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回家：一个新的基因本体学子集，可改善植物基因功能预测
背景：基因功能预测数据集的可用性可帮助研究人员考虑假设生成，候选基因优先次序和许多其他应用的未表征基因的可能功能。许多这样的数据集基于基因本体论（GO）函数图。对于植物而言，这可能是有问题的，因为最具体的GO术语通常是从非植物分类群的生物学中得出的（例如，鉴于植物缺乏神经的神经），似乎不太可能映射到植物生物学过程）。为了平衡功能特异性的需求，同时限制了与植物生物学相关的功能，研究人员通常会限制植物植物子集，但是，通过设计，该子集由非常一般的术语和限制了特定假设产生的实际效用。更糟糕的是，有时研究人员选择与植物生物学无关的术语（而不是遍历GO图以选择与植物生物学兼容的层次结构中最具体的术语）。结果：我们创建了Go Big，一种基因本体学子集类型，以提高分类群特异性生物学应用基因功能预测的生物学相关性。GO大植物子集保留了假设产生的最大功能特异性，同时限制了适用于植物生物学的术语。简要
一部分保守的吞噬基因可能用于裸肠球菌中的细胞内盗窃细胞内的细胞内细胞器
图1。（a）Berghia stephanieae和（b）Hermissenda opalescens中的线虫细胞中的特殊吞噬作用（即，在（a）berghia berghia opalescens中。（c）从Goodheart等人修改的广义CNIDOSAC示意图。2018 [14]（根据CC by 4.0 Creative Commons许可）突出了Cnidosac的主要功能。（插图）线虫细胞（n）是由cnidosac（CS）内的cnidophages吞噬的。缩写：C，Cerata； CI，Cilia Tufts； CP，Cnidophage，DG，消化腺； E，Cnidosac的入口； EP，上皮； ex，从cnidosac退出；他，血细胞； m，肌肉； n，黑头囊。
组蛋白去乙酰化酶抑制剂 Largazole 抑制 SP1 和 BRD4，使一组超级增强子失活，并导致有丝分裂染色体错位
组蛋白去乙酰化酶抑制剂已被研究作为癌症和其他疾病的潜在治疗剂。已知 HDI 可促进组蛋白乙酰化，从而导致开放染色质构象并通常增加基因表达。在之前的研究中，我们报告了一组基因，特别是那些由超级增强子调控的基因，可以被 HDAC 抑制剂拉格唑抑制。为了阐明拉格唑抑制基因的分子机制，我们进行了转座酶可及染色质测序、ChIP-seq 和 RNA-seq 研究。我们的研究结果表明，虽然拉格唑治疗通常会增强染色质的可及性，但它会选择性地降低一组超级增强子区域的可及性。这些基因组区域在拉格唑存在下表现出最显著的变化，富含 SP1、BRD4、CTCF 和 YY1 的转录因子结合基序。 ChIP-seq 分析证实 BRD4 和 SP1 在染色质上各自位点的结合减少，特别是在调节基因（如 ID1、c-Myc 和 MCM）的超级增强子上。拉格唑通过抑制 DNA 复制、RNA 加工和细胞周期进程发挥作用，部分是通过抑制 SP1 表达来实现的。shRNA 消耗 SP1 可模拟拉格唑的几种关键生物学效应并增加细胞对该药物的敏感性。针对细胞周期调控，我们证明拉格唑通过干扰中期染色体排列来破坏 G/M 转换，这种表型在 SP1 消耗时也观察到。我们的结果表明，拉格唑通过抑制超级增强子上的 BRD4 和 SP1 发挥其生长抑制作用，导致细胞抑制反应和有丝分裂功能障碍。
CD74 在儿童急性髓系白血病患者中表达，是一种有希望的治疗靶点：儿童肿瘤学杂志的一份报告
由于儿童急性髓系白血病 (AML) 的治愈性疗法仍然难以实现，因此确定潜在的新治疗靶点至关重要。我们通过多维流式细胞术评估了参加儿童肿瘤组 AAML1031 临床试验 (clinicaltrials gov. Identifier: NCT01371981) 的 973 名患者的细胞表面 CD74（也称为主要组织相容性复合体-II 不变链）的表达。38% 的儿童 AML 患者在任何水平上表达 CD74，与正常造血细胞相比，发现有一部分人的表达相对于正常髓系祖细胞有所增加。表达高强度 CD74 的儿童 AML 患者通常具有不成熟的免疫表型和增加的淋巴抗原表达频率。 CD74 表达增高与白细胞和外周血原始细胞计数较低的老年患者有关，并且富含 t(8;21)、8 号三体和 CEBPA 突变。总体而言，高 CD74 表达与低风险状态相关，但 26% 的患者被分配到高风险方案状态，5 年无事件生存率为 53%，这表明大量高表达患者的预后不佳。体外临床前研究表明，抗 CD74 疗法对 AML 细胞有效，但对正常 CD34 + 细胞影响不大。总之，我们证明 CD74 在儿童 AML 亚群中的表达水平高于正常造血细胞，是表达患者治疗的一个有希望的靶点。鉴于近一半高水平表达 CD74 的患者在 5 年内出现不良事件，并且有针对 CD74 的药物，这代表了一种有希望的治疗方法，值得进一步研究。
Karina Kasztelnik* 利用人工智能子集数据分析预测美国国家银行财务失败的创新经验模型
摘要：本研究的主要目的是调查 2008 年经济大衰退对国家银行股权投资估值的影响，并创建一个预测美国国家银行财务失败的实证模型。研究的重点时期为 2009 年至 2012 年，使用公共数据来源。尚不清楚国家银行的股票价值投资在多大程度上基于股本回报率。这项因果比较研究探讨了国家银行的市盈率价值投资对其股本回报率的影响程度，以及这些银行的股息收益率方面的股票价值投资对其股本回报率的影响程度。我们使用统计建模和机器学习模型来查找输入数据中的隐藏模式。本研究的主要发现是，2012 年的每股收益中位数和 2009 年的股息收益率明显高于 2009 年和 2012 年的股本回报率中位数。此外，2012 年的股息收益率明显低于 2012 年的股本回报率中位数。这些发现有助于我们更好地理解银行如何利用人工智能的新机器学习功能来预测财务失败，从而通过创新的风险测量工具建立预警系统。
急性代偿性肝硬化患者的外周血单核细胞的单细胞RNA测序揭示了与ACLF进展风险增加有关的特定单核细胞子集
保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。永久性。预印本（未经同行评审的认证）是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以在2025年2月7日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.02.04.25321370 doi：medrxiv preprint
体育锻炼和戒烟
• Physical activity: "Any bodily movement ► ↗ Energy expenditure" (Margaritis): mounting stairs, walking ... • physical exercise, a subset of physical activity: planned, structured and repetitive: jogging, weightlifting ... • From 2006: promotion of AP in smokers: "its advantages similar to those of other aids" ( 2009: the regular AP = predictor of abstinence; ¼ of the smokers move at the start of ST（磨蚀剂）
bok-mcl1跨膜相互作用
B细胞淋巴瘤2（BCL-2）蛋白家族的成员在控制线粒体膜的膜性和调节细胞凋亡方面起着至关重要的作用。 This family is divided into pro-apoptotic proteins that permeabilize the mitochondrial outer membrane, anti-apoptotic members that inhibit this process, and a BCL-2 containing only the BCL-2-Homology-3 (BH3) domain (BH3-only) subset of proteins that directly or indirectly activate the pro-apoptotic proteins. 所有Bcl-2 pro蛋白共享一个至四个BH保守的域，BH3域对于Bcl-2家族蛋白之间的同型和杂种至关重要，并且对凋亡活性的调节至关重要。 肿瘤类型，包括血液恶性肿瘤，乳房，中枢神经系统，结肠，肺，卵巢，前列腺和肾脏癌，以及黑色素瘤1过表达MCL1，这是Bcl-2蛋白家族的抗凋亡/促凋亡/亲苏化构件。 2B细胞淋巴瘤2（BCL-2）蛋白家族的成员在控制线粒体膜的膜性和调节细胞凋亡方面起着至关重要的作用。This family is divided into pro-apoptotic proteins that permeabilize the mitochondrial outer membrane, anti-apoptotic members that inhibit this process, and a BCL-2 containing only the BCL-2-Homology-3 (BH3) domain (BH3-only) subset of proteins that directly or indirectly activate the pro-apoptotic proteins.所有Bcl-2 pro蛋白共享一个至四个BH保守的域，BH3域对于Bcl-2家族蛋白之间的同型和杂种至关重要，并且对凋亡活性的调节至关重要。肿瘤类型，包括血液恶性肿瘤，乳房，中枢神经系统，结肠，肺，卵巢，前列腺和肾脏癌，以及黑色素瘤1过表达MCL1，这是Bcl-2蛋白家族的抗凋亡/促凋亡/亲苏化构件。2
North American Electric Reliability Corporation
1 Order Approving Registration Work Plan , 183 FERC ¶ 61,116 (2023) [hereinafter Order ]; and Registration of Inverter-Based Resources, 181 FERC ¶ 61,124 (2022) [hereinafter IBR Order ] (directing the Work Plan). 2 N. Am. Elec. Reliability Corp ., Docket No. RD22-4-001 (Feb. 15, 2023) [hereinafter Work Plan Filing ]. 3 As detailed below, the new category is included as a subset of the definitions for Generator Owner (“GO”) and Generator Operator (“GOP”). See NERC, Glossary of Terms Used in NERC Reliability Standards (Dec. 1, 2023), https://www.nerc.com/pa/Stand/Glossary%20of%20Terms/Glossary_of_Terms.pdf (NERC Glossary). The BES definition is a subset of the BPS. Reliability Standards support an adequate level of reliability of the BES. Revisions to Elec. Reliability Org. Definition of Bulk Elec. Sys. & Rules of Proc. , Order No. 773, 141 FERC ¶ 61,236 (2012), order on reh'g, Order No. 773-A, 143 FERC ¶ 61,053 (2013), rev'd sub nom . People of the State of N.Y. v. FERC , 783 F.3d 946 (2d Cir. 2015). 4 Order at PP 21 and 35; IBR Order at P 52 (directing NERC to provide Work Plan updates every 90 days detailing NERC's progress toward identifying and registering owners and operators of unregistered IBRs). 5 The Regional Entities are (i) Midwest Reliability Organization (“MRO”); (ii) Northeast Power Coordinating Council, Inc. (“NPCC”); (iii) ReliabilityFirst Corporation (“ReliabilityFirst”); (iv) SERC Reliability Corporation (“SERC”); (v) Texas Reliability Entity, Inc. (“Texas RE”); and (vi) Western Electricity Coordinating Council (“WECC”).
监督与无监督的学习
●Breiman（2001）首先提出了随机森林算法，但基于1995年的Tim Kan Ho●RF采用了两种集合技术：首先是训练样本，以种植基于不同培训训练数据的树木森林。第二个是特征空间的子采样。●如果我选择变量的子集（例如x1, x3, x7) to create a split in a node of a decision tree, and another subset (x2, x4, x5, x7) to create a different one, there will be events that get classified in a different way by the two nodes ● Often there is a dominant variables that is used to decide the split, offsetting the power of the subdominant ones.rf通过减少不同树的相关性来避免该问题