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proc。纳蒂。学院。科学。美国卷77，第8号，第4602-4606页，1980年8月，生物化学的肾上腺素核酸内切核酸酶修复嘧啶二聚体
摘要 通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征（单链断裂）III，IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究，已通过E coli dna Polymerase I（DNA Polymerase I（DNA coletidylyclase ind of DNA）的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端，而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。 该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA，而核酸内切酶VI也是如此，而核酸内切酶III具有不同的切口机制。 t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性，该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA，对聚合酶的启动活性低。 通过与核酸内切酶VI的额外孵育，可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性，并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。 这些结果表明，核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶（分别作用于撤离和放射性的DNA）产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕，并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5' 然而，核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。 这些结果表明，在DNA中肾上腺素/III，IV和VI的连核III，IV和VI的作用。通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征（单链断裂）III，IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究，已通过E coli dna Polymerase I（DNA Polymerase I（DNA coletidylyclase ind of DNA）的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端，而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。 该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA，而核酸内切酶VI也是如此，而核酸内切酶III具有不同的切口机制。 t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性，该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA，对聚合酶的启动活性低。 通过与核酸内切酶VI的额外孵育，可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性，并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。 这些结果表明，核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶（分别作用于撤离和放射性的DNA）产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕，并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5' 然而，核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。 这些结果表明，在DNA中肾上腺素/III，IV和VI的连核III，IV和VI的作用。通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征（单链断裂）III，IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究，已通过E coli dna Polymerase I（DNA Polymerase I（DNA coletidylyclase ind of DNA）的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端，而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。 该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA，而核酸内切酶VI也是如此，而核酸内切酶III具有不同的切口机制。 t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性，该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA，对聚合酶的启动活性低。 通过与核酸内切酶VI的额外孵育，可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性，并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。 这些结果表明，核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶（分别作用于撤离和放射性的DNA）产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕，并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5' 然而，核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。 这些结果表明，在DNA中肾上腺素/III，IV和VI的连核III，IV和VI的作用。通过大肠杆菌内核的损坏DNA的特征（单链断裂）III，IV和VI以及通过噬菌体T4 UV鼻核ASE进行了研究，已通过E coli dna Polymerase I（DNA Polymerase I（DNA coletidylyclase ind of DNA）的dna-nicks Incriv dna-dna-dna in nicks dna complose se a聚合酶的末端，而核酸内切酶III或通过T4紫外线溶液引入脱固定的DNA的痕迹却没有。该结果表明核酸内切酶IV尼古克在源自核酸位点的5'侧降低了DNA，而核酸内切酶VI也是如此，而核酸内切酶III具有不同的切口机制。t4紫外核酸内切酶还具有apur- inic核酸内切酶活性，该活性在聚合酶的脱尿中产生了脱尿的DNA，对聚合酶的启动活性低。通过与核酸内切酶VI的额外孵育，可以增强用核酸内切酶III或T4 UV内核酸酶划分的DNA的启动活性，并在较小程度上与核酸内切酶IV孵育。这些结果表明，核酸内切酶III和T4 UV核酸内切酶（分别作用于撤离和放射性的DNA）产生含有3末端的载膜/阿哌丁汀位点的划痕，并且这些位点并未通过DNA Polymase I. divne divne的3' -5'活性来[' -5' - 5' - 5'然而，核酸内切酶IV或VI显然可以去除未经零件位点的5'侧的末端肾上腺素/apyrimidinic位点以及裂解。这些结果表明，在DNA中肾上腺素/III，IV和VI的连核III，IV和VI的作用。我们使用T4 UV核酸内切酶的结果表明，T4紫外核酸内切酶对辐照DNA的切口涉及在嘧啶二聚体的5'一半处的糖基键的裂解，又涉及磷酸二二聚体的裂解，又是磷酸二酯键的裂解，最初连接了两个核位核位核苷酸的两个核苷酸。他们还暗示糖基键在磷酸酯键之前切割。
数学模型用于研究遗传变异的限制性核酸内切酶
它。因此，如果像mtDNA这样的圆形DNA具有m识别（限制）位点，则该酶在消化后将其分散成M段。限制位点的数量和位置随核苷酸序列而变化。相比，两个DNA序列的相似性越高，裂解模式越接近。因此，可以通过比较限制位点的位置来估计两个同源DNA之间的核苷酸取代的数量。同样，可以从两个或分类的DNA片段的比例中估算核苷酸取代的数量。Upholt（8）研究了这两个问题，但他的锻炼并不一般，似乎涉及一些错误。fur-hoverore，upholt不关注种群中DNA序列的异质性明显高度（5）。当研究紧密相关的物种之间的遗传差异时，有必要消除这种异质性的作用。本文的目的是开发一个更严格的DNA遗传差异数学模型，并提出了一种统计方法，用于分析限制酶研究的数据。在前四个部分中，我们要么假设人群中没有多态性，要么仅考虑一对生物（个体）之间的遗传差异。在第五部分中将删除无多态性的假设。
通过微型DNA核酸酶ISCB
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.11.637773 doi：Biorxiv Preprint
CRISPR/Cas 内切酶在体内视网膜基因编辑中的比较
。CC-BY 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2020 年 6 月 9 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.06.09.141705 doi：bioRxiv 预印本
COMPASS 亚基 Spp1 通过限制 DNA 对核酸酶的利用来保护 Tus/Ter 复制叉屏障处的新生 DNA
同源重组因子在 DNA 复制过程中对保护新生 DNA 起着至关重要的作用，但染色质在此过程中的作用尚不清楚。在这里，我们使用了已知可在酿酒酵母中诱导位点特异性复制叉停滞的细菌 Tus/Ter 屏障。我们报告称，Set1C 亚基 Spp1 被募集到停滞的复制叉后面，与其与 Set1 的相互作用无关。Spp1 染色质募集依赖于其 PHD 结构域与沉积在停滞叉后面的 H3K4me3 亲本组蛋白的相互作用。它的募集通过限制 Exo1 的访问来防止 ssDNA 在停滞叉处积累。我们进一步表明，删除 SPP 1 会增加屏障上游的突变率，有利于微缺失的积累。最后，我们报告称 Spp1 保护 Tus/Ter 停滞复制叉处的新生 DNA。我们认为 Spp1 限制了叉的重塑，最终限制了新生 DNA 对核酸酶的利用。
真核 RNA 引导的核酸内切酶是从一类独特的细菌酶进化而来的
1 加州大学伯克利分校分子与细胞生物学系；美国加利福尼亚州伯克利市；2 加州大学创新基因组学研究所；3 加州大学伯克利分校加州定量生物科学研究所 (QB3)；4 加州大学伯克利分校霍华德休斯医学研究所；美国加利福尼亚州伯克利市；5 加州大学伯克利分校地球与行星科学系；6 加州大学洛杉矶分校分子、细胞和发育生物学系；7 加州大学伯克利分校计算生物学中心；8 加州大学洛杉矶分校霍华德休斯医学研究所；9 格拉德斯通研究所；美国加利福尼亚州旧金山市；10 格拉德斯通-加州大学旧金山分校基因组免疫学研究所； 11 劳伦斯伯克利国家实验室分子生物物理和综合生物成像部；美国加利福尼亚州伯克利市；12 加利福尼亚大学伯克利分校化学系；美国加利福尼亚州伯克利市；
Caszyme和Integra Therapeutics标志许可协议新型CRISPR CAS12L核酸酶
斯德哥尔摩，2024年11月4日。caszyme（维尔纽斯，立陶宛），是CRISPR基因编辑技术开发和应用的先驱，以及Integra Therapeutics（西班牙巴塞罗那，西班牙），这是一家公司，这是一家公司，这是一家公司，领导着创建基于下一代基因写作工具的高级治疗的方法，以宣布了Caszyes的使用及其caszyes的使用，并宣布了Caszyes的使用，并提高了Caszyes的使用量，并提高了Caszyes的新颖核心的使用。疗法。该协议在今年的Bio Europe上揭幕，这是本周在斯德哥尔摩举行的欧洲生物医学行业最大的合作赛事。超过2800家公司来自60个国家 /地区，有5,000多名生物制药专业人员出席。根据协议，Integra Therapeutics将将基因组编辑器CAS12L纳入其FICAT 2.0（查找和剪切转移）基因编写平台，此后在体内和EX VIVO研究中成功进行，这在人类细胞的安全性和功能方面产生了高度积极的结果。Caszyme将获得高达4000万的里程碑付款。欧元外，还有销售特许权使用费。cas12l是一个独特的CRISPR核酸酶家族，其效应子大小约为850个氨基酸，其尺寸较小和多功能性而引人注目。作为对高效和安全基因编辑的需求
使用人类 iPS 细胞和可编程核酸酶进行疾病建模和治疗原型设计 VU EMBL 的核酸酶细胞疗法实验室
使用人类 iPS 细胞和可编程核酸酶进行疾病建模和治疗原型设计 VU EMBL 基因编辑技术合作研究所的核酸酶细胞疗法实验室，Jonathan Arias（博士）首席研究员 人类 iPS 细胞和基因编辑技术的融合使我们能够访问罕见或通常无法访问的细胞类型和基因组配置，以进行疾病建模和体外治疗原型设计。在本次演讲中，我将介绍使用 CRISPR-Cas9 双等位基因编辑以确定性方式创建同源细胞模型的进展。我将讨论如何使用这种双等位基因编辑来模拟帕金森病和早发性罕见病蜡样脂褐素沉积症中的神经退行性。此外，我将展示基因编码的传感器如何实现患者分层，以及如何通过高通量和高含量系统进行化合物筛选。关于我们的实验室：我们的实验室位于立陶宛维尔纽斯。我们开发了造血细胞系（HSC 和 NK 细胞）、心室心肌细胞、神经元上皮干细胞 (NESC) 和骨骼肌中的人类细胞模型。如果您需要在人类 iPS 细胞中创建同源或报告系，请随时联系我们，我们很乐意与您合作 jonathan.arias@gmc.vu.lt https://www.gmc.vu.lt/en/group-of-cell-therapeutics/people https://www.linkedin.com/in/jonathan-arias-4116a122a/ https://orcid.org/0000-0002-3997-2355
基因组编辑无核酸酶为编辑的肝细胞赋予了增殖优势，并纠正了威尔逊病
引言威尔逊疾病（WD）是由ATP7B基因中的致病变异引起的一种罕见的常染色体隐性代谢疾病，它编码了P型铜转运ATPase，并且主要在HEPATOCYTES中表达。ATP7B在铜代谢中起着至关重要的作用，为铜蛋白合成提供了铜，并将过量的铜释放到胆汁中。ATP7B功能的丧失会导致肝脏中的有毒铜沉积物，并且在较小程度上，在大脑，眼睛和肾脏中导致慢性肝炎和肝硬化，直到肝脏衰竭，并导致精神病和神经系统缺陷。当前的WD疗法基于螯合剂的去除和减少锌盐铜肠吸收的铜沉积物（1）。治疗在所有WD患者中均不有效，无反应者通常需要肝移植（2）。此外，遵守治疗通常是一个问题，尤其是在青少年中（3，4）。腺相关病毒（AAV）载体被认为是肝脏定向基因治疗的首选载体，并且正在迅速进入诊所（5）。使用AAV载体的经典基因替代方法已在成年ATP7B - / - 小鼠（6）中实现了疾病校正。然而，WD可以在年轻人中表现出来，而在生长肝脏中早期施用了伴有肝AAV载体可能会导致由于肝细胞增殖而导致转基因表达的逐渐丧失。此外，大多数WD患者在诊断时已经存在肝损伤（7），再生反应可能会进一步促进转基因稀释。此策略利用相反，基因组编辑会导致永久性基因组DNA修饰，如果发生增殖，则由子细胞遗传，从而避免转基因稀释。AAV介导的无启动子转基因在白蛋白（ALB）基因座中的靶向整合已被开发为一种安全有效的肝脏定向基因组编辑方法（8）。
无需核酸酶的基因组编辑赋予编辑肝细胞增殖优势并纠正威尔逊病
简介 威尔逊病 (WD) 是一种罕见的常染色体隐性铜代谢障碍，由 ATP7B 基因的致病变异引起，该基因编码 P 型铜转运 ATPase，主要在肝细胞中表达。ATP7B 在铜代谢中起着关键作用，为铜蛋白合成提供铜，并将过量的铜释放到胆汁中。ATP7B 功能丧失会导致肝脏中出现有毒的铜沉积，在较小程度上还会在脑、眼和肾脏中出现，从而导致慢性肝炎和肝硬化直至肝功能衰竭，以及精神和神经功能障碍。目前对 WD 的治疗方法是通过螯合剂去除铜沉积物和通过锌盐减少肠道对铜的吸收 (1)。这种疗法并非对所有 WD 患者都有效，对治疗无反应的患者通常需要肝移植 (2)。此外，治疗依从性往往是一个问题，尤其是在青少年中 (3, 4)。腺相关病毒 (AAV) 载体被认为是肝脏定向基因治疗的首选载体，并正在迅速进入临床 (5)。使用 AAV 载体的经典基因置换方法已在成年 Atp7b –/– 小鼠中实现了疾病纠正 (6)。然而，WD 可能在年轻个体中表现出来，在生长的肝脏中早期施用游离型 AAV 载体可能会导致由于肝细胞增殖而逐渐丧失转基因表达。此外，大多数 WD 患者在诊断时已经出现肝损伤 (7)，再生反应可能会进一步促进转基因稀释。相反，基因组编辑会导致永久性的基因组 DNA 修饰，如果发生增殖，子细胞会继承这些修饰，从而避免转基因稀释。AAV 介导的白蛋白 (Alb) 基因座内无启动子转基因的靶向整合已被开发为一种安全有效的肝脏定向基因组编辑方法 (8)。该策略利用