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病毒进化的原材料是由复制、转录或转录后过程中发生的宿主内突变提供的。冠状病毒科的复制和转录通过合成负义“反基因组”进行，这些“反基因组”充当正义基因组和亚基因组 RNA 的模板。因此，SARS-CoV-2 和其他冠状病毒的基因组突变可能发生在负义或正义 RNA 合成期间（和之后），并可能具有不同的模式和后果。我们首次探索了 SARS-CoV-2（亚）基因组和反（亚）基因组 RNA 的突变谱。我们使用了使用定量链感知测序方法生成的高质量深度测序数据集，控制了伪影和测序错误，并仔细检查以准确检测宿主内多样性。负链和正义链共识之间的核苷酸差异因患者而异，并且与年龄或性别无关。两条 RNA 链上的宿主内次要变异之间的突变模式相似和不同表明存在链特异性突变或宿主脱氨酶和氧化损伤编辑。我们观察到负链上通常存在中性和轻微的负选择，而基因组正链上的 ORF1a、ORF1b 和 S 基因则存在纯化选择。
SARS-CoV-2 基因组和反基因组 RNA 的突变谱
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