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使用低剂量免疫疗法的分子缓解，对预后不良的毒性最小的毒性IGHV - 未肿胀的慢性淋巴细胞性白血病
慢性淋巴细胞性白血病（CLL）是小成熟B细胞的肿瘤，是成年人诊断出的最常见白血病。CLL包括两个主要子集，分别具有未分解的（U-CLL）或突变的（M-CLL）免疫球蛋白重链可变区域基因（IGHV），其起源分别来自圆膜前中心（GC）或GC CD5+ B细胞，分别是[1，2]。U-CLL或M-CLL状态的分类在临床上具有不同的预后，而突变状态的预后更好，平均总生存期为293个月，而U-CLL的预后则与较差的预后相关，并且生存期较短（平均OS = 95个月）[3] [3]。CLL通过在外周血中以≥5000µL的计数检测克隆CD5+ B淋巴细胞来诊断。在CLL诊断时，几乎所有患者在先天和适应性免疫反应系统中都有定量和定性缺陷[4，5]。先天免疫细胞，包括中性粒细胞，天然杀伤（NK）细胞和单核细胞具有功能缺陷。CLL患者的循环单核细胞增加了> 60％，但这种细胞与免疫抑制特性有关[6，7]。尽管对正常B细胞的刺激难治性，但单核细胞对Cll衍生的可溶性刺激表达了免疫抑制M2巨噬细胞类似的表型[6，8，9]。绝对CD4+和CD8+ T细胞计数在早期疾病中增加，但是这些数量随着疾病的进展而降低，尤其是辅助辅助活动显着受损[10]。晚期CLL中调节t（CD4+CD25+）细胞的膨胀有助于免疫抑制。b Cll淋巴细胞直接抑制
Renmab Mouse：完全人类抗体生成的领先平台
随着免疫肿瘤学的发展，治疗抗体已被证明对癌症治疗非常有效。常规的人类抗体发现过程可以分为阶段，包括目标选择和验证，筛选准备，命中生成，铅选择和优化以及临床候选候选者的选择。为了加速抗体开发过程，Biocytogen开发了Renmab™小鼠，Renmab™小鼠是一种完全人类的抗体小鼠，其整个小鼠可变区域被人类免疫球蛋白重链和κ轻链通过Bioocytogen独特的MB规模染色体工程技术取代。Renmab™小鼠提供了一个有效的治疗性抗体发现平台，用于完全人体抗体的生成和表征。我们表征了具有以下功能的Renmab™鼠标。1。将整个小鼠变量区域用完整的人基因组DNA代替，以原位，完整的人类和小鼠调节元件。Renmab™小鼠的基因调控与人的基因调节高度一致。2。小鼠常数区域仍然是确保适当的B细胞发育和成熟。Renmab™小鼠的免疫系统已被证明与野生型小鼠几乎相同。Renmab™小鼠显示出正常的对抗原的抗体免疫反应。3。Renmab™小鼠通过V（d）J重组产生了完全人类抗体可变区域的高度多样性。这种能力可能会导致在人类治疗抗体发现计划中的下游潜在客户和候选选择的有前途的热门单曲。
脊全瘤免疫的多模式分析揭示了不同的免疫情境
抽象的背景脊架是轴向骨骼中罕见的癌症，由于其解剖位置，其治疗选择有限，具有挑战性的临床管理。近年来，一些临床试验表明，丘多马斯可以对免疫疗法做出反应。然而，仍然缺乏对脊全瘤免疫力及其与临床参数的关联的深入描绘。方法我们通过应用多模式方法提出了76个脊架的免疫学特征的全面表征。进行了20个脊架的转录组分析，以通过抑制的免疫学常数（ICR）特征来告知免疫相关基因的活性。通过成像质量细胞仪进行多维免疫表型，以在32个脊架的不同免疫情境中提供见解。T细胞浸润，然后通过单变量和多元COX比例危害模型以及Kaplan-Meier估计值与临床参数相关。此外，在所有76名患者中，通过免疫组织化学染色评估了人类白细胞抗原（HLA）I类的不同表达模式。最后，通过对24名患者的TCRB基因座的可变区域进行分析，寻求T细胞受体（TCR）的克隆富集。结果通常表现出一种免疫“热”微环境，如ICR转录特征所示。此外，我们观察到大多数脊全瘤保持了HLA I类表达。我们根据T细胞浸润确定了两个不同的脊髓瘤，它们独立于临床参数。高度浸润的组进一步以较高的树突状细胞浸润和肿瘤中多细胞免疫聚集体的存在为特征，而低T细胞浸润与免疫和基质细胞的整体细胞密度较低有关。有趣的是，与TCR库的TCR库相比，TCR库的克隆富集更为明显。结论我们的发现揭示了通过识别
pcr在检测锥虫菌的Cruzi Henrique ...
Andrade，S。G。Caracterizaçãodecepas de trypanosoma cruzi cruzi Iseladas norecôncavoBaiano。 Revista de Patologia热带。 卷。 3，p。 65-121。 1974。 Andrade，S.G。; Magalhães，J.B。锥虫菌株的生物植物和扎伊米亚：与临床数据和实验病理学的相关性。 Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical。 卷。 30，p。 27-35。 1997。 Andrade，V。; Brodskyn，c。 Andrade，S.G。 同工酶模式与克鲁氏锥虫菌株的生物bahaviour之间的相关性。 皇家热带医学和卫生学会的交易。 卷。 76，p。 796-799。 1983。 Avila，I。I.等。 通过分析PCR的分析 - 放大微圆的可变区域序列，对来自南部和中部América的Cruzi菌群的精神分裂质分析。 分子和生化寄生虫学。 卷。 42，p.175 - 188。 1990。 Britto，C。等。 一种简单的方案，用于血液样本中存在于血样中的锥虫动力学DNA的物理裂解，以及在聚合酶链反应（PCR）中使用的ITSM-基于慢性Chagas疾病的诊断。 memóriasdo Instituto Oswaldo Cruz。 。 v。88，p。 171-172.1993。 Britto，C等。 聚合酶链链反应检测人类血液样本中锥虫的锥虫瘤作为诊断和治疗评估的工具。 寄生虫学。 卷。 110，p。 241-247.1995。 ______。 等。 卷。 卷。Andrade，S。G。Caracterizaçãodecepas de trypanosoma cruzi cruzi Iseladas norecôncavoBaiano。Revista de Patologia热带。卷。3，p。 65-121。1974。Andrade，S.G。; Magalhães，J.B。锥虫菌株的生物植物和扎伊米亚：与临床数据和实验病理学的相关性。 Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical。 卷。 30，p。 27-35。 1997。 Andrade，V。; Brodskyn，c。 Andrade，S.G。 同工酶模式与克鲁氏锥虫菌株的生物bahaviour之间的相关性。 皇家热带医学和卫生学会的交易。 卷。 76，p。 796-799。 1983。 Avila，I。I.等。 通过分析PCR的分析 - 放大微圆的可变区域序列，对来自南部和中部América的Cruzi菌群的精神分裂质分析。 分子和生化寄生虫学。 卷。 42，p.175 - 188。 1990。 Britto，C。等。 一种简单的方案，用于血液样本中存在于血样中的锥虫动力学DNA的物理裂解，以及在聚合酶链反应（PCR）中使用的ITSM-基于慢性Chagas疾病的诊断。 memóriasdo Instituto Oswaldo Cruz。 。 v。88，p。 171-172.1993。 Britto，C等。 聚合酶链链反应检测人类血液样本中锥虫的锥虫瘤作为诊断和治疗评估的工具。 寄生虫学。 卷。 110，p。 241-247.1995。 ______。 等。 卷。 卷。Andrade，S.G。; Magalhães，J.B。锥虫菌株的生物植物和扎伊米亚：与临床数据和实验病理学的相关性。Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical。卷。30，p。 27-35。1997。Andrade，V。; Brodskyn，c。 Andrade，S.G。 同工酶模式与克鲁氏锥虫菌株的生物bahaviour之间的相关性。 皇家热带医学和卫生学会的交易。 卷。 76，p。 796-799。 1983。 Avila，I。I.等。 通过分析PCR的分析 - 放大微圆的可变区域序列，对来自南部和中部América的Cruzi菌群的精神分裂质分析。 分子和生化寄生虫学。 卷。 42，p.175 - 188。 1990。 Britto，C。等。 一种简单的方案，用于血液样本中存在于血样中的锥虫动力学DNA的物理裂解，以及在聚合酶链反应（PCR）中使用的ITSM-基于慢性Chagas疾病的诊断。 memóriasdo Instituto Oswaldo Cruz。 。 v。88，p。 171-172.1993。 Britto，C等。 聚合酶链链反应检测人类血液样本中锥虫的锥虫瘤作为诊断和治疗评估的工具。 寄生虫学。 卷。 110，p。 241-247.1995。 ______。 等。 卷。 卷。Andrade，V。; Brodskyn，c。 Andrade，S.G。同工酶模式与克鲁氏锥虫菌株的生物bahaviour之间的相关性。皇家热带医学和卫生学会的交易。卷。76，p。 796-799。1983。Avila，I。I.等。通过分析PCR的分析 - 放大微圆的可变区域序列，对来自南部和中部América的Cruzi菌群的精神分裂质分析。分子和生化寄生虫学。卷。42，p.175 - 188。1990。Britto，C。等。一种简单的方案，用于血液样本中存在于血样中的锥虫动力学DNA的物理裂解，以及在聚合酶链反应（PCR）中使用的ITSM-基于慢性Chagas疾病的诊断。memóriasdo Instituto Oswaldo Cruz。。v。88，p。 171-172.1993。 Britto，C等。 聚合酶链链反应检测人类血液样本中锥虫的锥虫瘤作为诊断和治疗评估的工具。 寄生虫学。 卷。 110，p。 241-247.1995。 ______。 等。 卷。 卷。v。88，p。 171-172.1993。Britto，C等。聚合酶链链反应检测人类血液样本中锥虫的锥虫瘤作为诊断和治疗评估的工具。寄生虫学。卷。110，p。 241-247.1995。 ______。 等。 卷。 卷。110，p。 241-247.1995。______。等。卷。卷。聚合酶链反应检测：对慢性chagas病的诊断的新见解。memóriasdo Instituto Oswaldo Cruz。94，p。 305-306.1999。______。等。o。被Xenodiongensis和聚合酶链反应MemóriosDo Instituto Oswaldo Cruz揭示的经过治疗的chagasic患者的寄生虫持久性。v。96，2001。p。 1-4。 Clark，C。G.核糖增生：原生动物分类法的分子方法。 in：Lee，J.J。 ＆Soldo，A.T。 （ed。 ）：原子学方面的协议。 Allen Press。 1992。 Clark，C.G。 ; Martin，D.S。 ; Diamond，L.S。 ruboprinting揭示的Anuran锥虫之间的系统发育关系。 真核微生物学杂志。 42，p。 92-96。 1999。 Lana，M。; Tafuri，W。L.锥虫Cruzi adoençade Chagas。 in：Neves，D。P。; Melo，A。L。； Genaro，A。＆Linardi，P。M（编辑。 ）：人类寄生虫； ed。 雅典。 2002。v。96，2001。p。 1-4。Clark，C。G.核糖增生：原生动物分类法的分子方法。in：Lee，J.J。 ＆Soldo，A.T。（ed。）：原子学方面的协议。Allen Press。 1992。 Clark，C.G。 ; Martin，D.S。 ; Diamond，L.S。 ruboprinting揭示的Anuran锥虫之间的系统发育关系。 真核微生物学杂志。 42，p。 92-96。 1999。 Lana，M。; Tafuri，W。L.锥虫Cruzi adoençade Chagas。 in：Neves，D。P。; Melo，A。L。； Genaro，A。＆Linardi，P。M（编辑。 ）：人类寄生虫； ed。 雅典。 2002。Allen Press。1992。Clark，C.G。 ; Martin，D.S。 ; Diamond，L.S。 ruboprinting揭示的Anuran锥虫之间的系统发育关系。 真核微生物学杂志。 42，p。 92-96。 1999。 Lana，M。; Tafuri，W。L.锥虫Cruzi adoençade Chagas。 in：Neves，D。P。; Melo，A。L。； Genaro，A。＆Linardi，P。M（编辑。 ）：人类寄生虫； ed。 雅典。 2002。Clark，C.G。; Martin，D.S。; Diamond，L.S。ruboprinting揭示的Anuran锥虫之间的系统发育关系。真核微生物学杂志。42，p。 92-96。 1999。 Lana，M。; Tafuri，W。L.锥虫Cruzi adoençade Chagas。 in：Neves，D。P。; Melo，A。L。； Genaro，A。＆Linardi，P。M（编辑。 ）：人类寄生虫； ed。 雅典。 2002。42，p。 92-96。1999。Lana，M。; Tafuri，W。L.锥虫Cruzi adoençade Chagas。 in：Neves，D。P。; Melo，A。L。； Genaro，A。＆Linardi，P。M（编辑。 ）：人类寄生虫； ed。 雅典。 2002。Lana，M。; Tafuri，W。L.锥虫Cruzi adoençade Chagas。in：Neves，D。P。; Melo，A。L。； Genaro，A。＆Linardi，P。M（编辑。）：人类寄生虫； ed。雅典。2002。
微生物在法医学中的作用
pooja jk doi：https：//doi.org/10.33545/27074447.2023.v5.i1a.59摘要人类微生物组提到了所有微观生命形式，例如细菌，病毒，病毒，藻类和饮食人体身体。法医微生物学涉及基于验尸间隔及其在身体不同部位的分布来鉴定微生物，这有助于个人鉴定，死亡确定原因，地理位置确定可能在哪里发现尸体和体液识别。微生物法医用于研究由微生物在性侵犯案件，生物犯罪或任何其他形式的刑事案件中引起的微生物和疾病的传播。分子生物学和遗传学的进步导致了分析仪器和技术的发展，有助于更好地分析微生物样品及其代谢产物。thanato-Microbiology是指驻留在人体表面上的微生物研究，这也是法医微生物学研究领域，主要有助于基于独特的微生物居住的独特的微生物来区分另一个人。关键字：法医学微生物，thanato-Microbiology，pyrosequencing简介微生物或简称微生物是最小的单细胞生物。他们既有用，又对人类有害。它们分为不同类型，例如细菌，病毒，真菌和原生动物。细菌是最丰富的微生物，通常被分为两种类型，即考古细菌和花生细菌。（Zachary等，2017）[5]。（Zachary等，2017）[5]。人们认为，人体内部和人体上的细菌比人体细胞多十倍（Turnbaugh等，2009）[1]。研究表明，微生物在法医后检查，自死亡确定以来的时间，通过分析体液中发现的微生物群的个人鉴定，地理位置的鉴定，基于人体中的微生物种群发生死亡可能发生的地理位置。微生物，例如梭状芽胞杆菌，乳酸杆菌，eggerthella和细菌，在下部胃肠道中大量发现，而链球菌，prevotella和veillonella在人体的上部胃肠道中广泛分布。在前阳光期间的口腔中发现了富公司，而在肿胀期间则发现了蛋白质（Hyde等，2013）。用于鉴定微生物的常见方法包括焦磷酸测序和脉冲场凝胶电泳。其他检测方法包括16/18S核糖体RNA（rRNA）基因，单核苷酸多态性，内部转录的垫片和整个基因组shot弹枪。这些基因组方法在法医科学中很有用，可以创建遗传特征和鉴定整个微生物群落。对于蛋白质合成所必需的70s和80s核糖体是由16s和18s RNA组成的，通常在分类门中保持高度保守，但存在具有种间多态性或突变的可变区域，可帮助您识别个体。用于分类学分析的DNA的其他区域是核糖体RNA基因之间的非编码区域，称为内部转录间隔物（ITS），例如16S和23S细菌和古细菌（Lafontaine和Tollervey，Tollervey，2001年）。这些区域的突变率很高，因为它们的生存不是必不可少的，因此可以在相似的物种上进行比较（Baldwin，1992）。Mortem Microbial社区和PMI与宿主相关后与宿主相关的微生物群落称为Thanato-Microbiome。
对于抗体序列生成建模，混合模型可能是您需要的
通信：Wei Wang，电子邮件地址：wei-wang@ucsd.edu抽象抗体治疗候选者不仅必须与其目标表现出紧密的结合，还必须表现出良好的发展性能，尤其是免疫原性的风险。在这项工作中，我们将一种简单的生成型Sam拟合到600万人重和七千万人类轻型连锁店。我们表明，由模型计算出的序列的概率与其他物种在各种基准数据集上与其他模型中的任何其他模型相同或更高的精度区分了具有相同或更高准确性的序列，比文献中的任何其他模型都超过了大型语言模型（LLMS）。SAM可以人性化序列，生成新序列和人类的得分序列。它既快速又完全可解释。我们的结果强调了使用简单模型作为蛋白质工程任务的基准的重要性。我们还引入了一种用于编号抗体序列的新工具，该工具比文献中现有工具更快。这两个工具均可在https://github.com/wang-lab-ucsd/antpack上获得。引言良好的开发性能（例如免疫原性的低风险）对于抗体治疗候选者至关重要1-3。从接种动物中检索的抗体构成人类免疫原性的高风险，因此必须被人性化，例如通过将CDR区域“嫁接”到人类框架4。这种方法经常需要进一步的试用和错误修改才能恢复失去的亲和力4。理想情况下，这些方法应至少具有四个特征。人性化抗体序列的计算方法有可能加速这一过程5。1）分配区分人类和非人类变量区域序列的得分。2）提出可能使序列人性化的突变。3）生成新的高度人类可变区域序列，这对于机器学习辅助抗体发现的方法很有用。4）该方法应充分解释，即可以确定序列的不同区域对得分的贡献。已经提出了用于生成人类序列，分析曲目数据以及评分或人性化序列的各种计算机方法，但通常缺乏这些特征中的一种或多种。Prihoda等人报告了OASIS模型，该模型将输入序列分为9-mers，并通过人口中的患病率分为9-mers 7。他们分别训练大型语言模型（LLM）提出人性化突变。OASIS模型假定序列中所有9人之间的统计独立性，这可能是不现实的。另外，虽然绿洲模型是完全可解释的，但LLM无法完全解释为什么建议给定突变。诸如Immunesim 11和Igor 12的工具来分析曲目数据。其他各种作者已经训练了LLMS，可以按顺序预测下一个氨基酸，或者是掩盖的氨基酸的身份9,10,13。虽然一些LLM（例如尽管这些工具对于数据分析非常有用，但并非旨在模拟人类曲目中序列的分布，因此并非旨在评估序列的人性。llms可以生成新的序列并将得分分配给现有序列（可能性或假性时期），该序列可能与某些感兴趣的特性相关。progen2-oas）9接受了来自多种物种的数据的培训，因此无法评估人类（例如iglm）10在物种标签上进行调节，因此原则上应该能够将人类的重链与其他物种的重链区分开。这些模型的黑框性质使得很难确定该模型“学到了”或评估预测的可靠性。其他作者已经训练了分类器，可以预测序列是否是人类，包括ABLSTM 8，抗纤维13（可以作为物种分类器运行的LLM）和Hu-Mab 5,8。分类器可以实现训练集中存在的物种的高精度，但是如果被要求得分更多的序列，则可能会失去准确性。例如，Marks等人。请注意，Hu-mab最佳用于人性化鼠起源序列，仅是因为它主要在人类和小鼠序列上进行了训练5。分类器不是生成模型，也不直接生成
微生物学中的属是什么
nlm提供了对科学文献的访问，而无需暗示与内容的认可或一致。分类法涉及根据特征对微生物进行分类，细菌通过革兰氏染色反应分为两个主要组，并表现出各种形状和大小。在临床实践中，细菌是通过形态学，氧的需求和生化测试对细菌进行分类的。基因探针和基于PCR的技术等诊断测试系统检测特定细菌。细菌物种通常根据基因重组频率表现出不同的种群结构。键入分离株对于流行病学研究和监视至关重要。微生物可以分为七个大型生物群：藻类，原生动物，粘液霉菌，真菌，细菌，古细菌和病毒。藻类，原生动物，粘液霉菌和真菌是真核微生物，具有类似于动植物的细胞结构。细菌，包括支原体，立克群和衣原体组，具有原核组织。古细菌是一群独特的原核生物，与其他生物没有密切的祖先关系。只有细菌和病毒在医学或兽医上被认为是重要的。病毒是具有简单结构和不同繁殖模式的最小传染剂。病毒，无蛋白质的RNA片段，引起植物的疾病，而prion是动物和人类致命神经退行性疾病的病因。传染性同工型中发生构成变化（第60章）。系统学也称为系统发育学。分类法包括三个组成部分：分类，命名和识别。分类以有序的方式群体群体，而命名法则涉及命名这些生物，要求国际协议以持续使用。命名法的更改可能会引起混乱，并受到国际商定的规则。在临床实践中，微生物学家主要专注于根据商定的分类系统识别分离株。这些组成部分以及分类法构成了与进化，遗传学和物种有关的系统学的总体学科。原生动物，真菌和蠕虫是根据卡尔·冯·林纳（Carl vonLinné）开创性工作后的标准规则分类和命名的。大类（阶级，秩序，家庭）进一步分为由拉丁二项式指定的单个物种。细菌表现出比所有其他细胞寿命的多样性更大，这使刚性分类具有挑战性。识别主要是通过基于密钥的系统来实现的，该系统基于生化性能测试系统的生长或活动来组织细菌性状。有些测试明确鉴定了属或物种，例如葡萄球菌属的过氧化氢酶产生。和细胞色素c由铜绿假单胞菌C。其他特征可能是单个物种独有的，将它们与具有相似生化谱的人区分开来。某些细菌在实验室中不生长（麻风细菌，treponemes），需要遗传学方法鉴定。如图它们可能构成一个属。随着遗传分析技术变得越来越容易获得，它们和其他快速分析方法正在取代传统的生化方法以识别。细菌分类中使用的分类等级包括王国（原核），分区（Gracilicutes），阶级（Betaproteobacteria），订单（Burkholderiales），家庭（Burkholderiaceae），属（Burkholderia）（Burkholderia）和物种（Burkholderia cepacacia）。通过DNA同源性分析将一些属（例如动杆菌）细分为基因组物种。细菌和病毒的分类构成了挑战，这是由于表型测试在区分某些基因组物种时的局限性。当前方法识别物种复合物，这些物种复合物使用多重分类学方法分为基因组群。例如，头囊菌络合物包括从植物病原体到人类病原体的各种生物。尽管没有普遍接受的分类系统，但Bergey的手册被广泛用作权威来源。国际系统细菌学委员会控制细菌命名法，并在《国际系统和进化微生物学杂志》中发布批准的细菌名称清单。病毒由国际病毒分类学委员会（ICTV）归类，并在病毒学档案中发表。在细菌分类中，主要组以基本特征（例如细胞形状，革兰氏染色反应和孢子形成）区分。属和物种通常通过发酵反应，营养需求和致病性等性质进行区分。不同字符的相对重要性通常是任意的，而Adansonian系统则使用考虑广泛字符的统计系数来确定菌株之间的关系程度。此方法可用于分类共享主要字符的较大分组中的菌株。通过评分多个表型特征，可以估计相似性或匹配系数，这些系数可以在计算机上计算以确定生物体之间相似性的程度。3.1，可以使用相似性矩阵或树状图来构建层次分类树。这种方法允许根据相似性水平（用虚线x和y表示）将生物体分离为属和物种。DNA中鸟嘌呤 - 胞嘧啶（G-C）碱基对之间的氢键强度大于腺嘌呤 - 胸腺胺（A-T）碱基对之间的强度，从而影响DNA熔化的温度。DNA序列以确定G+C含量，该含量在细菌属之间差异很大，但在物种中仍然相对一致。另一种分类方法涉及基于其DNA碱基序列的同源性进行分组。此方法利用了在受控冷却过程中的重新形态，并在互补区域之间产生混合配对。可以通过信使RNA（mRNA）结合研究获得有关相关性的遗传证据。尽管具有不同G+C比的生物不太可能显示出明显的DNA同源性，但具有相似或相同的G+C比的生物可能不一定具有同源性。系统发育相关性。已经开发了一种实时PCR方法来估计G+C含量。核糖体RNA（rRNA）的结构似乎在进化过程中是保守的，反映了系统发育关系。核苷酸测序相对简单，并导致了许多在线医学上重要的细菌物种的DNA序列的可用性。注意：我应用了“添加拼写错误（SE）”方法，其中有10％的概率引入错误。如果您要我以不同的方式重塑它，请让我知道！在此处给定文章的分枝杆菌物种鉴定对于理解其系统发育关系至关重要。尽管rDNA序列中的高相似性（> 97％），但可以使用Microseq（Applied Biosystems）等商业系统来区分不同的物种。但是，核糖体基因可能无法提供足够的变化来区分紧密相关的物种。替代候选基因（例如RECA）已被探索，并且似乎有望用于系统发育分析。在系统发育研究中也使用了其他家政基因，包括RPOB，GROEL和GYRB。这些基因定义了与RRNA基因观察到的基因一致的进化树。分类法的主要目标是促进在临床和公共卫生环境中的个人和团体的有效管理。然而，由于基因组序列数据揭示了微生物之间的相互关系，因此对与基本理解保持一致性是必要的。表3.1根据共享特征概述了简化的分类方案。门A（属）是正确的。这些群体已与最近确定的系统发育命名法对服。可以通过补充测试，有时在物种水平上进一步识别生物。形态标准足以鉴定原生动物，蠕虫和真菌。The classification of cellular micro-organisms is as follows: Eukaryotes: Protozoa - Sporozoa Plasmodium, Isospora, Toxoplasma, Cryptosporidium Flagellates Giardia, Trichomonas, Trypanosoma, Leishmania Amoebae Entamoeba, Naegleria, Acanthamoeba Other: Babesia, Balantidium Fungi: Mould-like Epidermophyton, Trichophyton, Microsporum, Aspergillus Yeast-like Candida Dimorphic Histoplasma, Blastomyces, Coccidioides True yeast: Cryptococcus Prokaryotes: Bacteria: Actinobacteria (High G+C Gram positives) - Actinomyces, Streptomyces, Corynebacterium, Nocardia,分枝杆菌，微球菌（低g-c gram阳性） - 李斯特菌，芽孢杆菌，梭状芽孢杆菌*，乳酸杆菌*，Eubacterium*革兰氏阳性杆菌，杆菌，芽孢杆菌，芽孢杆菌* Enterococcus Gram-negative cocci: Veillonella*, Mycoplasma Proteobacteria (a very large group with 5 sub-divisions) - Neisseria, Moraxella Gram-negative bacilli: Enterobacteria – Escherichia, Klebsiella, Proteus, Salmonella, Shigella, Yersinia Pseudomonads – Pseudomonas, Burkholderia, Stenotrophomonas Haemophilus, Bordetella, Brucella, Pasteurella Rickettsia, Coxiella Gram-negative curved and spiral bacilli: Vibrio, Spirillum, Campylobacter, Helicobacter Bacteroidetes - Bacteroides*, Prevotella* Borrelia, Treponema, Brachyspira, Leptospira衣原体衣原体这些单细胞生物是非斑型生物的，具有独特的核和细胞质。它们的大小从直径2-100 µm变化，其表面膜的复杂性和刚度有所不同。有些物种在内部捕获食物颗粒，而另一些物种则以细菌为食。原生动物被认为是最低的动物生命形式，它通过二元裂变或多重裂变无性繁殖。某些鞭毛原生动物与光合藻类密切相关。最重要的医学原生动物组包括Sporozoa，Amoebae和鞭毛。这些生物具有相对刚性的细胞壁，可能是腐生的或寄生的。霉菌随着分支丝的生长而生长，称为菌丝，形成了称为菌丝体的网状作品。通过形成从营养或空中菌丝体发展的性和无性孢子来繁殖。酵母是卵形细胞，通过萌芽并形成性孢子无性繁殖。二态真菌在人造培养中产生营养菌丝体，但在感染病变中类似酵母。主要的细菌组通过微观观察到其形态和染色反应来区分。革兰氏阴性程序将细菌分为两个伟大的分区：革兰氏阳性和革兰氏阴性细菌。然而，较旧的分类系统与较新的基于DNA序列的系统发育分类之间的关系是复杂的且仍在发展的。随着细菌组之间的系统发育关系开始解体，出现异常。文本描述了根据其形态学特征和染色反应对细菌和病毒进行分类的各种组。尽管如此，在临床实验室中采用的实际鉴定方案很大程度上取决于细菌的形状革兰氏阳性还是阴性，杆菌或球菌的形状，以及它们在有氧或厌氧上生长的能力。医学上有意义的细菌的主要系统发育组包括静脉细菌，其革兰氏阳性具有较高的G+C含量，具有丝状生长和菌丝体的产生； Firmicutes，一组低的G+C革兰氏阳性细菌，其中包括细菌，球菌和孢子形成器；蛋白质细菌，一大群革兰氏阴性细菌；细菌植物，革兰氏阴性厌食症；螺旋体，其特征是带有内部鞭毛的螺旋形细胞；衣原体，严格的细胞内寄生虫产生抗生素并具有非常重要的病原体。其他值得注意的组包括放线菌，链霉菌，分枝杆菌，诺卡氏菌，corynebacterium，链球菌，葡萄球菌，分枝杆菌，尿不质质，叶绿体，veillonella，veillonella，veillonella，gram阳性孢子形成的孢子形成杆菌和近亲，可能会变成gram- cortridium-new cortridiul cortridur cortriver cortridge cortridge cortridg corlam-infram-negam-inform-Gram-ne Gram-ne Gramne。例如，梭状芽胞杆菌的末端孢子具有独特的球形形状。革兰氏阳性的非孢子芽孢杆菌，包括甲ip骨和乳杆菌，倾向于在链或细丝中生长。相反，一些细菌具有使运动能力的鞭毛，例如李斯特菌。细菌可以根据其细胞壁组成，包括α-肾上腺细菌（包括人力赛组和布鲁氏菌），以及贝贝氏菌，包括静脉和伯克霍尔德里亚。尽管具有优势，但核酸测定并非没有局限性。此外，gamaproteobacteria包括大肠杆菌等肠杆菌，以及假单胞菌和军团菌。一些细菌的独特特性（例如弯曲的颤音，包括弧形霍乱）是值得注意的。divaproteobacteria群体在医学上并不显着，而Epsilonproteobacteria包括螺旋杆菌和弯曲杆菌，它们表现出螺旋形状。革兰氏阴性的非腐蚀性厌氧菌（如杆菌和prevotella）以其细长的柔性螺旋而区别。病毒，重点是它们对宿主细胞复制的依赖。某些病毒可能会包裹在脂蛋白中，而另一些病毒缺乏该外层。提出了一个分类系统，根据其遗传物质和衣壳结构对病毒进行分组。引起人类疾病的主要病毒类型包括RNA病毒，例如流感，paramyxoviruse和Flaviviviruses，以及picornaviruses和paciviruses。许多类型的病毒，包括艾滋病毒，HTLV和疱疹病毒会导致人类疾病。DNA病毒，例如痘病毒，轮状病毒和腺病毒，也感染了人。微生物学家在识别细菌时由于精确识别所需的耗时过程而面临挑战。通常，它们依赖于显微镜和培养物等简单方法，可以通过其他测试进行推定识别来支持。但是，这些方法通常至少需要24小时，因此在开始识别之前必须获得单个分离株的纯培养。与文化方法不同，非文化检测技术（例如抗原或基于核酸的检测）没有需要纯培养的缺点，但可能具有特异性的局限性。形态和染色反应可以作为将未知物种置于其适当的生物群中的初步标准。诸如革兰氏阴性，深色地面照明和阴性染色之类的技术可用于观察细菌形态，运动性和胶囊形成。在某些情况下，病理标本中某些生物体的微观特征可能足以进行假定的鉴定，例如痰液中的结节芽孢杆菌或渗出液中的T. pallidum T. pallidum。但是，许多细菌具有相似的形态特征，需要进一步测试以区分它们。固体培养基上殖民增长的出现还可以提供特征信息，包括菌落大小，形状，高程和透明度。微生物生长和特征的变化，包括透明度，不透明和颜色，可能会显着影响结果。生长所需的条件范围特定于某些生物，有些需要氧气，其他厌氧环境，而另一些则对二氧化碳水平或pH值敏感。为了区分相似的物种，可以采用评估代谢差异的测试，例如产生特定碳水化合物的酸性和气态终产物的能力。但是，现在许多实验室都使用了结合简单性和准确性的市售微磨合。此过程导致可见细菌生长的抑制作用。Some common tests used in identification include: - Production of indole or hydrogen sulphide - Presence of oxidase, catalase, urease, gelatinase, or lecithinase enzyme activities - Utilization of various carbon sources Traditionally, these tests have been performed individually according to standard guidelines.套件也可用于特定的生物组，例如肠杆菌和厌氧菌。在某些情况下，可以使用更先进的程序来分析代谢产物或全细胞脂肪酸。A fully automated system using high-resolution gas chromatography and pattern recognition software is widely used, allowing for the rapid identification of various bacterial species.Mass spectrometry also holds promise for rapid identification through matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry.由于细菌的多样性和复杂性，对细菌的检测和鉴定可能具有挑战性。Many organisms may not grow in culture, or they may require specialized nutrients, making traditional methods time-consuming and labor-intensive.然而，核酸技术的进步彻底改变了该领域，提供了更灵敏和快速的检测方法。Commercially available systems, including PCR, transcription-mediated amplification, and hybridization with specific probes, can identify a wide range of bacterial species with high accuracy.These technologies enable the detection of multiple species simultaneously, making them ideal for epidemiological investigations and antimicrobial susceptibility testing.此方法允许进行定量和形态评估。污染，操作员技能，底漆设计以及标本中抑制性化合物的存在都会影响结果。对这些结果的解释需要仔细考虑生物体的自然栖息地和共生主义的潜力。The development of new technologies, such as peptide nucleic acid (PNA) assays, holds promise for even more rapid and sensitive detection methods.These techniques use PNA molecules with DNA binding capacity to detect and identify bacterial species on microscope slides, and can be amplified using PCR to accelerate testing times.也已经开发出高密度寡核苷酸阵列，从而可以同时分析数千种不同的探针。This enables researchers to quickly identify specific genetic markers associated with antimicrobial resistance, paving the way for more targeted treatment strategies.Recent advancements include DNA sequencing, strain genotyping, and identifying gene functions, as well as locating resistance genes and changes in mRNA expression.一种创新的方法涉及在Eppendorf管中开发的选定基因靶标的阵列。The chip embedded in the tube contains optimized sets of oligonucleotide probes specific to certain organisms or antimicrobial resistance genes.这允许自定义单个细菌或组的芯片。从样品制备到检测的测定过程在单个管中在6-8小时内完成。实时PCR已广泛开发，使用荧光在单个反应管中结合了扩增和检测。该系统比常规PCR具有显着优势，包括速度，简单性和减少手动程序。基于荧光的方法可以检测DNA产物或通过与荧光标记的探针杂交提高特异性。对靶DNA的定量也是可能的，可以估计样品中的病毒或细菌数。 此外，针对16S核糖体RNA的荧光原位杂交（FISH）已用于直接在临床标本中检测细菌，而无需培养。 可以通过血清学反应来鉴定微生物的种类和类型，这些反应依赖于特有的特定物种或类型的抗体或类型的抗体，这些抗体以特征性的方式与微生物反应。 抗体在检测细菌产生的毒素和抗原以及鉴定特定病毒方面起着至关重要的作用。 基于乳胶的试剂盒广泛用于血清学组和毒素检测。 在ELISA中，特异性抗体附着在塑料孔上，并添加了测试抗原。 通过添加更特异性的抗体检测到抗原的存在，并用启动颜色反应的酶标记。 ELISA方法可以反向使用以定量检测抗体。 在Mac-Elisa中，纯化的抗原被吸附到井中，并添加了测试血清。 任何IgM与捕获试剂结合，并添加纯化的抗原以用标记的抗体检测。 某些病毒，例如流感，在红细胞上充当桥梁的受体，形成可见的团块。 但是，这种方法缺乏可重复性。对靶DNA的定量也是可能的，可以估计样品中的病毒或细菌数。此外，针对16S核糖体RNA的荧光原位杂交（FISH）已用于直接在临床标本中检测细菌，而无需培养。可以通过血清学反应来鉴定微生物的种类和类型，这些反应依赖于特有的特定物种或类型的抗体或类型的抗体，这些抗体以特征性的方式与微生物反应。抗体在检测细菌产生的毒素和抗原以及鉴定特定病毒方面起着至关重要的作用。基于乳胶的试剂盒广泛用于血清学组和毒素检测。在ELISA中，特异性抗体附着在塑料孔上，并添加了测试抗原。通过添加更特异性的抗体检测到抗原的存在，并用启动颜色反应的酶标记。ELISA方法可以反向使用以定量检测抗体。在Mac-Elisa中，纯化的抗原被吸附到井中，并添加了测试血清。任何IgM与捕获试剂结合，并添加纯化的抗原以用标记的抗体检测。某些病毒，例如流感，在红细胞上充当桥梁的受体，形成可见的团块。但是，这种方法缺乏可重复性。Haemagglutinins can be detected in tissue culture, and red cells can be coated with specific antibodies to agglutinate in the presence of homologous virus particles.荧光染料可用于染色组织或生物体，从而在紫外线下可视化。Antibody molecules can be labeled with fluorochrome dyes, enabling direct immunofluorescence procedures for highly sensitive antigen identification.该技术将抗体技术与PCR方法相结合，以增强抗原检测能力。分子生物学中的一种新方法涉及将DNA分子与抗原抗体复合物联系起来，从而产生特定的结合物。此附件允许通过PCR扩增，验证抗原的存在。免疫-PCR的增强灵敏度超过ELISA的105倍，因此检测到只有580个抗原分子。细菌种群表现出不同的结构，从高度多样化到非常相似。Recombination frequency is the primary determinant of population structure, with some species experiencing high recombination rates and others exhibiting rare recombination events.Species such as Neisseria gonorrhoeae are naturally transformable, displaying high recombination frequencies, while Salmonella enterica populations exhibit low recombination rates.细菌克隆可能显示出瞬态或持久特征。Panmictic与克隆人群的概念突出了这两种类型之间的繁殖，重组，等位基因排列和选择性压力的差异。In each family lie many genera of each type.键入分离株可以与参考标记，识别细菌物种中的菌株和分离株进行比较。区分类似菌株的能力在追踪社区或医院环境中感染的来源或传播方面具有重要意义。已经开发了各种键入方法来帮助这一过程，这可能涉及从相同起源菌株之间识别较小的差异。尽管单个打字方法可以证明相同的响应，但这不是两种菌株相同的结论性证据。但是，使用多种打字方法大大提高了相似性的置信度。键入技术可以在不同的流行病学水平上应用，包括微流行病学，宏观流行病学和种群结构分析。从键入中得出的数据可以通过识别共同或点源，区分混合应变感染以及识别再感染与复发与复发来帮助控制感染。一些方法还有助于识别与疾病相关的特定类型，例如大肠杆菌O157和溶血性尿毒症综合征。为了使方法被认为是可靠的，必须在实验室环境和临床上可以重现。在流行病学研究的背景下，首选多种键入方法，因为它们可以针对不同的特征。这些包括生物化学测试，这些测试定义了物种内的生物型，抗性分型检测对化学物质敏感性的变化以及基于营养需求的生长需求的辅助分型。可以使用此方法分析质粒和染色体DNA。此外，许多细菌的表面结构都是抗原性的，可以使用针对它们提出的抗体将分离株分为定义的血清型。物种可以根据其独特特征分为几种抗原类型。对于某些物种，血清分型是一种识别和区分不同菌株的高效方法。在其他情况下，抗原表位的保存使血清型对流行病学目的的有用程度降低。例如，沙门氏菌的物种可以通过其体细胞和鞭毛血清型来定义。研究表明，囊抗原可能在某些生物的致病性中起作用，许多疫苗通过刺激对这些抗原的抗体来起作用。噬菌体键入是一种用于识别和区分细菌菌株的方法。这涉及使用特定噬菌体的凝集或降水反应，如果适当地适应，这可能具有很高的歧视性。但是，某些噬菌体集缺乏稳定性会导致广泛的噬菌体组，而不是定义的类型。此外，控制噬菌体分型结果解释的关键因素是歧视和可重复性。噬菌体与细菌之间的相互作用是一个复杂的过程，涉及吸附，DNA注射以及裂解或复制。裂解或有毒的噬菌体可以在复制循环结束时裂解宿主细胞，从而释放可能感染相邻细胞的新噬菌体颗粒。但是，其有效性取决于噬菌体的适应和系统的稳定性。噬菌体键入已用于包括微生物学和流行病学在内的各个领域，以识别和跟踪细菌菌株。尽管存在这些局限性，但噬菌体打字仍然是理解不同细菌菌株及其特性之间关系的重要工具。只有在两个强烈的裂解反应表现出两种不同的菌株时，才能识别出两种不同的菌株。细菌素是大多数细菌物种产生的自然存在的抗菌物质，主要靶向与生产菌株同一属内的菌株。通过分析产生的细菌素的光谱或对标准面板细菌素的敏感性，细菌素键入可以定义不同类型的细菌。蛋白质组学分析，涉及具有强洗涤剂的丙烯酰胺凝胶中的凝胶电泳，也可以通过可视化数千种蛋白质并比较分离物之间的带模式来鉴定细菌物种。另外，研究人员已使用凝胶电泳来分析代谢酶，可以使用特定底物检测到该酶，用于物种内的克隆分析。限制性核酸内切酶是在特定序列识别位点切下DNA的酶。这些切割的频率取决于寡核苷酸序列，限制位点的频率以及所检查的物种的G+C含量的百分比。频繁切割的核酸内切酶产生许多小片段，可以通过琼脂糖凝胶中的常规电泳解决，并通过用染料染色检测。通过引入脉冲或在电场方向上变化，可以分开碎片至10 MB。相比之下，不经常的切割酶产生的大型DNA片段需要脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分离。该技术涉及将细菌包裹在琼脂糖塞中，用蛋白酶K酶消化细胞，然后用酶消化DNA。CORTOUR夹具均匀的电场（Chef）设备通常用于PFGE，并具有在六角形阵列中排列的24个电极。运行时间通常在30到40小时范围内，尽管已经描述了较短的协议。几个因素影响了这些分析的结果，包括正在检查的DNA类型，酶和反应条件的选择以及所使用的设备质量。DNA样品的质量和浓度，琼脂糖凝胶电压和脉冲时间，缓冲液强度和温度会影响脉冲场凝胶电泳（PFGE）的结果。虽然解释PFGE曲线可能是由于不同物种之间的带状模式的变化而具有挑战性的，但已通过Tenover确定了特定的标准以确定差异的重要性。通常，与显示剖面无差异的单个事件中的分离物被认为是无法区分的。一到三个频段差异的人密切相关。四到六个乐队可能表明可能的关系；七个或更多的差异表明不同的菌株。但是，该规则应谨慎应用，因为即使在同一克隆的成员之间，某些物种也会表现出显着差异。Pearson系数是另一种常用的方法，具有不需要定义特定带位置的优势。可以使用计算机辅助分析软件包来计算菌株之间相似性的系数，例如jaccard和骰子系数，这些系数使用配置文件中的一致频段来确定百分比相似性。经常使用85％相似性的截止点，但应通过实验相关且无关的应变集设置。DNA探针可以根据克隆的特异性，随机序列或通用序列检测靶DNA中的限制位点异质性。rubotyping检测rDNA基因基因座的变化，并已普遍应用于各种物种。其他常用的探针是可能定义种群克隆结构的插入序列。PCR（聚合酶链反应）是一种允许在受控条件下放大特定DNA序列的技术。可以通过使用PCR的重复放大循环来制作由特定寡核苷酸引物定义的基因组区域的多个副本。该方法已广泛用于DNA指纹和键入，利用DNA分子中的可变区域，例如串联重复区域的可变数量或具有限制性核酸内切酶识别序列的区域。两种方法都有局限性，这是由于错误启动，不同的带强度以及电泳迁移差异引起的可重复性问题。基于重复序列的PCR（REP-PCR）索引在整个基因组中多个重复序列中的变化，而自动化的REP-PCR系统对应变键入显示了有望，并且可以提供与PFGE相似的歧视。狼在can属中，而狐狸则处于喧嚣中。放大的片段长度多态性结合了限制性核酸内切酶消化与PCR，以优化基因组之间单碱基对差异的可重复性和分辨率。该技术使用核苷酸测序来分析管家基因，该基因慢慢多样化，不受选择性的作用。多焦点序列分型（MLST）可以视为确定的基因分型。但是，MLST可能对诸如结核分枝杆菌等高度均匀的物种没有效。为了增加歧视，由于环境变化，毒力相关的基因提供了较高的序列变化，因此已经针对了毒力相关的基因。通过PCR扩增基因间区域，并测序了500 bp的内部片段以识别等位基因多态性。多焦点限制输入引入了放大管家基因的限制消化，从而消除了对测序的需求。可变数字串联重复序（VNTR）是拷贝数变化的短核苷酸序列，可用于快速且可再现的键入。识别其他遗传基因座可以提供进一步的见解，但随着时间的流逝，它们的稳定性仍然存在争议。DNA测序技术的最新进展使得分析整个基因组序列成为可能，从而可以更精确的比较和细菌的键入。这种方法涉及生成可以组装并与先前分离株进行比较的短核苷酸序列读取。与这些高级分析相关的成本与传统方法变得越来越具竞争力。这样的分析可以在同期和历史分离株之间建立进化关系，从而对细菌进化有更明确的理解。此外，这项技术通过提供明确的流行病学信息并确定有助于抗生素耐药性和抗原选择压力来转化医学细菌学的重要潜力。资料来源：Barrow Gi，Feltham RKA，编辑；加里斯总经理，编辑； Kaufmann我； Murray PR，Baron EJ，Jorgensen JH，编辑；欧文·RJ； Schleifer KH; Spratt BG，Feil EJ，Smith NH； Tenover FC，Arbeit Rd，Goering RV； Van Regenmortel MHV，Fauquet CM，Bishop DHL，编辑； Woese Cr。分类类别是称为分类单元的层次组，其中包含一小部分物种，该物种来自一个相对较新的共同祖先。可以在下面可视化整体层次结构以供参考：尽管研究不同生物体的科学家在分类方案中有所不同，但属背后的一般概念是它代表物种祖先相关的物种，并且与其他属不同，不包括不必要的物种。确定这在于每个研究者，但是这些一般指南在属属方面保持分类相当狭窄。属属的分类单元通常包括群体之间可识别的身体形式。例如，Felidae和Canidae分别代表类似猫的生物和类似狗的生物。最后一步，物种定义了在连续单位中共同繁殖的人群和群体。在一起，这些名字告诉您有关生物体的很多信息。在大多数情况下，由于遗传，行为或形态学差异，不同的属将不会繁殖。Carl Linnaeus通过他的生物生物命名计划（二项式命名法）普及了“属”一词，尽管他对属的定义与我们的现代观点有所不同，但在二项式命名法中使用通用epithets在二项式术语中的使用仍在继续。通用称呼是二项式命名法中描述有机体所属属的动物名称的两个单词。第二个单词或特定的称呼描述了有机体所属的生物或物种更紧密相关的群体。通过了解一个人也知道家庭，秩序和所有其他分类分类。由于分层群体是由生物之间的相似性安排的，所以这些关系告诉了我们很多有关单个动物的信息。知道该物种可以告知我们动物与该属中其他动物的独特性。例如，Honey Badger具有科学名称Mellivora Capensis。有时，属可能包含数百种物种，尤其是在鱼类和无脊椎动物中。这种品种具有误导性，因为它应该反映进化。进化多样性决定了属内生物的数量。如果许多物种随着属的传播而出现，将会有许多物种。相反，如果只有一个物种幸存，则只有一个物种。分类分类是一个持续的过程，每天都描述了新的属。一些新发现的生物从未被命名，而另一些有机体则根据DNA分析重新分类。通过分析DNA，比较性状并提出系统发育，科学家假设最可能的进化进展。这将为命名惯例提供信息，并确定哪些物种可以成为独特的属。物种代表属内生殖分离并与其他群体独特的群体。家庭是分层分类中属的分类单元。分类单元是指具有相似特征的群体。两条鱼一起游泳可能不会繁殖，而是具有类似的特征，与其他任何海洋鱼不同。如果它们可以杂交，则将被视为物种。北极熊和棕熊在同一属中是不同的物种，但仍可以成功繁殖。这是因为它们占据了独特的生态位，很少彼此遇到繁殖。生态障碍可以阻止它们自然繁殖，即使它们的后代是可行的。随着气候变化耗尽冰盖，可以将北极熊推向较低的纬度，并可能与棕熊杂交。科学家辩论是否应基于进化连接和物理特征将新物种添加到属中。如果两组共有共同的血统，则它们应属于同一属，即使它们在细胞外基质产生等特征上有所不同。在Fakus细菌的情况下是一种具有相似DNA但缺乏定义该属的独特基质的新物种，分类学家必须权衡多个领域的证据。通过分析解剖学，行为和遗传数据，科学家可以重建生物体之间的关系，并就分类做出明智的决定。