XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System母株
水稻受精卵、成熟胚、未成熟胚再生植株突变的全基因组序列分析
通过全基因组测序，研究了由单个母株的合子、成熟胚和未成熟胚再生的水稻植株 (Oryza sativa L.，‘Nippon-bare’) 的体细胞克隆变异。还对母株和其种子繁殖子代进行了测序。在子代中检测到了 338 个母株序列变异，平均值范围从种子繁殖植株的 9.0 到成熟胚再生体的 37.4。利用种子繁殖植株中的变异计算出的自然突变率为 1.2 × 10 –8，与之前报道的值一致。种子繁殖植株中变异的单核苷酸变异 (SNV) 比例为 91.1%，高于之前报道的 56.1%，且与再生体中的差异不显著。总体而言，如前所述，再生体中 SNV 的转换与颠换比率较低。成熟胚再生的植物的变异明显多于不同子代类型。因此，在水稻遗传操作过程中，使用受精卵和未成熟胚可以减少体细胞克隆变异。
水稻受精卵、成熟胚、未成熟胚再生植株突变的全基因组序列分析
通过全基因组测序，研究了由单个母株的合子、成熟胚和未成熟胚再生的水稻植株 (Oryza sativa L.，‘Nippon-bare’) 的体细胞克隆变异。还对母株和种子繁殖子代进行了测序。在子代中检测到了 338 个母株序列变异，平均值范围从种子繁殖植株的 9.0 到成熟胚再生体的 37.4。利用种子繁殖植株中的变异计算出的自然突变率为 1.2 × 10 –8，与之前报道的值一致。种子繁殖植株中变异的单核苷酸变异 (SNV) 比例为 91.1%，高于之前报道的 56.1%，且与再生体中的差异不显著。总体而言，如前所述，再生体中 SNV 的转换与颠换比率较低。成熟胚再生的植物的变异明显多于不同子代类型。因此，在水稻遗传操作过程中，使用受精卵和未成熟胚可以减少体细胞克隆变异。
榕树根和芽的早期发育...
摘要 Ficus pseudopalma 俗称菲律宾榕、龙血树榕或棕榈叶榕，是桑科的一种本土物种。由于其外观类似棕榈树，当地人将其称为 Lubi-lubi 或 Niyog-niyogan，它作为观赏植物、食物来源和药用资源具有重要的民族植物学价值。鉴于其特有地位，繁殖 F. pseudopalma 对于保护、生物多样性保护和维持生态系统健康至关重要。本研究旨在确定最有效的 F. pseudopalma 茎插繁殖介质以支持这些工作。采用完全随机设计 (CRD)，每个处理重复 10 次。从健康母株中收集 10 厘米长的茎插，其中 40 多个插条用作种植材料。准备了三种繁殖培养基：M1（表土、泥炭和锯末，比例为 1:1:1）、M2（表土和沙子，比例为 1:3）和 M3（表土和蒸干稻壳，比例为 1:1）。插穗培育 50 天，在此期间及之后收集根系和芽系发育数据。进行统计分析，包括方差分析和 Bonferroni 调整的事后检验，显著性水平为 P<0.05，以评估结果。研究结果表明，表土、泥炭和锯末的组合（M1）是最有效的繁殖培养基，与对照培养基（M0）相比，其显著促进了根系和芽系的生长。虽然含有表土和沙子的培养基（M2）和含有蒸干稻壳的表土（M3）支持植物生长，但它们的表现不如 M1 显著。有趣的是，虽然 M1 与对照有显著差异，但其他培养基组合在大多数生长参数上没有显著差异。总之，M1 成为 F. pseudopalma 茎插的最佳繁殖培养基，为提高繁殖成功率提供了一种实用方法。本研究通过确定支持这种特有物种生长和可持续性的有效栽培技术，为菲律宾本土植物的保护策略做出了贡献。关键词：无花果、栽培、参数、最佳培养基、生长
交叉
单分子实时 (SMRT) DNA 测序技术 (Pacific Biosciences) 生成的长读段是高质量叶绿体 (1, 2) 和线粒体基因组序列组装的起点之一。栽培的葡萄树 Vitis vinifera 极易受到病原体的感染。抗性品种如种间杂交品种‘Börner’ (V. riparia GM183 [母株] V. cinerea Arnold [花粉供体]) 被用作培育优良葡萄品种的砧木。我们从 SMRT 读段中组装并注释了‘Börner’的叶绿体 (cp_Boe) 和线粒体 (mt_Boe) 基因组序列。除非另有说明，所有生物信息学工具均采用默认参数。从品种“Börner”的幼叶中提取基因组 DNA（3），并在 Sequel I 测序仪（1Mv3 SMRT 细胞、结合试剂盒 v3.0、测序化学 v3.0，均来自 PacBio）上进行测序。通过 BLASTN（BLAST 2.7.1）搜索（4）筛选质体或线粒体序列（RefSeq 版本 91），筛选出潜在的质体或线粒体读段。使用的标准如下：读段长度，500 个核苷酸（nt）以上；同一性，70% 以上；查询覆盖率，30% 以上。 292,574 个潜在质体读段（共 2,715,983,671 nt；N50，12,829 nt）和 426,918 个潜在线粒体读段（3,928,350,102 nt；N50，12,624 nt）分别用 Canu v1.7（5）进行组装。每个最长的重叠群都与 V. vinifera 的叶绿体（6）或线粒体（7）基因组序列具有高度相似性。随后，使用 Bandage（8）确认组装正确。手动修剪环状基因组中重叠的末端序列，并将起始序列与葡萄参考序列比对。用 Arrow（SMRT Link 版本 5.1.0.26412）对组装体进行三次完善。最后一轮精炼将起始点移至序列的相反位置。为了帮助注释，根据制造商的说明，使用 peqGOLD 植物 RNA 试剂盒 (Peqlab) 从“Börner”组织中提取 RNA。根据 TruSeq RNA 样品制备 v2 指南，从 1,000 ng 总 RNA 制备索引 Illumina 测序文库。将得到的转录组测序 (RNA-Seq) 文库以等摩尔量汇集，并在 HiSeq 1500 仪器上以 2 100-nt 双端格式进行测序。cp_Boe (161,008 bp；GC 含量，37.4%) 和 mt_Boe (755,068 bp；GC 含量，44.3%) 使用 Web 服务 GeSeq v1.66 进行注释（cp_Boe 的具体设置：