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质膜修复需要Septin细胞骨架
在这项研究中，我们对十项可公开可用的基准测试进行了全面的荟萃分析，该测试评估了使用RNA-SEQ数据评估基因融合检测工具的性能。我们的分析集中在关键性能指标上，包括灵敏度，精度和F1分数。我们评估了工具在不同数据集中的性能。我们检查了数据集特征的影响，例如样本类型（真实或模拟）和读取长度，以及结果对结果的其他样本和测序参数。除了评估绩效外，我们还分析了基准测试的组织和设计，突出了诸如数据集的清晰描述，详细的仪器参数和透明方法。但是，我们还确定了常见的陷阱，包括不足的可重复性信息，数据集的多样性和缺乏广泛接受的黄金标准数据集。这些限制使得很难始终如一地评估工具并跨基准进行比较。通过综合这些发现，我们为未来的基准项目提出了建议，强调了标准化的需求，提高透明度和健壮真理集的发展。本研究旨在帮助社区创建更可靠和可重复的基准测试，最终加速了用于临床和研究应用的基因融合检测工具的开发和评估。
Septins 破坏可控制肿瘤生长并增强赫赛汀的疗效
Septins disruption controls tumor growth and enhances efficacy of Herceptin 1 2 Rakesh K Singh* 1 , Kyu Kwang Kim 1 , Negar Khazan 1 , Rachael B. Rowswell-Turner 1 , Christian 3 Laggner 3 , Aaron Jones 1 , Priyanka Srivastava 1 , Virginia Hovanesian 4 , Liz Lamere 1 , Thomas 4 Conley 1 , Ravina Pandita 1 , Cameron Baker 5 , Jason R Myers 5 , Elizabeth Pritchett 5 , Awada Ahmad 1 , 5 Luis Ruffolo 2 , Katherine Jackson 2 , Scott A. Gerber 2 , John Ashton 5 , Michael T. Milano 6 , David 6 Linehan 2 , Richard G Moore 1 7 8 1 Wilmot Cancer Institute, Division of Gynecologic Oncology, Department of Obstetrics and 9 Gynecology, University of Rochester Medical Center, Rochester, NY, USA. 10 2 Department of Surgery, Microbiology and Immunology; Department of Radiation Oncology and 11 Center for Tumor Immunology Research, University of Rochester Medical Center, Rochester, NY, 12 USA. 13 3 Atomwise Inc, San Francisco, CA, USA. 14 4 Rhode Island Hospital, Providence, RI, USA. 15 5 Genomics Research Center, Wilmot Cancer Center, University of Rochester Medical Center, NY, 16 USA. 17 6 Department of Radiation Oncology, University of Rochester, NY, USA. 18 19 20 * Corresponding author: 21 Rakesh_Singh@URMC.Rochester.Edu 22 Telephone (office): 585-276-6281. Fax: 585-276-2576 23 24 Abstract 25 Septin expressions are altered in cancer cells and exhibit poor prognoses in malignancies. As the 26 first approach to develop a septin filament targeting agent, we optimized the structure of 27 Forchlorfenuron (FCF), a known plant cytokinin to generate UR214-9, which contrary to FCF, 28 causes septin-2/9 filamental structural catastrophe in cancer cells without altering cellular septin 29 protein levels. In-silico docking using septin-2/septin-2 dimer complex showed that UR214-9 30 displaced the guanine carbonyl oxygen from the GDP binding domain and showed increased 31 binding energy than FCF(-8.59vs-7.21). UR214-9 reduced cancer cell growth, downregulated 32 HER2/STAT-3 axis and controlled growth of HER2+ pancreatic, breast and ovarian cancer 33 xenografts in NSG mice and enhanced response of Herceptin against HER2+breast cancer 34 xenograft. Transcriptome analysis of UR214-9 exposed cells demonstrated significant 35 perturbation of <20 genes compared to afatinib which impacted >1200 genes in JIMT-1 breast 36 cancer cells indicating target specificity and non-transcriptional functions of UR214-9. In summary, 37 disrupting septins via UR214-9 is a new approach to control the growth of HER2+ malignancies. 38 39 Introduction 40 41 Septins are a family of GTP-binding cytoskeletal proteins that participate in cytokinesis, 42 cell migration, chromosomal dynamics and protein secretion. Septins hetero-oligomerize to 43 generate scaffolding filaments, bundles, and rings within cells 1-11 . Additionally, septins are a 44 critical cytoskeletal component that regulate the function of tubulin and actin. Altered septin 45
通过染料官能化的脂质纳米载体的磷酸肌醇3-激酶γ抑制剂的靶向递送以恢复败血症的器官功能
图1肝脏中PI3Kγ的细胞类型特异性表达模式，炎症条件下的诱导和功能。（a）PI3Kγ通过人类肝细胞和来自最小至轻度炎性活性的患者的活检中的人类肝细胞和免疫细胞浸润。三角形指向免疫细胞（簇），其中包括一些已知高度表达PI3Kγ的中性粒细胞。在阴性对照中，主抗体被相等的体积缓冲液代替。（b）来自20名男性（雌性（♂）供体池（HEP，DP20）的人类原发性肝细胞中的PI3Kγ表达，但不是非实质细胞（NPC）。来自健康志愿者（LEU）的分离人白细胞作为阳性对照。（c）原代鼠肝细胞和HEPG2细胞在基础条件下表达PI3Kγ； LPS，IFN-γ，IL-1β和TNF-α（CM）刺激后24小时的表达在24小时内增加。（d）WT，PI3KγNULL（左）和肝脏特异性PI3Kγ基因敲除小鼠（PI3KγFloxflox flox flox tg/tg x ailbcre（tg）/tg（tg）/tg，中间，中间）或PII3K抑制剂在AS605240中的PLAN（右图）的planemians sepers septon septin septin septian septhemialsem sepers sepers septhemiane septh粪便悬架。
小胶质的称赞：从
Microglia are responsible for surveilling the central nervous system, responding to changes and injuries, phagocytosing cellular debris and protein aggregates, pruning synapses during development, releasing factors that in fl uence neural function, and mediating immune responses in the brain 2 (Fig.1）。当前的研究通过证明C1Q对衰老过程中神经元蛋白稳态的抑制作用，为我们对小胶质功能的理解增加了另一个方面。研究人员发现C1Q以年龄依赖性方式与神经元RNP复合物相互作用（图1）。使用先进的生化和成像技术，他们认为纯化的C1q在体外经历了RNA依赖性液相分离（LLP）。这种相分离对于C1q与体内神经元RNP复合物的相互作用至关重要，该复合物取决于RNA和内吞作用。1确定的研究表明，C1Q的胶原蛋白样结构域对于这种神经元摄取至关重要。在神经元内，C1Q与核糖体蛋白，RNA结合蛋白和RNA结合，损害神经元蛋白质的合成和稳态。1，即使C1q对年轻动物（2-3个月）动物的神经元蛋白翻译没有影响，但成年动物中C1Q的缺失（1年）导致蛋白质翻译的显着增加。全球蛋白质组学分析进一步证明了1岁的WT和C1Q-蛋白质之间的蛋白质含量的大脑变化，揭示了成人WT脑组织中与Septin复合物相关的蛋白质意外富集，而成人C1Q-抑制型脑组织中，成人WT脑组织中的蛋白质富集。1Scott-Hewitt等人。还探讨了C1Q集成到神经元RNP复合物中的功能后果。年轻的成年小鼠在C1Q中表现出的表现出恐惧记忆灭绝受损，这表明C1Q对于某些认知功能至关重要。
Müller等。 - Aurora -A通过CDK12 1 阻止TRC JAX动物行为系统（JABS） 混合猪中等位基因特异性调节变化的多摩尼克表征1 质膜修复需要Septin细胞骨架 RNA-Seq基因融合检测工具的荟萃分析 量表，新颖壁ches的高分辨率微生物分析 壳聚糖金纳米颗粒基于敏感的视觉检测组氨酸标记的重组蛋白 强化学习和工作记忆系统的双重过程障碍是生理焦虑中学习缺陷的基础 合成PPR蛋白的翻译激活阐明了拟南芥叶绿体中PSBA翻译的控制 在某些选定的白色念珠菌基因中对镜面重复序列的内部评估 生成人工智能执行基本的结构生物学建模 研究了模拟的两组分凝胶系统的组织再生 动物和机器人建模和模拟框架
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人于2025年1月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.15.633177 doi：biorxiv preprint