病毒进化的原材料是由复制、转录或转录后过程中发生的宿主内突变提供的。冠状病毒科的复制和转录通过合成负义“反基因组”进行,这些“反基因组”充当正义基因组和亚基因组 RNA 的模板。因此,SARS-CoV-2 和其他冠状病毒的基因组突变可能发生在负义或正义 RNA 合成期间(和之后),并可能具有不同的模式和后果。我们首次探索了 SARS-CoV-2(亚)基因组和反(亚)基因组 RNA 的突变谱。我们使用了使用定量链感知测序方法生成的高质量深度测序数据集,控制了伪影和测序错误,并仔细检查以准确检测宿主内多样性。负链和正义链共识之间的核苷酸差异因患者而异,并且与年龄或性别无关。两条 RNA 链上的宿主内次要变异之间的突变模式相似和不同表明存在链特异性突变或宿主脱氨酶和氧化损伤编辑。我们观察到负链上通常存在中性和轻微的负选择,而基因组正链上的 ORF1a、ORF1b 和 S 基因则存在纯化选择。
1。引言人类元瘤病毒(HMPV)于2001年首次由调查儿童呼吸道疾病的原因的荷兰科学家确定。它是Paramyxoviridae家族中元瘤病毒属的成员,它还包括呼吸道合胞病毒(RSV),这是呼吸道感染的众所周知的原因。HMPV感染通常与RSV引起的感染相似,这对于有效管理至关重要。1.1 HMPV HMPV的病毒学是一种负义的单链RNA病毒,其长度约为13.2 kb。 病毒基因组编码八种蛋白质,包括核素(N),矩阵(M),融合(F)和附着(G)蛋白,这对于病毒进入,复制和免疫逃避至关重要。 •融合(F)蛋白质:通过与宿主细胞膜融合介导融合来促进病毒进入。 •附着(G)蛋白质:在将病毒与宿主细胞受体结合中起作用。 病毒生命周期开始于病毒通过G蛋白附着在宿主细胞上,而F蛋白会促进膜融合,从而使病毒RNA释放到宿主细胞中。1.1 HMPV HMPV的病毒学是一种负义的单链RNA病毒,其长度约为13.2 kb。病毒基因组编码八种蛋白质,包括核素(N),矩阵(M),融合(F)和附着(G)蛋白,这对于病毒进入,复制和免疫逃避至关重要。•融合(F)蛋白质:通过与宿主细胞膜融合介导融合来促进病毒进入。•附着(G)蛋白质:在将病毒与宿主细胞受体结合中起作用。病毒生命周期开始于病毒通过G蛋白附着在宿主细胞上,而F蛋白会促进膜融合,从而使病毒RNA释放到宿主细胞中。