XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemsequence
通过选择支架序列来优化 DNA 折纸组装，以最大限度地减少脱靶相互作用
摘要。DNA 折纸是 DNA 纳米技术的支柱，人们已经投入了大量精力来了解自组装反应的各种因素如何影响目标折纸结构的最终产量。本研究分析了碱基序列如何通过在自组装过程中产生脱靶副反应来影响折纸产量。脱靶结合是一种未被充分探索的现象，可能会在折纸折叠途径中引入不必要的组装障碍和动力学陷阱。我们开发了一种多目标计算方法，该方法采用给定的折纸设计，并对不同的支架序列（及其互补的钉书钉）进行评分，以确定四种不同类型的脱靶结合事件的发生率。使用我们在 DNA 折纸上的方法，我们可以选择生物序列（如 lambda DNA 噬菌体）的“坏”区域，当用作折纸支架序列时，每种形状的脱靶副反应数量过多。我们利用高分辨率原子力显微镜 (AFM) 显示，尽管支架序列具有完全互补的订书钉组，但这些支架序列在体外大多无法折叠成目标三角形或矩形结构。相反，使用我们的方法，我们还可以选择生物序列的“良好”区域。这些序列缺乏脱靶反应，当用作折纸支架时，可以更成功地折叠成其目标结构，如 AFM 所表征。这些结果已在两个不同实验室的“盲”折叠实验中得到验证，其中实验者不知道哪些支架是好的或坏的折叠者。为了进一步研究组装行为，光镊实验揭示了不同的机械响应曲线，与支架特定的脱靶相互作用相关。虽然 GC 含量较高的变体显示出较高的平均展开力，但脱靶结合较低的变体表现出更均匀的力-延伸曲线。我们的分析证实，高脱靶结合会导致结构异质性增加，如 OT 实验展开轨迹的聚类行为所示。总体而言，我们的工作表明，如果脱靶反应足够普遍，碱基序列中隐含的脱靶反应会破坏折纸自组装过程，并且我们提供了一种软件工具来选择支架序列，以最大限度地减少任何 DNA 折纸设计的脱靶反应。
燕麦基因组——超级食物的序列
古罗马人曾将燕麦视为“病小麦”，不适合人类食用。但近年来，燕麦作为健康的超级食品和生活方式产品，重新受到人们的青睐。例如，纯素卡布奇诺含有燕麦奶，燕麦被用作植物性肉类替代品的蛋白质来源，而植物性肉类替代品是食品行业增长最快的市场之一。由于燕麦中混合链 β-葡聚糖纤维含量高，因此被宣传为可以降低胆固醇水平的特别健康食品。然而，对燕麦基因组资源的投资落后于小麦和大米等主要谷物。特别是，缺乏染色体级参考基因组，这限制了基于基因组学的农学重要性状（包括食品品质性状）的分子基础研究。
非酒精性脂肪肝疾病：原因，后果和解决方案
早期诊断和生活方式修改对于管理NAFLD至关重要。对处于高风险的个体（例如肥胖，糖尿病或代谢综合征）的定期筛查有助于在早期阶段识别该疾病，从而及时进行干预措施。此外，研究表明，生活方式的变化，包括体重减轻，均衡饮食和增加的体育锻炼，可以显着扭转NAFLD造成的损害，并防止其发展为更严重的形式，例如肝硬化。研究表明，即使减肥5％-10％也会导致肝脏脂肪和炎症减少，从而为受疾病影响的人提供了希望。
“DNA序列基序识别”博士后奖学金
目的：本研究项目涉及特定基因座的序列表征，旨在识别具有功能意义的 DNA 序列基序，以支持肌肉骨骼软组织损伤风险。申请征集和学术标准：我们邀请符合条件的候选人申请。成功的候选人必须在过去两年内获得分子遗传学、生物信息学、生理学、细胞生物学博士学位，并且不得担任任何永久专业职位（特别是学术职位）。候选人应具有分子遗传学、生物信息学、细胞生物学、生物统计学（特别是遗传关联研究）方面的经验，并在肌肉骨骼软组织损伤领域的同行评审期刊上发表过文章，并强烈建议提供研究生指导和教学的证据。该奖学金将在开普敦大学健康科学学院人类生物学系的“通过体育活动、生活方式和运动促进健康 (HPALS) 研究中心”内进行。该奖学金将重点应用下一代测序技术和生物信息学工具以及细胞生物学方法来识别和表征 DNA 功能基序，以支持肌肉骨骼软组织损伤风险。 奖励条件 欢迎申请一项博士后研究奖学金，该奖学金将于 2025 年开始，为期一年。成功的任职者将有望对涉及使用下一代测序数据、分子遗传学、生物信息学、细胞生物学和统计分析的跨学科项目做出重大贡献。我们将优先考虑在所有这些研究重点方面拥有经验的候选人，以及在肌肉骨骼软组织损伤风险分析方面有已发表研究成果的候选人。作为培训的一部分，任职者预计将对一个或多个合作机构进行研究访问。研究任务还包括在定期项目会议和研讨会上以及在进度报告中报告研究成果，以及准备科学论文以供发表。对参与本研究的研究生进行有限的共同监督将成为发展培训的一部分。研究生培训和/或教学经验将大有裨益。成功的在职人员必须遵守开普敦大学批准的博士后部门政策、程序和惯例。
补充表1。siRNAS序列
PCDNA3.1 >NM_001419.3: 164-1144 Homo sapiens ELAV like RNA binding proteins 1 (ELAVL1), mRNA, GCCCATGTCTS GICKECICIPHASIBILITIES GATCGTCACTCCTCCTCCTITIES CAGGAGGAS TGOGTGTCITCATGTGTGIGHTGTGITS TGAATCTS ttcgghtstcghts acacagtgtgtgtgtgtghtghtghtghtghtghtghtghtghtgiciciescscggticugis cgcgiaghgiciphatgiciphaciciphaciciphaciciphasivaities casciaciaciagiagiaties cccagaggicipegicesgttcgtcgtgtgtgtgtcctcggtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtcgtgtgtgtgtgtgtgtscicciccicciccciccgginigiro agtttttttttttttcaatgtgtgtgtgtgtgtgtcccagtcctgtgag CCCATCAGTGTTGTGTGCAGCACCACCACCACCACCACCACCACCACCICCICCCICCICCIachIs CACCAGCGCAGATTCAGTCTCCATGGC GTCTCATGEGCTGTCTGTCGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTCCTCCTITCTCTCITCATCSCIOUS ctgcagatgtggggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgitgitgitgitghacipecthingshings gcaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgitgitgitgitgitgitgittgitgittgitsgittsgitsgittsssss。 taccgcctggggggggggggggggggggggggggggggggggggggttctcs aaaaccaagtcccccccccccccccccccccccccedccccccccccccadcccccccsccadcccccccccccadcccccccccccccadcccccccccccsccadcccccccccccadccccccccccccccadcccccccccccscc-ad一下，，
完整的基因组序列组装阐明了大鸭螺旋藻polyrhiza
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年1月27日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.26.634961 doi：biorxiv preprint
学习同时进行手指按压序列时的皮质变化
摘要 关于运动技能习得背后的皮质改变仍存在争议。在这项针对年轻人的纵向研究中，我们在 6 周内每周进行一次表现和神经影像学 (7 T MRI) 测量，以研究与学习用非惯用手同时按压手指的序列相关的神经变化。干预组 (n = 33)（在家练习手指序列）和对照组 (n = 30，未在家练习）均表现出总体表现改善，但是干预组进行强化训练的序列表现改善更多，且与未进行强化训练的序列相比更一致。与未进行训练的序列相比，双侧顶叶和运动前皮质的大脑活动对于训练过的序列有所减少。未检测到与训练相关的主要感觉运动区域的变化。训练过和未训练序列之间的激活模式相似性在次要感觉运动区域降低，但在主要感觉运动区域没有降低，而不同训练过序列之间的激活模式相似性没有显示出可靠的变化。无论是试验中激活模式的变异性，还是大脑结构的估计值，都没有显示出与练习相关的、达到统计显著性的变化。总体而言，学习配置序列的主要相关性是次级运动区域大脑活动的减少。
编辑：序列的差分分析读取计数数据...
EDGER作者始终感谢接收软件包功能或文档中的错误报告。对于改进的精心考虑的建议也是如此。有关EDGER的所有其他问题或问题都应发布到生物导体支持网站https://support.bioconductor.org。请向支持网站发送一般帮助和建议的请求，而不是向个人作者发送。将问题发布到生物导体支持站点具有许多优势。首先，支持网站包括一个经验丰富的Edger用户社区，他们可以回答最常见的问题。第二，EDGER作者努力确保任何用户发布到生物导体的用户都会获得帮助。第三，支持网站允许其他具有相同问题的人从答案中获得。首次发布到支持网站的用户将发现阅读http://www.bioconductor.org/help/support/posting-guide的发布指南很有帮助。
对英国四种横向流动装置产品中 SARS-CoV2 基因组序列恢复情况的评估
保留所有权利。未经许可不得重复使用。（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 25 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.23.25321032 doi：medRxiv preprint
使用 nrITS 和叶绿体 rbcL 基因序列对印度叶下珠进行 DNA 条形码编码和系统发育分析，以进行分子鉴定
叶下珠属植物因其生态和治疗意义而闻名。准确识别这些物种对于保护和研究目的至关重要。由于植物的表型可塑性以及在检测植物产品中的替代品或掺假物方面存在挑战，传统的分类学鉴定往往不够完善。因此，通过 DNA 条形码进行分子鉴定已成为草药产品质量控制和国际草药贸易的新标准。本研究使用 DNA 条形码工具来识别印度叶下珠属物种，重点关注 nr 内部转录间隔区 2 (ITS2) 和叶绿体 rbcL 基因。系统发育分析显示高度的遗传相似性和很强的系统发育关系。这些发现证实了与全球同类的遗传亲缘关系，突出了进化模式。ITS2 区域的结构使用最小自由能计算来验证物种鉴定。这项研究展示了如何将 rbcL 基因分析与基于 ITS2 的 DNA 条形码相结合来准确识别印度叶下珠属物种，这种方法增强了这些宝贵植物资源的可持续利用，确保了产品质量，最大限度地减少了掺假，并支持生物多样性保护。