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全基因组对大肠杆菌中替代性肽聚糖交联所需的基因的鉴定揭示了-lactams的意外影响多层网络中的遗传合作性暗示了亨廷顿氏病小鼠与症状同步的纹状体中的细胞存活和衰老
动机：亨廷顿氏病（HD）可以通过基因放松来发展。然而，基因放松管制对HD遗传合作的动力学的影响仍然很差。在这里，我们在HD敲入小鼠的大脑（等位基因HDH小鼠）的大脑中建立了一个多层网络模型。为了增强生物学精度和基因优先序列，我们整合了三个源网络的互补家族，所有这些都从HDH小鼠中的相同RNA-SEQ时间序列数据推断为加权 - 边缘网络，在该网络中，Edge-Edge-Edge-lates跨源网络跨源网络跨源网络和时点的路径长度变化。结果：加权边缘网络识别出富含受管化基因（临界阶段）的紧密遗传合作性的连续波，在皮质中曾经久经术，与纹状体呈现，并与纹状体相关，与细胞的存活有关（例如hipk4）与细胞增殖相互缠绕（例如scn4b）和细胞衰老（例如CDKN2A产品）响应。顶部纹状体加权边缘在HD发病机理的无脊椎动物模型中富含有缺陷行为的调节剂，从而验证了它们与体内神经元功能障碍的相关性。共同揭示了HDH小鼠大脑中遗传合作的高度动态的时间特征，其中2步逻辑突出了症状小鼠纹状体中细胞维持和延伸的重要性，提供了高度优先的靶标。联系人：Christian.neri@inserm.fr补充信息：补充数据可在Online BioInformatics获得。可用性和实现：加权边缘网络分析（WENA）数据和源代码，用于执行信号（SDS）的光谱分解（SDS）和Wena分析，均为使用Python编写，可在http://www.broca.inserm.inserm.inserm.fr/hd-wena/上获得。
肠道微生物
新生儿中对抗生素的抽象抗药性是一个巨大的关注点，因为其免疫系统仍在发展，并且早期生活中的感染和抵抗获得对其健康产生了短期和长期的影响。双歧杆菌物种是能够主导婴儿肠道微生物组的重要份量，并且众所周知，比其他可能在婴儿中定位的分类群相比，它不容易拥有抗菌耐药基因。我们旨在研究新生儿中主导的双歧杆菌肠肠菌群和抗生素耐药基因负荷之间的关联，并确定可能有助于抗生素耐药性的围产期因子。在7天和1个月大的MAMI出生队列中包括200个婴儿粪便样本，并为此提供了孕产妇的炎症性临床记录。通过16S rRNA扩增子测序进行微生物群，并通过qPCR定量靶向抗生素抗性基因（ARGS）（包括TETM，TETW，TETO，TETO，Blatem，Blatem，Blashv和ERMB）。婴儿菌群根据双歧杆菌的丰度聚集成两组：高和低。使用基于双歧杆菌属相对丰度的时间点，使用无监督的K均值分配的非线性非线性算法进行组的主要分离。微生物群的组成均显着不同，并且在每个簇中富集了特定的双歧杆菌物种。婴儿肠道中的双歧杆菌的丰度较低与较高的抗生素耐药基因载荷有关。我们的结果强调了双歧杆菌属在早期获得中的相关性，并确立了肠道中抗生素耐药性的相关性。需要进一步的研究来制定策略，以促进健康的早期定殖并与抗生素耐药性的传播作斗争。
比较单细胞谱分析揭示了斑马鱼心脏必不可少的不同心脏居民巨噬细胞
抽象的斑马鱼具有强大的受伤后心脏再生的能力，并且免疫系统在此过程中起着关键作用。我们先前表明，即使在受伤后的第一周内恢复了浸润性的巨噬细胞数量，也会延迟延迟通过氯膦酸盐脂质体（–1D_CL，巨噬细胞延迟模型）会损害中性粒细胞的分辨和心脏再生（Lai等人，2017年）。因此，通过比较心脏修复期间的这些晚期巨噬细胞与对照巨噬细胞的比较，学习再生巨噬细胞的证明是很有趣的。在这里，我们通过将非再生性巨噬细胞模型与再生对照进行比较，进一步研究了心脏再生的机理见解。时间RNASEQ分析表明，–1D_CL治疗导致炎症分辨率破坏，反应性氧稳态和心脏修复过程中能量代谢。对再生性与非再生性心脏的发炎细胞的比较单细胞RNASEQ分析进一步鉴定出异质的宏观斑点和中性粒细胞，显示出替代性激活和细胞串扰，导致中性粒细胞保留和慢性炎症。在巨噬细胞中，仅在再生心脏中富集了两个住宅亚群（HBAA + MAC和TIMP4.3 + Mac 3），并且在 + 1D_CL处理后几乎没有恢复。为了耗尽居民巨噬细胞而不会延迟循环巨噬细胞的招聘，我们通过在CryoInjury之前的8 d（–8d_cl）在8 d（–8d_cl）中管理CL来建立了居民巨噬细胞的模型。引人注目的是，常驻巨噬细胞缺乏斑马鱼仍然表现出血运重建，心肌细胞存活，碎屑清除和细胞外基质重塑/疤痕的缺陷，而无需从循环/单核细胞衍生的巨噬细胞中获得功能补偿。我们的结果表征了炎症细胞与识别独特的居民巨噬细胞之间的不同功能和相互作用的特征。斑马鱼心脏再生的先决条件。
定量磷酸蛋白质组学分析提供了甘氨酸最大碳酸氢钠反应性
摘要：由Nahco 3引起的碳酸氢钠应激是全球最严重的非生物胁迫之一。然而，很少关注植物对碳酸氢钠应激的反应的分子机制。了解碳酸氢钠应激触发的信号通路中的磷酸化事件，在50 mM NaHCO 3处理下，对大豆叶和根组织进行了基于TMT标记的定量磷酸蛋白质学分析。在本研究中，从培养的大豆中鉴定了总共7856种磷酸肽（甘氨酸最大L.merr。），代表3468个磷蛋白基团，其中2427个磷酸蛋白基团被新鉴定。这些磷酸蛋白基含有6326个独特的高磷光材料（UHPS），其中77.2％是新近识别的，当前的大豆磷材料数据库大小增加了43.4％。在这项研究中发现的磷酸肽中，我们从叶片组织中确定了67种磷酸肽（代表63种磷酸蛋白基团）和554种来自根组织的磷酸肽（代表487个磷酸蛋白基团），这些根组织显示出在双磷酸钠下的磷酸化水平有显着变化的磷酸化含量变化的磷酸含量变化，折叠press prance 5 prandy 5 pranse 5> 1.2或<0.8330 per> 1.83，相应地变化。定位预测表明，大多数磷酸蛋白都定位在叶子和根组织的细胞核中。go和kegg富集分析显示，叶片和根组织之间的富集功能术语截然不同，并且在根组织中比在叶片组织中富集了更多的途径。此外，从差异表达的磷酸蛋白（DEPS）中鉴定出总共53种不同的蛋白激酶和7种蛋白磷酸酶。蛋白激酶/磷酸酶相互作用的分析表明，相互作用的蛋白主要参与/与转运蛋白/膜传递，转录水平调节，蛋白质水平调节，信号/应激反应和其他功能。本研究中提出的结果揭示了对植物对碳酸氢钠应激的植物反应中翻译后修饰功能的见解。
原创文章 腺样囊性癌中确定的潜在靶点为进一步研究指明了新方向
摘要：头颈部腺样囊性癌（AdCC）起源于涎腺，具有较高的复发和转移风险，患者预后较差。本研究旨在筛选与AdCC相关的关键基因，以进一步研究其诊断和预后意义。本研究以基因表达综合（GEO）数据库中的AdCC样本数据集GSE36820，GSE59702和GSE88804为样本，探究与正常组织相比，AdCC中基因的异常共表达情况。通过GEO2R和FunRich软件筛选，共获得115个DEG。经Enrichr功能注释分析，这些DEG主要富集在SOX2、AR、SMAD和MAPK信号通路中。利用相互作用基因检索工具 (STRING) 建立了 DEG 的蛋白质-蛋白质网络，并通过基于 WEB 的基因集分析工具包 (WebGestalt) 进行注释，结果显示，DEG 中富集了参与心肌细胞增殖和细胞外基质组织的蛋白质。京都基因与基因组百科全书 (KEGG) 分析显示，ITGA9、LAMB1 和 BAMBI 与 PI3K-Akt 和 TGF-β 通路相关。此外，通过 OncomiR 和 miRNA 通路词典数据库 (miRPathDB) 鉴定出 36 个潜在的靶 miRNA。总之，富集分析显示 SLC22A3、FOXP2、Cdc42EP3、COL27A1、DUSP1 和 HSPB8 起着关键作用；KEGG 分析显示，ITGA9、LAMB1 和 BAMBI 参与了重要通路； ST3Gal4是所有获得的DEGs的PPI网络的关键组成部分；SPARC、COL4A2和PRELP在泛癌症研究中与多种恶性肿瘤高度相关；hsa-miR-29-3p、hsa-miR-132-3p和hsa-miR-708-5p是AdCC中的潜在调控因子。所涉及的通路、生物学过程和miRNA已被证明在AdCC的发生、生长、侵袭和转移中发挥重要作用。在本研究中，这些鉴定的DEG被认为对AdCC具有潜在影响，但尚未在该疾病中进行研究。分析结果有助于我们了解AdCC的分子机制和生物学过程，这可能有助于靶向治疗或诊断。
替代剪接和DNA甲基化改变的模式及其在亚麻籽（linum usitatissimum L.）中的相互作用。
抽象的背景干旱应力严重阻碍了全球农业生产力，也可能导致对DNA甲基化水平的修改。然而，DNA甲基化的动力学及其与干旱胁迫下基因转录和替代剪接（AS）变化的关联是亚麻籽中未知的，这在干旱和半干旱地区经常培养。结果我们分析为耐旱剂（Z141）中的事件和DNA甲基化模式，而对干旱胁迫（DS）和重复的干旱胁迫（RD）治疗中的对干旱敏感的（NY-17）则分析。我们发现，在干旱压力下，Z141和NY-17中的内含子扣（IR）和替代3'剪接位点（ALT3'SS）事件的数量明显更高。我们发现对DS处理的亚麻籽反应主要受转录调节，而对RD处理的反应是通过转录和AS进行的。整个基因组DNA甲基化分析表明，干旱应激导致整体甲基化水平的总体甲基化水平升高。尽管我们没有观察到差异甲基化基因（DMG）与差异基因（DSG）之间的任何相关性，但我们发现，在Z141中，其基因身体区域过度甲基化的DSG和在NY-17中甲基化过度甲基化的DSG在纽约-17中富集了纽约 - 甲基化症状响应响应基因（GO）的含量。这一发现意味着基因体甲基化在某些特定基因的调节中起重要作用。结论我们的研究是对亚麻籽甲基化变化以及在干旱和重复的干旱胁迫下的关系的首次全面基因组分析。我们的研究揭示了在DS和RD处理下差异表达的基因（DEG）和DSG之间的不同相互作用模式，以及甲基化和随着对干旱和干旱敏感的亚麻籽品种的调节之间的差异。调查结果可能会在将来引起人们的关注。我们的结果为基因表达之间的关联提供了有趣的见解，在干旱胁迫下亚麻籽中的DNA甲基化和DNA甲基化。这些关联的差异可能解释了亚麻籽公差的差异。关键字干旱应力，替代剪接，DNA甲基化，亚麻籽，转录组