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1 假单胞菌的分步遗传工程...
a 威斯康星大学麦迪逊分校化学与生物工程系，美国威斯康星州麦迪逊市 b 威斯康星大学麦迪逊分校细菌学系，美国威斯康星州麦迪逊市 c 威斯康星大学麦迪逊分校化学系，美国威斯康星州麦迪逊市 d 威斯康星大学麦迪逊分校微生物学博士培训项目，美国威斯康星州麦迪逊市 * 通讯作者。威斯康星大学麦迪逊分校化学与生物工程系，美国威斯康星州麦迪逊市。电子邮件地址：brian.pfleger@wisc.edu
通过热诱导 ssDNA 重组技术对假单胞菌进行高效多位点基因组编辑
单链 DNA 重组工程在肠道细菌以外物种的基因组编辑中的应用受到重组酶效率和内源性错配修复 (MMR) 系统作用的限制。在这项工作中，我们建立了一个遗传系统，用于在生物技术相关菌株 EM42 的染色体中输入多种变化。为此，设计了 PL / c I857 系统的控制下，rec2 重组酶和 P. putida 的等位基因 mutL E36K PP 的高水平热诱导共转录。短时间热转移循环，然后用一套诱变寡核苷酸进行转化，可产生不同类型的基因组变化，每次修饰的频率高达 10%。相同的方法有助于超级多样化短染色体部分，以创建功能性基因组片段文库——例如核糖体结合位点。这些结果使得假单胞菌基因组工程的多重化成为可能，这是这种重要合成生物学底盘代谢重编程所必需的。
基因组规模和途径工程，用于假单胞菌的可持续航空燃料前体异丙醇生产
可持续航空燃料（SAF）将显着影响航空部门的全球变暖，并且重要的SAF目标正在出现。异丙醇是有希望的SAF化合物DMCO（1,4-二甲基甲基氯辛烷）的先驱，并且已在几种工程的微生物中产生。 最近，假单胞菌Putida成为异丙肾生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物量的未来寄主，因为它可以利用廉价的植物生物量。 在这里，我们设计了代谢通用的宿主P. putida来生产异丙醇。 我们采用两种计算建模方法（双光线优化和约束最小切割组）来预测基因敲除靶标并优化P. p. putida中的“ IPP-Bypass”途径，以最大程度地提高异源醇的产生。 Alto gether，在喂养批处理条件下，以3.5 g/L的速度获得了p. p. p. p. p. p.的最高生产滴度。 用于高级生物燃料生产的P. Putida上计算建模和应变工程的这种组合在实现可以使用可再生碳流的生物生产过程中具有至关重要的意义。异丙醇是有希望的SAF化合物DMCO（1,4-二甲基甲基氯辛烷）的先驱，并且已在几种工程的微生物中产生。最近，假单胞菌Putida成为异丙肾生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物生物量的未来寄主，因为它可以利用廉价的植物生物量。在这里，我们设计了代谢通用的宿主P. putida来生产异丙醇。我们采用两种计算建模方法（双光线优化和约束最小切割组）来预测基因敲除靶标并优化P. p. putida中的“ IPP-Bypass”途径，以最大程度地提高异源醇的产生。Alto gether，在喂养批处理条件下，以3.5 g/L的速度获得了p. p. p. p. p. p.的最高生产滴度。用于高级生物燃料生产的P. Putida上计算建模和应变工程的这种组合在实现可以使用可再生碳流的生物生产过程中具有至关重要的意义。
转录因子FOXM1在糖尿病及其...
摘要：Lelliottia羊膜是一种革兰氏阴性的辅助厌氧芽孢杆菌，后来又从食物（洋葱，奶油，未经糊糊的牛奶和西班牙猪香肠）中鉴定出来，在某些情况下，在某些情况下会引起人类的感染，尤其是在人类中，尤其是在免疫成分的患者中。文献中很少有人类感染的病例，例如内脑炎，尿路感染，肾盂脾气病和败血症。我们描述了一个住在城市环境中的69岁高加索男性患者的情况拭子（2023年5月25日）在罗马尼亚县临床紧急医院的临床急诊医院被送往传染病诊所后。入院时，进行了肺计算机断层扫描（CT）扫描，该扫描的严重程度得分为25分。在疾病的第二周中，患者进行了闻症，从中进行了细菌学检查，并确定了pseudomonas putida和Lelliottia amnigena。在第三次收获痰液样品期间，将P. p. p. p. p. p. p. p. p. p. p. a amnigena（两种低毒力菌株均具有对抗生素的敏感性。在接受放线菌病，慢性阻塞性肺部疾病和支气管扩张的先前肺部手术的免疫抑制患者的背景下，所有这些疾病都有利于生物膜形成。在抗病毒治疗，皮质疗法，抗生素治疗（在缺乏鉴定病因学的情况下，最初与linezolid和lineZolid相关的杂苯甲和ceftazimime-avibactam），voriconazole，voriconazole，salbutamol intaration contriation contriation contriation CONTRATION CORTAINTIAN CONTIAN CORTAINS INHALALALALALALALALALALALALALALALALALALASES，在抗病毒治疗，皮质疗法，抗生素治疗（在缺乏识别病因学的情况下，最初是Meropenem）施用的进化，并将要求，出院后，患者在家中继续进行氧气治疗，流量为5 l/分钟。L. amnigena仍然是一种很少在人类病理学中孤立的病原体，但我们应该更加关注，尤其是在免疫抑制的患者中，在这种患者中，它可以造成极为严重的临床状况。
从尼日利亚纳萨拉瓦州的人类肠道微生物组中分离出的假单胞菌的元基因组组装基因组
尼日利亚纳萨拉瓦州卡鲁大学科学学院生物化学系，尼日利亚纳萨拉瓦州，与：oluchukukwu.anunobi@binghamuni.edu.edu.ng; 07034439524; ORCID: 0000-0003-2047-5313 Abstract: The metagenome-assembled genome (MAG) sequences of Pseudomonas putida PP14A and PP20A were obtained by metagenomic sequencing from the gut microbiomes of a female and a male patient both 24 years old from the same household presenting to a health outreach laboratory with complaint of headache, and occasional diarrhoea in尼日利亚纳萨拉瓦州马拉拉巴。 两个PP MAG之间观察到的系统发育关系与其他假单胞菌SPP MAG之间观察到了从人类的人类活动和迁移到pseudomonas putida的全球传播。 关键字：假单胞菌，元基因组组装的基因组，肠道微生物组，毒力，系统发育，2024年6月12日获得；修订（加快）2024年6月17日； 2024年6月24日接受版权2024 AJCEM开放访问。 本文根据创意共享损耗4.0国际许可证 主编：S。S. Taiwo教授尼日利亚纳萨拉瓦州卡鲁大学科学学院生物化学系，尼日利亚纳萨拉瓦州，与：oluchukukwu.anunobi@binghamuni.edu.edu.ng; 07034439524; ORCID: 0000-0003-2047-5313 Abstract: The metagenome-assembled genome (MAG) sequences of Pseudomonas putida PP14A and PP20A were obtained by metagenomic sequencing from the gut microbiomes of a female and a male patient both 24 years old from the same household presenting to a health outreach laboratory with complaint of headache, and occasional diarrhoea in尼日利亚纳萨拉瓦州马拉拉巴。两个PP MAG之间观察到的系统发育关系与其他假单胞菌SPP MAG之间观察到了从人类的人类活动和迁移到pseudomonas putida的全球传播。关键字：假单胞菌，元基因组组装的基因组，肠道微生物组，毒力，系统发育，2024年6月12日获得；修订（加快）2024年6月17日； 2024年6月24日接受版权2024 AJCEM开放访问。本文根据创意共享损耗4.0国际许可证 主编：S。S. Taiwo教授主编：S。S. Taiwo教授
建立一个直接的I-SCEI介导的重组一个质粒系统，用于在P. p. putida KT2440中进行有效的基因组编辑
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年1月23日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.01.23.576838 doi：Biorxiv Preprint
具有异型的全细胞筛选方法
由于其直接电子传输到电极的能力，稀土金属作为辅因子的利用及其周质定位，吡咯烷二酚奎诺酮依赖性的醇dehydroge- nases（pqqq-adhs）代表了一类有趣的生物催化剂，用于各种生物技术应用程序。对于大多数生物催化剂而言，蛋白质稳定性是库的，要么在给定的过程条件下提高蛋白质的性能，要么最大程度地提高蛋白质对突变操纵的鲁棒性，通常需要增强或引入感兴趣的功能。在这项研究中，我们描述了一个全细胞筛选测定法，适用于探测Escherichia Coli BL21（DE3）细胞中的PQQ-ADH活动，并使用此测定法筛选智能突变库，以提高PQQ-ADH PEDE的热稳定性（PP_2674）（PP_2674）（ppseudomonas putida putida ktida KT22440）。在连续三轮筛选时，我们确定了三个不同的氨基酸位置，这显着改善了酶的稳定性。The subsequent combination of the bene fi cial mutations fi nally results in the triple mutant R91D/ E408P/N410K, which not only exhibits a 7 ° C increase in thermal stability but also a twofold increase in residual activity upon incubation with up to 50% dimethyl sulfoxide (DMSO), while showing no signi fi - cant difference in enzymatic ef fi ciency ( k cat / k m）。
高度通用和耐溶剂的假单胞菌 B6-2 (ATCC BAA-2545) 的基因图谱，作为多环芳烃和二恶英类化合物矿化的“超级明星”
多环芳烃 (PAH) 和二恶英类化合物（包括硫、氮和氧杂环）是广泛存在的有毒环境污染物。能够与芳香族多环化合物一起生长的多种微生物对于污染场地的生物修复和地球的碳循环至关重要。在这里，在联苯 (BP) 存在下生长的假单胞菌 B6-2 (ATCC BAA- 2545) 细胞能够同时降解 PAH 及其衍生物，即使它们以混合物的形式存在，并且能够耐受高浓度的剧毒溶剂。对菌株 B6-2 的 6.37 Mb 基因组的遗传分析揭示了负责芳香族化合物中央分解代谢系统和溶剂耐受性的基因簇共存。我们利用功能转录组学和蛋白质组学来识别与 BP 以及 BP、二苯并呋喃、二苯并噻吩和咔唑混合物的分解代谢相关的候选基因。此外，我们观察到 BP 在转录水平上的动态变化，包括芳香化合物的代谢途径、趋化性、流出泵和转运蛋白，这些可能与适应 PAH 有关。这项关于菌株 B6-2 高度多功能活性的研究表明，它
生物炭与植物生长促进菌假单胞菌 TSAU1 对植物生长、小麦养分吸收和土壤酶活性的联合影响
1. 简介 生物炭是一种由生物废弃物在低氧或无氧条件下通过热解制成的生物产品（Lehmann 等人，2011 年）。生物炭对土壤和植物健康有多种有利影响，如提高土壤有机质含量（Chan 等人，2007 年）、土壤酶活性（Ma 等人，2019a、2019b）、土壤阳离子交换和持水能力（Novak 等人，2009 年；Yu 等人，2013 年；Kul，2022 年）、微生物多样性（Egamberdieva 等人，2016 年；Egamberdieva 等人，2020a、2020b）和植物养分获取（Cao 等人，2017 年）。有许多关于生物炭施用对植物生长、土壤肥力、植物保护和植物抗逆性的积极影响的报道（Frenkel 等人，2017 年；Postma 和 Nijhuis，2019 年）。这种积极影响可以通过土壤物理质量的提高、土壤保水能力、养分利用率以及参与养分循环的微生物多样性来解释（Kolton 等人，2011 年；Egamberdieva 等人，2017 年；Khan 等人，2021 年）。一些报告显示更高的微生物活性
Lelliottia amnigena和Pseudomonas putida与关键SARS-COV-2感染相关的共同感染：病例报告
o-glcnacylation是对蛋白质的翻译后修饰，涉及将O-GlCNAC添加到核或细胞质蛋白的丝氨酸或苏氨酸残基中，由O-GLCNAC转移酶（OGT）催化。这种修改是高度动态的，可以通过O-Glcnacase（OGA）逆转。o-glcnacylation在免疫系统中普遍存在，该系统从事多种生理和病理生理过程。有大量证据表明，己糖胺生物合成途径（HBP）和O-Glcnacylation都与调节免疫细胞功能有关。然而，O- Glcnacylation在免疫系统中的确切作用需要充分阐明。本综述提供了有关蛋白质o-胶囊化研究的目前研究的详细介绍，突显了通过该PTM控制免疫细胞生长，成熟和性能的分子机制。