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World File Search System荧光测量
生物有机化学
糖尿病是一种代谢性疾病，其特征是高血糖，可以通过α-葡萄糖苷酶（α -GLU）（α -GLU）和α-淀粉酶（α -AMY）的含量来抵消，负责碳水化合物水解的酶。近几十年来，许多天然化合物及其生物启发的类似物已被研究为α -GLU和α -amy抑制剂。然而，没有研究用于评估Neolignan obovatol（1）对α -Glu和α -amy抑制作用。在这项工作中，我们报告了1和新类似物库的合成。这些化合物的合成是通过基于以下方法实施方法来实现的：苯酚烯丙基化，claisen/cope重排，甲基化，Ullmann偶联，脱甲基化，苯酚氧化和迈克尔型添加。obovatol（1）和十个类似物的体外抑制活性对α -glu和α -amy。我们的研究强调，天然发生的1和4个Neolignan类似物（11、22、26和27）比低糖症药物acarbose（α -amy：34.6 µm;α -Glu：α-Glu：248.3 µm）更有效抑制剂，其IC 5O值为6.2-23.6 µM -MAN -MY -MAN -MAN -MY tody -thy39。 -glu。对接进行了验证验证了抑制结果，突出了合成的新尼亚尼亚人和两种酶之间的最佳兼容性。同时循环二分色谱法检测到与研究的新木剂相互作用引起的α -GLU的构象变化。最后，在人类结肠癌细胞系（HCT-116）测试了研究化合物的体外细胞毒性。通过荧光测量和α -Glu和α -amy抑制作用的动力学的详细研究也表明，1、11、22、26和27对α -GLU具有最大的亲和力，对α -amy具有1、11和27。表面等离子体共振成像（SPRI）测量结果证实，在所研究的化合物中，Neolignan 27对这两种酶具有更大的亲和力，从而证实了动力学和荧光猝灭所获得的结果。所有这些结果表明，这些基于Obovatol的Neolignan类似物构成了追求新型降血糖药物的有希望的候选人。
使用细胞FAD自动荧光作为无标记的细胞属性，用于产生嵌合抗原受体-T细胞
嵌合抗原受体T（CAR-T）细胞疗法已成为治疗血液恶性肿瘤的一种有吸引力的方法。但是，这种疗法的可访问性受到复杂制造工艺，有限的制造设施能力以及高技能劳动力的要求，以进行CAR-T细胞生产的手动步骤。为了最大程度地减少手动过程，CAR-T细胞制造场正在向封闭和自动化系统转移，包括分析工具，可提供对生产中细胞的间歇性监测的分析工具。因此，需要在封闭系统中密切监测CAR-T细胞的无标签技术。在这里，我们评估了配备了405nm紫罗兰色激光器的流式细胞仪的使用，用于研究T细胞中NADH和FAD自动荧光。我们的结果表明，NADH和FAD自动荧光的增加与T细胞激活标记，CD25的上调显着相关，并且在T细胞激活后的头三天，在消费培养基中的细胞外乳酸的增加。我们通过建立CAR-T细胞中FAD的平均荧光强度（MFI）的变化速率与使用G-Rex Biorx Biorextor的T细胞增殖速率之间的变化速率之间的关系来确定CAR-T细胞生产的终点的潜在用途。共同表明，自动荧光，尤其是FAD自动荧光，可以用作无标记的生物标志物（细胞属性），用于监测CAR-T细胞生产过程中T细胞激活和扩张。使用405nm可见光代替了遗传毒性紫外线波长来评估NADH和FAD自动荧光，为将自动荧光测量结果铺平了一种方式，以将自动荧光测量纳入封闭和自动化的系统中，以用于对CAR-T细胞制造的过程中的监测。
社论：生物和非生物胁迫中的叶绿素荧光分析，第二卷
叶绿素荧光发射是由吸收的光能引起的，这些光能不会以热量的形式消散，也不会用于植物的光合作用反应。光合作用分为两个不同的部分，即光反应和二氧化碳 (CO 2 ) 固定。在光反应中，光能被用来生成氧化蛋白质复合物，该复合物能够在光系统 II (PSII) 中从水中提取电子，同时重新激发提取的电子以还原光系统 I (PSI) 中的 NADP +。这些“光收集”反应导致 ATP 和还原力（还原铁氧还蛋白和 NADPH）的形成，随后通过卡尔文 - 本森 - 巴沙姆循环进行 CO 2 固定。叶绿素 a 荧光分析可以确定直接用于光化学的吸收光能量，并估计生物或非生物胁迫下的光合作用效率 ( Moustakas 等人，2021 年；Moustakas，2022 年)。叶绿素 a 荧光信号可以根据光合作用活性进行解释，以获得有关光合作用机构状态的信息，尤其是光系统 II (PSII) 的状态信息 ( Murchie 和 Lawson，2013 年；Moustakas 等人，2021 年)。叶绿素荧光测量已广泛用于探测光合作用机制的功能和筛选不同作物以耐受各种压力和营养需求（Guidi 和 Calatayud，2014 年；Kalaji 等人，2016 年；Sperdouli 等人，2021 年；Moustakas 等人，2022a 年）。使用脉冲幅度调制 (PAM) 方法可以主要计算引导至 PSII 进行光化学反应的吸收光能量，这些能量通过非光化学猝灭 (NPQ) 机制以热量形式耗散或通过不太明确的非辐射荧光过程耗散，分别标记为 F PSII 、F NPQ 和 F NO ，它们的总和等于 1（Kramer 等人，2004 年）。在本研究中，我们总结了本期特刊中的文章，为读者更新了该主题，并讨论了叶绿素荧光的当前应用
测试摄影年度报告2021-22
在董事的桌子上，我很高兴地宣布，CSIR-IICB年度报告的2021 - 22年发布。它在这一年中瞥见了研究所的成就，尤其是为将科学和技术带给社会各个角落所做的努力。该研究所成立于1935年，是印度医学研究所。目前，它是CSIR的组成实验室之一，参与了人类疾病的疗法和诊断策略的发展。除了加尔各答Jadavpur的主要校园外，它在盐湖还有一个卓越的转化研究单位。六个研究部门管理CSIR-IICB的研发活动。该研究所在化学生物学，生物化学，细胞生物学，基因组学，表观基因组学，结构生物学，生物信息学和药物化学领域的知识产生显着促进了知识的产生。在研究所进行的尖端研究涉及与该国最相关的传染性和非传染性疾病相关的基本生物和生物医学研究挑战。我们的科学家在理解各种蛋白质的结构和机械特征，大分子复合物和细胞途径，靶向RNA的小分子，挽救生命药物的成本效益过程化学以及农业化学的化学化学化学，对纯草药和合成性抗癌的癌症造成癌症的癌症，对生命的癌细胞的鉴定，对生命的癌细胞的鉴定，对生命的癌症的疾病造成了重大的癌症， 部门。部门。部门。部门。部门。研究所提供的优秀科学基础设施包括X射线晶体学，核磁共振（NMR），冷冻EM，单分子荧光测量和荧光相关光谱，拉曼光谱，质谱法和纳米分离技术。除了探究研究的前沿外，该研究所的科学家还参与指导年轻学生确保继续稳定的研究人员，致力于国家的进步。我借此机会感谢我们的合作者，CSIR的姊妹实验室和CSIR-Beadquarters的及时帮助，支持和合作。我非常感谢CSIR-IICB家族的每个人，因为他/她在使该研究所成为该国主要的研究机构之一。
靶向 CD96 可通过增强宫颈癌中的 CD8+ TIL 功能来克服 PD-1 阻断耐药性
摘要 背景 复发性和晚期宫颈癌 (CC) 的预后仍然很差，因此需要新型疗法来治疗。尽管针对程序性细胞死亡蛋白 1 (PD-1) 通路的疗法已被批准用于治疗 CC，但很大一部分患者表现出先天性耐药性。联合使用检查点抑制剂可以增强其疗效。方法 从 CC 患者获取血液样本、肿瘤标本和瘤周 (PT) 组织。通过流式细胞术分析 CC 标本中 CD8+ T 细胞的抑制性受体表达和表型分析。通过免疫组织化学和免疫荧光测量肿瘤细胞表达的 CD96 配体。通过基于 CC 标本单细胞培养的离体治疗试验评估对派姆单抗的敏感性。使用离体治疗试验和人乳头瘤病毒阳性 TC-1 异种移植小鼠模型在体内探索 PD-1 和/或 CD96 阻断的疗效。结果我们发现对 PD-1 阻断不敏感的 CC 患者的 CD8+ 肿瘤浸润淋巴细胞 (TIL) 上 CD96 表达升高。这些表达 CD96 的 CD8+ TIL 通常共表达 PD-1。来自 scRNA-seq 数据的 CD96+CD8+/CD96−CD8+ T 细胞基因特征的比例与宫颈鳞状细胞癌和宫颈腺癌患者的不良生存率显着相关。与血液和 PT 组织相比，与 CD96 竞争的共刺激受体 CD226 在肿瘤中下调。CD96 和具有 Ig 和 ITIM 结构域的 T 细胞免疫受体 (TIGIT) 在肿瘤内 CD8+ T 细胞上上调。CD226/CD96/TIGIT 信号配体在 CC 肿瘤组织中广泛表达。表型分析显示，PD-1+CD96+CD8+ TIL 表现出终末衰竭效应表型，T 细胞免疫球蛋白黏蛋白受体 3 (TIM-3) 和颗粒酶 B (GZMB) 水平高，促炎细胞因子和细胞毒性分子水平极低。PD-1+CD96 细胞表现出前体衰竭表型，TCF-1 阳性。PD-1 阻断后，CD8+ TIL 进一步上调 CD96。CD96 阻断治疗显著增强了 PD-1 阻断，从而抑制肿瘤生长，并改善小鼠和 CC 标本模型中 CD8+ TIL 的功能。
细胞分离磁性粒子对紫外吸收分光光度法定量 DNA 的影响
Izza Usman Bajwa 1 , Samuel Sigaud 1* 1 Accumol Inc.，加拿大艾伯塔省卡尔加里 * samuel.sigaud@accumol.com 摘要 磁性粒子通常用于从血液样本中分离特定类型的细胞。从这些细胞中提取的基因组 DNA 中的残留粒子会干扰紫外吸收分光光度法的浓度测量。在本研究中，我们在谱系特异性嵌合体分析工作流程中确定了紫外分光光度法 DNA 定量的不准确程度。我们发现残留磁性粒子和 RNA 的存在会导致对 DNA 浓度的估计过高。简介使用磁性粒子从血液样本中分离特定类型细胞是诊断或免疫遗传学实验室的常用技术。例如，谱系特异性嵌合体分析的典型工作流程包括从血液样本中分离 T 淋巴细胞、髓细胞或其他细胞类型，然后提取基因组 DNA，然后进行 PCR 或 qPCR 1 。提取后通常会检查 DNA 浓度和质量，以确保下游 PCR 反应在最佳条件下进行。根据 DNA 提取方法，在最终 DNA 样本中可能会发现用于细胞分离步骤的残留磁性粒子。虽然这些粒子通常不会干扰后续的 PCR 反应，但它们可能会影响 DNA 定量步骤。紫外吸光度分光光度法是评估 DNA 浓度和纯度最广泛的方法。它速度快，不需要使用标准曲线或特殊试剂。它使用非常少量的 DNA，尤其是使用无比色皿分光光度计（如 NanoDrop 仪器（ThermoFisher Scientific））进行时。然而，紫外吸光度对 DNA 2 不具有选择性。浓度测量可能会受到污染物的影响，例如 RNA、蛋白质、DNA 提取过程中使用的化学品或用于细胞分离的磁性粒子。为了克服这些问题，已经开发出荧光 DNA 结合染料 3。这些化合物与双链 DNA 结合时会显著增强荧光。它们具有高度的特异性和灵敏度，现在被认为是 DNA 定量的黄金标准。然而，与紫外分光光度法相比，荧光测量更耗时，需要使用昂贵的试剂，并需要实现 DNA 标准曲线。由于这些原因，当许多样本需要快速处理时，例如在分子诊断实验室中，紫外分光光度法仍然是确定 DNA 浓度的首选方法。本研究的目的是确定在谱系特异性嵌合体分析工作流程中紫外分光光度法 DNA 定量的不准确程度。我们研究了残留磁粒子对 DNA 浓度和质量测量的影响，并提出了提高测量准确性的建议。
什么是DNA隔离定义
DNA提取自1869年弗里德里希·米舍（Friedrich Miescher）首次试图隔离它以来，它已经走了很长一段路，意外地发明了一种核酸隔离方法，后来其他人会完善。该过程涉及分解细胞膜和核信封以获得DNA，这对于PCR，DNA克隆，测序和电泳等各种分子生物学应用至关重要。取决于样本类型 - 需要植物，血液，细菌或其他 - 需要不同的提取方法，每种方法都有自己的手术，以确保DNA的所需纯度和数量。从苯酚 - 氯仿等醇到蛋白酶K，CTAB，自旋柱，磁珠等等，存在各种技术，每个技术都基于样品的特定要求选择。DNA提取的故事是连续的创新和精致之一，像Meselson和Stahl这样的先驱在1958年建立了全功能程序，而其他人则随着时间的推移贡献了他们的方法。从细胞中提取DNA的过程涉及三个主要步骤：细胞裂解，沉淀和溶解DNA。所使用的化学或组合的类型可能会根据目标和细胞类型而有所不同。对于柔软的细胞壁，如在结核分枝杆菌中发现的，用简单的裂解缓冲液加热是有效的。然而，较硬的细胞壁需要机械，化学和酶促方法来提取DNA。基于化学的DNA提取方法是基于溶液的，涉及各种有机和无机溶液。这些包括SDS，CTAB，苯酚，氯仿和硫氰酸鸟酯。所有程序的主要步骤是细胞裂解，降水和洗脱。基于溶液的（化学）DNA提取进一步分为基于有机溶剂的和基于无机溶剂的方法。有机溶剂（如苯酚和氯仿）以前已被使用，但由于危险而灰心。相反，采用了更安全的替代方案，例如Triton X100和EDTA。不同的化学物质有特定目的；蛋白酶K等酶分解蛋白质直接靶向氨基酸连接。DNA提取过程的有效性可能受细胞类型的影响以及某些化合物或化学物质组合的使用。在冷链中，尽管有一些缺点，但基于蛋白酶K的DNA分离方法还是有效的方法。此过程的一个问题是酶的稳定性降低，随着时间的流逝而降低。使用无机溶液（例如氯化钠和乙酸钾）与蛋白酶K结合使用的盐溶液。但是，提取的DNA的纯度可能是一个问题，因为尽管获得了足够的质量，但收益率可能不会令人满意。苯酚 - 氯仿 - 异氧化酒精法（PCI）是提取DNA的另一种流行技术。它使用液化缓冲液，苯酚和氯仿对蛋白质和破坏细胞，从而产生出色的产率和纯度。可以通过使用现成的DNA提取缓冲区来修改此方法，从而快速而简单。高质量的DNA产量和简单操作系统对于准确的DNA分析至关重要。相反，基于二氧化硅的DNA提取方法提供了一种独特的方法，依赖于二氧化硅和DNA相互作用的独特化学。带正电荷的二氧化硅颗粒在离心过程中与带负电荷的DNA结合，从而允许高质量的DNA产量和易于操作。由于其简单性和有效性，该市售技术已在诊断实验室中被广泛接受。为了验证提取的DNA，可以使用溴化乙锭或其他与DNA在UV光下反应的荧光染料在琼脂糖凝胶上电泳。通过计算260 nm和280 nm波长的吸光度来测量DNA的纯度。确定DNA纯度的最常见方法是A260/A280比率，对于优质DNA，应在1.7-2.0之间。较低的比率表明存在更多的污染物。荧光测量是确定DNA产量和浓度的另一种流行方法，它由于其广泛的可用性和比吸光度方法更高的灵敏度。也可以使用二苯胺（DPA）指示器确认DNA的存在，该指标涉及DNA化学水解。与分光光度计在600 nm处的吸光度强度也可以通过将DNA浓度与已知DNA浓度的标准曲线进行比较来确定DNA浓度。已开发和应用多种用于DNA提取的方法，包括用于传染病的护理核酸测试和人类DNA提取方法。方法的选择取决于DNA的特定应用和所需的质量。