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shinybio -Heat：一个互动闪亮的应用程序，用于识别e.coli和b.subtilis中的表型驱动基因
1美国贝勒医学院分子和人类遗传学系，美国德克萨斯州休斯敦，美国2号，美国2定量和计算生物科学研究生课程，贝勒医学院，贝勒医学院，德克萨斯州休斯敦77030，美国3 Verna and Marrs McLean McLean McLean生物化学和分子生物学系，Baylor Biology of Medicine，Baylor Biology，Baylor Biologure，Baylor carry and Carry Inituce，HouSton，HouSton，TX 770030，TX 7700030美国德克萨斯州休斯敦市贝勒医学院，美国，美国，美国，美国，美国，贝勒医学院5计算和综合生物医学研究中心，美国德克萨斯州休斯敦贝勒医学院，美国德克萨斯州77030，美国 *通信地址。美国贝勒医学院分子和人类遗传学系，美国德克萨斯州休斯敦，美国，美国，美国，美国。 电子邮件：chen.wang@bcm.edu（C.W。） 和lichtarge@bcm.edu（O.L.） 副编辑：Russell Schwartz美国贝勒医学院分子和人类遗传学系，美国德克萨斯州休斯敦，美国，美国，美国，美国。电子邮件：chen.wang@bcm.edu（C.W。）和lichtarge@bcm.edu（O.L.）副编辑：Russell Schwartz
交流材料：建筑行业的混凝土开发
摘要：虽然胚泡sp。是全球人类粪便中最常见的肠道原生动物，有关该寄生虫的频率和循环仍有待研究。这种情况是东南亚的一些发展中国家由于不卫生的条件而显示出更高的寄生虫感染风险。尽管已经进行了几项流行病学调查，例如在泰国，越南等邻国很少或根本无法获得数据。因此，为了确定胚泡sp的患病率和亚型（ST）分布。和阐明寄生虫的传播，在该国进行了第一次分子流行病学调查。为此，总共从Da Nang家族医院招收的患者那里收集了310个凳子标本，然后对存在胚泡SP的存在进行了测试。通过实时聚合酶链反应（QPCR），然后是分离株的亚型。 在此越南队列中，寄生虫的总体患病率达到34.5％。 在寄生虫感染与性别，年龄，有症状状态，与动物接触或饮用水来源之间没有发现显着关联。 在107名阳性患者中，近一半出现了混合感染。 因此，某些相应的样品通过终点PCR重新分析，然后是PCR产物克隆和测序。 在88个总亚量分离株中，ST3占主导地位，其次是ST10，ST14，ST7，ST1，ST1，ST4，ST6和ST8。通过实时聚合酶链反应（QPCR），然后是分离株的亚型。在此越南队列中，寄生虫的总体患病率达到34.5％。在寄生虫感染与性别，年龄，有症状状态，与动物接触或饮用水来源之间没有发现显着关联。在107名阳性患者中，近一半出现了混合感染。因此，某些相应的样品通过终点PCR重新分析，然后是PCR产物克隆和测序。在88个总亚量分离株中，ST3占主导地位，其次是ST10，ST14，ST7，ST1，ST1，ST4，ST6和ST8。因此，我们的研究是东南亚人口中首次报告ST8，ST10和ST14的研究。ST3在该越南人群中的占主导地位，再加上其低的ST遗传变异性，反映了大型人类间传播，而ST1的传播不仅是拟人化的，而且可能与动物或环境来源相关。引人注目的是，考虑到动物起源的分离株（ST6-ST8，ST10和ST14）占亚期分离株的50％以上。这些发现改善了我们对胚泡sp的流行病学和循环的了解。在东南亚，尤其是越南，并强调了该国寄生虫的重大负担，也强调了人畜共动传播的高风险，主要来自家禽和牲畜。
在热带和亚热带全球海洋中的跨层区域跨微生物网络
微生物相互作用对于维持海洋生态系统功能至关重要，但是它们的动态性质和复杂性在很大程度上尚未探索。在这里，我们使用关联网络来研究古细菌，细菌和picoeukaryotes之间在热带和亚热带全球海洋的不同深度和地理区域中的生态相互作用。我们的发现表明，潜在的微生物相互作用随深度和地理规模而变化，表现出高度异质的分布。有几种潜在的相互作用是全球性的，这意味着它们发生在相同深度的区域，而11-36％的区域是特定深度的区域。巴基流动带的全球关联比例最低，区域关联随深度的增加。此外，我们观察到，尽管微生物垂直分散，大多数地表水关联并不持续在更深的海洋层中。我们的工作有助于更深入地了解热带和亚热带全球互动，这对于应对全球变化带来的挑战至关重要。
分子鉴定和胚泡sp的亚型分析。来自法国北部野生贻贝（Mytilus Edulis）的分离株
1 CNR，Inserm，Chu Lille，Lelle Pasteors，U1019 – UMR 9017 – Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-Ciil-感染与免疫和免疫，Lille大学，Lille大学，Lille大学，Lille，F-5900 Lille，F-5900 Lille，法国，法国；处理者。）; nauscase.insautis@pasteor.fro（n.g。）; sermony.dearly-leilla.fr（J.D.）; bedmienneepdvos@gmail.com（D.P.D.）; Warehouses.chabe@unival.fro（M.C。）; gabriela.certy@pasteor-line.fr（G.C.）<潜水> 2所大学是两门班级课程，CNR，CNR，University Lille，UMR 8187，Log，Oce Labor是类似的及其口概ET，F-62930 Wimereux，Francis； lens.li.livate-littory.fro（l.-l.l.l.l.）; sebastin.monchy@unival.fro（S.M.）3 3 3个Bilogs在Desarroll，CSIC，公共Pablo，西班牙41013，西班牙41013； steal.d93@gmail.com 4 Biotech-护理，F-59000 Lelle，Frank； g.wgenesdiffssion.com（g.e。）; c.aude@genesdiffusion.com（c.a.）5 PEGASE-BISOSCIENCES（经验平台上有诺克斯的应用IS Sciences exp是重生），Leille研究所，F-5900 LELLE 6 D是诊所6 D是诊所，是诊所覆盖范围，集团十足，十h f-59000 Liles，F-59000 Liles，Francis * sosementers * sosements
ephrin-b1通过心肌细胞表面波峰的产后成熟来调节成人舒张压功能
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经Peer Review的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2023年1月23日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2023.01.23.525193 doi：Biorxiv Preprint
鉴定出具有HIF-Pathway过度激活特征的新型乳头状肾细胞癌分子亚型
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年1月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.24.632989 doi：Biorxiv Preprint
对欧洲流感A亚型的流感疫苗有效性：2021 - 2022年I-Move初级保健多中心研究的结果
1。Kissling E，Valenciano M，Buchholz U等。在一个季节，欧洲的流感疫苗效果估计值，具有三种流感类型/亚型循环：I-MOVE多中心病例对照研究，2012/13年流感季节。欧元监视。2014; 19（6）：20701。 doi：10.2807/1560-7917.ES2014.19.6.20701 2。 Kissling E，Valenciano M，Pozo F等。 2015/16 i-Move/i-Move +多中心病例对照研究：针对流感A（H1N1）PDM09的中等疫苗有效估计值和针对儿童中谱系不匹配的流感b的估计值较低。 流感其他RESPI病毒。 2018; 12（4）：423-437。 doi：10.1111/irv.12520 3。 Kissling E，Valenciano M，Cohen JM等。 I-MOVE多中心病例对照研究2010 - 11：欧洲流感疫苗有效性的总体和分层估计。 PLOS ONE。 2011; 6（11）：E27622。 doi：10.1371/journal.pone.0027622 4。 Valenciano M，Kissling E，Cohen JM等。 欧洲大流行性流感疫苗有效性的估计，2009年至2010年：欧洲（I-MOVE）MULTICENTRE病例对照研究的流感监测疫苗有效性的结果。 plos med。 2011; 8（1）：E1000388。 doi：10。 1371/journal.pmed.1000388 5。 Kissling E，Valenciano M，Falc〜Ao JM等。 “ i-move''迈向监视季节性和大流行性流感疫苗的有效性：lesons从欧洲的一项试验性的多中心病例对照研究中学到的，2008 - 9年。 欧元监视。 2009; 14（44）：19388。 doi：10.2807/ese.14.44。 19388-en 6。 2022。2014; 19（6）：20701。 doi：10.2807/1560-7917.ES2014.19.6.20701 2。Kissling E，Valenciano M，Pozo F等。2015/16 i-Move/i-Move +多中心病例对照研究：针对流感A（H1N1）PDM09的中等疫苗有效估计值和针对儿童中谱系不匹配的流感b的估计值较低。流感其他RESPI病毒。2018; 12（4）：423-437。 doi：10.1111/irv.12520 3。 Kissling E，Valenciano M，Cohen JM等。 I-MOVE多中心病例对照研究2010 - 11：欧洲流感疫苗有效性的总体和分层估计。 PLOS ONE。 2011; 6（11）：E27622。 doi：10.1371/journal.pone.0027622 4。 Valenciano M，Kissling E，Cohen JM等。 欧洲大流行性流感疫苗有效性的估计，2009年至2010年：欧洲（I-MOVE）MULTICENTRE病例对照研究的流感监测疫苗有效性的结果。 plos med。 2011; 8（1）：E1000388。 doi：10。 1371/journal.pmed.1000388 5。 Kissling E，Valenciano M，Falc〜Ao JM等。 “ i-move''迈向监视季节性和大流行性流感疫苗的有效性：lesons从欧洲的一项试验性的多中心病例对照研究中学到的，2008 - 9年。 欧元监视。 2009; 14（44）：19388。 doi：10.2807/ese.14.44。 19388-en 6。 2022。2018; 12（4）：423-437。 doi：10.1111/irv.12520 3。Kissling E，Valenciano M，Cohen JM等。I-MOVE多中心病例对照研究2010 - 11：欧洲流感疫苗有效性的总体和分层估计。PLOS ONE。 2011; 6（11）：E27622。 doi：10.1371/journal.pone.0027622 4。 Valenciano M，Kissling E，Cohen JM等。 欧洲大流行性流感疫苗有效性的估计，2009年至2010年：欧洲（I-MOVE）MULTICENTRE病例对照研究的流感监测疫苗有效性的结果。 plos med。 2011; 8（1）：E1000388。 doi：10。 1371/journal.pmed.1000388 5。 Kissling E，Valenciano M，Falc〜Ao JM等。 “ i-move''迈向监视季节性和大流行性流感疫苗的有效性：lesons从欧洲的一项试验性的多中心病例对照研究中学到的，2008 - 9年。 欧元监视。 2009; 14（44）：19388。 doi：10.2807/ese.14.44。 19388-en 6。 2022。PLOS ONE。2011; 6（11）：E27622。doi：10.1371/journal.pone.0027622 4。Valenciano M，Kissling E，Cohen JM等。欧洲大流行性流感疫苗有效性的估计，2009年至2010年：欧洲（I-MOVE）MULTICENTRE病例对照研究的流感监测疫苗有效性的结果。plos med。2011; 8（1）：E1000388。 doi：10。 1371/journal.pmed.1000388 5。 Kissling E，Valenciano M，Falc〜Ao JM等。 “ i-move''迈向监视季节性和大流行性流感疫苗的有效性：lesons从欧洲的一项试验性的多中心病例对照研究中学到的，2008 - 9年。 欧元监视。 2009; 14（44）：19388。 doi：10.2807/ese.14.44。 19388-en 6。 2022。2011; 8（1）：E1000388。doi：10。1371/journal.pmed.1000388 5。Kissling E，Valenciano M，Falc〜Ao JM等。“ i-move''迈向监视季节性和大流行性流感疫苗的有效性：lesons从欧洲的一项试验性的多中心病例对照研究中学到的，2008 - 9年。欧元监视。2009; 14（44）：19388。 doi：10.2807/ese.14.44。 19388-en 6。 2022。2009; 14（44）：19388。 doi：10.2807/ese.14.44。19388-en 6。2022。欧洲疾病预防与控制中心（ECDC），世界卫生组织欧洲区域办公室（WHO/欧洲），世界卫生组织。流感新闻欧洲。2021-22季节概括[Internet]。[引用2022年7月17日]。可从：https：// flunewseurope.org/archives/getfile?fileid = 696 7。世界卫生组织（WHO）。建议在2021 - 2022年北半部流感季节使用流感病毒疫苗[Internet]。2021。可从：https：// www.who.int/publications/i/item/recommended-composition-of-- actryenza-virus-virus-virus-varus-varus-virus-virus-use-use-in-the-the-2021-2021-2022-northern-horthern-horthern-horthern-memisphere-influenza-season 8。Valenciano M，Ciancio B，I-Move学习团队。i-Move：衡量流感疫苗有效性的欧洲网络。欧元监视。2012; 17（39）：20281。 doi：10.2807/ese.17.39.20281-en2012; 17（39）：20281。 doi：10.2807/ese.17.39.20281-en
环境DNA（EDNA）检测地下和水生侵入性物种的应用：对Edna metabarcoding
世界正在努力解决毁灭性的生物多样性丧失，这不仅影响着珍贵的物种的灭绝和不可替代的遗传变异，而且危害了人们的粮食生产，健康和安全。所有旨在保护生物多样性的举措在很大程度上依赖于对物种和人群的监测，以获得准确的空间模式和整体人口评估。传统的监测技术，例如视觉调查和计数个体，由于识别隐性物种或不成熟的生命阶段的挑战，这是有问题的。环境DNA（EDNA）是一项相对较新的技术，具有更快，无创和具有成本效益的工具，以监视生物多样性，保护和管理实践。edna是从古老和现在的材料中提取的，其应用范围从单个物种到整个生态系统的研究。在过去的几年中，Edna在与生态保护和保护有关的研究中的使用情况大大增加。但是，仍然需要解决一些技术问题。为了减少当前Edna技术产生的假阳性和/或假阴性的数量，有必要在过程的每个阶段改进和优化校准和验证。非常需要更多关于EDNA使用的物理和生态限制及其合成，当前状态，预期寿命和潜在运动模式的信息。由于EDNA研究的广泛使用，评估这些研究的程度和广度也至关重要。在本文中，我们严格审查了埃德娜在地下和水生入侵物种中的主要应用。通过此评论，读者可以更好地了解Edna Metabarcoding的挑战和局限性。
通过其分泌的代谢物揭示枯草芽孢杆菌DSM 29784家禽益生菌的好处：一种体外方法
摘要益生菌枯草芽孢杆菌29784（BS29784）通过生物活性代谢物低黄嘌呤（HPX），烟酸（NIA）（NIA）和Pantothenate（PTH）来维持鸡的肠道健康，从而增强动物的韧性和性能。在这里，使用肠球菌在体外模型中，我们确定了这些代谢产物与肠道弹性的三个支柱之间的功能联系：免疫反应，肠壁和微生物群。我们在体外评估了BS29784营养细胞，孢子和代谢产物的能力，以调节全球免疫调节剂（使用HT-29-NF-κB和HT-29-AP-1报道细胞），肠道完整性），肠道完整性（HT-29-MUC2报道细胞）（HT-29-MUC2报道细胞和CACO-2细胞）以及CACO细胞（CACO-2），以及CACO-2-2。最后，我们使用鸡肉肠含量作为接种，模拟了肠发酵，以确定BS29784代谢产物对微生物群及其发酵型的影响。BS29784营养细胞比孢子更有效地降低了炎症反应，这表明它们的益处与代谢活性有关。为了评估这一假设，我们分别研究了BS29784代谢产物。结果表明，每个代谢产物都有不同的有益作用。pth和niA降低了促炎性途径AP-1和NF-κB的激活。HPX通过增强MUC2表达上调粘蛋白的产生。HPX，NIA和PTH增加了细胞增殖。PTH和HPX通过限制渗透性的增加来提高上皮弹性对炎症挑战。在盲肠发酵中，nia增加了乙酸乙酸盐，HPX增加了丁酸酯，而PTH则增加了乙酸乙酸酯，丁酸酯和丙酸酯。在回肠发酵中，PTH增加了丁酸酯。 所有分子调节菌群，解释了不同的发酵模式。 总的来说，我们证明了BS29784通过其分泌的代谢物在弹性的三条线上作用，从而影响了肠道健康。在回肠发酵中，PTH增加了丁酸酯。所有分子调节菌群，解释了不同的发酵模式。总的来说，我们证明了BS29784通过其分泌的代谢物在弹性的三条线上作用，从而影响了肠道健康。
生物信息学分析L-天冬酰胺酶结构（枯草芽孢杆菌），中嗜（Kibdelosporangium）和嗜热（Thermoco
抽象背景：L-天冬酰胺酶在治疗急性淋巴细胞白血病（ALL）方面用作抗癌药。此外，它在医学，食品和制药行业中广泛应用。方法：源自枯草芽孢杆菌的L-天冬酰胺酶的核苷酸和氨基酸序列最佳7613，kibdelosporangium sp。MJ126-NF4和kodakarensis kod1是从GenBank和NCBI数据库中获得的。使用Clustalw 1.83进行了浮雕水的成对序列比对。使用瑞士模型软件进行了研究的不同L-天冬酰胺酶分子的二级和三级蛋白质结构的预测。此外，使用Prosite软件分析了源自三种细菌的L-天冬酰胺酶的蛋白质结构域。使用蛋白质PI计算器（http：// isoelectric.ovh.org/）预测理论等电点（PI），分子量和氨基酸组成。结果：尽管三种细菌菌株中L-天冬酰胺酶的结构差异，但其功能特征没有差异，包括分子量，PI和功能域。结论：分析结构差异并找到功能相似性可用于设计具有较高稳定性和生物半衰期的药物。我们的分析表明，具有不同结构的蛋白质可能具有相似的功能特征，这证明了密码子使用假设。关键字：天冬酰胺酶，淋巴细胞白血病，生物信息学