特别动态的理解功能可以需要构象状态的特征,这些构象状态仅暂时形成,并以稀疏为百分之几。4 - 6这些构象体通常在体验上表征体现。溶液状态NMR在检测和结构表征这些功能相关状态的能力方面已被证明是独一无二的,它们的寿命可以按几毫秒的速度处于几毫秒的状态,否则对实验措施“看不见”。6 - 8个这样的状态可以在诸如蛋白质折叠,分子识别和催化之类的多样化的过程中起重要作用,但表征仍然具有挑战性。9 - 16,用于具有新功能的工程蛋白,对于药物发现,显然需要能够表征,探索和操纵蛋白质访问的完整构象状态以及它们相互互换的机制。分子动力学(MD)模拟为在计算机中实现这一目标提供了一种有吸引力的方法。为了表征局部最小值的低振幅结构uccatututus,在几百个纳秒上的时间尺度上的模拟可能是稳定的。17,18个需要更长的模拟,以便用毫秒毫秒的生命值采样稀疏的“激发”构象状态。 目前只能使用不广泛可用的专用硬件来实现相对较小的蛋白质的“蛮力”计算。 19取得进展,两大类增强的采样方法17,18个需要更长的模拟,以便用毫秒毫秒的生命值采样稀疏的“激发”构象状态。目前只能使用不广泛可用的专用硬件来实现相对较小的蛋白质的“蛮力”计算。19取得进展,两大类增强的采样方法
