了解SARS-CoV-2猖獗突变的分子机制将有助于我们控制COVID-19大流行。APOBEC介导的C-to-U脱氨是SARS-CoV-2基因组中的主要突变类型。然而,尚不清楚C-to-U的新型突变率u是否高于其他突变类型,以及详细的驱动力是什么。通过分析SARS-CoV-2全球人口数据的时间过程,我们发现C-to-U在所有突变类型中具有最高的新型突变率u,并且该u仍在随时间增加(du / dt> 0)。与其他突变类型相比,新型C-to-U事件对特定的基因组区域具有偏好。局部性较差的RNA结构与较高的新型C-to-U突变率相关。级联模型很好地解释了C-to-U脱氨的du / dt> 0。在SARS-CoV-2中,RNA结构是C到U脱氨速率极高且持续加速的分子基础。该机制是SARS-CoV-2突变、适应和进化的驱动力。我们的发现有助于我们理解病毒突变率的动态演变。