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World File Search System密码子
遗传密码：地球上所有生命的基础
遗传密码是用一种由三个字母组成的语言编写的，这种语言被称为密码子。每个密码子由三个特定顺序的含氮碱基组成，每个密码子编码一种特定的氨基酸。遗传密码中有 64 种可能的密码子，但只有 20 种氨基酸用于构建蛋白质 [1]。这意味着一些氨基酸由多个密码子编码，而另一些氨基酸只有一个密码子。蛋白质中氨基酸的序列决定了其结构和功能。蛋白质合成过程始于 DNA 转录成 RNA。然后 RNA 离开细胞核进入细胞质，在那里与核糖体结合 [2]。核糖体以三个核苷酸（密码子）为一组读取 RNA 序列，并将每个密码子与相应的氨基酸匹配。然后氨基酸以链的形式连接在一起形成蛋白质。遗传密码中的错误可能导致遗传疾病和病症。当 DNA 序列发生变化时，就会发生突变，从而导致蛋白质的氨基酸序列发生变化。这些变化会导致产生异常蛋白质，从而引发疾病和紊乱 [3]。
改进AO1资源
1。DNA代码中的基本序列是什么？2。每个氨基酸有多少个碱代码？3。该过程是什么过程，该过程从DNA到mRNA复制了代码？4。DNA和mRNA之间的关系是什么？5。哪种酶控制着转录？6。什么是外显子，什么是内含子？7。转录后修改是什么意思？8。蛋白质合成在哪里？9。mRNA如何离开核？10。写下DNA和RNA之间的两个结构差异。11。什么是氨基酸激活？12。什么决定了哪种氨基酸连接到tRNA分子上？13。什么是反密码子？14。密码子和反密码子上的碱基之间有什么关系？15。一次核糖体可以容纳多少个密码子？16。核糖体上的密码子和反登密码子如何连接？17。描述了DNA碱基序列如何确定
用于 mRNA 疫苗的 CodonBert 大型语言模型
图 2：预训练的无监督 CodonBERT 模型学习到的遗传密码和进化同源性信息。使用 UMAP (McInnes et al., 2020) 将高维嵌入投影到二维空间。A–B：从预训练的 CodonBERT 模型投影的密码子嵌入。每个点代表具有不同上下文的密码子，其颜色对应于密码子的类型 ( A ) 或氨基酸的类型 ( B )。C：从预训练的 CodonBERT 模型投影的序列嵌入。每个点都是一个 mRNA 序列，其颜色代表序列标签。D：从预训练的 Codon2vec 模型投影的密码子嵌入。每个点代表一个密码子，其颜色代表对应的氨基酸。
步骤1 DNA→mrna ta a tttt aca cat ...
查看RNA代码的每个部分。扫描序列，直到找到启动密码子（8月）。圈出开始密码子。然后，用铅笔在开始密码子之后的每组三组之间进行斜线。（在找到“开始”之前，不要将基地分为三组，或者您可能会在错误的地方进行划分，而与您的预期完全不同！有时确实会使用DNA或RNA发生这种情况，这被称为移码突变，如果底座被错误地插入或从基因中删除，则可能发生。）到达停止密码子（UAG）时，停止。
促进遗传代码解释的tRNA修饰模式
对核苷酸三元组到氨基酸的遗传密码的解释是生命的基础。 这种解释是通过细胞TRNA实现的，每个人都通过其互补反密码子（位置34-36）读取三胞胎密码子，同时将充电至其3'端的氨基酸传递。 然后将这种氨基酸掺入核糖体蛋白质合成期间的生长多肽链中。 解释的质量和多功能性不仅可以通过密码子与年代的配对来确保，而且还通过在每个tRNA的位置34和37处的转录后修饰来确保，分别对应于对应于抗构型抗源代码的第一个位置的旋转核苷酸，并相对于抗代支的3''侧。 如何通过匹配的反密码子读取每个密码子，以及需要哪些修改，因此不能单独使用密码子 - 抗议配对来预测。 在这里，我们提供了一个易于访问的修改模式，该模式集成到遗传代码表中。 我们将重点放在革兰氏阴性细菌大肠杆菌作为模型上，这是为数不多的生物之一，其整个tRNA修饰和修饰基因都被鉴定和映射。 这项工作提供了一个重要的参考工具，该工具将促进蛋白质合成研究，这是细胞寿命的核心。对核苷酸三元组到氨基酸的遗传密码的解释是生命的基础。这种解释是通过细胞TRNA实现的，每个人都通过其互补反密码子（位置34-36）读取三胞胎密码子，同时将充电至其3'端的氨基酸传递。然后将这种氨基酸掺入核糖体蛋白质合成期间的生长多肽链中。解释的质量和多功能性不仅可以通过密码子与年代的配对来确保，而且还通过在每个tRNA的位置34和37处的转录后修饰来确保，分别对应于对应于抗构型抗源代码的第一个位置的旋转核苷酸，并相对于抗代支的3''侧。如何通过匹配的反密码子读取每个密码子，以及需要哪些修改，因此不能单独使用密码子 - 抗议配对来预测。在这里，我们提供了一个易于访问的修改模式，该模式集成到遗传代码表中。我们将重点放在革兰氏阴性细菌大肠杆菌作为模型上，这是为数不多的生物之一，其整个tRNA修饰和修饰基因都被鉴定和映射。这项工作提供了一个重要的参考工具，该工具将促进蛋白质合成研究，这是细胞寿命的核心。
评论了四月列表的解决方案 - 生物学
这个问题为我们提供了以下DNA胶带上的碱基序列：AAT-CAA-AGA-TTT-CCG，并询问最多可能从该片段形成的蛋白质可能有多少氨基酸。要这样做，必须知道，在翻译中，每组三个称为密码子的核苷酸首先对应于氨基酸。取决于密码子中这些核苷酸的组合和顺序，它将对应于不同的氨基酸。如果在给定序列中我们有5个三重核苷酸，则最多可能有5个氨基酸。ie，我们可以消除替代方案A（15）和B（10）。 为了能够消除替代方案d（3）和E（1），我们需要将DNA片段抄录到mRNA中，看看是否没有生成的密码子是终止密码子，这使得翻译停止并且不添加其他氨基酸。 成绩单将是这种方式：ie，我们可以消除替代方案A（15）和B（10）。为了能够消除替代方案d（3）和E（1），我们需要将DNA片段抄录到mRNA中，看看是否没有生成的密码子是终止密码子，这使得翻译停止并且不添加其他氨基酸。成绩单将是这种方式：
抽象的。 Aditama R, Tanjung ZA, Sudania WM, Nugroho YA, Utomo C, Liwang T. 2020. 密码子使用偏向性分析揭示了油棕豚鼠的最佳密码子
摘要。Aditama R、Tanjung ZA、Sudania WM、Nugroho YA、Utomo C、Liwang T。2020. 密码子使用偏向分析揭示了油棕中的最佳密码子。生物多样性 21：5331-5337。报道了油棕基因组的密码子使用偏向，采用了几个指标，包括 GC 含量、相对同义密码子使用 (RSCU)、有效密码子数 (ENC) 和密码子适应指数 (CAI)。观察到 GC 含量的单峰分布，并与非草本单子叶植物的特征相匹配。同义密码子使用偏向的对应分析 (COA) 表明主轴由 GC 含量强烈驱动。油棕基因的 ENC 和中性图表明，自然选择在塑造密码子使用偏向方面比突变偏向发挥了更重要的作用。计算出的 CAI 与油棕基因表达的实验数据之间存在正相关性，表明该指数具有良好的能力。最后，十八个密码子被定义为“最佳密码子”，可为异质表达和基因组编辑研究提供有用的参考。
使用 CRISPR/Cas9 破坏起始密码子可预防小鼠 Fuchs 角膜内皮营养不良症
摘要 VIII 型胶原蛋白 α2 链 (COL8A2) 基因的错义突变导致早发性福克斯内皮性角膜营养不良 (FECD)，这种疾病通过角膜内皮细胞的丢失逐渐损害视力。我们证明基于 CRISPR/Cas9 的出生后基因编辑在 FECD 小鼠模型中实现了结构和功能挽救。单次眼内注射编码 Cas9 基因和向导 RNA 的腺病毒 (Ad-Cas9-Col8a2gRNA) 可有效降低角膜内皮细胞中突变型 COL8A2 的表达，防止内皮细胞丢失，并挽救成年 Col8a2 突变小鼠的角膜内皮泵送功能。组织学或视网膜电图没有不良后遗症。Col8a2 起始密码子破坏是一种非手术策略，可防止早发性 FECD 中的视力丧失。由于这证明了 Ad-Cas9-gRNA 具有恢复成人有丝分裂后细胞表型的能力，因此该方法可能广泛应用于成人发病的疾病，甚至适用于受非生殖细胞疾病影响的组织。
没有宿主基因组修饰的有效遗传代码扩展
补充非经典氨基酸（NCAA）可以产生具有新功能的蛋白质序列，但是现有的NCAA融合策略却遭受了低效率和上下文依赖性的影响。我们将密码子的用法视为先前未经认可的使用非本地密码子扩展有效遗传代码的贡献者。仅依靠具有天然核糖体的常规大肠杆菌菌株，我们开发了一种新型的基于质粒的密码子压缩策略，该策略可最大程度地降低上下文依赖性并改善四倍体密码子的NCAA掺入。我们确认该策略与所有已知的遗传密码扩展资源兼容，这使我们能够识别12个相互正交的tRNA – SYNTHENTAPES PAIRS。通过这些发现启用，我们进化并优化了五个tRNA – Synthetase Pairs，以在正交四曲板密码子处融合了NCAA的广泛曲目。最后，我们将这些资源扩展到一个体内生物合成平台，该平台可以很容易地创建> 100个新的肽大环，最多可达三个独特的NCAA。鉴于我们的方法和简化资源的一般性，我们的发现将加速多重遗传代码扩展，并能够发现化学多样的生物分子以用于研究人员定义的应用。