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dnaapler：一种重新定向循环微生物基因组的工具
许多生物学实体在内，包括细菌，古细菌，质粒，噬菌体和其他病毒都可以具有圆形基因组。一旦组装，圆形基因组序列表示为线性字符串，并以某种方式标记，以表明其应为圆形。线性序列开始的点是随机的，这是由于从测序读取中组装基因组时使用的算法的性质。这种任意的起点会影响下游基因组注释和分析。它们可能发生在编码序列（CD）中，可能会破坏移动遗传因素（如预言）的预测潜力，并难以基于基因顺序进行pangenome分析。因此，通常需要将微生物序列重新定向，以从某些基因开始：细菌染色体的DNAA染色体复制引发剂基因，质粒的RepA质粒复制起始基因和TERL大型末端末端基因酶基因的细菌亚nunit基因的细菌属基因。在这里，我们提出了DNAAPLER，这是一种柔性微生物序列的重新定向工具，可快速，一致地取向圆形微生物基因组，例如细菌，质粒和噬菌体。Dnaapler在github上托管在github.com/gbouras13/dnaapler上。
CRISPR/Cas 介导顺式转录调控的前景 - van der Knaap 实验室
摘要 园艺作物的定向育种对于提高产量、营养成分以及农产品的形状和颜色等消费者看重的特性至关重要。然而，有限的遗传多样性限制了通过传统育种方法可以实现的作物改良的数量。基因顺式调控区的自然遗传变化通过改变其表达在塑造表型多样性方面发挥着重要作用。在作物物种中使用 CRISPR/Cas 编辑可以通过有针对性地引入遗传变异来加速作物改良。CRISPR/Cas 介导的顺式调控区工程（顺式工程）的出现为调节基因表达和创造表型多样性以有利于作物改良提供了一种更精细的方法。在这里，我们重点介绍 CRISPR/Cas 介导的顺式工程在园艺作物中的当前应用。我们描述了其在作物改良中的应用策略和局限性，包括从头发现顺式调控元件 (CRE)、精确基因组编辑和无转基因基因组编辑。此外，我们还讨论了当前技术和成就面临的挑战和前景。CRISPR/Cas 介导的顺式工程是生产能够更好地适应气候变化并为不断增长的世界人口提供粮食的园艺作物的重要工具。