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使用 DNA 宏条形码识别印度尼西亚松巴哇岛拉布汉桑戈罗地区受冰冻感染的长吻卡帕藻养殖点水中的细菌组成
摘要 。拉布汉桑戈罗位于印度尼西亚西努沙登加拉省松巴哇县萨利赫湾，是为种植海藻品种卡帕藻而开发的地区之一。2023 年，由于冰冻病的爆发，种植活动遭遇了作物减产。这一事件给农民造成了重大的劳动力和经济损失。人们怀疑生物因素（细菌）在这种疾病的出现中发挥了作用。因此，本研究旨在 (1) 识别水中的细菌（冰冻感染的海藻养殖场）和 (2) 寻找可能导致冰冻病的细菌种类。本研究的目标是从分子水平上鉴定已知感染 K. alvarezii 并导致该疾病的潜在细菌种类。本研究中使用的方法是探索性描述性的。从 4 个点（被冰冻感染的 K. alvarezii 养殖地点）采集样本。每个点由 2 个深度（表面和底层水）表示。样品分析采用了一种基于宏条形码 (eDNA) 分析的不依赖培养的方法。这种方法可用于检查环境样品中的基因组，从而可以鉴定出更广泛的细菌种类。因此，这种方法为发现可能导致冰冰病的细菌种类提供了更大的机会。在这项研究中，全面了解了两个深度（表面和底层水）的细菌组成。负责有机物分解、营养物循环、支持初级生产和维持生态系统平衡的重要作用的主要门是蓝藻和变形菌。K. alvarezii 培养中的冰冰病与某些细菌种类有关，例如在采样地点还发现的弧菌属和假交替单胞菌属。关键词：环境 DNA、冰冰病、K. alvarezii、海洋细菌、萨利赫湾。
印度尼西亚东努沙登加拉省松巴岛分离株的分子特征
来源于东松巴县的PM B1和来源于西松巴县的PM B2与其他菌株具有较高的相似性，它们的相似性达99.6%，即每1000个核苷酸中只有4个不同。进一步与GenBank中的核苷酸序列进行比较，发现它们与下列菌株具有较高的相似性：DQ286927（印度分离株）、AY078999（英国分离株）、KT222136（印度分离株）、E05329（日本分离株）和AY638485，相似性分别为99.8%、99.6%、99.6%、99.4%和99.1%。与编号为HE800437（巴基斯坦多杀性巴氏杆菌分离株）的菌株相比，相似性为48.8%。根据表 2 中的数据，进一步分析了系统发育树，发现两个当地分离株与 DQ286927（印度分离株）、AY078999（英国分离株）、KT222136（印度分离株）、E05329（日本分离株）和 AY638485 分离株属于一个分支。分析结果还将巴基斯坦分离株 HE800437 归入与其他分离株不同的分支（图 5）。