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偶然的噬菌体防御在由毒素 - 抗毒素系统介导的流行病弧形霍乱中，由噬菌体编码的抗毒素模仿
抽象细菌及其病毒捕食者（噬菌体）不断发展以相互颠覆。许多抑制噬菌体的细菌免疫系统是根据可以水平传播到多种细菌的流动遗传元素编码的。尽管细菌中免疫系统普遍存在，但这些免疫系统是否常常在自然界遇到的噬菌体作用。此外，有限的例子证明了这些噬菌体如何应对这种免疫系统。在这里，我们确定了具有编码细菌免疫系统DARTG的新型遗传元素的全球病原体弧菌霍乱的临床分离株，并揭示了免疫系统对共同循环裂解噬菌体ICP1的影响。我们表明，DARTG抑制ICP1基因组复制，从而防止ICP1斑块。我们通过识别反击DARTG并允许ICP1后代生产的ICP1编码蛋白来进一步表征DARTG介导的防御与ICP1之间的冲突。最后，我们将这种蛋白ADFB识别为一种功能性抗毒素，ABRO可能通过直接相互作用大门。在临床V.霍乱分离株中检测DARTG系统后，我们观察到ICP1分离株与功能性抗毒素的增加。这些数据强调了对霍乱弧菌及其裂解噬菌体的监视使用，以了解细菌与其自然界噬菌体之间的共同进化武器竞赛。
细菌内生菌来源，概况和动态 - 概念框架
目前，似乎不可想象是对微生物在人类健康或内共生膜中的昆虫中的主要作用不可思议。尽管很久以前发现了微生物内生菌，但对植物相关微生物的作用知之甚少。某些内生菌是水平传播的，而另一些则是种子传播。它们共同影响植物健康。有益的内生菌可以通过增加植物对生物和非生物胁迫的耐药性来促进植物的生长和产量。最近，可用于研究植物生物组的工具有了很大的改进，可以更好地理解在植物一级发生的迷人相互作用。本评论重新定义了“内生菌”和“内生菌”的概念框架，重点是细菌内生细菌的复杂动力学。系统地检查了形成途径和分析内生菌，可以全面探索有关植物 - 微生物相互作用的复杂动力学。此外，对生物和非生物因素如何影响内生细胞组的评估还提供了对植物相关微生物的适应性和弹性的重要见解。我们的综合分析将基因组见解与环境因素相结合，从而对细菌内生菌的功能作用提供了细微的观点。因此，一个新的包容性定义对于准确地表示植物微生物组中相互作用的复杂性以及相关概念的整体情况至关重要。
![arxiv：2502.07366v1 [stat.me] 2025年2月11日](/simg/8\89b2f180849147a459f426aef53f9e4f9cb4c95f.webp)
arxiv：2502.07366v1 [stat.me] 2025年2月11日
holobiont由宿主有机体及其微生物群组成。在动物育种的背景下，因为可以将Holobiont视为选择运行的单个单元，因此将微生物群数据整合到基因组预测模型中可能是改善表型和遗传值的预测的有希望的方法。尽管如此，全息型跨代数据很少来解决这一假设，因此填补了这一空白，我们提出了一个新的仿真框架。我们的方法是基于跨代全息素模型的模拟器（RITHMS）的R实现，是一个开源软件包，它在MOBPS软件包上构建，并结合了微生物群的独特特征，尤其是垂直和水平传输以及由于环境和宿主基因的调制。此外，Rithms可以考虑各种选择策略，并且适合不同的遗传体系结构。我们在各种情况下使用RITHM模拟了跨代全息学数据，改变了遗传力，微生物性和微生物群。我们发现，模拟数据准确地反映了预期特征，特别是基于微生物多样性指标，分类单元之间的相关性，垂直和水平传播的调节，对环境效应的响应以及根据选择策略的演变的演变。我们的结果支持我们的仿真框架的相关性，并说明了其在构建选择指数平衡遗传增益和微生物多样性的可能用途。RITHMS是一种高级，灵活的工具，用于生成跨代全息素数据，该数据结合了遗传学，微生物群和环境之间的复杂相互作用。
猫在各种体液样本中对家猫肝DNA的定量：潜在的病毒脱落路线
家猫肝病病毒（DCH）属于肝炎病毒家族，以及人类乙型肝炎病毒（HBV），这仍然是全球主要的健康问题。HBV感染性病毒体的传播一直是导致人类HBV感染大量感染的基本因素之一。早就知道，具有慢性HBV感染的人体各种体流体标本含有HBV DNA，并证明具有感染性。与这些知识相比，尚未报道猫的各种体液样本中DCH的检测。这项研究通过定量聚合酶链反应（QPCR）探索了猫在各种体流体样品中对DCH DNA的检测，并研究了通过系统生成分析与任何基因组多样性相关的DCH DNA是否与任何基因组多样性相关。总共包括1,209个体流体样本，不仅在4.70％（25/532）的血液样本中检测到DCH DNA；但同时为12.5％（1/8），1.14％（1/88），2.54％（10/394）和1.65％（3/182）的耳拭子（AS），鼻拭子（NS），口腔拭子（OS）和直肠拭子（RS）标本。此外，在血液中检测到的DCH DNA水平与OS中的DCH DNA检测显着相关（P = 0.02）和Rs（P = 0.04）样品。基因组分析表明，在本研究中获得的完整基因组序列中没有显着的基因组多样性。总而言之，这项研究强调了猫的各种体液样本中的DCH DNA存在，并且这些标本在猫种群中DCH水平传播中的潜在作用值得进一步研究。
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DNA不匹配维修系统的生物化学 - 大阪医学和药物大学存储库
图1真核MMR的概述MUTS同源物识别不匹配的碱基对。 MUTSα识别错误和小安培碱基，而MUTSβ识别大型安培碱基。 MUTLα与MUTSα-不匹配复合物相互作用。 PCNA通过夹具装载机放置在双链DNA链的不连续部分中的DNA上。夹具形的PCNA在滑动夹具孔时移动。由于PCNA的结构具有极性（侧面和前部），因此PCNA在保持其极性的同时移动到DNA上，并与MUTLα相互作用。 PCNA的极性不同会激活MUTLα以仅裂解新生的链侧，从而导致不匹配两侧的划痕。核酸外切酶EXO 1去除含错误的区域，所得的间隙区域充满DNA聚合酶δ，一种复制的聚合酶。除大肠杆菌及其相关物种外，人们认为许多真正的细菌将以几乎相同的机制反应。但是，预计区分新链和旧链的机制将会有所不同。24）。一些古细菌具有真核MMR（可能是从真实细菌水平传播的）40），这是少数族裔，大多数具有完全不同的机制，称为内质系统41）。内体是一种与限制酶具有结构和功能相似性的酶，并且在不匹配的碱基对附近裂解了双链DNA的两个链。这种双链裂解预计将通过同源重组系统修复。使用同源重组系统的维修反应非常准确，这是有道理的，因为修复合成是使用另一个DNA分子（染色体）作为模板的同源区域进行的，因此无需区分旧链和新链。
从伊娃瓦（Etawah）山羊牛奶制成的开菲尔分离的乳酸细菌的抗生素耐药性
1食品工程部，PoliteKnik Negeri Jember，Mastrip Po Box 164，Jember 68101 East Java，印度尼西亚 *电子邮件：titik_budiati@polije.ac.ac.ac.id摘要。该研究的目的是确定从埃塔瓦山羊牛奶制成的开菲尔分离的乳酸细菌（LAB）的抗生素耐药性。从埃塔瓦山羊牛奶，酸奶和开菲尔中分离出25种分离株。实验室分离株对头孢啶（CAZ，100％），头孢曲松（CRO，100％），克林霉素（DA，100％），林科霉素（LI，100％），利福平（RD，100％）和毒素（Tob，Tob，100％）。细菌易受磺胺甲氧唑 - 三甲氧苄啶（SXT，60％）和四环素（TE，40％）的影响。发现LAB的抗生素耐药性百分比在40％至100％之间。良好细菌中抗生素耐药性的存在可能会将水平遗传转移引入不良细菌，这有可能破坏人类健康。1。引言是自2020年以来一直袭击世界的Covid-19，杀死了超过400万人，有阳性案例的covid 19人数达到了2亿多人[1]。用于减少病例的策略是3M，即戴口罩，保持距离和洗手[2]。目前正在进行的预防性努力是为地球上整个人群提供疫苗，以便能够提高草药免疫力[3]。提高免疫力的另一项努力是食用含有益生菌的食物[4] [5]。各种研究检查了提供益生菌以预防和降低Covid 19.发生这种情况是因为益生菌含有良好的活微生物，因此它们能够与生活在人类消化区域中的不良微生物作斗争。好生物和坏微生物之间的竞争可能导致不良微生物种群的减少。这有望增加人类免疫力并降低19 [2，4，5]的风险。然而，在益生菌的自然条件下，即对抗生素的抗药性存在另一个问题。这可能是由于动物中抗生素的过度服用[6]。乳制品是益生菌生长的良好天然培养基。这对牛奶加工产生的各种产品产生了影响。抗生素将影响居住在其中的益生菌的遗传特性[6]。这些抗性特性可以在微生物之间垂直或水平传播[7] [8] [9] [10]。如果这些特性传输到不良微生物中，则将导致人类治愈疾病的大问题[11]。etawah山羊的牛奶和各种加工产品是众所周知的含有高营养并可以增加人类免疫力的产品，并可以治愈人类的各种消化疾病[12]。加工的山羊奶产品之一是开菲尔[13]。开菲尔是一种发酵产物，含有益生菌，含有非常多种微生物，例如乳酸菌细菌[14]。出现的担忧是