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组装UCES的课程-Danforth Lab
fi g u r e 4最大似然（ML）系统发育，重点是nomiinae。从加工的黑桃组件和70％的完整性阈值中推断系统发育。突出的进化枝显示了Dieunomia和Clavinomia的意外密切关系，这些关系在地理上是不同的。标本照片显示了该进化枝的代表，每个比例尺对应于2 mm。支持值是SH-ALT支持（％）/Ultrafast Bootstrap支持（％），除非另有说明，否则为100。插入物显示了用IQ-Tree2推断的物种树拓扑的树状图，但使用使用五个不同的组装程序生成的数据矩阵。拓扑基于拓扑结构之间的成对Robinson-fivt（RF）距离，并根据Ward的D2标准聚类。rf-距离为0表示拓扑相同。循环字母（A – C）表示与三位一体（A），深渊（节点A，B）和Velvet（A，B，C）进行的物种分析的淋巴结。
来自晶格假设的通用计算提取器和多位AIPO
随机Oracle（RO）模型；然后，随机甲骨文是通过良好的“加密哈希函数”（例如SHA-3）实例化的，希望所得的方案仍然安全。RO方法的众所周知的应用包括Fiat-Shamir Transform [FS87]和Fujisaki-Oakamoto Trans- trans- [FO99]。但是，RO方法只是一项经验法则，在理论上被证明是不合理的：在开创性的工作中，Canetti等人。[CGH04]设计了一种在随机Oracle模型中安全的方案，但是当随机Oracle被任何函数替换时，它是不安全的。即使以这些负面的结果，随机的甲骨文方法仍然流行，因为人们认为已知的反例人为地人为地人为。希望在自然和实际情况下，可以安全实例化随机甲骨文。一种自然的补救措施是识别“类似RO的”概述，这些概述足以用于重要的应用，然后在良好的假设下具有此类属性的哈希功能。沿着这条线，现有文献中已经提出了许多安全概念，例如点混淆[CAN97]，相关性Intractabil- ity [CGH04]，相关输入安全性[GOR11]和通用计算提取器（UCES）[UCES）[uces）[BHK13]。在本文中，我们专注于点混淆和uces的构建。
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当Tra2β蛋白水平太高时，UCE会触发基因RNA中的额外外显子，引入了停止蛋白质合成的终止密码子，防止过度生产。突变破坏UCE的蛋白质限制功能会导致不育症，从而阻止遗传。因此，自然选择已在数百万年内保留了整个物种的UCE。超保存的元素：UCE是至少200个碱基对的脱氧核糖核酸（DNA）序列，它们在多种物种中一直保持不变，持续了8000万年或更长时间。
基因组知识的圈养育种可以减少近亲抑郁症和动物园种群的遗传负荷
fi g u r e 1从单个粉红色鸽子的原始阅读中，粉红色依赖性耗竭（PPCADD）分数的每单核苷酸多态性（SNP）粉红色鸽子的产生管道。Snakemake（Mölder等，2021）管道用作输入主体个体的测序读数，受试者物种参考基因组以及CADD分数和参考基因组（即鸡肉，Chcadd分数（Groß，Bortoluzzi等，2020）和Galgal6参考基因组（Warren等，2017））。管道分为六个部分，对应于管道的部分（https：//github。com/saspe ak/loadlift）。（1）（黄色）使用Phyluce从参考基因组中提取UCE。（2）（深蓝色）映射个体的测序读取到参考基因组，以指示10×Chromium读取数据（本文中使用）和Illumina读取数据的两种平行方法。（3）（浅蓝色）变体呼叫UCES中的SNP。（4）（浅灰色）创建链文件，用于从鸡基因组转化注释。（5）（深灰色）Chcadd得分转换为粉红色鸽子（主题物种）注释。（6）（绿色）床文件和UCE站点的交集到每个站点PPCADD（主题物种）分数（红色）。