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工程微藻：从经验设计到可编程细胞的转变
摘要 驯化微藻有望为人类家庭和工业消费提供可持续的各种生物资源。由于微藻工程技术的限制，其潜力还远未得到充分挖掘。相关技术不如异养微生物、蓝藻和植物的技术那么发达。然而，最近对微藻代谢工程、基因组编辑和合成生物学的研究极大地帮助提高了转化效率，并为该领域带来了新的见解。因此，本文总结了微藻生物技术的最新发展，并探讨了通过代谢工程和合成生物学过程生产特色产品和商品产品的前景。在简要介绍了经验工程方法和载体设计之后，本文重点介绍了定量转化盒设计，详细阐述了目标编辑方法和新兴的藻类细胞代谢数字化设计，以实现高产量的有价值产品。这些进步使得微藻工程方式从单基因和基于酶的代谢工程转变为系统级精确工程，从带有转基因 (GM) 标签的细胞转变为不带转基因标签的细胞，并最终从概念验证转变为切实的工业应用。最后，提出了微藻工程的未来趋势，旨在为特定菌株的特色产品和商品产品在新发现的物种中建立个性化转化系统，同时在模型藻类物种中开发复杂的通用工具包。
空中交通管制信息系统的现代图形用户界面框架
空中交通管制员用于观察大量具有不一致用户界面的不同系统。在本文中，我们介绍了一种客户端服务器架构的设计，以将这些系统集成为一个提供同质图形用户界面的系统。该框架的主要目标是适应灵活性、快速原型设计能力，能够在项目早期阶段让管制员参与进来，并简单应用用户界面设计原则来优化态势感知。除其他外，我们在本文中总结的这些原则包括使用颜色、动画和形状。与使用传统的桌面应用程序开发工具包不同，所呈现系统的图形用户界面基于 QtQuick 构建，QtQuick 是一个通过声明性语言创建任意用户体验的库，无需不断编译。在本文中，我们详细讨论了该技术的优点和缺点，并说明了我们使用它的动机。我们解释了系统的设计，并结合了其他实施细节，并展示了使用它创建的几个原型，以展示其可能性。这些原型是根据项目适应性工作和来自世界不同地点的控制器的可用性印象进行评估的，这些地点将在不久的将来安装所提出的系统。所提出的框架提供了较低的适应时间和灵活的应用用户界面设计隐喻的能力，这使其非常适合预期用途。在这方面，QtQuick 被证明是该系统的坚实基础。
营销协调员
•执行TNFD的社交媒体策略；使用调度工具并管理社交媒体日历。•创建战略电子邮件活动，将TNFD发展和新闻传达给现有社区成员，同时也吸引新受众。•设计邮件，邀请和新闻通讯和新闻通讯，并管理发送和分析指标和竞选后的效力，以提高参与度响应能力。•领导每周的社交媒体追赶会议，以在社交渠道设定内容议程，其中包括记录决策和行动项目以确保生产力。•支持网站内容管理和组织，包括构建网页和交互式数字网站内容。定期审核网站内容以获得相关性和准确性。•支持建立通信工具包和包装，以用于重大事件和公告。•支持为网站，社交媒体，新闻通讯和邮件创建和设计视觉资产。•支持在我们的学习和以能力建设为重点的计划中的数字内容的开发。•协调Web代理商的每月报告，并借鉴分析，以告知未来内容和数字计划。•与CRM Manager合作进行受众群体细分，并针对数字渠道的有针对性的外展列表，以确保对每个细分市场进行量身定制的消息传递和内容。这包括定期查看和更新CRM数据库中的利益相关者详细信息。事件：•帮助管理通信团队收到的外部查询，包括维护常见问题（常见问题）文件以解决常见问题，效率并确保及时回答。
一种用于治疗微藻污染物的合成生物学方法
全球人口和工业发展的增加导致有机和无机污染物的显着释放到水流中，威胁到人类健康和生态系统。微藻，包括真核生物和原核生物蓝细菌，已成为一种可持续且具有成本效益的解决方案，用于去除这些污染物并减轻碳排放。各种微藻物种，例如C. vulgaris，P。tricornutum，N。Oceanica，A。Platensis和C. reinhardtii，都证明了它们消除了重金属，盐度，塑料和农药的能力。合成生物学具有通过扩大治疗范围并提高污染物去除率来增强基于微藻的技术的潜力。本综述概述了微藻合成生物学的最新进展，重点是基因工程工具，以促进去除无机（重金属和盐度）以及有机（农药和塑料）化合物。这些工具的开发对于通过基因表达操纵，DNA引入细胞以及具有改变表型改变的突变体的产生来增强污染物的去除机制至关重要。此外，审查还讨论了合成生物学工具的原理，强调了基因工程在靶向特定代谢途径和创造表型变化时的重要性。它还探讨了CRISPR/CAS9和TALES等精确工程工具的使用，以使基因工程适应各种微藻物种。审查得出的结论是，基于合成生物学的方法有很大的潜力使用微藻去除污染物，但是需要扩展所涉及的工具，包括开发普遍的克隆工具包，以促进突变体的有效和快速组装突变体和转基因表达菌株，并需要适应遗传工具的遗传范围。
让人工智能在全球南方国家变得可解释
人工智能 (AI) 和机器学习 (ML) 正迅速普及，影响着全球所有人的生活。为了让原本“黑匣子”的 AI/ML 系统更易于理解，可解释人工智能 (XAI) 领域应运而生，其目标是开发算法、工具包、框架和其他技术，使人们能够理解、信任和管理 AI 系统。然而，尽管 XAI 是一个快速发展的研究领域，但大部分工作都集中在全球北方的背景下，对于 XAI 技术是否或如何在全球南方社区进行设计、部署或测试，人们知之甚少。这种差距令人担忧，尤其是考虑到政府、公司和学术界对使用 AI/ML “解决”全球南方问题的热情日益高涨。我们的论文首次系统地回顾了全球南方的 XAI 研究，为该领域的新兴工作提供了初步的了解。我们从 15 个不同的会场中确定了 16 篇论文，这些论文针对广泛的应用领域。所有论文均在过去三年内发表。在这 16 篇论文中，有 13 篇专注于应用技术 XAI 方法，所有这些方法都涉及使用（至少一些）本地数据。但是，只有三篇论文与人类合作或让人类参与工作，只有一篇尝试向目标用户部署他们的 XAI 系统。最后，我们反思了全球南方 XAI 研究的现状，讨论了在这些地区构建和部署 XAI 系统的数据和模型考虑因素，并强调了全球南方需要以人为本的 XAI 方法。
让人工智能在全球南方得到解释：系统评价
人工智能 (AI) 和机器学习 (ML) 正迅速普及，影响着全球所有人的生活。为了让原本“黑匣子”的 AI/ML 系统更容易理解，可解释人工智能 (XAI) 领域应运而生，其目标是开发算法、工具包、框架和其他技术，使人们能够理解、信任和管理 AI 系统。然而，尽管 XAI 是一个快速发展的研究领域，但大部分工作都集中在全球北方的背景下，人们对 XAI 技术是否或如何在全球南方的社区中进行设计、部署或测试知之甚少。这一差距令人担忧，尤其是考虑到政府、公司和学术界对使用 AI/ML 解决全球南方问题的热情日益高涨。我们的论文首次系统性地回顾了全球南方的 XAI 研究，为该领域的新兴工作提供了初步了解。我们从 15 个不同的场所确定了 16 篇论文，这些论文针对广泛的应用领域。所有论文均在过去三年内发表。在 16 篇论文中，有 13 篇侧重于应用技术 XAI 方法，所有这些方法都涉及使用（至少部分）本地数据。但是，只有三篇论文涉及或涉及人类参与工作，只有一篇尝试向目标用户部署他们的 XAI 系统。最后，我们反思了全球南方 XAI 研究的现状，讨论了在这些地区构建和部署 XAI 系统的数据和模型考虑因素，并强调了全球南方 XAI 需要以人为本的方法。
基因组组装和教室注释的十二个快速步骤
真核基因组测序和从头组装曾经是资金丰富的国际财团的独家领域，已经变得越来越负担得起，因此适合各个研究小组的预算。第三代长阅读的DNA测序技术越来越多地使用，提供了曾经用于一些精选模型生物的广泛基因组工具包。生成许多水生物种的高质量基因组组件和注释，由于其大型基因组大小，复杂性和较高的染色体数量，仍然提出了重大挑战。的确，为新基因组项目选择最合适的测序和软件平台和注释管道可能会令人生畏，因为工具通常只能在有限的上下文中起作用。在基因组学上，产生高质量的基因组组装/注释已成为更好地理解任何物种生物学的必不可少的工具。在此，我们陈述了12个步骤，以帮助研究人员通过介绍广泛适用的指南（随着时间的推移），并涵盖基因组组装和注释从头到尾的各个方面的所有方面，从而帮助研究人员开始进行基因组项目。我们回顾了一些常用的方法，包括用于提取高质量DNA的实用方法以及最佳测序平台和库制剂的选择。此外，我们讨论了潜在的生物信息学管道的范围，包括结构和功能注释（例如，转座元素和重复序列）。本文还包括有关如何为基因组项目建立广泛社区的信息，数据管理的重要性以及如何通过将其提交给公共存储库并与研究社区共享数据和可重复使用的数据和结果。
CRISPR-COPIES：一个用于发现 CRISPR/Cas 促进基因整合的中性整合位点的计算机平台
摘要 CRISPR/Cas 系统已成为代谢工程和人类基因治疗中基因组编辑的有力工具。然而，使用 CRISPR/Cas 系统在染色体上定位整合异源基因的最佳位点仍然是一个悬而未决的问题。选择合适的基因整合位点需要考虑多个复杂的标准，包括与 CRISPR/Cas 介导的整合、遗传稳定性和基因表达相关的因素。因此，在特定或不同的染色体位置上识别此类位点通常需要大量的表征工作。为了应对这些挑战，我们开发了 CRISPR-COPIES，一种用于识别 CRISPR/Cas 促进的整合位点的计算流程。该工具利用 ScaNN，一种基于嵌入的最近邻搜索的先进模型，可快速准确地进行脱靶搜索，并可在几分钟内识别大多数细菌和真菌基因组的全基因组基因间位点。作为概念验证，我们利用 CRISPR-COPIES 来表征三个不同物种中的中性整合位点：Saccharom y ces cere visiae、Cupria vidus necator 和 HEK293T 细胞。此外，我们还为 CRISPR-COPIES 开发了一个用户友好的网页界面（https://biof oundry.web.illinois.edu/copies/）。我们预计 CRISPR-COPIES 将成为靶向 DNA 整合的宝贵工具，并有助于表征合成生物学工具包，实现快速菌株构建以生产有价值的生化产品，并支持人类基因和细胞治疗应用。
PIR FY 2023-
主要的项目目标应通过以下组件：组件1：LAO PDR输出中NAP流程的机构和技术能力1.1为NAP流程的国家协调机制（NCM）建立的1.2供NAP流程输出1.2为阐述，协调，NAP过程和提交CCTWG和NECCCCCCCCCCCCCCCCCC的阐述，协调，实施和提交。输出1.3 CCA TOT和技术人员培训计划，适用于350名员工（50％男性50％女性）和工具包开发和交付，用于详细说明，实施，监视和协调NAP流程。产出1.4：为公众进行的一个中央和三个区域意识提高事件 - 包括政府，CSO，当地社区和私营部门 - 涉及中等和长期适应的过程。组件2：用于优先定制需求的气候信息系统。输出2.1：为地区和省级气候风险以及脆弱性评估以及基于证据的适应和发展计划开发和应用的标准化框架。输出2.2：进行的应用研究旨在衡量适应策略在提供适应性益处的技术有效性和经济效率。输出2.3：建立了用于共享CCA气候信息的平台。输出2.4：根据结果1和2可交付成果详细阐述了午睡文件，并提交给NECCC批准。详细介绍了午睡文档。组成部分3：LAO PDR的社会和经济发展，将适应性的气候变化融为一体。输出3.1：对国家，部门和省级战略和发展计划的修订，以整合CCA优先事项。输出3.2：一种午睡融资策略，旨在有效地动员和利用资金资源进行适应，从而促进可持续发展。输出3.3：一项具有适应性主流工具包的中央和三个区域培训课程，针对1和3年级进行的160名计划和决策人员，整合了适应性的社会和经济发展。
议程第 13 项
2. 提案 2.1 简介 在过去 6 年中，自谢菲尔德当前的地方品牌诞生以来，我们在提高人们对这座城市的认识和看法方面取得了长足进步。但是，在提高谢菲尔德在地区、国家和国际上与许多人、企业、投资者和组织的认识方面，我们还有工作要做。要做到这一点，谢菲尔德需要脱颖而出、与众不同，并留在观众的心中。要做到这一点，我们认为我们需要谈论谢菲尔德对世界的影响——这里发生和正在发生的事情如何激发世界其他地方的变化。这将围绕我们的影响和目标定位城市的重要性和相关性——超越谢菲尔德的资产和经验；我们的人民、街道、建筑、企业、绿地、文化和休闲设施、活动等等。这些仍将得到推广和强调，但通过将我们所有的关键信息与一个共同目标联系起来，赋予它们更大的知名度和更大的目的；谢菲尔德的这些方面如何激发了城市以外、世界各地的事物。 2.2 城市方法 城市品牌为整个谢菲尔德市提供了身份。它将把市议会与广泛的合作伙伴和利益相关者聚集在一起，制定和开展活动，以实现本报告中描述的所有内容。谢菲尔德市议会（包括谢菲尔德营销部和 SCC 通讯团队）将成为城市品牌的拥护者；提供指南和工具包，使广泛的合作伙伴能够自己使用该品牌。通过支持本报告中的建议，EDS 委员会将倡导和支持这种合作方式，为谢菲尔德打造一个联合的、有影响力的城市品牌。 2.3 内容创意 作为城市品牌的一部分，我们将开发网络内容（放置在“欢迎来到谢菲尔德”网站的新区域），重点关注以下主题和信息以及谢菲尔德对世界的影响。