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相对 qPCR 定量分析丛枝菌根真菌对植物根系的定植
摘要 丛枝菌根真菌 (AMF) 是一种有益的土壤真菌，可以促进宿主植物的生长。准确量化植物根部中的 AMF 非常重要，因为定植水平通常可以表明这些真菌的活性。根定植传统上用显微镜方法测量，该方法可以看到根内的真菌结构。显微镜方法劳动密集型，结果取决于观察者。在本研究中，我们提出了一种相对 qPCR 方法来量化 AMF，其中我们根据植物基因标准化了 AMF qPCR 信号。首先，我们在计算机上验证了引物对 AMG1F 和 AM1，并表明这些引物涵盖了植物根部存在的大多数 AMF 物种，而不会扩增宿主 DNA。接下来，我们基于对矮牵牛植物的温室实验将相对 qPCR 方法与传统显微镜检查进行了比较，这些植物的 AMF 根定植水平从非常高到非常低不等。最后，通过使用 MiSeq 对 qPCR 扩增子进行测序，我们通过实验证实引物对排除了植物 DNA，而主要扩增了 AMF。最重要的是，我们的相对 qPCR 方法能够区分 AMF 根定植的定量差异，并且与传统显微镜定量结果高度相关（Spearman Rho = 0.875）。最后，我们对显微镜和 qPCR 方法的优缺点进行了平衡的讨论。总之，测试的相对 qPCR 方法提供了一种可靠的替代方法来量化 AMF 根定植，与传统显微镜相比，该方法对操作员的依赖性更低，并且可扩展到高通量分析。
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John C. Dodd博士是国际生物技术学院（wwwbio.ukc.ac.uk/iibmircen）的生物技术MIRCEN主任，基于肯特大学（UKC）的肯特大学（UKC），UKC），UKC和Biosciences的荣誉高级研究员。他还是欧洲银行（BEG）的共同指导者，该银行经营着在线生态数据库和遗传档案（wwwbio.ukc.ac.uk/beg），用于arbuscular mycorrhizal Fungi。他已经广泛发表过关于菌根真菌的广泛发表，其中包括各种温带和热带生态系统以及植物病理学和农艺学的应用和基础研究。他的总体目标是研究如何在植物生产中进行这些好处，例如农业系统，降级地点的重新造林或生态恢复。这个目标符合利用微生物的自然生物多样性来实现生物技术过程，作为遗传操纵的替代选择。最近，他促进了在英国的菌根真菌的应用，帮助一家公司（Plantworks，Plantwksuk@aol.com）为市场生产“调谐”产品。