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通过定向进化自上而下地设计复杂群落
5 加州大学伯克利分校分子与细胞生物学系，加利福尼亚州伯克利，美国。 6 马克斯普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所以及马克斯普朗克复杂系统物理研究所，德国德累斯顿。 7 欧洲分子生物学实验室（EMBL），发育生物学部，德国海德堡。 8 加州大学欧文分校发育与细胞生物学系，加利福尼亚州欧文，美国。 9 波士顿大学生物医学工程系和生物设计中心，马萨诸塞州波士顿，美国# 通讯作者：alvaro.sanchez@yale.edu 摘要 定向进化已用于自上而下地设计生物系统数十年。通常，它已应用于生物体水平或以下，通过迭代采样突变景观来引导寻找具有更高功能的遗传变异。在生物体水平之上，少数研究尝试人工选择微生物群落和生态系统，但成功率参差不齐，且通常不高。我们对人工生态系统选择的理论理解仍然有限，特别是对于大型无性生物群落，而且我们对设计有效的方法来指导它们的进化知之甚少。为了解决这个问题，我们开发了一个灵活的建模框架，使我们能够在广泛的生态条件下系统地探究任意一组群落和选定功能上的任意选择策略。通过在相同条件下人工选择数百个计算机模拟微生物元群落，我们检查了迄今为止使用的两种主要育种方法的基本局限性，并规定了显着提高其功效的修改。我们确定了一系列定向进化策略，特别是当结合使用时，它们更适合自上而下地设计大型、多样化和稳定的微生物群落。我们的结果强调，定向进化允许在生态结构功能景观中进行导航，以寻找动态稳定、生态和功能具有弹性的高功能群落。
发现具有 II 型强效恶性疟原虫蛋白激酶 6 (PfPK6) 抑制剂
摘要 疟疾是一种毁灭性疾病，导致全球发病率和死亡率显著上升。青蒿素类联合疗法是治疗疟疾的一线疗法，但随着这种疗法的耐药性不断上升，开发具有新作用机制的替代抗疟药的必要性也日益凸显。抑制疟原虫蛋白激酶为药物开发提供了一个尚未得到充分探索的机会。PfPK6 已被确定为恶性疟原虫无性血液阶段增殖的必需激酶，但尚未开展药物化学研究以开发抑制剂。在这项研究中，我们报告了利用分裂荧光素酶三杂交技术，使用 KinaseSeeker 检测法确定 Ki8751 是一种 PfPK6 抑制剂（IC 50 = 14 nM）。设计、合成了一系列 79 种 Ki8751 的 1-苯基-3-(4-(喹啉-4-基氧)苯基)脲衍生物，并评估了它们对 PfPK6 的抑制作用和抗疟原虫活性。通过基团效率分析，我们确定了支架上关键基团对抑制 PfPK6 的重要性，这与 II 型抑制剂药效团一致。我们重点介绍了有助于抗疟原虫活性的尾部基团修饰。我们报告了化合物 67 的发现，它是一种有效的 PfPK6 抑制剂（IC 50 = 13 nM），对恶性疟原虫血液阶段（EC 50 = 160 nM）有效，化合物 79 是一种优秀的 PfPK6 抑制剂（IC 50 < 5 nM），对恶性疟原虫血液阶段（EC 50 = 39 nM）和伯氏疟原虫肝脏阶段（EC 50 = 220 nM）具有双阶段抗疟活性。这些结果为将该化学型进一步开发为新型抗疟药和针对 PfPK6 的化学探针奠定了基础，从而可以进一步研究 PfPK6 的功能。
优先考虑激酶作为治疗疟疾的潜在药物靶点
疟疾是一种由疟原虫引起的热带疾病，通过受感染的按蚊叮咬传播。蛋白激酶 (PK) 在疟疾病原体的生命周期中起着关键作用，使这些蛋白质成为抗疟药物研发活动的有吸引力的靶标。作为了解寄生虫信号传导功能的努力的一部分，我们报告了对八种疟原虫 PK 的生物信息学流程分析的结果。到目前为止，还没有进行过 P. malariae 和 P. ovale 激酶组组装。我们对预测的激酶进行了分类、整理和注释，以更新迄今为止发表的 P. falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、P. chabaudi 和 P. knowlesi 激酶组，并首次报告了 P. malariae 和 P. ovale 的激酶组。总体而言，在所有疟原虫属激酶组中鉴定出 76 至 97 种 PK。大多数激酶被分配到九个主要激酶组中的七个：AGC、CAMK、CMGC、CK1、STE、TKL、OTHER；以及疟原虫特异性组 FIKK。约 30% 的激酶已深入分类为组、科和亚科级别，只有约 10% 仍未分类。此外，更新和比较间日疟原虫和恶性疟原虫的激酶组可以优先选择激酶作为潜在的药物靶标，可用于探索发现抗疟新药。通过这种综合方法，我们选出了 37 种蛋白激酶作为潜在靶点，并鉴定出对无性疟原虫 (3D7 和 Dd2 菌株) 阶段具有中等体外活性的试验化合物，这些化合物可作为未来寻找有效抗疟药物的起点。2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章 ( http://creative- commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ )。
疟原虫激酶组的更新和阐明
疟疾是一种由疟原虫引起的热带疾病，通过受感染的按蚊叮咬传播。蛋白激酶 (PK) 在疟疾病原体的生命周期中起着关键作用，使这些蛋白质成为抗疟药物研发活动的有吸引力的靶标。作为了解寄生虫信号传导功能的努力的一部分，我们报告了对八种疟原虫 PK 的生物信息学流程分析的结果。到目前为止，还没有进行过 P. malariae 和 P. ovale 激酶组组装。我们对预测的激酶进行了分类、整理和注释，以更新迄今为止发表的 P. falciparum、P. vivax、P. yoelii、P. berghei、P. chabaudi 和 P. knowlesi 激酶组，并首次报告了 P. malariae 和 P. ovale 的激酶组。总体而言，在所有疟原虫属激酶组中鉴定出 76 至 97 种 PK。大多数激酶被分配到九个主要激酶组中的七个：AGC、CAMK、CMGC、CK1、STE、TKL、OTHER；以及疟原虫特异性组 FIKK。约 30% 的激酶已深入分类为组、科和亚科级别，只有约 10% 仍未分类。此外，更新和比较间日疟原虫和恶性疟原虫的激酶组可以优先选择激酶作为潜在的药物靶标，可用于探索发现抗疟新药。通过这种综合方法，我们选出了 37 种蛋白激酶作为潜在靶点，并鉴定出对无性疟原虫 (3D7 和 Dd2 菌株) 阶段具有中等体外活性的试验化合物，这些化合物可作为未来寻找有效抗疟药物的起点。2022 年由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议开放获取的文章 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ )。
epiGBS 与 WGBS 结果比较
DNA 胞嘧啶甲基化是一种表观遗传机制，参与调节植物对生物和非生物胁迫的反应，其改变能力随胞嘧啶出现的序列环境（CpG、CHG、CHH，其中 H = 腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶）而变化。模型植物物种中的 DNA 甲基化定量通常通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）进行，这需要高质量的参考基因组。精简代表性亚硫酸盐测序 (RRBS) 是一种经济有效的潜在替代方案，适用于基因组资源有限且实验设计规模大的生态研究。在本研究中，我们首次全面比较了 RRBS 和 WGBS 的输出，以表征 DNA 甲基化对给定环境因素的反应变化。具体而言，我们使用 epiGBS（最近优化的 RRBS）和 WGBS 来评估 Populus nigra cv. 无性系中昆虫和人工食草后的整体和序列特异性差异甲基化。 'italica'。我们发现，在两种食草处理中的任何一种之后，CHH 中的全局甲基化百分比都会增加，并且只有 epiGBS 检测到这种转变具有统计学意义。至于食草引起的位点特异性差异甲基化（epiGBS 中的胞嘧啶和 WGBS 中的区域），两种技术都表明昆虫和人工食草引起的反应具有特异性，并且 CpG 中的低甲基化和 CHH 中的高甲基化频率更高。当存在于 CpG 和 CHG 中时，甲基化变化主要发现在基因体和基因间区域，而在 CHH 环境中则发现在转座因子和基因间区域。因此，epiGBS 成功地表征了伦巴第杨对食草反应的全局全基因组甲基化变化。我们的研究结果支持 epiGBS 在旨在探索非模型植物物种对多种环境因素反应的表观遗传变化的大型实验设计中特别有用。
FY24 PPA 7721实施计划
根据《植物保护法》第7721条（PPA 7721），动物和植物健康检验服务（APHIS）每年向合作者提供资金，包括州政府，大学，非营利机构，工业，行业和部落的资金 - 支持保护特殊的植物，森林系统，机构及其他农作物和自然机构和自然机构和自然机构的工厂和其他工厂和其他工具和其他工具和自然机构和自然机构的工厂和天然资源。它授权为国家清洁厂网络（NCPN）和植物和疾病管理与灾难预防计划（PPDMDPP）的永久资金，2018财政年度（FY）的每年7500万美元，至少有750万美元的资金每年支持NCPN。NCPN专注于建立清洁植物中心网络，诊断，治疗学和基础种植。PPA 7721中的这个特殊焦点区域努力建立和支持一个特定任务的清洁植物中心和相关计划的网络：提供高质量的无性无形繁殖的植物材料，不含目标植物病原体，从而造成经济损失，以保护环境并确保专业作物生产者的全球竞争力。随后，由各州提供所得的植物材料，以支持托儿所认证计划以及托儿所，种植者和其他清洁托儿所的用户。虽然本文档描述了NCPN目标，目标和策略，但NCPN为处理寻求NCPN支持的应用程序提供了独立的请求。访问NCPN网站以获取本文档的更多信息和附录E。本文档还描述了目标，目标，策略和理由，以通过实施PPDMDPP来集中建议为项目提供资金。项目是在六个目标领域围绕的：增强植物害虫/疾病分析和调查；在保护连续性的脆弱点上针对国内检查活动；提高识别能力，增强和增强害虫检测技术；保护托儿所的生产；进行外展和教育；并增强缓解措施和快速响应能力。植物害虫和疾病管理与预防灾难计划（PPDMDPP）概述
蔬菜作物遗传学与育种 - 园艺科学
入学指导（第 1 周） 1 月 14 日，星期二 介绍、教学大纲和讨论主题 1 月 16 日，星期四 辣椒育种计划简介 蔬菜作物的性质（第 2 周） 1 月 21 日，星期二 蔬菜作物的性质和种子来源 1 月 23 日，星期四 植物的无性和有性生殖 1 月 23 日，星期四 活动 1。温室和实地参观。作业 孟德尔遗传学（第 3 周） 1 月 28 日，星期二 孟德尔遗传学的定性性状和复习 1 月 30 日，星期四 孟德尔遗传学的定性性状和复习 1 月 30 日，星期四 活动 2。准备移植托盘和播种 诱变（第 4 周） 2 月 4 日，星期二 作物遗传资源和原产地中心 2 月 6 日，星期四 诱变 2 月 6 日，星期四 活动 3。筛选诱变种群 2 月 6 日，星期四 作业 1研究计划大纲草案 1 数量遗传学（第 5 周） 2 月 11 日，星期二 数量性状简介 2 月 13 日，星期四 方差和方差分析 2 月 13 日，星期四 活动 3。进行遗传杂交 - 演示和活动 数量遗传学（第 6 周） 2 月 18 日，星期二 数量遗传学 - I 2 月 20 日，星期四 数量遗传学 - II 2 月 20 日，星期四 作业 2 截止。修订的研究计划 数量遗传学（第 7 周） 2 月 25 日，星期二 数量遗传学 - III 2 月 27 日，星期四 数量遗传学 - IV 2 月 27 日，星期四 表型数据收集 植物组织培养（第 8 周） 3 月 4 日，星期二 植物组织培养 3 月 6 日，星期四 活动 5. 花药培养 - 实验室实践（第 9 周） 3 月 11 日，星期二 QTL 映射 1 3 月 13 日，星期四 QTL 映射 2、3 月 13 日，星期四 考试 1 3 月 15 日 -22 日 春假 DNA 标记（第 10 周） 3 月 25 日，星期二 活动 5. 基于 DNA 的标记 3 月 27 日，星期四 作业 3. 反思性论文截止时间为下午 5 点。
社论：进化发育生物学中的双线
上衣是脊椎动物的最接近的生物亲属，为塑造动物发育的进化过程提供了一个非凡的窗口（Ferrier，2011; Johnson等，2024; Todorov et al。，2024）。这些海洋无脊椎动物表现出非常多样化的生活方式（底栖，全骨，孤独，群体或殖民地），生命周期（简单或复杂）以及发展（直接，间接，性或无性恋）（Ricci等人，2022年，2022年； Nanglu等，20223）。这种多样性与它们与脊椎动物的遗传相似性相结合，使双线线成为理解发育机制如何促进进化新颖性的宝贵模型（Procaccini等，2011; Popsuj et al。，2024）。调皮基因组学和表达方面的最新进展使得有可能更深入地了解调皮发育的分子基础（Oda and Satou，2025;SáNnchez-Serna等人，2025年）。同时，我们尚不了解punicatie evo-devo中的特定研究问题，例如，剪裁肌类型的演变或脊椎动物毛细胞和剪裁冠状感觉细胞之间的同源性。这项研究对于鉴定物种之间保守的基因至关重要，这些基因与差异的物种之间的基因，为跨皮物种或更广泛的后代人之间形态学差异的遗传基础提供了见解。本研究主题中编写的研究涉及四个主要主题，从而在亚细胞，细胞，器官和生物水平上推动了思想界限。它具有五个原始研究文章，一份简短的研究报告，四个评论和一篇观点文章的混合。简而言之，它们为分子网络，细胞行为和发育过程提供了新的见解，这些过程构成了束缚物的多样化及其在核核发展的背景下的演变。研究主题包括生态和进化前沿中的七个出版物，在细胞和发育生物学领域的前沿中有四个出版物。该研究主题展示了有关一系列调皮物种的原始研究，包括Ciona Robusta，Oikopleura dioica，Botrylloides Leachii和Polyandrocarpa Zorritensis。以及在所有11个出版物中考虑的调皮物种，它们
我的身体。我的未来。
AFHS Adolescent Friendly Health Service ASHR Adolescent Sexual and Reproductive Health AYFS The Adolescent and Youth Friendly Service BCC Behavioural Change Communication CB Children's Board CBO Community Based Organisation CBR Community Based Rehabilitation CDM Civil Disobedience Movement CEDAW Convention on the Elimination of all Forms of Discrimination against Women CEFM Child, Early and Forced marriages CO Country Office (Plan International) CoC Champions of Change CPC Child Protection Committee CPCC Child Protection Community Committees CRC Convention on the Rights of the Child CSE Comprehensive Sexuality Education CSO Civil Society Organisation CSR Corporate Social Responsibility ERP Enterprise Resource Planning FGM Female Genital Mutilation FIBS Finnish Business and Society GBV Gender Based Violence GRPD Convention on the Rights of Persons with Disabilities HVCA Hazard and Vulnerability Capacity Assessments IEC Information, Education and Communication INGO International Non-governmental Organisation LDC Least Developed Country LFTW光（组织）LGTBIQ+社区，代表女同性恋，同性恋，双性恋，变性者，酷儿，双性恋和无性M＆E监测和评估MBMF MBMF我的身体。我的未来。您组织的数据和分析MER Monitoring, Evaluation and Research MFA Ministry for Foreign Affairs of Finland MHM Menstrual Hygiene Management MoH Ministry of Health NCAWMC National Commission for Advancement of Women, Mothers and Children NGO Non-governmental Organisations OPD Organization for People with Disabilities PDR The Lao People's Democratic Republic PFHLA Promotion of Family Health Laos Association PSG Participatory School Governance SAP Systems, Applications, and Products in Data加工 - 金融管理计划可持续发展目标SRH性和生殖健康SRHR SRHR性和生殖健康与权利联合国联合国联合国教育，科学和文化组织UWOPA UWOPA UWOPA UGANDA妇女议会协会VSLA村庄储蓄和贷款协会洗水，卫生水，卫生，hygiene y.o.d.a.a.
TRM 2025附件XII imementas和建议的参考书目证明...
主题：生物学第一部分 - 生物化学，细胞生物学和活生生，pH和缓冲。氨基酸，蛋白质和蛋白质组学。酶。生物能学。糖酵解。发酵。糖酮发生。糖原的合成和降解。克雷布斯周期。呼吸链和氧化磷酸化。脂质代谢。氨基酸代谢。整合和代谢调节。起源，原核生物和真核细胞的成分和一般特征。化学成分：化学物质维持稳态的功能重要性。动物和植物细胞：组织，代谢，功能以及细胞结构与细胞器之间的相互作用。细胞繁殖：有丝分裂和减数分裂。一般特征。各种生物：五个王国的分类系统，分类类别，物种概念和命名法规则。主要群体的一般特征：病毒，莫奈托，原生物，真菌，植物学和动物II部分 - 组织学，解剖学以及动物以及植物生理学结构和功能概念。组织的胚胎起源。生物的内部和外部解剖学。人类解剖学。生物的比较解剖学。动物和植物组织的主要类型，特征和功能。器官和系统。呼吸和气态交流。循环：气体和养分的运输。营养：营养，消化和吸收；疾病故障。排泄。支持和运动系统。整合机制：神经和内分泌；神经生物学：神经解剖学，神经化学和神经生理学。对环境刺激的反应。繁殖：无性和性。防御系统：细胞和体液免疫机制。先天和获得的免疫力。疫苗，单克隆抗体和免疫诊断。第三部分 - 分子生物学，遗传学和进化基本概念：术语，交叉和概率。mendelism and Neomendelism：单声道和二元主义，polylia，基因相互作用和性遗传。染色体异常。多倍肌，非整倍体，多态性和行为遗传学。细胞遗传学基本原理：遗传密码，基因和染色体。基因工程的概念：克隆，聚合酶链反应（PCR），CRISPR技术，转基因生物，分子诊断和基因治疗。主要理论和进化过程的证据。进化机制。遗传变异性的来源：突变和基因重组。统一漂移，地理障碍，杂交，表观遗传学，自然和人工选择。基因组，转录瘤，基因比对，分子进化。