摘要粪便微生物群移植(FMT)的成功提供了微生物组疗法的必要概念概念。然而,基于粪便的疗法具有许多相关的风险和不确定性,因此定义了以靶向方式修改微生物组的微生物伴侣,已成为FMT的有希望的更安全的替代品。这种实时生物治疗产品的开发面临着重要的挑战,包括选择适当的菌株以及根据大规模控制财团的生产。在这里,我们报告了一种基于生态和生物技术的微生物财团结构的方法,该方法克服了这些问题。我们选择了九种菌株,这些菌株构成了一个财团来模仿健康人肠道菌群中碳水化合物发酵的中央代谢途径。连续共培养细菌会产生一个稳定且可再现的联盟,其生长和代谢活性与单独培养的菌株的等效混合不同。此外,我们表明我们的基于功能的财团在急性结肠炎的葡聚糖硫酸钠小鼠模型中应对营养不良,而菌株的菌株混合不匹配FMT。最后,我们通过设计和产生其他稳定组成的财团来表现出鲁棒性和方法的鲁棒性和一般适用性。我们建议将自下而上的功能设计与连续共培养相结合是一种强大的策略,可以生成功能强大的功能设计合成财团,以供治疗使用。