XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System功能分析
研究论文 小麦 RNA 编辑位点的全基因组调查和功能分析
小麦是一种重要的谷物，全球一半人口都食用小麦。小麦面临环境压力，人们使用了不同的技术（CRISPR、基因沉默、GWAS 等）来提高其产量，但 RNA 编辑 (RES) 在小麦中尚未得到充分探索。RNA 编辑在控制环境压力方面具有特殊作用。对不同类型的小麦基因型中的 RES 进行了全基因组鉴定和功能表征。我们通过 RNA 测序分析采用了六种小麦基因型来实现 RES。研究结果表明，RNA 编辑事件均匀发生在所有染色体上。RNA 编辑位点随机分布，在小麦基因型中检测到 10-12 种类型的 RES。在耐旱基因型中检测到的 RES 数量较多。在六种小麦基因型中还鉴定了 A-to-I RNA 编辑（2952、2977、1916、2576、3422 和 3459）位点。基因本体分析后发现，大多数基因参与了分子过程。还检查了小麦中的 PPR（五肽重复序列）、OZ1（细胞器锌指序列）和 MORF/RIP 基因表达水平。正常生长条件使这三个不同基因家族的基因表达出现差异，这意味着不同基因型的正常生长条件可以改变 RNA 编辑事件并影响基因表达水平。而 PPR 基因的表达没有变化。我们使用变异效应预测器（VEP）来注释 RNA 编辑位点，Local White 在蛋白质的 CDS 区域具有最高的 RES。这些发现将有助于预测其他作物的 RES，并有助于小麦抗旱性的发育。
肠道微生物和免疫反应对不同类型的饮食纤维的功能分析：迈向个性化饮食干预的一步
和短链脂肪酸的产生。为了测试这一点，采用了纵向跨界研究设计，其中健康的成年女性消耗了三种不同的饮食纤维补充剂：inulin（果酸 - 寡糖），vitafiber（Isomalto-oligosacacachiely）和一周的介入时间为2周的洗手间。每种补充剂每天消耗总共15克可溶性纤维。样品，通过16S rRNA测序和使用核磁共振测量的短链脂肪酸的16S rRNA测序和粪便水平分析肠道菌群的组成。使用光流式细胞仪进行干预后SCFA水平较高的参与者的子集研究了外周血单核细胞中的表型变化。结果表明，整个肠道细菌群落对纤维引起的变化的实质稳定性和韧性。但是，每种补充剂对肠道细菌α和β多样性，SCFA产生和免疫变化都有特定的影响。inulin始终发挥了在个体中最明显的作用，并且某些分类单元被确定为响应二氨蛋白的潜在产生指标。对于其他纤维补充剂没有观察到这种区分特征。需要进一步的大规模研究来确认这些发现。总体而言，我们的研究意味着个性化的饮食纤维干预措施可以量身定制，以促进有益细菌的生长，以最大程度地提高SCFA生产和相关的健康益处。
单个酶的功能分析，将可编程分子电路与液滴基微流体
对单分子水平的蛋白质的分析发现了在合奏平均技术中掩盖的异质行为。传统上，酶的数字定量涉及通过促荧光底物的转化将单个分子划分为微室的单分子的观察和计数。基于线性信号扩增的策略仅限于几种酶，其周转率足够高。在这里我们表明，通过将指数分子放大器的敏感性与DNA-酶电路的模块化和液滴读数结合，允许在单分子水平上特异性检测几乎任何D（R）NA与NA相关的酶促活性。该策略（表示为数字PUMA）已通过十几种不同的酶进行了验证，其中包括许多催化速率缓慢的酶，并降低到Pyogenes cas9的明显单周转极限。数字计数独特地产生绝对摩尔定量，并在所有经过测试的商业制剂中揭示了很大一部分非活性催化剂。通过实时监测单个酶分子的扩增反应，我们还提取了催化剂种群中活性的分布，从而揭示了各种应力下的替代失活途径。我们的方法极大地扩大了可以从单分子分辨率下的定量和功能分析中受益的酶的数量。我们预计数字puma将作为一种多功能框架，用于在诊断或生物技术应用中进行准确的酶定量。这些数字测定也可以用于研究蛋白质功能异质性的起源。
使用ACEOFBases Target预测对DNA变体进行DNA变体的精确体内功能分析
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本于2021年7月26日发布。 https://doi.org/10.1101/2021.07.26.453883 doi：biorxiv preprint
在极端，与天文学相关的缺氧地点蓬勃发展的完整微生物群落的分类学和功能分析
方法：在MASE项目（太空探索的火星类似物）中，我们选择了代表性的缺氧类似环境（多年冻土，盐矿，酸性湖泊和河流，硫磺弹簧），以对其微生物群落进行全面分析。我们通过基于丙嗪的扩增子和shot弹枪元基因组测序评估了完整细胞的微生物组谱，并补充了广泛的培养工作。结果：从微生物组分析中对MASE部位蓬勃发展的完整微生物群落检索到的信息，加上31种模型微生物的分离以及15个高质量基因组的15种模型微生物的分离，使我们能够观察到原理途径，与中度环境相比，在MASE位点上阐明了特定的微生物功能。微生物的特征是令人印象深刻的机制来承受物理和化学压力。我们的所有分析级别揭示了微生物群落对复杂有机物的强烈和无所不在的依赖性。此外，我们确定了一个在所有地点蓬勃发展的34个多生物群的极端耐药性世界。
胰腺癌中 ANGPTL4 过表达的转录组学和功能分析提名逆转化学耐药性的靶点
摘要 胰腺导管腺癌 (PDAC) 是根据五年生存率得出的最致命癌症之一。了解化学耐药性可以制定新的治疗策略来改善患者的预后。肿瘤中高水平的 ANGPTL4 与胰腺癌的不良预后相关。我们发现 ANGPTL4 过表达会导致体外对吉西他滨产生耐药性并缩短患者的生存时间。ANGPTL4 的过表达会诱导肿瘤侵袭和转移、增殖和分化以及抑制细胞凋亡的转录特征。为了更好地了解 ANGPTL4 如何导致耐药性并探索它是否可能成为有用的治疗靶点，我们测量了 ANGPTL4 过表达或敲低的细胞的转录反应。我们还测量了吉西他滨治疗对这些细胞的影响。这些分析揭示了与 ANGPTL4 激活和吉西他滨反应相关的基因的重叠特征。患者 PDAC 组织中该标记基因表达增加与患者生存期缩短显著相关。我们确定了 42 个与 ANGPTL4 共同调控且对吉西他滨治疗有反应的基因。ITGB4 和 APOL1 就是其中之一。在过表达 ANGPTL4 的细胞系中敲低这两个基因可逆转观察到的吉西他滨耐药性并抑制与上皮间质转化 (EMT) 和 ANGPTL4 过表达相关的细胞迁移。这些数据表明 ANGPTL4 促进 EMT 并调节基因 APOL1 和 ITGB4。重要的是，我们表明抑制这两个靶标可逆转化学耐药性并降低迁移潜力。我们的研究结果揭示了调节肿瘤对治疗反应的新途径，并提出了胰腺癌的相关治疗靶点。
对种子休眠和发芽中的小麦III类过氧化物酶基因基因锥虫基因的功能分析
怀孕期间的产前超声检查显示出正常的胎儿发育。此外，患者的肾功能正常和血压正常。在妊娠29周时，超声揭示了最深的垂直口袋10厘米的多氢化物。在妊娠33周时，膜和子宫收缩不经常发生过早破裂。然后，进行了紧急的下部CS，并输送了一个重2200克的单个活雌性胎儿。由于呼吸窘迫，该婴儿被送入新生儿重症监护病房（NICU），并接受了补充氧气治疗，最初是通过连续的阳性气道压力（CPAP）持续一天，然后再进行鼻氧。婴儿由专门的肾脏科医生评估，其肾脏和一般检查的结果正常。因此，她出院并跟进，表现出正常的发展里程碑。请求并获得适当的书面知情同意书，并获得了本案报告的个人医学信息。
发酵生产，胡萝卜的比较表征以及对杜鹃花的β-胡萝卜素的功能分析
简介。β-胡萝卜素是一种广泛需求的红橙色颜料，在食品，化妆品和纺织工业中具有多个应用。合成猪与有害的副作用有关，这需要探索自然替代品。Rhodotorula toruloides是一种酵母菌菌株，它提供了一种自然的β-胡萝卜素的自然来源，有可能过度越来越多，这可能是传统的基于植物性的胡萝卜（如胡萝卜）所产生的局限性。材料和方法。在这项研究中，使用YPD培养基的子商品发酵从曲霉中提取β-碳酸烯，优化以最大的色素产生。使用分光光度法，薄层色谱（TLC）和高性能液化色谱（HPLC）进行表征。分析了提取的β-胡萝卜素的抗菌和抗氧化活性，并测试了其作为染料的适用性。结果。toruloides的β-胡萝卜素产率为0.36 g/L，对沙门氏菌SP的抗菌活性显着。（25.3±0.3 mm抑制区），表现优于胡萝卜衍生的β-胡萝卜素。此外，DPPH分析显示出强大的抗氧化活性。从R. toruloides提取的β-胡萝卜素也可成功地染成棉布织物，表明其作为有机染料。结论。研究得出的结论是，与
皮质转录组和蛋白质组的功能分析揭示体内反复脑外伤后的神经发生、炎症和细胞死亡
摘要 反复性创伤性脑损伤 (TBI) 的病理效应在很大程度上是未知的。为了详细了解一两次 TBI 后皮质组织的急性生物反应，我们利用了 RNA 测序和蛋白质质谱技术。使用我们之前验证过的 C57Bl/6 重量下降模型，我们施加了一两次轻度或中度的 TBI。双重损伤情况间隔 7 天，皮质组织在最后一次损伤后 24 小时分离。通过功能基因注释和基因本体论对蛋白质组和转录组进行分析。四种不同条件下的主要主题包括：神经发生；炎症和免疫反应；细胞死亡；血管生成；蛋白质修饰；和细胞通讯。发现与神经发生相关的蛋白质在单次损伤后上调。在中度单次、轻度双重和中度双重 TBI 条件下，与血管生成相关的转录本均上调。与炎症和免疫反应相关的基因在每种情况下均上调，其中中度单一情况报告的功能组最多。与细胞死亡或凋亡有关的蛋白质或基因在每种情况下均上调。我们的结果强调了单次损伤和双重损伤中蛋白质组学和转录组学变化的显著差异。此外，皮质组学分析为未来研究提供了重要见解，旨在深化对脑外伤后继发性损伤和神经行为障碍发展的当前认识。
与...相关的agjhamt基因的功能分析
棉蚜是世界范围内造成严重农作物损失的重要农业害虫之一，不加区别地使用化学药剂会导致棉蚜产生抗性，成为成功防治的一大障碍。本研究通过对取食表达 ds AgCYP6CY3 的转基因棉花品系（转基因棉）的棉蚜进行转录组测序分析，筛选出上调表达基因 AgJHAMT ，并将其富集到保幼激素途径中。在取食转基因棉的棉蚜中过表达 AgJHAMT 基因，并明确了该基因在若虫期的表达谱。然后，与对照组相比，沉默 AgJHAMT 可使棉蚜的发育历期提前 0.5 d。 dsJHAMT 处理组棉蚜的 T 和 t 值（6.88 ± 0.15、1.65 ± 0.06）显著短于喷洒 H 2 O 对照组（7.6 ± 0.14、1.97 ± 0.09）（P < 0.05）。施用 JH 类似物甲氧普烯可以挽救因 AgJHAMT 沉默而导致的棉蚜快速生长。这些结果阐明了 AgJHAMT 在棉蚜发育时期所起的作用。本研究有助于进一步阐明表达 ds AgCYP6CY3 的转基因棉花品系延缓棉蚜生长发育的分子机制。