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基于活动的 CRISPR 扫描揭示 DNA 甲基化维护机制中的变构效应 Kevin C. Ngan 1,2 , Samuel M. Hoenig 1 , Pallavi M. Gosavi
基于活动的 CRISPR 扫描揭示 DNA 甲基化维持机制中的变构 Kevin C. Ngan 1,2、Samuel M. Hoenig 1、Pallavi M. Gosavi 1,2、David A. Tanner 1、Nicholas Z. Lue 1,2、Emma M. Garcia 1,2、Ceejay Lee 1,2 和 Brian B. Liau 1,2 * 隶属关系：1 美国马萨诸塞州剑桥市化学与化学生物学系 2 美国马萨诸塞州剑桥市哈佛大学和麻省理工学院 Broad 研究所 02142 *通讯地址：liau@chemistry.harvard.edu 摘要 变构能够动态控制蛋白质功能。一个典型的例子是严格协调的 DNA 甲基化维持过程。尽管变构位点具有重要意义，但系统地识别变构位点仍然极具挑战性。在这里，我们使用基于活性的抑制剂地西他滨对必需的维持甲基化机制——DNMT1 及其伴侣 UHRF1——进行 CRISPR 扫描，以揭示调节 DNMT1 的变构机制。通过计算分析，我们确定了远离活性位点的 DNMT1 中假定的突变热点，这些热点包括跨越多域自抑制界面和未表征的 BAH2 域的突变。我们从生化角度将这些突变表征为增加 DNMT1 活性的功能获得突变。将我们的分析推断到 UHRF1，我们在多个域中辨别出假定的功能获得突变，包括跨自抑制 TTD-PBR 界面的关键残基。总的来说，我们的研究结果强调了基于活性的 CRISPR 扫描在提名候选变构位点方面的实用性，甚至超越了直接药物靶点。简介变构是一种基本特性，它使蛋白质能够将一个位点的刺激作用转化为调节另一个远端位点的功能。尽管进行了深入研究，但在不同的蛋白质靶标中识别变构位点仍然具有挑战性，并且高度依赖于上下文。与正构位点不同，变构位点在相关蛋白质之间的保守性通常较低，并且控制其结构特征和特性的原理尚不清楚。1,2 由于这些挑战，用于识别和表征变构位点的实验和计算方法较少。3 尽管如此，人们仍在努力开发小分子变构调节剂，因为与正构配体相比，变构位点的结构多样性具有更高的选择性、更低的毒性和蛋白质功能的微调潜力。1,2 因此，开发能够识别变构机制的新工具将进一步加深我们对蛋白质调控的理解并促进药物发现。同时利用药理学和遗传学扰动已广泛成功地用于靶标反卷积和阐明药物作用机制。4 特别是，识别出导致药物耐药性的突变可为靶向作用提供关键验证，并且通常可以阐明潜在的生物学原理。5 尽管许多耐药性突变发生在药物结合位点附近，但它们也可能出现在靶蛋白的远端位置。即使药物在正构位点内结合，这些远端突变也可以通过扰乱变构机制起作用。6–8 例如，对 ABL1 抑制剂（包括正构和变构抑制剂）的耐药性突变始终出现在药物结合位点之外，并通过破坏非活性构象或以其他方式中和 ABL1 自身抑制来驱动耐药性。8–12 此类
首先是由...
在晚期或转移性食管型鳞状细胞癌（ESCC）中，Tislelizumab +化学疗法与安慰剂 +化学疗法对患者报告的症状和总体生存（OS）的影响Pan⁴，Sook RyunPark⁵，LinShen⁶，Eric vanCutsem⁷，Paula Jimenez-Fonseca⁸，BryantBarnes⁹，Tianmo SunIth，Gisoo Barnes面，Timothy Victor面，官员：中国北京的Chinese PLA综合医院； “日本东京国有癌症中心医院；中国Hefei的Anhui省医院；韩国乌尔山医学院，韩国首尔大学医学中心⁵山医学中心； ⁶中国北京贝吉癌医院； lueven，卢文堡的大学医院和比利时鲁南的鲁文； ⁸西班牙奥维耶多的阿斯图里亚斯大学中心医院；美国加利福尼亚州圣马特奥市的Beigene USA，Inc。；中国北京的Beigene（北京）有限公司；美国加利福尼亚州圣马特奥的美国北比恩公司；美国加利福尼亚州圣马特奥的美国北比恩公司；美国宾夕法尼亚州费城宾夕法尼亚大学。摘要背景：虽然先前已经证明了生存率的提高，但免疫疗法对ESCC中HRQOL的影响尚未得到很好的检查。基于肿瘤学试验的传统分析，例如劣化时间（TTD）和重复测量的混合模型（MMRMS），受到折现复发事件的限制。来自EORTC QLQ-C30和OES18，建模了7个关键症状结构域（GHS，身体功能，疲劳，吞咽困难，疼痛，痛苦，饮食限制）。Osoba（1998）10点阈值用于定义RDE。Osoba（1998）10点阈值用于定义RDE。因此，我们应用了一个3组分联合模型（JM）框架来定义患者报告的症状，治疗效果和OS之间的临床解释性相关性，而ESCC的亚组中的ESCC的亚组中的临床症状则符合其主要端点，该端点符合其主要端点，其PD-L1表达的PD-L1表达为≥1％，≥5％，≥5％和≥10％。方法：最终分析样本包括Tislelizumab+化学疗法组（T+C）中的226名患者，在安慰剂+化学疗法组中为PD-L1≥1％，在T+C ARM中为PD-L1≥1％，P+C ARM中为PD-L1≥5％的PD+C ARM中的113例为PD-L1≥5％，P+C ARM为PD+C ARM，PD+C ARM中的PD-L1≥10％。Pro数据是在基线和每个处理周期（最多6个周期），然后在每个其他周期以及安全随访时收集的，并分析了基线（CFBL）的变化。联合模型包括三个组成部分：1）预测CFBL症状得分的线性混合模型； 2）COX比例危害模型（CPH）用于OS的时间； 3）脆弱的（复发变质事件的随机效应[RDES]）CPH模型用于基于Pro的RDE的时间。结果：两个武器的ITT人群的调整后率> 90％。在PD-L1≥5％（P = 0.0476）中观察到显着的T+C治疗效果，PD-L1≥1％（P = 0.0028）和PD-L1≥5％（P = 0.0149）亚组，但在PD-L1≥10％中，PD-L1≥1％（P = 0.0028）和PD-L1≥5％（P = 0.0149）。对于其他5个症状（即，GHS，疲劳，浮肿，吞咽困难，饮食限制），治疗组之间没有统计学上的显着差异。但是，T+C与所有7种关键症状和PD-L1亚组的死亡风险显着降低有关。As one example, with respect to interaction between pain and OS, T+C was associated with a 22% (HR, 0.78 [95% CI, 0.652-0.931]), 33% (HR, 0.67 [95% CI, 0.515-0.860]), and 47% (HR, 0.50 [95% CI, 0.344-0.720]) reduction in the risk of death在PD-L1≥1％，≥5％和≥10％中，与P+C相比。
湄公河流域水文状况的长期变化及越南湄公河三角洲的适应策略
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