STAR ( Spliced Transcripts Alignment to a Reference )是用于将 RNA-seq 读取数据与 参考基因组序列进行高度准确和超快速的剪接感知( splice aware ) 比对的工具。注意, STAR 是一个专门针对 RNA-seq 数据映射的比对工具,这意味着不能用于比对 DNA 数据。与 其它的 RNA-seq 比对工具相比,其具有较高的准确率,映射速度较其他比对软件高 50 多 倍。 STAR 在识别经典和非经典剪接位点方面具有很高的精确性,还可以检测到嵌合(融 合)转录本。除了映射短读取数据(例如 ≤ 200 bp ), STAR 还可以准确地映射长读取数据 (例如来自 PacBio 或 Ion Torrent 的数 Kbp 读取数据)。 STAR 在变异检测( SNP 和 INDEL ) 方面具有更好的灵敏度,因此, STAR 被用于 GATK 最佳实践工作流程,用于从 RNA-seq 数据 中识别短变异。
智能嵌入式视觉应用的设计变得前所未有 的快捷而安全,这要归功于围绕 CEVA-XM6 DSP 而构建的全方位视觉平台。该平台包含 CEVA 深度神经网络( CDNN )编译器图表、计 算机视觉软件库以及一系列算法。
嵌入式系统在社会中无处不在,在许多行业(例如汽车行业)中,嵌入式系统至关重要。嵌入式系统也越来越受软件控制,例如自动驾驶的进步。因此,自然需要方法来确保此类软件的正确性,以及流程和框架来处理软件的尺寸和复杂性不断增加。基于合同的设计是嵌入式系统设计中建立的良好设计方法,其中通过使用合同来管理嵌入式系统的复杂性,以将责任分配给系统的不同组件。本文遵循了基于合同设计的原则,提出了正式的合同框架或理论。该理论是为程序软件开发的,并在语义层面上定义,从而使其可以通过不同的语言实例化以定义合同和组件,具体取决于适用于不同用途的内容。该理论在语义领域上是参数,允许对不同类型的行为进行推理。论文还提出了该理论的不同实例,既显示了使用Hoare Logic或acsl可以指定低级特性,又显示了使用TLA+等时间逻辑的高级时间属性。该理论还允许组合不同的语义域。在理论中,可以根据其合同的合同来验证低级组件,以至于当组成组件时,可以确保更抽象的高级特性。验证低级软件正确性的常见方法是演绎验证,而Frama-C是一个众所周知的框架,可以在其中执行C代码的脱位验证。本文还以一种工具的形式介绍了合同推断领域的工作,其中可以自动生成用于验证的工具合同。该方法使用C模型Checker Tricera作为后端,并输入用于Frama-C的合同。最后,论文还提出了程序仪器的框架,这使某些属性更容易验证。在这里,对通常难以验证的属性的主张的程序被转换为新程序,并以不包含这些宗教信仰的断言,以至于如果新程序正确,那么原始程序也正确。论文为所谓的扩展量词提供了混凝土仪器,这是阵列上的一种聚合,例如在数组中找到所有值的总和或最大值的总和。
图 1 航空电子系统开发法规 ............................................................................................................. - 5 - 图 2 DO-178C 文档结构 [34] .............................................................................................. - 18 - 图 3 OSEE 的动作跟踪系统 [70] ............................................................................................. - 31 - 图 4 手术辅助工作站(SAW)架构 [71] ............................................................................................. - 32 - 图 5 OSEE - SAW 项目的产品分解 [71] ............................................................................. - 33 - 图 6 OSEE - 工件 [72] ............................................................................................................. - 34 - 图 7 OSEE - 要求 [71] ............................................................................................................. - 35 - 图 8 OSEE - Word 格式的机器人 API 要求 [71] ............................................................................. - 36 - 图 9 OSEE - TOPCASED 信息跟踪器 [71] ............................................................................................. - 37 - 图 10 OSEE – 测试管理 [71] ........................................................................................... - 38 - 图 11 OSEE – 可追溯性 [72] ......................................................................................... - 39 - 图 12 OSEE – Skywalker [71] .............................................................................................. - 40 - 图 13 OSEE - 团队管理 [71] ............................................................................................. - 41 - 图 14 OSEE - 用户管理 [71] ............................................................................................. - 42 - 图 15 OSEE - 版本控制 [71] ............................................................................................. - 43 - 图 16 OSEE - 发布管理 [71] ............................................................................................. - 44 - 图 17 示例组件图 [73] ............................................................................................. - 47 - 图 18 示例 UML 文件 [73] ............................................................................................. - 48 - 图 19 UML 模型验证 [73] ............................................................................................. - 49 - 图 20 从 UML 模型生成代码[73]................................................................................ - 50 - 图 21 CPPcheck 功能 [45].............................................................................................. - 51 - 图 22 移位负值警告 .................................................................................................... - 51 - 图 23 Cleanflight Github 项目概览 [77]............................................................................. - 52 - 图 24 BlackBox 解码器内部流程 ...................................................................................................... - 53 - 图 25 Blackbox 日志的典型标题 .............................................................................................. - 55 - 图 26 BlackBox 解码器数据 ...................................................................................................... - 56 - 图 27 案例研究图 ................................................................................................................ - 57 - 图 28 软件规划流程 ............................................................................................................. - 61 - 图 29 高级需求 ............................................................................................................. - 62 - 图 30 低级需求 ............................................................................................................. - 63 - 图 31 软件验证和测试 ............................................................................................................. - 67 - 图 32 分支管理 ............................................................................................................. - 68 - 图 33 问题报告系统 ............................................................................................................. - 68 - 图 34 分支变更报告 ............................................................................................................. - 69 - 图 35 版本和发布控制 ............................................................................................................. - 70 - 图 36 创建软件需求 ............................................................................................................. - 83 - 图 37创建高级别需求 ................................................................................................................ - 85 - 图 38 创建团队 ................................................................................................................ - 86 - 图 39 将需求与团队关联 ................................................................................................ - 87 - 图 40 将用户与团队关联 ................................................................................................ - 89 - 图 41 创建分支 ................................................................................................................ - 90 -......................... - 62 - 图 30 低级需求 ............................................................................................................. - 63 - 图 31 软件验证和测试 ............................................................................................................. - 67 - 图 32 分支管理 ............................................................................................................. - 68 - 图 33 问题报告系统 ............................................................................................................. - 68 - 图 34 分支变更报告 ............................................................................................................. - 69 - 图 35 版本和发布控制 ............................................................................................................. - 70 - 图 36 创建软件需求 ............................................................................................................. - 83 - 图 37 创建高级需求 ............................................................................................................. - 85 - 图 38 创建团队 ............................................................................................................. - 86 - 图 39 将需求与团队关联 ............................................................................................. - 87 - 图 40 将用户与团队关联 ............................................................................................. - 89 - 图 41 创建分支 ............................................................................................................. - 90 -......................... - 62 - 图 30 低级需求 ............................................................................................................. - 63 - 图 31 软件验证和测试 ............................................................................................................. - 67 - 图 32 分支管理 ............................................................................................................. - 68 - 图 33 问题报告系统 ............................................................................................................. - 68 - 图 34 分支变更报告 ............................................................................................................. - 69 - 图 35 版本和发布控制 ............................................................................................................. - 70 - 图 36 创建软件需求 ............................................................................................................. - 83 - 图 37 创建高级需求 ............................................................................................................. - 85 - 图 38 创建团队 ............................................................................................................. - 86 - 图 39 将需求与团队关联 ............................................................................................. - 87 - 图 40 将用户与团队关联 ............................................................................................. - 89 - 图 41 创建分支 ............................................................................................................. - 90 -........................................................................... - 89 - 图 41 创建分支 ................................................................................................................ - 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没有哪个系统可以免受错误的影响,尤其是海森堡错误——神秘的错误,当我们寻找它们时,它们就会出现,然后消失。故障会发生,因此请构建一个可以恢复或移动到安全状态的系统。此外,要预料到由于不可预见的事件而出现的危险情况。
为了降低验证成本并对软件更有信心,静态程序分析提供了证明源代码属性的方法。不幸的是,这些技术对于非专业人士来说很难理解和使用。建模允许用户以简单的方式指定软件的某些方面。更准确地说,在嵌入式软件中,状态机模型经常用于行为设计。本文的目的是通过提供从模型到源代码的注释自动生成来弥合模型和代码之间的差距。然后通过静态分析验证这些注释,以确保代码行为符合基于模型的设计。我们考虑的模型是具有正式非歧义语义的 UML 状态机,注释生成和验证在工具中实现并应用于案例研究。
为了降低验证成本并对软件更有信心,静态程序分析提供了证明源代码属性的方法。不幸的是,这些技术对于非专业人士来说很难理解和使用。建模允许用户以简单的方式指定软件的某些方面。更准确地说,在嵌入式软件中,状态机模型经常用于行为设计。本文的目的是通过提供从模型到源代码的注释自动生成来弥合模型和代码之间的差距。然后通过静态分析验证这些注释,以确保代码行为符合基于模型的设计。我们考虑的模型是具有正式非歧义语义的 UML 状态机,注释生成和验证在工具中实现并应用于案例研究。