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World File Search System安捷伦
xgen-cfdna and ffpe-dna-library-fibrary-for for for-sequencect ...
DNA，并使用贴纸确定DIN评分。使用XGEN CFDNA和FFPE DNA库Prep V2 MC Kit从DNA的25 ng输入中制备示例库，并带有UG库放大套件和自定义IDT索引引物等效于XGEN索引引物，以实现Ultima P1。在图1中，挂毯痕迹（安捷伦）显示了从低质量的FFPE样品中生成的PCR放大库。即使在DIN得分低的情况下也产生了质量库，而没有任何适配器二聚体的证据。表2显示了从UG 100序列上的12 XGEN CFDNA和FFPE库中获得的质量测序指标。图书馆的读取与参考基因组有很高的读数，并且在DIN水平不同的样品中的结果一致。数据显示较低的Indel，不匹配和嵌合体速率以及Q20高的Q20，表明在UG 100系统上生成了质量测序读数。表表示三个重复的平均值。
布罗克·J·拉梅雷斯
II. 专业任命/就业 10/20-现任 蒙大拿州立大学 Gianforte 计算学院兼职教员，蒙大拿州，博兹曼。 7/18-现任 蒙大拿州立大学工程学院 Boeing 工程教育教授，蒙大拿州立大学，蒙大拿州，博兹曼。 7/18-现任 蒙大拿州立大学电气和计算机工程系全职教授，蒙大拿州立大学，蒙大拿州，博兹曼。 10/16-现任 蒙大拿工程教育研究中心 (MEERC) 主任，蒙大拿州立大学，蒙大拿州，博兹曼。 7/12-7/18 副教授（终身教授），蒙大拿州立大学，蒙大拿州，博兹曼，电气和计算机工程系。 7/06-7/12 助理教授，蒙大拿州立大学，蒙大拿州，博兹曼，电气和计算机工程系。 8/01-12/03 兼职讲师（兼职），科罗拉多大学电气与计算机工程系，科罗拉多州科罗拉多斯普林斯。1/99-7/06 硬件设计工程师，安捷伦科技公司数字验证部门，科罗拉多州科罗拉多斯普林斯。
技术说明 - 使用 DNA Genotek Oragene 设备收集并使用 Nanobind 试剂盒提取的唾液 DNA 样本的 HiFi 测序性能
采集了 30 位捐献者的唾液样本，其中 90% 的分析前 DNA 质量 >2 µg。从 27 个样本中提取了 HMW DNA，其中 93% 的产量 >500 ng。提取后，使用 Qubit dsDNA BR 检测试剂盒对 DNA 进行定量，并使用 Femto Pulse 系统（安捷伦科技公司）进行表征。使用 SMRTbell ® 制备试剂盒 3.0 为部分样本制备 HiFi 文库，并使用 SPRQ™ 化学方法在 Revio 系统上进行测序。每个样本都在一个 Revio SMRT 测序池上进行测序。表 1 总结了五个代表性样本的测序数据。这些样本产生了 4.7 到 15.9 µg 的 HMW DNA。HiFi 测序产量为 119 到 133 Gb 的 HiFi 数据，每个基因组的覆盖率为 27 到 40 倍，足以进行全面的 WGS 变异检测。 75% 到 95% 的读数映射到人类参考基因组 (GRCh38)。
MARGARET KIM 国家科学项目主任......
简介：Margaret Kim 博士是工程理事会 (ENG) 电气、通信和网络系统 (ECCS) 部门 EPMD (电子、光子学和磁性设备) 的项目总监。Kim 博士拥有电气和计算机工程博士学位、西北大学物理学硕士学位和韩国延世大学物理学学士学位。Kim 博士自 2007 年起担任阿拉巴马大学 ECE 系教授。在加入 UA 之前，她于 2003 年至 2007 年担任斯坦福大学的研究助理和咨询助理/副教授，之前还曾在安捷伦和三星工作过。她的研究兴趣包括光子学、超材料和 THz 技术，面向未来的生物医学诊断平台、量子传感、量子网络、6G/7G 及更高版本、AI 辅助生物成像、太空探索、水下成像和大脑理解。在 NSF，她除了参与核心项目之外，还为半导体的未来和量子信息科学与工程 (QISE) 等计划做出了贡献。除了管理各种项目外，她还热衷于以人为本的技术。她发表了 180 多篇出版物，并拥有 3 项专利。
有效生产和应用ssDNA在CRISPR/ ... div>
图4。使用CRISPR/CAS9基因编辑在T细胞中用ACGFP1的内源基因标记。面板a。微管蛋白使用CRISPR/CAS9和长ssDNA作为HDR供体模板在其N末端使用ACGFP1标记。供体模板在插入位点具有350 bp的同源性臂，长度为1.6 kb。面板B.使用安捷伦碎片分析仪系统对ssDNA产物进行分析。起始片段dsDNA（ds）和末端产物ssDNA（SS）的覆盖层具有两个大小标记（mm）。ssDNA产品的纯度高于97％。面板C. HDR介导的敲击蛋白后，所得的T细胞群体的流式细胞仪图显示了ACGFP1阳性细胞的百分比（约2.45％），证明了成功的HDR。Ebioscience可固定的生存能力染料Efluor 660（Thermo Fisher Scientific）用作活力染料。面板D.使用相同的策略来标记Sec61β的N末端，Sec61β的N端是一种定位在内质网中的蛋白质。ACGFP1阳性细胞的百分比（相当于成功的HDR）为2.1％。
利用协同杂交捕获技术对 DNA 和甲基化测序进行增强靶向下一代测序
靶向下一代测序可以深度覆盖特定区域，而成本仅为全基因组测序的一小部分。然而，传统的靶向富集引入了额外的工作流程步骤，并且靶分子捕获方法效率低下。在这里，我们提出了一种新型混合捕获靶向富集技术，该技术通过将简化的工作流程与高效且特定的文库制备和捕获相结合来解决这些挑战。与使用长寡核苷酸探针的传统方法不同，安捷伦 Avida 技术使用多个协同结合到目标区域的探针。这种协同结合将捕获效率提高了两到四倍，并确保了高特异性。这项研究重点介绍了该技术在多种应用中的性能，包括靶向 DNA 测序、靶向甲基测序和“Duo”测序，后者在一次测定中独特地结合了 DNA 和甲基测序。使用基因组 DNA 和无细胞样本，Avida 技术实现了从 1 到 100 ng 输入的线性捕获性能，同时捕获了样本中存在的高达 80% 的分子，提供了无与伦比的分子景观视图。
可视化摩尔长读测序的DNA，而不是质量
NGS库准备期间的传统测量包括在特定尺寸范围内确定样品质量。该分析很容易用安捷伦自动电泳仪器进行，该仪器以数字凝胶图像和电图图的形式提供视觉结果。电文件图显示荧光信号作为图形表示，X轴上的大小和Y轴上的相对荧光单元（RFU）。因此，荧光信号的高度与给定尺寸的样品质量成正比。虽然该表示形式已被广泛用于剪切GDNA和最终NGS库的质量控制，但检查样品的摩尔性可能会提供更好的视觉表示，以显示样品可以产生的测序读数数量，尤其是用于长阅读测序。高分子重量样品。优势允许用户通过将Y轴从RFU切换到Nmole/L来可视化电处理图像作为质量或摩尔度的产物。通过可视化摩尔数中的数据并使用涂片分析，可以使用FEM脉冲来确定不同尺寸括号内发现的样品的摩尔数，并提供更好的长阅读测序读取长度的预测。
产品注意：使用HIFI WGS的Agilent Fem Tuls系统快速，准确的DNA尺寸
安捷伦（Agilent）开发了一个基因组质量数量（GQN）度量，用于敏捷的数据分析软件，以评分基因组DNA质量。Prosize软件根据用户定义的指定尺寸阈值的总测量浓度的比例计算出GQN值从0到10。1建议的阈值和可接受的GQN将取决于应用程序和样本准备工作流程。对于整个基因组测序，PACBIO建议启动基因组DNA在10 kb时至少具有7.0或更高的GQN（GQN10KB≥7.0），而GQN为5.0或更高，为30 Kb（GQN30KB≥5.0）的GQN为5.0或更高。图4显示了使用Agilent基因组DNA 165 Kb试剂盒在FEM脉冲系统上分析的人类唾液样本的示例。由于该样品在10 kb和30 kb的GQN阈值以下，因此建议使用短读取消除剂（SRE）试剂盒处理以耗尽分子量下分子量DNA片段，以在DNA剪切之前提高样品质量。请参阅PACBIO库准备协议，以获取有关基因组DNA质量，GQN指南和尺寸选择选项的其他信息。2
1附件A供应链的执行摘要...
Agilent Technologies Inc是生命科学，诊断和应用化学市场的全球领导者，已经在新加坡投资了20多年。作为一个值得信赖的生活科学和诊断行业合作伙伴，拥有800多名员工，新加坡设计，工程师，制造商，并维护整个亚太地区的生命科学和生物分析仪器，并为客户和学术界提供资产管理和通过资产管理和生活支持。安捷伦新加坡的亚太地区枢纽在Yishun拥有全球供应链的总部，并在Jurong West拥有75,000平方英尺的区域物流中心（RLC-Asia）仓库，为全球50多个国家 /地区提供了多样化的客户群，并运送创新技术。多年来，该公司的能力增加了一倍，以支持Agilent不断增长的产品组合，并在全球范围内更好地为客户提供服务，同时提高速度，质量和生产力。作为新加坡敏捷的全球供应链的承诺，其全球供应链由两位新加坡执行官Lim Chee Beng副总裁Lim Chee Beng和全球采购Annie Tham的副总裁领导，以实现集体的战略愿景，以优化物流运营，并通过更强大的供应和灵活的供应和灵活的供应供应来增强客户体验，并增强客户体验。
研究文章有关...
蠕虫寄生虫是来自各种分类家庭的一组复杂的后生动物。排泄物分泌（ES）副产品，由表面活的寄生虫分泌，似乎调节了宿主对蠕虫感染的免疫反应。这项研究旨在研究Helminth寄生虫的ES抗原对结直肠细胞活力的影响。蠕虫在无菌PBS冲洗后，在37°C的磷酸盐缓冲盐水（PBS X1）中培养24小时。使用砂浆和杵，使用PBS剧烈压碎蠕虫。使用0.22 µM过滤器提取获得的排泄分泌（ES）抗原，并在-20°C下储存以进行进一步测定。对于LCM，使用安捷伦Zorbax Eclipse加C18快速分辨率HT分析提取物的100 µL。使用CRC细胞系HCT 116。细胞活力和MTT分析。液相色谱和质谱法（LCM）数据表明，ES抗原含有代谢化合物，即脂肪酸，氨基醇，吲哚，吲哚，固醇，糖苷和鞘脂。对于Ascaris Lumbricoides LCMS分析，检测到约405个代谢峰。通过数据库检测到58个，而检测到的几种化合物具有抗癌特性。MTT分析表明，与对照组相比，在24小时和48小时暴露后，所有处理的细胞均显示细胞活力降低。初步研究表明，来自Ascaris Lumbricoides的ES抗原具有降低HCT116 CRC细胞系的细胞活力的能力。需要进一步的研究来检查ES抗原对CRC细胞系的细胞周期停滞和凋亡作用。