度发生。董事会当选为MPRA允许的2018年计划年度至关重要的地位，以便采取措施提高计划的资金地位。应该指出的是，累积的资金不足意味着对计划的预期捐款将不足以满足政府为了资助目的的最低贡献要求。并不意味着该计划将无力偿债。该计划在2020年计划年度中仍处于关键状态，因为该计划的精算师已确定该计划尚未通过“出现测试”，这将使该计划能够摆脱关键状态。为了通过此测试，该计划的精算师必须证明该计划预计不会在当前计划年份或九个成功计划年中的任何一年累积资金不足。该计划的精算师已经证明，该计划在满足其康复计划的要求方面已计划进展。
耐链霉素结核分枝杆菌的全基因组 DNA 甲基化、转录组和蛋白质组概况
耐链霉素（SM）的结核分枝杆菌（ M . tuberculosis ）是结核病（TB）治疗中关注的焦点，但其具体的耐药机制尚不清楚。本研究主要通过多基因组学的联合分析，对链霉素耐药相关基因进行初步筛选。通过全基因组甲基化、转录组和蛋白质组分析，阐明结核分枝杆菌H37Rv中特定基因与链霉素耐药性的关联。甲基化分析显示，SM耐药组与正常组之间有188个基因存在差异甲基化，其中89个基因为高甲基化，99个基因为低甲基化。功能分析显示，这188个差异甲基化基因富集在74条通路中，多数富集在代谢途径中。转录组分析显示耐药组与正常组之间有516个差异表达基因，其中显著上调和下调的基因分别有263和253个。KEGG分析表明这516个基因富集在79条通路上，大多数基因富集在组氨酸代谢途径，甲基化水平与mRNA丰度呈负相关。蛋白质组分析发现56个差异表达蛋白，其中14个上调，42个下调。此外，通过综合分析获得了3个枢纽基因（coaE、fadE5和mprA）。本研究结果提示，整合的DNA甲基化、转录组和蛋白质组分析可为SM耐药结核分枝杆菌H37Rv的表观遗传学研究提供重要资源。
RLM-年度报告-2022-2023-最终版
缩写 详细信息 AG 审计长 BTO 预算和财政办公室 CCTV 闭路电视 CFO 首席财务官 COGTA 合作治理和传统事务部 CPI 消费者价格指数 DCD 社区发展局 DCSS 企业支持服务局 DPHS 规划和人类住区局 DPLG 省级和地方政府部 DPS 公共安全局 DTI 贸易和工业部 DTIS 技术和基础设施服务局 EEP 就业公平计划 EIA 环境影响评估 GDP 国内生产总值 GIS 地理信息系统 HH 家庭 HIV/AIDS 人类免疫缺陷病毒感染/获得性免疫缺陷综合症 HR 人力资源 ICT 信息和通信技术 IDP 综合发展计划 IRPTN 综合快速公共交通网络 IT 信息技术 KPA 关键绩效领域 KPI 关键绩效指标 LAN 局域网 LED 地方经济发展 MFMA 地方政府：2003 年第 56 号市政财政管理法案 MIG 市政基础设施补助金 MM 市政经理 MPRA 地方政府：市政财产2004 年第 6 号税率法案 MSA 地方政府：2000 年第 32 号市政系统法案 MTREF 中期收入和支出框架 NDP 国家发展计划 NGO 非政府组织 PMS 绩效管理系统 PMU 项目管理单位 POE 证据组合 PR 比例代表制 RWST 勒斯滕堡水务信托 R&T 道路和交通 SCM 供应链管理 SDBIP 服务提供和预算实施计划 SDF 空间发展框架 SEDA 小型企业发展局