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液相色谱 - 潮流质谱测定法，用于在药物相互作用的临床背景下，人血浆中CDK4/6抑制剂定量
Fanny Leenhardt，Matthieu Gracia，Catherine Perrin，Claudia Muracciole-Bich，BénédicteMarion等。液相色谱 - 潮流质谱测定法，用于在药物相互作用的临床背景下人类血浆中CDK4/6抑制剂定量。药物和生物医学分析杂志，2020，188，pp.113438。10.1016/j.jpba.2020.113438。HAL-03003807V2
研究论文通过生物信息学和实验测定法探索IBD和牛皮癣的共享诊断基因
背景：炎症性肠病（IBD）是一种影响肠道的持续性，非特异性炎症。牛皮癣是皮肤的长期炎症性疾病。IBD和牛皮癣之间存在合并症的相关性，但是合并症的特定发病机理尚不清楚。材料和方法：在这项研究中，我们分析了来自基因表达综合（GEO）数据库的数据集，并通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA）鉴定了IBD和牛皮癣的共享基因。然后，应用三种机器学习算法来识别共享的诊断基因。接下来，用ROC曲线评估了共享诊断基因的验证，并确定了AUC。随后，进行了单个样品基因集富集分析（SSGSEA）和免疫浸润分析。此外，我们在药物签名数据库（DSIGDB）中获得了潜在的药物，例如Coremine数据库中的7种传统中药，这可能会对IBD和牛皮癣的合并症具有治疗作用。最后，我们通过RT-PCR，Western印迹和免疫组织化学（IHC）方法证实了结肠炎和牛皮癣小鼠组织中共有诊断基因的表达。结果：结果表明，AQP9的两种疾病具有最高的诊断值。AQP9的AUC值为UC的AUC值为93.681％，CD的AUC值为89.629％，在内部验证数据集中，牛皮癣的AUC值为78.689％。在外部验证数据集中，AQP9的AUC值为UC的AUC值为90.394％，CD的AUC值为93.909％，牛皮癣的AUC值为90.909％，为82.906％。免疫浸润分析和SSGSEA表明，AQP9可能通过参与NF-kappab信号通路并调节免疫细胞分化来影响IBD和牛皮癣的疾病过程。此外，与对照组相比，AQP9的表达水平始终验证，在IBD中显示上调和牛皮癣下调。结论：这项研究揭示了IBD和牛皮癣合并症的共享诊断基因和潜在机制，为探索合并症机制和治疗目标的未来研究提供了新的方向。
基于单细胞打印技术和乳液偶联分析对 CRISPR/Cas9 RANKL 敲除间充质干细胞克隆进行表征，作为单细胞克隆的低细胞工作流程
基因改造单细胞的同质性对于许多应用（例如细胞系开发、基因治疗和组织工程，尤其是再生医学应用）而言是必需的。缺乏有效分离和表征 CRISPR/Cas9 工程细胞的工具被认为是这些应用中的一个重大瓶颈。尤其是蛋白质检测技术不兼容，无法在没有先决条件大规模克隆扩增的情况下确认蛋白质表达变化，这在许多应用中造成了僵局。为了改善工程细胞的表征，我们提出了一种改进的工作流程，包括基于高产量荧光特性的单细胞打印/分离技术、基因组编辑筛选（测量测定）、评估改变的基因表达的 mRNA rtPCR 和一种称为乳化偶联的多功能蛋白质检测工具，以提供高含量、统一的单细胞工作流程。该工作流程以 RANKL 敲除永生化间充质干细胞的工程和功能验证为例，这些细胞的骨形成能力发生了改变。由此产生的工作流程经济实惠，无需大规模克隆扩增细胞，整体克隆效率高于 CRISPR/Cas9 编辑细胞的 30%。尽管如此，由于单细胞克隆在细胞发育的早期高度并行阶段得到全面表征，包括 DNA、RNA 和蛋白质水平，因此该工作流程可提供更多成功编辑的细胞以供进一步表征，从而降低开发过程中后期失败的可能性。
Beckman Coulter RUO分析神经退行性疾病
2025年2月 - 贝克曼·库尔特（Beckman Coulter）诊断宣布，仅使用基于血液的生物标志物免疫测定法，旨在评估磷酸化的TAU217，神经胶质酸性蛋白质，神经纤维纤维纤维蛋白，神经纤维蛋白光链和载脂蛋白ε4生物标志物。这些神经生成RUO分析可用于DXI 9000免疫测定分析仪。GFAP，NFL和APOEε4分析也可用于Access 2 Immunoasle Analyzer。
腺相关的定量体外效力测定...
临床级矢量批次的效力评估对于支持与腺相关病毒（AAV）媒介的释放至关重要，这对于将来的营销授权是必需的。我们已经开发并验证了基于细胞的定量效力测定法，该测定法检测了AAV8-H-H UGT1A1载体的转基因表达和活性，该载体目前正在临床评估中，用于治疗Crigler-Najjar综合征。在体外评估了AAV8-H UGT1A1的效力。在人肝癌7（HUH7）细胞转导后，通过通过胆红素共结合测定法对转基因阳性细胞进行了转基因阳性细胞。将各种AAV8-HUGT1A1批次的体外效力与体内的效力进行了比较。在AAV8-H UGT1A1转导后，表达UGT1A1的细胞的定量显示了线性剂量响应的相对（r 2 = 0.98），具有足够的内内和日期可重复的可重复性（coviation of Variation [CV] = 11.0％和22.0％和22.0％和22.6％，按照一致，胆红素的偶联显示了线性剂量反应关系（r 2 = 0.99），在低剂量范围内具有足够的日期内和日期可重复性（CV = 15.7％和19.7％）。两者在体外效能分析都可靠地转化为AAV8-H UGT1A1矢量批次的体内效率。对AAV8-H UGT1A1的基于细胞的效力分析充分确定了转基因UGT1A1的表达和活性，这与体内效率一致。这种新颖的方法适合确定载体的效力以支持临床级载体释放。
基于粪便的定量PCR测定法用于诊断青少年和成人的结核病：一项跨国，前瞻性诊断准确性研究
建议引用推荐引用kay，亚历山大； Vasiliu，ANCA；卢西亚的Carratala-Castro； Mtafya，Bariki；门德斯·雷耶斯（Mendez Reyes），何塞·尤伯托（Jose Euberto）； Maphalala，Nontobeko；穆加姆，希尔西亚； Mulengwa，Durbbin；尼斯，塔拉；贝伦的萨维德拉；巴查，杰森； Maphalala，Gugu; Mejia，Rojelio； Mtetwa，Godwin； Acacio，Sozinho； Manjate，Patricia； Mambuque，Edson； Nosisa的志Ba；诺克万达哥达； Ziyane，Mangaliso； Ntinginya，Nyanda Elias；兰格，克里斯托夫；基尔奇纳（H Lester）； Dinardo，Andrew R； Garcia-Basteiro，Alberto L；曼达拉卡斯，安娜·玛丽亚；和Stool4TB全球合作伙伴关系，“基于粪便的定量PCR测定法对青少年和成人的结核病诊断：一项跨国，前瞻性诊断准确性研究”（2024）。教职员工出版物。1687。https://digitalcommons.library.tmc.edu/baylor_docs/1687
激酶抑制剂下拉分析鉴定基于嘌呤结合蛋白的三阴性乳腺癌的化学疗法反应签名
转化相关性鉴定对新辅助化学疗法的病理完全反应（PCR）预测性生物标志物将推进三阴性乳腺癌（TNBC）的精确治疗。为了补充标准的蛋白质组学分析，在分析图43个基线TNBC活检样品的分析中，在分析了多西他赛和甲状腺素新辅助素新辅助化学疗法之前，对激酶抑制剂下拉测定法（KIPA）的优化版本进行了分析。虽然没有基于激酶的显着PCR关联出现，但七个非激酶嘌呤结合蛋白与PCR具有正相关，包括GBP2，GBP5，RAC2，RAC2，ATP6V1B2，NEDD4L，LDHB和KPNA4。使用正交mRNA数据集进行验证表明，复合嘌呤结合蛋白的信号预测了化学疗法的反应性和有利的TNBC结果。也观察到与IFN反应途径，免疫评分和免疫检查点水平（PD-L1）的显着相关性。单细胞RNA测序将GBP5和RAC2鉴定为T细胞相关。因此，KIPA是一种新型的生物标志物发现工具，具有定义免疫反应性和化学疗法敏感肿瘤类型的潜力。
激酶抑制剂下拉分析（KIP）用于临床蛋白质组学
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