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World File Search System组和宏
资源名称：伊利诺伊大学芝加哥研究信息学核心设施
描述：伊利诺伊州 - 芝加哥大学的研究信息学核心提供生物信息学服务，包括基因组学，转录组学，表观基因组学，宏基因组学，代谢组学和蛋白质组学分析，以及在统计分析，系统生物学和机器学习中的应用。
无人机系统 (UAS) 第 1 组和第 2 组物理...
无人机系统 (UAS) 第 1 组和第 2 组体检工作表由合格的医疗服务提供者检查。任何不合格情况或“不合格”部分都需要在第 8 块中注明并由医疗官审查。向成员的指挥官 (CO) 提交豁免请求。参见 MANMED CH-15 第 IV 节
核CRISPR相关的转座子的宏基因组发现
摘要CRISPR相关的转座子（铸造）CAS基因用于RNA引导的转座。在基因组数据库中极为罕见。最近的调查报道了类似TN7样的转座子，该座子选择了I型I-F，I-B和V-K CRISPR效应子。在这里，我们通过对元基因组数据库的生物信息学搜索扩展了报告的铸造系统的多样性。我们发现了所有已知铸件的新架构，包括级联效应器的新布置，新的自动定位方式和最小的V-K系统。我们还描述了采用I型I-C和IV型CRISPR-CAS系统的新型演员群。我们对非TN7铸造的搜索确定了对水平基因转移的合作候选者。这些新系统阐明了CRISPR系统如何与转座酶一起进化并扩展可编程基因编辑工具包。
用于解决NASA行星的宏基因组方法...
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整个基因组宏基因组学作为益生菌分析的工具
许多可用于消费者的饮食产品，例如饮食补充剂，含有据称赋予人类健康益处的活微生物。有关于商业益生菌标签差异的报道，其中物种经常被错误分类或不存在，以及标签上未列出的微生物污染。这项研究的目的是更好地了解益生菌产品的质量，其标签的准确性以及使用整个基因组测序（WGS）宏基因组学鉴定潜在污染物和低水平成分的能力。在这项研究中，DNA从123种益生菌产物中纯化，并使用Illumina Miseq平台进行了元基因组测序。生成的序列用于鉴定具有基于新型内部K-MER数据库的独特物种特异性特异性特异性特异性特异性特异性标志的微生物成分。并行，使用培养依赖性方法，将产物的微生物含量生长用于单个集菌分离，然后使用WGS创建有益微生物的基因组序列数据库。此外，使用抗性基因识别剂和毒力发现者生物信息学工具来识别抗生素耐药性和毒力因子基因的存在。宏基因组方法中的一个挑战是在存在大量有意添加的物种（如乳杆菌和双叶杆菌）的情况下，以较少的数量（成分，污染物和病原体）来检测微生物。这些研究将使消费者可用的实时微生物补充剂的内容有更好的了解，并提供一种分析途径来检测低量的有害病原体。避免了这两种方法：使用特定的噬菌体和/或纯化的噬菌体赖氨酸来减少产品的本地微生物，以改善对低水平微生物成分的检测并使用靶标的物质测序。
核CRISPR相关的转座子的宏基因组发现
CRISPR相关的TN7转座子（铸造）共同OPT CAS基因用于RNA引导的转座。在基因组数据库中极为罕见。最近的调查报道了类似TN7样的转座子，该座子选择了I型I-F，I-B和V-K CRISPR效应子。在这里，我们通过对元基因组数据库的生物信息学搜索扩展了报告的铸造系统的多样性。我们发现了所有已知铸件的体系结构，包括级联效应器的布置，目标归巢方式和最小V-K系统。我们还描述了选择了I型I-C和IV型CRISPR-CAS系统的铸造家族。我们对非TN7施放的搜索确定了包括核酸酶死亡CAS12的候选者。这些系统阐明了CRISPR系统如何与转型共同发展并扩展可编程基因编辑工具包。
犬肠道微生物群的宏基因组解剖
作者的完整列表：Alessandri，Giulia；帕尔马大学，兽医医学系米兰，莱昂纳多克里斯蒂安·曼卡贝利；帕尔马大学，生命科学Mangifesta，Marta；帕尔马大学，生命科学Lugli，Gabriele Andrea；帕尔马大学，化学，生命科学与环境可持续性系Alice，Alice；帕尔马大学，Genprobio Srl Duranti，Sabrina Turroni，Francesca Ossiprandi，Maria；帕尔马大学，医学兽医科学系，杜威（Douwe）；爱尔兰国立大学，Marco微生物学系；帕尔马大学生命科学
湖水中细菌群落的宏基因组分析
摘要M依赖依词学涉及遗传材料提取和直接从环境样本中进行测序，以获得微生物及其周围环境之间存在的见解和关系。在包括在坦桑尼亚阿鲁沙地区发现的苏打湖等极端环境中进行的研究很少。这项研究记录了确认湖泊末端的高pH值和盐度值。全长16S rRNA读取通过PACBIO测序的读数用于揭示细菌群落的首次宏基因组快照，从海岸线水域的10个随机点。结果表明，蛋白细菌和企业的优势分别为98.46％和70.46。α-杆菌（93.59％），拟杆菌（23.80％）和杆菌（23.19％）是最主要的类别。Oceanibaculaceae（52.43％），Rhizobiaceae（66.62％）和Izemoplasmataceae（12.50％）是最主要的家庭。主属分别为Oceanibaculum（52.44％），Allorhizobium（65.59％）和Izimaplasma（12.50％）。多样性指数显示出高水平的社区多样性，大量物种，稀有物种的存在以及在抽样点中细菌的平均分布。这项研究提供了有关纳特隆湖中各种分类单元的首次报告，但建议进行功能性元基因组分析，以进一步研究已鉴定物种的生态和生物技术意义。关键字：宏基因组学； PACBIO测序；细菌多样性；苏打湖；纳特隆湖简介
使用16S rRNA和宏基因组续集的研究
番茄果实成熟是由关键基因的脱甲基触发的，这会改变其转录水平，从而启动和传播一系列的生理事件。未知的是，当使用后票后实践成熟水果以扩展保质期时，这些过程如何改变，因为这些实践通常会降低水果的质量。为了解决这个问题，评估了处理后处理诱导的果实DNA甲基甲基和转录组的变化，以及它们如何与成熟速度相关，并评估了乙烯，脱甲酸和类胡萝卜素等成熟指标。这项研究通过动态分子变化全面连接生理事件的变化。成熟的果实在20℃，12.5℃或5℃冷却后达到“转动”（t），将其与新鲜的水果“ FHT”进行了比较。储存在12.5℃的水果具有最大的表观遗传标记和基因表达的改变，超过了后冷却后引起的变化。果实生理和年代年龄在12.5℃下取消耦合，因为成熟时间是最长的。成熟到12.5℃的果实成熟并不是最新的。没有呼吸道或乙烯爆发，而是脱落酸含量很高。在甲基化组和转录组中明显明显的后脱水和“ FHT”之间的明显差异。在“ FHT”果实中光合基因和叶绿素水平的较高表达表现为光明，因为它影响了果实成熟的分子变化。最后，对由DNA甲基化调节的基因的 - 组数据的相关分析。总体而言，这些数据改善了我们对番茄果实成熟方式如何通过后票后实践改变的解释，并且期望长期有助于提高水果质量。
使用 QIIME 2 进行可重复、交互、可扩展和可扩展的微生物组数据科学
致编辑 — 过去 20 年里，DNA 测序和生物信息学技术的飞速发展大大提高了我们对微生物世界的了解。这种日益增长的了解涉及微生物的巨大多样性；微生物区系和微生物组如何影响疾病 1 和医学治疗 2；微生物如何影响地球的健康 3 ；以及微生物组生物技术在医学 4 、法医 5 、环境 6 和农业 7 应用的新兴探索。这方面的工作大部分是由标记基因调查（例如，细菌/古细菌的 16S rRNA 基因、真菌内部转录间隔区和真核生物的 18S rRNA 基因）推动的，这些调查以不同程度的分类特异性和系统发育信息来分析微生物区系。该领域目前正在转向整合其他数据类型，如代谢物 8 、宏蛋白质组 9 或宏转录组 9,10 图谱。