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快速选择的4.3kb转座子关联...
揭示控制疟疾媒介杀虫剂抗性的进化力量仍然是设计分子工具以检测和评估抗性对控制工具的影响的先决条件。在这里，我们证明含有 4.3kb 转座子的结构变异与中非/东非疟疾媒介按蚊种群的拟除虫菊酯抗性有关。在本研究中，我们分析了合并模板测序数据和直接测序，以确定在乌干达疟疾媒介按蚊的两个 P450 CYP6P5 - CYP6P9b 基因间区域插入一个含有假定逆转录转座子的 4.3kb 片段。然后，我们设计了一种 PCR 检测方法来追踪其在时间和区域上的传播，并揭示其在杀虫剂抗性中的作用。该插入片段起源于东非乌干达或附近地区，在那里它被固定下来并已在中非国家喀麦隆高频率传播，但在西非仍然频率较低，在南部非洲则不存在。在喀麦隆，4.3kb-SV 的频率从 2014 年的 3% 增加到 2021 年的 98%，这是一种明显而快速的选择。这种 SV 与野外种群的拟除虫菊酯抗性之间存在密切关联，并且正在降低仅使用拟除虫菊酯的蚊帐的功效。遗传杂交和 qRT-PCR 显示，这种 SV 增强了 CYP6P9a/b 的表达，但没有增强 CYP6P5 的表达。在这个结构变体 (SV) 中，我们确定了与调节解毒基因相关的转录因子的假定结合位点。4.3kb SV 与疟原虫感染之间存在负相关性，这表明缺乏 4.3kb SV 的蚊子比拥有它的蚊子更容易被感染。我们的研究结果强调了 SV 在杀虫剂抗性进化中尚未得到充分探索的作用和快速传播，并为杀虫剂抗性的分子监测提供了额外的工具。
1个转座子宣布了第2阶段的最终结果...
SAN DIEGO, California, July 24, 2024 – Transposon Therapeutics, a biotechnology company developing a platform of novel, orally administered therapies for the treatment of neurodegenerative and aging-related diseases, including Alzheimer's disease, today announced final results from its Phase 2 study of TPN-101 in patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and/or与C9ORF72基因（C9ORF72相关的ALS/FTD）中六核苷酸重复扩张有关的额颞痴呆（FTD）。这项研究的最终结果证实了TPN-101的出色安全性，并显示出对这些疾病患者的疾病调整作用的临床迹象，这些疾病与先前报道的进行性上核瘫痪（PSP）患者的安全性和治疗活性保持一致。这些发现与TPN-101通过阻止Line-1的活性来减少神经炎症和神经退行性，这是一种人类特异性的逆转转座子，在许多神经退行性疾病和衰老中不再充分抑制。
DNA转座子通过富集转录因子结合基序
从基因组的非编码区域通过突变依次出现。除其他外，此类突变分析转录并创建一个新的开放阅读框（ORF）。尽管ORF出现的机制有充分的文献证明，但对实现新转录事件的机制知之甚少。然而，在许多物种中，已经报道了基因组所有区域的缺乏和非常突出的转录之间的连续体。在这项研究中，我们使用新组装的基因组和七个果蝇的近交系列的转录组和转录组搜索了从头转录本，该基因组和一个来自六个欧洲和一个非洲人口的近交系列。此设置使我们能够检测Sam ple特定的从头转录本，并将其与其他样品中的同源非转录区以及遗传和基因间控制序列进行比较。我们研究了与转换元件（TES）的关联，并富集了从头开始出现的转录本上游的转录因子基序，并将其与调节元素进行了比较。我们发现，从头的成绩单与TES重叠的频率比偶然性的频率更高。新转录本的出现cor与高鸟嘌呤 - 环蛋白含量和TE表达的区域有关。此外，从头转录本的上游区域高度丰富了调节基序。这种基序在与TES（尤其是DNA TES）重叠的新转录物中更丰富，并且比上游的“非转录同源物”更保守上游。总体而言，我们的研究表明，TE插入对于转录本的出现很重要，部分是通过引入DNA te家族的新调节图案。
生物化学年度评论 利用 CRISPR 相关 Tn7 样转座子进行天然和人工引导 RNA 定向转座
CRISPR-Cas（成簇的规律间隔的短回文重复序列 - CRISPR 相关核酸酶）防御系统已多次自然地用于指导 RNA 定向转座。在所有情况下，转座子 Tn7 相关的各种元件都参与了转座。Tn7 严格控制转座；只有当专用靶位选择蛋白识别特殊靶标时，转座酶才会被激活。Tn7 和与 CRISPR-Cas 系统合作的 Tn7 样元件进化出了互补的靶向途径：一条途径识别染色体中高度保守的位点，另一条途径靶向能够进行细胞间转移的移动质粒。Tn7 和 Tn7 样元件将单一整合传递到它们识别的位点，并控制整合事件的方向，为未来用作可编程基因整合工具提供了潜力。早期研究表明，引导 RNA 介导的转座系统可以适应不同的宿主，甚至在微生物群落内，这表明将这些系统设计为强大的基因编辑工具具有巨大的潜力。
R2逆转座子N末端结构域的保守和不同的DNA识别特异性和功能
R2非长末端重复（非LTR）逆转录子是多细胞真核生物中分布最广泛的移动遗传元件之一，并且对在人类基因组的转基因补充中的应用显示出希望。他们以精致的特异性将新基因插入28S核糖体DNA中的保守位点。r2进化枝是由逆转录子编码的蛋白的N末端的锌指（ZF）数量定义的，该蛋白被认为是为添加赋予DNA位点特异性的。在这里，我们阐明了进化枝之间的R2 N末端结构域的DNA识别的一般原则，并具有广泛的，具体的识别，仅需要一个或两个紧凑型域。DNA结合和保护测定法证明了广泛共享以及进化枝特异性的DNA相互作用。基因插入测定识别足以用于目标位点插入的N末端结构域，并揭示了进化枝特异性ZFS中第二链裂解或合成中的作用。我们的结果对理解非LTR逆转录座插入机制的进化多样化以及基于逆转录座子的基因疗法的设计具有意义。
基于转座子的汽车T细胞疗法的系统
改进的SB Transposon平台Magnani CF（2016）Oncotarget 7（32）：51581-51597;EP20140192371“改进了产生转基因细胞的方法”； Turazzi（2018）Br J Haematol 182（6）：939-943; Magnani CF（2018）Hum gen ther 29（5）：602-613; Rotiroti MC等人，在印刷中，分子治疗2020
Cas9 和 Cas12 的微型替代品：转座子相关 TnpB 介导植物中的靶向基因组编辑
Cas9 和 Cas12 的微型替代品：转座子相关的 TnpB 1 介导植物中的靶向基因组编辑 2 3 Subhasis Karmakar 1Ɨ、Debasmita Panda 1Ɨ、Sonali Panda 1、Manaswini Dash 1、Romio Saha 1、Priya Das 4 1、Shinong SP、Justin Avina 2、Amaresh K. Nayak 1、Mirza J. Baig 1*、Kutubuddin Ali Molla 1* 5
高通量筛选的标准化转座子工具开发和验证Ammon-Ohe模型，以预测肝硬化门诊患者的明显肝脑病的风险
背景和目的：建议进行神经心理学和心理物理测试，以评估明显的肝病（OHE）的风险，但其准确性是有限的。高莫纳米亚人在OHE的发病机理中是中心的，但其预测效用尚不清楚。在这项研究中，我们旨在确定神经心理学或心理物理测试和氨的作用，并开发一种模型（Ammon-Ohe），以分层持续患有肝硬化的门诊患者的OHE发育风险。方法：这项观察性的前瞻性研究包括426个门诊病人，没有三个肝单元的先前OHE，其中位数为2。5年。心理测量肝病评分（PHES）<-4或临界频率（CFF）<39被认为是异常的。氨将其标准化为正常（AMM-ULN）的上限。多变量脆弱的竞争风险和随机生存的森林分析，以预测未来的OHE并开发Ammon-Ohe模型。使用来自两个独立单位的267和381例患者进行外部验证。结果：根据PHES或CFF和Ammonia在到达时间（log-Rank p <0.001）中存在显着差异，在PHES异常PLUS PLUS PLUS GULL AMM-ULN的患者中，风险最高（危险比4.4; 95％CI 2.4-8.1; p <0.001; p <0.001;与正常的PHES和AMM--uln和AMM--uln相比）。在多变量分析中，AMM-ULN而不是PHE或CFF是OHE发展的独立预测指标（危险比1.4; 95％CI 1.1-1.9; p = 0.015）。Ammon-Ohe模型（性别，糖尿病，白蛋白，肌酐和AMM-ULN）的C-指数为0.844，在两个外部验证队列中预测OHE的第一集，为0.728。结论：在这项研究中，我们开发了和验证了Ammon-Ohe模型，其中包括易于使用的临床和生化变量，可用于鉴定门诊患者，该门诊患者具有开发第一集的最高风险。
线1逆转座子驱动人类神经元转录组复杂性和功能多样性
人脑大小和复杂性扩张的基础遗传机制仍然很少理解。长期散布的核元件 - 1（L1）逆转座子是人种类似基因组中遗传性不同的来源，但是它们在生理功能中的重要性及其对人脑进化的贡献在很大程度上是未知的。使用多媒体分析，我们在这里证明了L1促进器在发育中和成年人的大脑中动态活跃。l1s产生数百种开发调节和细胞类型 - 特定的转录本，其中许多被选为嵌合转录本或调节RNA。一个L1衍生的长不编码RNA Linc01876是一个人类特异性转录本，在大脑发育过程中仅表示。CRISPR干扰Linc01876导致脑诊断的大小和神经祖细胞的过早差异降低，这意味着L1在人类特异性的发育过程中。总而言之，我们的结果表明，L1衍生的转录本提供了先前未描述的灵长类动物和人类特异性转录组复杂性，这有助于人脑的功能多样化。
转座子是水稻种群中选择下基因表达变异性的重要因素
抽象转座元素（TES）是基因组变异性的重要来源。在这里，我们通过使用来自Oryza Sativa SSP的208个品种的表达数据来分析了它们对水稻基因表达变异性的贡献。indica和O. sativa ssp。Japonica亚种。我们的数据表明，插入与许多已知是水稻驯化和育种靶标的表达的变化有关。这些插入的重要部分已经存在于大米野生群中，并且在Indica和Japonica水稻种群中被差异化。总的来说，我们的结果表明，由TE诱导的信号转导基因中的表达变化很小，伴随着水稻种群的驯化和适应。