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针对人类 COVID-19 E 蛋白的多表位肽疫苗的设计：一种免疫信息学方法
背景：2019 年 12 月，一种新型地方性疾病在中国武汉市蔓延。几周之内，世界卫生组织 (WHO) 宣布了一种新型冠状病毒，将其命名为 2019 冠状病毒病 (COVID-19)。2020 年 1 月下旬，由于该疾病在全球范围内迅速蔓延，世卫组织宣布疫情为“国际关注的突发公共卫生事件”。目前，尚无针对这种新发感染的疫苗或获批治疗方法；因此，本研究的目的是利用免疫信息学方法设计一种针对 COVID-19 的多表位肽疫苗。方法：利用几种促进免疫信息学方法和比较基因组学方法相结合的技术，以确定以 2019-nCoV 的包膜蛋白为靶标设计基于 T 细胞表位的肽疫苗的潜在肽。结果：通过比较测序发现 COVID-19 毒株中存在大量突变、插入和缺失。此外，发现十种与 MHC I 类和 MHC II 类结合的肽是疫苗设计的有希望的候选者，其世界人口覆盖率分别为 88.5% 和 99.99%。结论：基于 T 细胞表位的肽疫苗是针对 COVID-19 设计的，使用包膜蛋白作为免疫原性靶点。尽管如此，仍需要迅速对拟议的疫苗进行临床验证，以确保其安全性、免疫原性，并帮助阻止这种流行病导致毁灭性的全球爆发。
以基质金属蛋白酶-9蛋白为靶点的多表位肽通用癌症疫苗的免疫信息学设计
背景：尽管多年来对癌症诊断和治疗进行了广泛的研究，但癌症仍然是一个主要的公共卫生危害，这主要是由于癌症复杂的病理生理学和基因组成。治疗癌症的一种新方法是使用癌症疫苗，但癌症的不同分子基础降低了这种方法的有效性。在这项工作中，我们旨在使用基质金属蛋白酶 9 蛋白 (MMP9) 作为通用癌症疫苗设计的靶点，它是所有类型癌症存活和转移的必需分子。方法：从 NCBI 数据库获取基质金属蛋白酶 9 蛋白的参考序列以及相关序列，然后使用 BioEdit 检查其是否保守，此外，使用 IEDB 网站分析 B 细胞和 T 细胞相关肽。然后使用 chimera 软件可视化最佳候选肽。结果：发现三种肽是与 B 细胞（SLPE、RLYT 和 PALPR）相互作用的良好候选者，而十种肽是与 MHC1 相互作用的良好靶标（YRYGYTRVA、YGYTRVAEM、YLYRYGYTR、WRFDVKAQM、ALWSAVTPL、LLLQKQLSL、LIADKWPAL、KLFGFCPTR、MYPMYRFTE、FLIADKWPA），全球综合覆盖率为 94.77%。此外，还发现 10 个肽段是与 MHC2 相互作用的良好候选肽段（KMLLFSGRRLWRFDV、GRGKMLLFSGRRLWR、RGKMLLFSGRRLWRF、GKMLLFSGRRLWRFD、TFTRVYSRDADIVIQ、AVIDDAFARAFALWS、FARAFALWSAVTPLT、MLLFSGRRLWRFDVK、GNQLYLFKDGKYWRF、NQLYLFKDGKYWRFS），全球综合覆盖率为 90.67%。结论：23
针对人类 2019-nCoV E 蛋白的多表位肽疫苗的设计：免疫信息学方法
背景：2019 年 12 月下旬，一种新的地方病蔓延至中国武汉市；几周之内，世界卫生组织 (WHO) 宣布了一种新型冠状病毒，称为 2019 年新型冠状病毒 (2019-nCoV)。2020 年 1 月下旬，由于疫情在全球范围内迅速蔓延和增加，世卫组织宣布疫情为“国际关注的突发公共卫生事件”。目前尚无针对这种新发感染的疫苗或获批的治疗方法；因此，本文的目的是利用免疫信息学方法设计一种针对 2019-nCoV 的多表位肽疫苗。方法：我们将重点介绍一种结合免疫信息学方法与比较基因组学方法的技术，以确定以 2019-nCoV 的包膜蛋白为靶点设计基于 T 细胞表位的肽疫苗的潜在靶点。结果：通过比较测序发现 2019-nCoV 毒株存在大量突变、插入和缺失；此外，10 种 MHC1 和 MHC2 相关肽是疫苗设计的有希望的候选肽，其世界人口覆盖率分别达到 88.5% 和 99.99%。结论：基于 T 细胞表位的肽疫苗是针对 2019-nCoV 设计的，使用包膜蛋白作为免疫原性靶点；尽管如此，拟议的基于 T 细胞表位的肽疫苗需要迅速进行临床验证，以确保其安全性和免疫原性，从而有助于在这种流行病导致毁灭性的全球疫情之前阻止它。